P10
Klinická mikrobiologie I –
obecná
Bi7170c (podzim 2018)
Osnova
● klinická mikrobiologie
● procesy a organizace vyšetření
● normální mikroflóra a interpretace přímých a
nepřímých průkazů
2/53
Klinická mikrobiologie
● klinická mikrobiologie „v širším slova smyslu“
– lékařská mikrobiologie: mikrobiálního osídlení
člověka a lidské patogeny (tj. obsah zkoušky
Lékařská mikrobiologie)
● klinická mikrobiologie „v užším slova smyslu“
– procesy na klinickém pracovišti a v laboratoři
– organizace vlastního laboratorního vyšetření
konkrétních typů vzorků
3/53
Procesy na klinickém pracovišti a
v laboratoři
4/53
Klinik Laboratoř
Indikace vyšetření – zda a
jaké
Vlastní provedení odběru
Transport materiálu
Rozhodnutí, jak zpracovat
materiál
Vlastní zpracování materiálu
Zaslání výsledku
Interpretace v kontextu ostatních výsledků
a stavu pacienta (léčíme pacienta, nikoliv
nález). Spolupráce klinika s mikrobiologem.
Indikace vyšetření
● co se změní v závislosti na výsledku vyšetření?
– cílená vs. empirická léčba (pokud se postup péče
o pacienta nezmění je vyšetření pravděpodobně
zbytečné)
– neplatí u epidemiologických indikací a
profylaktických indikací (screening mikrobiálního
osídlení pacientů v těžkém stavu)
● jaké vyšetření chci provést?
– orientace ve spektru možných patogenů a
možností jejich vyšetření → rozhodnutí o
technicky správném odběru
– správný odběr je klíčový pro všechny další
diagnostické kroky!
5/53
Typy patogenů
● kultivovatelné bakterie a kvasinky, někteří paraziti
– mikroby ze cvičení P01 až P06 (tj. patogeny typu
S. aureus, S. pyogenes apod.)
– není nutné myslet na konkrétní druh patogenu
– zachytitelné běžnými diagnostickými postupy
– nutné znát lokalizaci patogenu v těle
● bakterie a mikromycety kultivovatelné speciálními
postupy
– mikroby ze cvičení P06, (legionelly, bordetelly apod.)
P07 (anaeroby), P08 (mykobakterie), J13
(mikromycety)
– speciální postup nutno vyznačit na žádance!
– nutné znát lokalizaci patogenu v těle 6/53
Typy patogenů (2)
● nekultivovatelné nebo běžně nekultivované
patogeny
– patogeny ze cvičení P09 (spirochety), J10 a J11 (viry),
J12 (někteří paraziti, např. toxoplasma)
– nepřímý průkaz, přímý průkaz (virové antigeny)
– není nutné znát lokalizaci patogenu v těle, ale
nutné cílit na konkrétní patogen
7/53
Úkol 1: Indikace mikrobiologického
vyšetření
● vymyslete vhodné řešení pro následující kazuistiky
● zamyslete se, jestli je vhodné indikovat vyšetření
● zvolíte empirickou nebo cílenou léčbu, nebo budete
léčit jen symptomaticky?
8/53
Úkol 1: kazuistika A
● pacient se zarudlou, červenou mandlí a bělavým
povlakem, podezření na angínu
9/53
medicalook.com
Úkol 1: kazuistika B
● pacient s bolestivostí v oblasti obličeje, dle rtg
zřejmě sinusitis, CRP vysoké (zřejmě tedy
bakteriální původ), klinicky však není indikována
punkce dutiny
10/53drgreene.org
Úkol 1: kazuistika C
● pacient s bolestivostí v oblasti zad, dle
biochemických markerů vysloveno podezření na
pyelonefritidu
11/53
bbc.co.uk
Úkol 1: kazuistika D
● pacient s prokázanou pneumonií, u kterého již
bylo provedeno vyšetření sputa a nebyla
potvrzena přítomnost běžných patogenů
● v anamnéze práce v živočišné výrobě
12/53szote.u-szeged.hu
Úkol 1: kazuistika A (závěr)
● léčba bez mikrobiologického vyšetření vždy špatná
● dle studií je nejméně polovina tonsilitid virová (včetně
infekční mononukleózy), klinické vyšetření nestačí ke
správné diagnóze
● nutné je mikrobiologické vyšetření, popř. použití
soupravy pro detekci S. pyogenes přímo v ordinaci
● v časové tísni alespoň CRP pro ověření bakteriální
etiologie
● v léčbě při prokázané etiologii S. pyogenes (nebo
aspoň prokázané bakteriální etiologii pomocí CRP)
použijeme penicilin
● makrolidová antibiotika pouze u alergiků!
