GRAFICKÉ ZOBRAZENÍ V R •možnost vytvářet grafy na publikační úrovni •jak 2D tak 3D zobrazení •možnost zobrazení map (vrstevnic, map apod.) •rozšiřující balíčky grafiky (př. grid, lattice, rgl, misc3D, scatterplot3d,…) •Možnost uložené v různých formátech – png, jpg, tiff, pdf… • •High-level – tvorba jednoduchých grafů a snadno použitelná •Low-level – podrobnější nastavení např. os a jednotlivých prvků grafu, přesných rozměrů, vykreslování objektů do grafu atd. •Interaktivní grafika – dovoluje interaktivně přidávat data do grafu a zpětně informace extrahovat. Jedná se o specifické funkce které pracují s polohou kurzoru v grafu. V tomto předmětu se budeme věnovat pouze základním typům grafů. •Základní typy grafů •plot „obyčejný“ graf •barplot sloupcový graf •boxplot krabicový graf •pie koláčový graf •histogram sloupcový graf četností •persp typ prostorového grafu – povrchy • •Speciální typy grafů (přehled): • • • • • • • • ________________________________________________________________________________ Literatura: Drozd P. 2007. Cvičení z biostatistiky. Základy práce se softwarem R. Ostrava: Ostravská univerzita, Přírodovědecká fakulta. Speciální typy grafů nebudeme probírat, jedná se pouze o informativní přehled. Použití základních typů grafů •Bodový graf (plot) •Zobrazení x na y, kde x je vysvětlující - kategorická proměnná [zobrazí se na ose x] a y je závislá proměnná [zobrazující se na ose y]. (zdroj) •Využití: pro zobrazení závislosti na numerických vysvětlujících proměnných. • •Sloupcový graf četností (histogram) •Zobrazení distribuce dat v podobě sloupcového grafu – sloupce mají stejnou šířku a jejich výška vyjadřuje četnost daného znaku. •Využití: zejména v případě kategorických dat (data máme v předem daných intervalech). • ________________________________________________________________________________ Literatura: Pekár S. – Brabec M. 2009. Moderní analýza biologických dat. Praha: Scientia. ISBN: 978-80-86960-44-9 •Krabicový graf (boxplot) •Vizualizace dat pomocí kvantilů. Úsečka uprostřed představuje medián, horní okraj boxu představuje 75% kvantil, dolní okraj boxu představuje 25% kvantil a hranice „vousků“ pokrývají (za přibližné normality dat) jejich drtivou většinu. •Využití: Zejména při popisných statistikách – vyobrazení rozložení dat apod. • • • box plot ________________________________________________________________________________ Literatura: Pekár S. – Brabec M. 2009. Moderní analýza biologických dat. Praha: Scientia. ISBN: 978-80-86960-44-9 Obr. zdroj: https://datavizcatalogue.com/methods/box_plot.html [25. 3. 2018] main (titulek) box (ohraničení grafu) grid (řížka) points (body datové řady) ylab (název/popisek osy y) label xlab (název/popisek osy x) •Prvky grafu vykreslitelné samostatně Nejedná se o kompletní přehled vykreslitelných prvků grafu v R. Grafické parametry •pch – typ bodů •je možné použít i jakýkoliv charakter (např.: "A") •lty – typ čáry •lwd – tloušťka čáry •col – barva •0 až 8 základní barvy •"..." volba barvy názvem (viz RColors) •cex – relativní velikost znaků a bodů oproti standardním •axes – logická hodnota (T, F) zda se mají vykreslovat osy •las – styl popisek axis, hodnoty 0 až 3 (vertikální vs. horizontální) http://www.gastonsanchez.com/visually-enforced/images/blog/par_cheatsheet.png Source: http://www.gastonsanchez.com/visually-enforced/images/blog/par_cheatsheet.png Nastavení základní grafiky •windows (otevření a nastavení grafického okna) •par (nastavení parametrů grafického výstupu) •layout (nastaví rozdělení okna) •rgb (namíchá barvu) •colors (přednastavené barvy) – př. rainbow • •Rstudio – karta Plots •listování grafy •export grafů •Save as Image •Save as PDF •Copy to Clipboard • plot •plot(x,y=NULL,type="p",xlim=NULL,ylim=NULL,main=NULL,sub=NULL,xlab=NULL,ylab=NULL,axes=T,frame.plo t=axes,…) • •Příklad grafického zobrazení bodů (pch): •windows() •plot(rep(0.5,26),pch=0:25) •plot(rep(0.5,26),pch=0:25,axes=F,ann=F,frame.plot=T) • •dev.off() – zavře aktuální grafické okno • („vymaže“ grafy na kartě plots) •graphics.off() – zavře všechna grafická okna • („vymaže“ grafy na kartě plots) • • • • •windows(10,5) •par(mar = c(4,4,4,4), family = "serif") •plot(rep(0.5,26), pch = 0:25, cex = 3 ,xlab = "osa x", ylab = "osa y", main = "Název grafu") •text(15, 0.6, labels = "Text, který chceme mít na souřadnicích x = 15 a y = 0.6", col = "tomato") •abline(h = seq(0.3,0.4,0.01), col=1:8, lty=1:5, lwd=0.5:6) Grafické palety •Přehled barev Rcolor.pdf (IS) • • • • • Typy barev – „web colors“ •RGB triplet - hexadecimal format (hex triplet) • •R: název barvy (viz přehled) •Hexadecimální kód •používán i např.: HTML, CSS,... •v podobě: #RRGGBB (red – green – blue) •white: #FFFFFF •black: #000000 • •Příklad: •dodgerblue •#3498DB nebo #3498db •rgb(red = 52, green = 152, blue = 219, maxColorValue = 255) • •Zadání barev vektorem •Př.1: c("#58d68d", "#138d75", "#4527a0") •Př.2: c("seagreen3", "#117a65", "#4527a0") • •Funkce rgb(69,39,160, maxColorValue = 255) • • •DOMÁCÍ ÚKOL 6 •A) Vytvořte do samostatného okna graf všech typů bodů (pch) tak, aby nebyl zobrazen rámeček grafu, osy (ani popis os) a ani popis grafu – tzn. budou zobrazeny pouze body. Barvu bodů vytvořte pomocí implementovaného vektoru rainbow(). •Graf uložte jako .pdf soubor. •B) Zobrazte vlastní koláčový graf (obdobně jako na straně: Grafické palety) a to tak, že zvolíte vlastní barvy, vypnete rámeček (border) grafu a zvolíte vlastní název. Labels grafu, bude prvních 10 písmen z implementovaného vektoru LETTERS. •Graf uložte jako .jpg soubor. • •Do ISu (odevzdávárna 06_DU) vložíte .R soubor s kódem (nebo .txt) a zároveň soubor .pdf a .jpg - vygenerované grafy. Všechny soubory pojmenujte jako: •DU_06_UCO_Jmeno.R/.txt •DU_06_UCO_Jmeno.pdf •DU_06_UCO_Jmeno.jpg