C2115 Praktický úvod do superpočítání -1-organizace
C2115
Praktický úvod do
superpočítání
Petr Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta,
Masarykova univerzita, Kamenice 5, CZ-62500 Brno
organizace
C2115 Praktický úvod do superpočítání -2-organizace
Obsah
➢ Organizace výuky
harmonogram, bloková výuka, zakončení předmětu
➢ Klastr WOLF
struktura, pravidla používání, správci, učebna 1.18
➢ Prerekvizity
účty
C2115 Praktický úvod do superpočítání -3-organizace
Organizace výuky
C2115 Praktický úvod do superpočítání -4-organizace
Harmonogram semestru
cca 10 hodin na den během
5-ti denní blokové výuky :-)
Zakončení: kolokvium (2 kredity)
Celkový počet odpřednášených hodin: 13 x 2 hodiny = 26 hodin
Celková hodinová zátěž předmětu:
1 ECTS kredit -> 26 hodin studijní zátěže
2 kredity -> 2x 26 hodin = 52 hodin studijní zátěže
Samostudium.
Výuka: 17. září 2018 - 17. prosince 2017
Zkouškové období: 2. ledna 2019 - 12. února 2019
C2115 Praktický úvod do superpočítání -5-organizace
Bloková výuka
Pondělí – Čtvrtek: výuka
začátek v 9:00, konec v 16:00
oběd a přestávky dle probírané látky
Úterý: 9:00-12:00 exkurze MetaCentrum, CERIT-SC,
Botanická 68a
výuka od 12:30
Pátek: výuka
začátek v 9:00, konec v 10:00
závěrečný test: začátek v 10:00
Zakončení:
- finální test (1 hodina, 50 otázek) 50 bodů
- souhrnný protokol z dílčích cvičení
=======================================================
Celkem: 50 bodů
Uspěl: >= 30 bodů
C2115 Praktický úvod do superpočítání -6-organizace
Protokol - náležitosti
➢ uveďte celé vaše jméno a datum vypracování
➢ protokol bude obsažen v jednom souboru
➢ číslujte strany
➢ uvádějte zadání úkolu (může být zestručněno) včetně jeho čísla (viz níže) a poté vaše
řešení; uvádějte pouze relevantní informace tak, aby bylo možné vámi prezentovaný
výsledek reprodukovat
➢ grafy budou správně popsány, tj. bude uvedena legenda os, popis datových řad, v
případě proložení křivkou budou naměřené či vypočítané datové body zvýrazněny
křížkem; doporučuji grafy skriptovat v gnuplotu
➢ pokud má veličina jednotku, tak ji vždy uveďte; mezi hodnotou a jednotkou se uvádí
mezera, kromě úhlových jednotek (stupeň, minuta, sekunda), kde se mezera neuvádí
➢ pokud výsledkem cvičení není kvantitativní výsledek, tak stručně popište, co jste
provedli
➢ protokol odevzdejte v pdf formátu do pátku 1. února 2019 10:00 do Odevzdávárny
"Protokoly"; název souboru bude PříjmeníJménoC2115.pdf
L.C.U
číslo lekce
číslo cvičení číslo úkolu
Číslování úkolů:
C2115 Praktický úvod do superpočítání -7-organizace
Týmová práce
Teamwork is essential. It allows you to
blame someone else.
Týmová práce je povolena, ale …
C2115 Praktický úvod do superpočítání -8-organizace
Klastr WOLF
C2115 Praktický úvod do superpočítání -9-organizace
Struktura klastru WOLF
wolf wolf03 wolf23wolf02 wolfsr
univerzitní
síť
pracovní stanice (výpočetní uzly)server
Operační systém: Ubuntu 18.04 (Bionic) LTS
(http://www.ubuntu.com/)
0.18 1.18 2.11
wolf32 wolf40wolf31wolf30
0.18
wolf01
switch
výpočetní uzly
Všechny uzly jsou přístupné přímo z veřejné sítě.
Doména: ncbr.muni.cz
Místnosti:
0.18 Serverovna A4/UKB
1.18 Počítačová učebna A4/UKB
2.11 Seminární místnost A4/UKB
C2115 Praktický úvod do superpočítání -10-organizace
Pravidla používání
Klastr WOLF je určen výhradně pro účely výuky či pro vědeckou práci v rámci
Národního centra pro výzkum biomolekul.
Závazná jsou pravidla užívání počítačové sítě Masarykovy univerzity:
https://is.muni.cz/auth/do/mu/Uredni_deska/Predpisy_MU/Masarykova_univerzita/Smernice_MU/SM10-17/
Klastr WOLF je vysloveně zakázáno používat pro:
➢ stahování nelegálního obsahu (autorsky chráněná díla apod.)
➢ rozesílání virů, spamů, nevyžádané pošty a podobných materiálů
➢ prolomení ochrany jiných počítačů
➢ čtení, mazaní či změnu nechráněného obsahu souborů jiných uživatelů
Přihlašovací jméno a heslo tvoří identitu uživatele a proto ji zásadně
nesdělujeme třetím osobám, neukládáme či zasíláme (např. e-mailem) v
nešifrované formě!
C2115 Praktický úvod do superpočítání -11-organizace
Správci klastru
Než kontaktujete správce, konzultujte svůj problém s vaším kolegou, vyučujícím nebo
školitelem. Pokud problém nevyřešíte, oznamte problém správcům e-mailem na
support@lcc.ncbr.muni.cz
Ve zprávě uveďte
➢ Popis problému, název příkazu
➢ Jméno uživatele, stroje
➢ Kopie chybového výstupu (celý od zadání příkazu)
C2115 Praktický úvod do superpočítání -12-organizace
Učebna 1.18
➢Učebna s 23 PC
➢3D vizualizace
➢Uspořádaní do
výpočetního klastru
Učebna je volně přístupná studentům, kteří studují v NCBR a dále studentům,
kterým v daném semestru v učebně probíhá výuka.
Bezpečnost práce!
C2115 Praktický úvod do superpočítání -13-organizace
Prerekvizity
C2115 Praktický úvod do superpočítání -14-organizace
Prerekvizity
➢ Přístup do pavilonu A4 a přes přepážku (ISIC)
➢ Studijní materiály – IS MUNI a nebo v
/home/kulhanek/Documents/C2110/Presentations
/home/kulhanek/Documents/C2115/Presentations
C2115 Praktický úvod do superpočítání -15-organizace
Prerekvizity - účty
➢ Kdo nemá účet v MetaCentru – ihned podá přihlášku!
➢ Účet na klastru WOLF
https://wolf.ncbr.muni.cz
▪ založení účtu
▪ reset hesla, prodlužování platnosti účtu
▪ obsazení učebny
▪ dokumentace
➢ Účet ve virtuální organizaci MetaCentrum
http://metavo.metacentrum.cz
▪ přihláška
▪ správa účtu
▪ přehled výpočetních zdrojů a datových úložišť
▪ dokumentace