13/53
Úkol 1: kazuistika B (závěr)
● punkce není indikována ani mikrobiologicky
(punktovat pacienta jen kvůli vyšetřování je nutno
považovat za jeho zbytečné týrání)
● není indikován ani výtěr z nosu, protože nalezené
bakterie (často zlaté stafylokoky) se neshodují s
patogenem přítomným v dutině (pneumokok, hemofil,
moraxela)
● doporučena empirická léčba
● amoxicilin lék první volby (širokospektré β-laktamové
antibiotikum)
14/53
Úkol 1: kazuistika C (závěr)
● nutné vyšetření moče
● vhodné i hemokultivační vyšetření → odlišení
systémového patogena od bakterií přítomných pouze
v močovém měchýři, případně kontaminace
● léčba by měla být cílená
● na rozdíl od cystitidy je při pyelonefritidě nutno volit
preparáty, které se dostatečně koncentrují i ve
tkáních a ne jen v moči (ne tedy např. nitrofurantoin)
15/53
Úkol 1: kazuistika D (závěr)
● odběr srážlivé krve → vyšetření séra
● navzdory anamnéze se zřejmě bude uvažovat i o
běžných respiračních patogenech ze spektra
původců atypických pneumonií (viry,
mykoplasmata, chlamydie)
● vhodné doplnit o serologický průkaz tularémie,
případně dalších zoonóz (například leptospirózy; pokud
by šlo např. o zootechnika pomáhajícího v Africe, pak i
např. brucelóza apod.)
16/53
Odběr vzorku a transport do
laboratoře
● při odběru nutné brát na zřetel i transport
materiálu
● tři typy vzorků:
– výtěry a stěry na tamponech
– tekuté a kusové vzorky, zasílané v nádobkách
(zpravidla sterilních)
– jiné a speciální případy
● správné vyplnění průvodky
17/53
Odběr vzorku
● přednost má zpravidla zaslání tekutého/kusového
materiálu před pouhým zasláním stěru/výtěru
● příklady výjimek:
– v bakteriologii se zpravidla používá výtěr z řitního
kanálu namísto kusové stolice (i když zaslání
kusové stolice v zásadě není chyba)
– stěr z uretry je u kapavky, ale i negonokokových
urethritid (NGU) doporučován spíše než zaslání
vzorku moče
18/53
Odběrové soupravy
● suchý tampon (dnes jen
pro PCR a průkaz antigenu,
nikoliv kultivace), suchý
tampon na drátku
● Amiesova půda s aktivním uhlím (univerzální
transportní půda pro bakteriologii pro všechny typy
výtěrů)
● drátěná varianta je vhodná, pokud se potřebujeme
„dostat za roh“ (stěr z rány s výběžky apod.)
19/53
calgarylabservices.com
herenz.de
Odběrové soupravy (2)
● Fungi Quick (na kvasinky
a plísně)
● souprava C. A. T. (Candida
And Trichomonas, pouze
z genitálnií)
● na viry
● na chlamidie
20/53copanswabs.com
Odběrové nádobky
● na kusové a tekuté vzorky
● na rozměrech nezáleží
● barva uzávěru má význam jen v kontextu dodavatele
● u anaerobní kultivace zaslat přímo stříkačku se
speciálním uzávěrem (ne s jehlou!)
