Úloha 2 10. října 2018
Výběr excitačních laserů a emisního filtru
Přijeli jste na výzkumný pobyt do významné zahraniční laboratoře. Její vedoucí Vás
provedl po laboratořích a ukázal mimo jiné scanner pro fluorescenční snímání gelů.
Po úvodním pohovoru Vás nový vedoucí vyzval, abyste sepsali seznam vybavení,
které budete pro svůj výzkum potřebovat.
Protože budete používat fluorofor A, potřebujete zjistit, zda je možné na stávajícím
scanneru excitovat a selektivně detekovat fluorescenční emisi Vašeho fluoroforu.
Excitační vlnové délky instalovaných laserů jsou 473 nm, 532 nm, 635 nm.
Instalované „long-pass“ emisní filtry jsou 510 LP, 575 LP, 665 LP.
1) Jaký stávající laser byste použili pro excitaci Vašeho fluoroforu?
2) Laser o jaké vlnové délce emitovaného záření byste případně dokoupili pro
dosažení maximální intenzity fluorescence a tedy i citlivosti pro daný fluorofor?
Vyberte prosím dostupný laser z nabídky Light sources aplikace SpectraViewer.
3) Který nainstalovaný emisní filtr „long-pass“ by byl použitelný pro detekci
fluorescence daného fluoroforu?
4) Jaký “band-pass“ filtr s šířkou pásu 20 nm byste objednali, aby byla detekce
Vašeho fluoroforu optimální. Napište hodnotu střední vlnové délky lomenou
šířkou pásma (např. 530/20).
Pro zjištění spektrálních charakteristik fluoroforu a navrhování “band-pass“ filtru
použijte aplikaci SpectraViewer
https://www.thermofisher.com/cz/en/home/life-science/cell-analysis/labeling-
chemistry/fluorescence-spectraviewer.html
Fluorofor A naleznete níže v tabulce u svého jména.
Vaše odpovědi mi prosím zašlete emailem do 48 hodin.
Správná odpověď = 0.5 bodu.
A
1 Patrik Čech Fluorescein (FITC)
2 Veronika Fedorová ROX (carboxy X rhodamine)
3 Pavel Hannig Acridine Orange
4 Michal Hejda GFP (emerald GFP)
5 Alena Hofrová Lucifer Yellow
6 Petr Kohutek Ethidium Homodimer
7 Marek Korsák Pacific Green
8 Petra Kováčiková JOE
9 Michal Kramárek Alexa Fluor 488
10 Alžbeta Kusová Cy3
11 Adéla Machelová Oregon Green 514
12 Andrea Martišová Cy5
13 David Novák SYBR Green
14 Kristýna Pernicová RFP (TagRFP)
15 Veronika Rájecká TOTO-3
16 Natália Varhaníková Alexa Fluor 594
17 Michal Vašina BOBO-1