Enzymová kinetika: rovnice MM Tato pomůcka slouží k procvičování postupů při vyhodnocování kinetických dat pro enzym řídící se jednoduchou kinetikou Michaelise a Mentenové. "1) V listu ""data"" vyberte podle zadání učitele enzym ze seznamu (1-20). Pak posuvníkem nastavujte " počáteční koncentrace substrátu a v grafu se vám vždy zobrazí výsledek simulovaného experimentu. Počáteční rychlost reakce je rovna směrnici tečny časové závislosti koncentrace substrátu pro t=0. Tuto hodnotu "najdete v zobrazené rovnici tečny. Takto generujte 10 dvojic počáteční koncentrace substrátu, počáteční rychlost." 2) Určete kinetické parametry KM a vlim lineární regresí ze směrnic a úseků přímek lineárních výnosů " (list ""lin_reg_MM""). Zhodnoťte, jak se na výsledcích projeví náhodná chyba při měření rychlosti." "3) Pro tatáž data určete KM a vlim početní variantou přímého lineárního výnosu (""primy_lin"")." "4) Pro tatáž data určete KM a vlim nelineární regresí pomocí Řešitele (""nelin_reg_MM""). Pro případ dat" zatížených experimentální chybou je ilustrován výpočet standardních chyb parametrů. 5) Rovněž vyhodnoťe jednu časovou závislost S na t použitím integrované rovnice MM. Potřebná data "(časy, koncentrace S) lze pomocí kurzoru odečíst přímo z grafu v listu ""data""." © Igor Kučera 2016 ##### Sheet/List 2 ##### Zvolte enzym 1 Posuvnikem volte počáteční koncentrace substrátu [S]0 = 0.1 Rovnice tečny S = -0.462422583 t + 0.099975398 0 0.1 0 0 0.1 1 0.099 0.002110067 0.216252414 0 2 0.098 0.004240541 3 0.097 0.006391841 4 0.096 0.008564399 5 0.095 0.010758659 6 0.094 0.012975081 7 0.093 0.015214139 8 0.092 0.017476322 9 0.091 0.019762136 10 0.09 0.022072103 11 0.089 0.024406763 12 0.088 0.026766674 13 0.087 0.029152413 14 0.086 0.031564578 15 0.085 0.034003786 16 0.084 0.036470677 17 0.083 0.038965916 18 0.082 0.041490188 19 0.081 0.044044206 20 0.08 0.04662871 21 0.079 0.049244467 22 0.078 0.051892272 23 0.077 0.054572953 24 0.076 0.057287369 25 0.075 0.060036414 26 0.074 0.062821019 27 0.073 0.065642149 28 0.072 0.068500813 29 0.071 0.071398062 30 0.07 0.074334989 31 0.069 0.077312736 32 0.068 0.080332496 33 0.067 0.083395513 34 0.066 0.086503089 35 0.065 0.089656583 36 0.064 0.092857421 37 0.063 0.096107092 38 0.062 0.09940716 39 0.061 0.102759264 40 0.06 0.106165125 41 0.059 0.109626548 42 0.058 0.113145435 43 0.057 0.116723784 44 0.056 0.120363699 45 0.055 0.1240674 46 0.054 0.127837228 47 0.053 0.131675654 48 0.052 0.135585293 49 0.051 0.139568911 50 0.05 0.143629436 51 0.049 0.147769978 52 0.048 0.151993835 53 0.047 0.156304517 54 0.046 0.160705758 55 0.045 0.165201539 56 0.044 0.16979611 57 0.043 0.174494014 58 0.042 0.179300114 59 0.041 0.184219624 60 0.04 0.189258146 61 0.039 0.194421708 62 0.038 0.199716805 63 0.037 0.205150455 64 0.036 0.21073025 65 0.035 0.216464425 66 0.034 0.222361932 67 0.033 0.228432525 68 0.032 0.234686857 69 0.031 0.241136596 70 0.03 0.247794561 71 0.029 0.254674871 72 0.028 0.261793135 73 0.027 0.269166664 74 0.026 0.27681473 75 0.025 0.284758872 76 0.024 0.293023271 77 0.023 0.301635194 78 0.022 0.310625547 79 0.021 0.32002955 80 0.02 0.329887582 81 0.019 0.340246241 82 0.018 0.351159686 83 0.017 0.362691368 84 0.016 0.374916293 85 0.015 0.387923997 86 0.014 0.401822571 87 0.013 0.416744166 88 0.012 0.432852707 89 0.011 0.450354983 90 0.01 0.469517019 91 0.009 0.490689122 92 0.008 0.514345729 93 0.007 0.541152007 94 0.006 0.572082143 95 0.005 0.608646455 96 0.004 0.653375165 97 0.003 0.711011579 98 0.002 0.792204601 99 0.001 0.930934037 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 ##### Sheet/List 3 ##### [S] v s chybou 1/[S] 1/v v/[S] [S]/v 0.2 0.884 0.884 5 1.131221719 4.42 0.226244344 0.5 1.951 1.951 2 0.512557663 3.902 0.256278831 1 3.265 3.265 1 0.306278714 3.265 0.306278714 2 4.923 4.923 0.5 0.203128174 2.4615 