● vzorky dopravit do laboratoře co nejdříve (u moče
do dvou hodin)
21/53
Odběrové nádobky (2)
● běžná zkumavka (universální
použití: srážlivá krev (serologie),
moč, likvor, hnis, punktát apod.,
krevní a močové katetry,
menší kousky tkání…
● sputovka (sputum, větší
kousky tkání, ...
● nádobka na stolici – na parazitologii
(pouze tato nemusí být sterilní!)
● nádobka na odběr moče (lepší, když
pacient močí rovnou do zkumavky,
avšak zvláště pro ženy obtížné;
moč z této nádobky sestra přelije
do zkumavky)
22/53
Úkol 3: Jiné odběrové metody než
odběrovky a nádobky
● nátěr na podložní sklíčko: kapavka, aktinomykóza,
přímo zaslaná tlustá a tenká kapka apod.
● otisk na agar: v kožním lékařství a v epidemiologii
otisky přímo na kultivační půdu, která je pro tento účel
nalita až po okraj Petriho misky; v chirurgii otisk na
filtrační papír, který je pak přiložen na misku s kultivační
půdou
● urikult – zvláštní způsob zasílání moče v soupravě
obsahující kultivační půdy; příliš se neujalo
● rychlé diagnostické soupravy, většinou založené na
přímém průkazu antigenu; jednoduchá manipulace,
dostupná i pro nemikrobiologický personál (při
pochybách o výsledku následuje klasické zaslání vzorku
do laboratoře)
23/53
Otisková metoda u některých ran
● čtvereček filtračního papíru je nanesen na ránu a
přenesen na kultivační půdy
24/53
Uricult
25/53www.mediost.com
Žádanka
● správně vyplněná průvodka je velice důležitá!
● osobní údaje (kvůli pojišťovně, identifikaci, komu poslat
výsledek apod.)
● přesný popis materiálu a požadovaného vyšetření:
– nepsat pouze „výtěr“, když není jasné, odkud je
– ani „stěr z rány“ nestačí (jaká rána, kde
lokalizována)
– katetrizovaná moč × moč z permanentního katetru
– uvést, zda je požadováno speciální vyšetření
(např. anaerobní)
– nepožadovat vyšetření, které nelze provést
nebo nemá smysl (např. kultivační vyšetření u syfilis)
26/53
Žádanka (2)
● skutečnou diagnózu (je-li více, napsat tu, která
souvisí s vyšetřením, popř. všechny; např. (1) diabetes
mellitus, (2) poševní výtok)
● akutní / chronický stav / kontrola po léčbě
● uvést stávající nebo uvažovanou antibiotickou
terapii, případně i alergii na antibiotika
● cestovatelská anamnéza (návrat z tropů, …),
pracovní anamnéza (práce v zemědělství, ...)
● u serologických vyšetření datum prvních příznaků,
první / druhý vzorek
● u gynekologických materiálů fázi menstruačního
cyklu (při menses raději neodebírat)
● mimořádné vzorky dohodnout telefonicky 27/53
Úkol 4a: Vyplnění žádanky
● vyplňte do žádanky jméno a údaje pacienta a
požadované vyšetření dle kartičky
● nezapomeňte vyplnit všechna důležitá pole (pole
popisující pacienta, vzorek, amanmézu apod.)
28/53
Úkol 4b: Nejčastější chyby
v žádance
● pokuste se zjistit, které chyby jsou přítomny
● častou chybou je nedostatečné označení typu
vzorku nebo požadovat vyšetření, které je
nevhodné (například pátrání po protilátkách tam, kde
převažuje buněčná imunita a protilátky nemají
diagnostický význam)
29/53
Úkol 4b: Nejčastější chyby
v žádance
● výsledky:
– výtěr z rány: nedostatečné, nutné přesnější
uvedení typu rány a místa na těle
– tkáň na mikrobiologii: naprosto nedostatečné,
nutno více údajů
– výtěr z rekta na parazitologii: nelze použít výtěr,
nutno poslat kusovou stolici
– kultivace syfilis: treponemata nelze kultivovat
30/53
Rozhodnutí, jak zpracovat materiál
● dáno standardními operačními postupy (SOP)
● pro každý typ vzorku je dáno v SOP, jak má být
vzorek zpracován a jaké metody na něj mají být
aplikovány
● ne vždy je ovšem vše dáno SOP (zvláště ve vzácných
a mimořádných případech je na rozhodnutí zkušeného
laboranta či mikrobiologa, jak vzorek zpracovat)
● v důležitých případech vhodné zatelefonovat do
laboratoře a domluvit se!
