Zobrazení antropologických dat ve 3D
•1) Co chceme znázornit?
•Příklad
•pozici landmarku glabella u vzorku 60 jedinců (data: data3d.opr.txt, v ISu)
•průměr tohoto vzorku (mračna bodů) a zobrazit elipsoid pro 95% interval spolehlivosti
•
•2) Jaký bude nejvhodnější typ grafu na zobrazení?
•3D plot bodů
•Note: máme antropologická data!
•Muži vs. Ženy
•
•3) Příprava dat pro zobrazení.
•
•4) Samotné zobrazení dat.
•
•

•Načteme data:
•DATA3D <- read.delim("data3d.opr.txt", header = TRUE)
•attach(DATA3D)
•str(DATA3D)
•dim(DATA3D)
•Příprava dat pro zobrazení (muži, ženy):
•DATA3D_f <- DATA3D[sex == "f",]
•DATA3D_m <- DATA3D[sex == "m",]

•V případě, že chceme zobrazit všechny dostupné body ze souboru data3d.opr.txt doporučuji si do
pomocných objektů uložit x, y a z souřadnice.
•Pozn.: funkce melt z balíčku reshape.
•

•Elipsoid – funkce ellipse3d, oblast, do které spadá 95% výskytu dat.
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•Odlehlá hodnota – jedinec/měření č. 24, vysvětlení:
•A. Chyba měření
•B. Chyba při generování dat
•C. Jedinec z jiné populace
•D. Patologický jedinec
•

•DOMÁCÍ ÚKOL 9
•A) Zobrazte bod bregma (B) pro jedince ze souboru data3d.opr.txt: - obdobným způsobem jako bod
glabella (G), tzn. muže a ženy zvlášť (odlište barvou).
•Změňte typ bodů (pomocí funkce: shapelist3d)
•Vypočítejte průměry a zobrazte je poloprůhledné
•Zobrazte elipsoidy pro 50% výskytu dat
•Uložte náhled okna jako .png soubor (zvolte vhodně úhel pohledu a velikost pole)
•Do ISu vložte .R script a obrázek .png ve tvaru: DU_09_UCO_Jmeno.R/png.
•
•Výsledek může vypadat např. takto:
•
•
C:\Users\L. Polcerova\Desktop\Bi3434 2018 2.1\navrh\B_ellipse3d.png

OBRÁZKY v R (graf)
•Balíčky: imager, jpeg, png
•install.packages("imager")
•install.packages("png")
•install.packages("jpeg")
•
•Načtení obrázku () ze zdrojového adresáře
•Imager: large cimg
•PNG: large array
•
•Zobrazíme pomocí plot()
•
•
•