0.406256348 2.5 5.48 5.48 0.4 0.182481752 2.192 0.45620438 3 5.926 5.926 0.333333333 0.168747891 1.975333333 0.506243672 4 6.598 6.598 0.25 0.151561079 1.6495 0.606244316 6 7.442 7.442 0.166666667 0.134372481 1.240333333 0.806234883 8 7.95 7.95 0.125 0.125786164 0.99375 1.006289308 13 8.584 8.584 0.076923077 0.116495806 0.660307692 1.51444548 Směrodatná odchylka 0 % přepočítání listu = F9 ##### Sheet/List 4 ##### [S] v Kij = (vj-vi) / ((vi/[S]i)-(vj/[S]j)) Vij = ([S]i-[S]j)/(([S]i/vi)-([S]j/vj)) 0.2 0.89423485 0.5 1.897961673 1.486450175 7.540412594 1 3.352477467 3.280030018 2.197416366 14.3487042 10.71926632 2 4.819357857 1.555878938 2.107417816 1.904017422 8.568526547 9.897558161 9.407428517 2.5 6.286783178 -13.97090972 3.502543704 3.425528405 2.756276965 -28.8460489 15.09467631 14.90100492 13.21802944 3 6.381650567 0.244821333 5.53098225 2.472268406 2.686924824 2.341090214 6.902438633 18.14724924 11.64070159 12.09732234 11.36165713 4 6.27782738 -0.186143117 -0.009474464 1.735814319 1.640670823 1.967182396 1.855312485 5.98568379 6.262957617 9.002113043 8.852789433 9.365235256 9.189660259 6 7.22565595 2.595504563 0.914473957 0.716457619 1.996260355 1.802986604 2.055717291 1.938052734 10.35135978 8.326934982 8.08846866 9.629704369 9.396949431 9.701306929 9.559606329 8 9.199987099 36.37469213 6.966505662 2.884039367 2.134661207 3.477571575 2.654967162 2.759725064 2.500846867 51.03082439 17.21145738 12.51662772 11.65484404 13.1991888 12.25319505 12.37366647 12.07595696 13 7.506404476 -2.95779587 0.447864608 1.238433647 0.7257408 0.629547745 1.466517813 1.496877331 1.742560053 1.698145787 5.798526618 7.765008545 8.221495543 7.925458629 7.869915246 8.353194928 8.370724992 8.512586059 8.486940564 KM = 1.938052734 Vlim = 9.407428517 ##### Sheet/List 5 ##### Kinetické parametry vlim = 9.578498076 Výpočet standardní chyby kinetických parametrů KM = 1.716872876 SS= 3.542343787 DF= 8 Experimentální hodnoty 10 dvojic [S] v exper v vypoct dv/dvlim dv/dKM F FT FT*F (FT*F)^-1 0.2 0.89423485 0.99938793 0.104336601 -0.521363697 0.104334733 -0.521347844 0.104334733 0.225539438 0.368065573 0.538081771 0.592851559 0.636009971 0.699679017 0.777513563 0.823307236 0.883337772 3.794938179 -5.864339786 1.202829735 0.607854356 0.5 1.897961673 2.160362504 0.225542928 -0.974508971 0.225539438 -0.974484059 -0.521347844 -0.974484059 -1.297627833 -1.386648287 -1.346640529 -1.291535506 -1.172296491 -0.965082529 -0.811584296 -0.574923429 -5.864339786 11.60442827 0.607854356 0.393355397 1 3.352477467 3.525559904 0.368070221 -1.297653613 0.368065573 -1.297627833 2 4.819357857 5.154062781 0.538086738 -1.386666414 0.538081771 -1.386648287 SE (vlim) = 0.729797612 2.5 6.286783178 5.678673722 0.592856383 -1.346655185 0.592851559 -1.346640529 SE(KM)= 0.417342792 3 6.381650567 6.092064591 0.636014597 -1.291547335 0.636009971 -1.291535506 4 6.27782738 6.701914339 0.699683216 -1.172304245 0.699679017 -1.172296491 6 7.22565595 7.447445277 0.77751702 -0.965085909 0.777513563 -0.965082529 8 9.199987099 7.886074624 0.823310143 -0.811585654 0.823307236 -0.811584296 13 7.506404476 8.461068872 0.883339831 -0.574923011 0.883337772 -0.574923429 ##### Sheet/List 6 ##### Lineární regrese [S]0 = 10 t [S] ([S]0 - [S])/t (1/t)*ln([S]0/[S]) 0.12 9 8.333333333 0.878004297 0.17 8.6 8.235294118 0.887193469 0.36 7.1 8.055555556 0.951361969 0.5 6 8 1.021651248 0.57 5.5 7.894736842 1.048836843 0.65 4.9 7.846153846 1.097461366 0.84 3.6 7.619047619 1.216251485 1.2 1.6 7 1.52715122 1.36 1 6.617647059 1.693077274 1.6 0.4 6 2.011797391 Nelineární regrese [S]0 = 10 vlim = 10.0461932 KM = 2.012151693 SS= 3.58091E-05 t [S] t vypoct 0.12 9 0.120642846 0.17 8.6 0.16956458 0.36 7.1 0.357263929 0.5 6 0.500474015 0.57 5.5 0.567671617 0.65 4.9 0.650531804 0.84 3.6 0.841683723 1.2 1.6 1.203185292 1.36 1 1.357046418 1.6 0.4 1.600294373