31/53
Vlastní zpracování
● zajišťují laboranti, dříve se SŠ vzděláním, nyní s VOŠ
nebo Bc. stupněm
● postupuje se vždy přísně asepticky, aby se omezilo
riziko laboratorní kontaminace
● práce v “biohazard boxu“ dobrou prevencí
profesionálních nákaz
32/53
Vlastní zpracování (2)
● obvyklý postup zpracování bakteriologických
kultivačních vzorků:
– homogenizace, centrifuguace či jiná úprava
– u některých typů vzorků rychlé postupy –
mikroskopie, popř. přímý průkaz antigenu
– téměř vždy je základem kultivace na několika
pevných půdách (KA + Endo + popř. další)
– někdy též pomnožení v tekuté půdě (v případě
výtěrů ze spojivky POUZE tento bod)
● zpracování jiných vzorků (serologie, PCR, mykologie,
parazitologie) je speciální a je dána typem vyšetření a
povahou vzorku
33/53
Zaslání výsledku
● výsledek zaslán poté, co je dokončen
diagnostický proces
● někdy poslán předběžný výsledek („mezivýsledek“) po
ukončení aerobní kultivace s tím, že to, co trvá delší
dobu (kultivace kvasinek, anaerobů apod.) bude
případně zasláno dodatečně
● výsledek už v sobě zahrnuje kus interpretace:
mikrobiolog se vyjadřuje k evidentním kontaminacím,
náhodným nálezům, běžné flóře, komentuje nález v
poznámce
34/53
Interpretace
● definitivní interpretace nálezu v rukou klinika
● mikrobiolog nemá k dispozici také biochemický,
rentgenový či ultrazvukový nález (a především nezná
pacienta)
● konzultace klinika a mikrobiologa je u závažných
případů vhodná (nelze konzultovat každý nález)
35/53
Normální mikroflóra a její význam
● na různých místech lidského těla
● komenzální či saprofytické mikroby, které jsou
hostiteli více či méně prospěšné:
– kolonizací příslušné sliznice brání tomu, aby byla
osídlena patogeny
– podílejí se na stavu mikroprostředí, např. pH
– ve střevě likvidují nestravitelné zbytky
– mohou mít i další pozitivní efekty pro hostitele
(např. tvorba vitamínů střevními bakteriemi)
36/53
Lokalizace normální mikroflóry
● není ve tkáních, v parenchymu orgánů, v krvi,
v mozku ani mozkomíšním moku → každý nalezený
mikrob velmi pravděpodobně patogenem
● mikroflóra není ani v některých dutých orgánech, např.
v jícnu, v plicích, v močovém měchýři (kromě starých
osob) či v děloze
● mikroflóra zejména v dutině ústní a hltanu,
v tlustém (a zčásti i tenkém) střevě, v pochvě a
v menším množství také na kůži
37/53
Mikroflóra v průběhu života
člověka
● plod nemá žádnou běžnou flóru, po narození zvolna
začíná osidlování
● během prvních měsíců a let života se běžná
mikroflóra vyvíjí (zejména střevní v souvislosti se
změnami potravy)
● u žen se mění vaginální mikroflóra v důsledku
hormonů při menarche, dále při začátku pohlavního
života, a pak v menopause
● u starších osob dochází k dalším změnám (např. se
často ustanoví „běžná flóra“ v močovém měchýři, dříve
sterilním)
38/53
Normální osídlení trávicích cest
● rty přechod kožní a ústní flóry
● v ústní dutině (stejně jako v hltanu) ústní streptokoky,
neisserie, nevirulentní kmeny hemofilů aj. (další obvykle
nekultivovatelné); dentální biofilm (složitý
strukturovaný ekosystém)
● jícen a žaludek jsou za normálních okolností bez
většího množství mikrobů
● v tenkém a zejména tlustém střevě zpravidla 1 kg
anaerobů, dále enterobakterie, enterokoky, kvasinky,
někdy i nepatogenní améby
● řiť je opět místem přechodu střeva a kůže
39/53
Normální osídlení dýchacích cest
● nosní dutina nemá specifickou flóru, přechází tam
mikroflóra z kůže (přední část) a hltanu (zadní část)
● v hltanu (stejně jako v ústní dutině) ústní streptokoky,
neisserie, nevirulentní kmeny hemofilů aj. (další obvykle
nekultivovatelné)
● plíce a DCD normálně bez většího množství mikrobů
● na ostatních místech (hrtan) jsou různé přechody (hrtan
– jako v hltanu, ale méně)
40/53
Močové cesty zdravého člověka
● ledviny – normálně bez mikrobů
● pánvičky ledvinné – normálně bez mikrobů
● močovody (uretery) – normálně bez mikrobů
● močový měchýř mladých a středně starých osob –
normálně bez mikrobů
● močový měchýř seniorů – i za normálních okolností
může být osídlen mikroflórou, která nečiní problémy a
stává se „běžnou flórou“
● močová trubice – vnější část může (nemusí) být
osídlena jednak kožní mikroflórou, jednak i specificky
(viridující streptokoky, aerokoky)
41/53
Genitálie zdravého člověka
● za normálních poměrů nejsou mikroby:
– u ženy v děloze, vejcovodech, vaječnících
– u muže v prostatě, chámovodech, varlatech
● specifickou normální flóru má vagina (laktobacily,
příměs různých aerobních i anaerobních mikrobů)
● vulva tvoří přechod vaginální a kožní flóry
● u muže specifický předkožkový vak, vedle kožní a
urethrální flóry i např. nepatogenní mykobakteria apod.
42/53
Normální osídlení kůže
● chudší osídlení než v případě např. úst, pochvy či
tlustého střeva
● mikroby musí snášet vyschnutí a vysoké
koncentrace solí
● normálně se vyskytují:
– koaguláza negativní druhy stafylokoků
– S. aureus – malé množství normální
– korynebakteria a příbuzné G+ tyčinky
– malá množství kvasinek
43/53
Interpretace přímého průkazu
● patogen: mikrob nalezený přímým průkazem může být
patogenem (není jím ale vždy)
● součást běžné flóry: důvod, proč je třeba znát
normální osídlení v různých lokalizacích.
● náhodný nález (= součást transientní běžné flóry);
příklad: malá množství enterobakterií ve výtěru z krku,
zvláště u ambulantních pacientů – normální
● kolonizující mikrob: zejména u výtěrů z ran (mnohé
mikroby ránu jen kolonizují)
● kontaminace během odběru, transportu apod.
44/53
Úkol 5a: Interpretace přímého
průkazu
● pomocí tabulky v prezentaci napište interpretaci pro
třináct nálezů, které jsou napsány na kartičkách
v praktikárně
● používejte termíny “patogen”, “běžná flora”, “náhodný
nález”, “kolonizace”, “kontaminace”
45/53
Úkol 5a: Interpretace přímého
průkazu (přehled běžné flóry)
46/53
Kůže, nos, boltec,
zevní zvukovod, kožní
adnexa
Stafylokoky (i zlaté),
korynebakteria, kvasinky
Hltan a ústní dutina Ústní streptokoky a neisserie
Hemofily, malá množství
pneumokoků, meningokoků,
anaeroby, nepat. treponem.
Tlusté (i tenké) střevo Anaeroby, enterobakterie,
enterokoky, Entamoeba coli
Vagina Laktobacily, malá množství
nejrůznějších mikrobů
Přechody (rty apod.) Směs zástupců obou míst
Úkol 5a: Interpretace přímého
průkazu – výsledky
47/53
Nález Interpretace
Streptococcus pyogenes ve výtěru z krku patogen
Neisseria lactamica ve výtěru z krku běžná flóra
Escherichia coli (významné množství) v
moči
patogen
Escherichia coli ve stolici běžná flóra
Bacillus sp. ve stěru z kůže kontaminace
Staphylococcus epidermidis ve stěru z
kůže
běžná flóra
Staphylococcus epidermidis opakovaně
ve vzorku z krevního řečiště
patogen
Úkol 5a: Interpretace přímého
průkazu – výsledky
48/53
Nález Interpretace
Pseudomonas aeruginosa v ráně, kde
byl zároveň nalezen Streptococcus
pyogenes
kolonizace (streptokoka
léčit celkově,
pseudomonádu jen
lokálně)
Entamoeba histolytica ve stolici patogen
Entamoeba coli ve stolici náhodný nález
Aspergillus sp. v malém množství v
kožní šupině
kontaminace z prostředí
Trichophyton mentagrofytes v kožní
šupině
patogen
Rotavirus ve stolici patogen
Interpretace nepřímého průkazu
● akutní infekce: pozitivitou IgM protilátek,
čtyřnásobným vzestupem titru, nízkoavidními
protilátkami (pozor na zkříženou reaktivitu)
● nemoc v minulosti: zpravidla pouze IgG pozitivita a
nízký, neměnící se titr
● chronická nemoc: někdy obtížná interpretace (u
hepatitidy B je velký rozdíl mezi jednotlivými formami
chronické hepatitidy)
49/53
Úkol 5b: Interpretace nepřímého
průkazu
● interpretujte několik klinických situací na
kartičkách
● pro interpretaci je nutno využít jak klinická data, tak
také laboratorní nálezy
50/53
Klinická situace Výsledky serologie
Těhotná žena bez
problémů
Toxoplasma IgG +, IgM –, KFR pozitivní, titr
1:10 opakovaně
Senior s příznaky
toxoplasmové
retinitidy
Toxoplasma IgG –, IgM –, KFR negativní
Pacient se
žloutenkou
VHA a VHC kompletně negativní, HBsAg,
HBeAg a anti-HBc igM pozitivní
Jiný pacient se
žloutenkou
VHA kompletně negativní, anti-HBs, anti-HBe
a anti-HCV IgM pozivitní
Pacient s
erythema migrans
Protilátky proti borreliím kompletně negativní
Úkol 5b: Interpretace nepřímého
průkazu (klinické situace)
51/53
Klinická situace Výsledky serologie Interpretace
Těhotná žena bez
problémů
Toxoplasma IgG +, IgM –, KFR
pozitivní, titr 1:10 opakovaně
Není nyní nakažena, zřejmě
infekce dříve, má výhodu,
protože je chráněna
Senior s příznaky
toxoplasmové
retinitidy
Toxoplasma IgG –, IgM –, KFR
negativní
Vzhledem k příznakům nelze
infekci vyloučit. Je nutné
další vyšetřování
Pacient se
žloutenkou
VHA a VHC kompletně
negativní, HBsAg, HBeAg a
anti-HBc igM pozitivní
Akutní hepatitida B
Jiný pacient se
žloutenkou
VHA kompletně negativní,
anti-HBs, anti-HBe a antiHCV
IgM pozivitní
Akutní hepatitida C;
hepatitida B v minulosti
Pacient s
erythema migrans
Protilátky proti borreliím
kompletně negativní
Nutná léčba, možná příliš
čerstvá infekce
Úkol 5b: Interpretace nepřímého
průkazu (interpretace)
52/53
Po tomto cvičení byste měli umět:
● popsat rozhodovací procesy, možnosti odběru vzorku,
transport do laboratoře
● správně vyplnit žádanku a být si vědomi nejčastějších
chyb při jejím vyplňování
● hovořit o normální mikroflóře lidského těla a na základě
těchto informací být schopni posoudit, zda výsledek
testování je patogen, normální součást mikroflóry,
kolonizace, kontaminace apod.
● interpretovat výsledky přímého i nepřímého průkazu v v
klinickém kontextu
53/53