Práce s vědeckou literaturou Jiří Novák 2018 Obsah semináře •Vymezení pojmu odborná literatura •Struktura vědecké publikace •Používání specializovaných databází •Seznámení s nástroji pro správu literárních zdrojů •Tipy pro psaní studentských prací • Zdroje informací pro psaní vědecké práce •Poznání založené na výsledcích předchozího výzkumu •Kde je získat? •Jak ověřit jejich věrohodnost? •Slepá důvěra čemukoli? •Přeměřit si to sám? •Vědecká literatura! Služba vědecké komunitě • Vědecké časopisy •Obrovské množství časopisů (12 300 WoS) •Některé velmi široce zaměřené (Nature, Science) •Jiné velmi specifické (Journal of housing and the built environment, Journal of Experimental Marine Biology) •Členěny do ročníků – svazků (volume) a čísel (issue) •Každé číslo obsahuje řadu článků od autorů studií •Články procházejí recenzním řízením • • Otázka č. 1 •Kolik vědeckých článků je ve svazku 86 časopisu Water Research? • Proces publikace článku 1.Výzkumná část 2.Výběr časopisu (zaměření, prestiž (impact factor),…) 3.Sepsání studie ve formátu požadovaném časopisem – revize všemi autory ( a dalšími pomocníky) 4.Poslání do časopisu 5.Editor časopisu zhodnotí vhodnost tématu pro časopis 6.Rozešle „manuskript“ recenzentům z oboru článku tzv. „peer-review“ 7.Recenzenti článek kriticky zhodnotí (design studie, popis metod, popis výsledků, diskuse, kvalita textu…) 8.Blind review (double blind review) – umožnění kritického zhodnocení práce 9.Článek je přijat (po zapracování změn) nebo taky ne… •Je to docela dost práce… Cena publikace •Většinou platí za časopis čtenáři (předplatné časopisu či databáze) tj. přečtou si jej jen platící … •Některé časopisy chtějí poplatek od autora (např. za barevné obrázky) • •Open access – naopak vše platí autorský kolektiv článku. Publikace je zdarma dostupná všem (až tisíce dolarů) •Predátorské časopisy - jsou založeny primárně k vybírání autorských poplatků a vytváření zisku •Spamují potenciální autory a slibují rychlou a bezproblémovou publikaci •Tváří se jako vědecká literatura ale opublikují cokoli – doslova • Populárněvědecké časopisy •Články psané odbornými novináři o výzkumu jiných vědců •Mohou být velmi hodnotné (mají často nadhled) a výborně napsané •Neprocházejí recenzním řízením • Otázka č. 2 •Kdo je autorem výzkumných publikací do vědeckých (recenzovaných) časopisů? 1.Odborní novináři 2.Editoři časopisu 3.Vědci provádějící samotný popisovaný výzkum 4.Vědci zkoumající stejný vědecký obor, jako ti, co vypracovali popisovaný výzkum • Hlavní druhy odborné literatury •Vědecké časopisy (primární zdroj) •Odborný článek – přináší nové poznatky – primární zdroj •Review – přehledový článek - shrnuje co bylo k danému tématu napsáno – (sekundární zdroj) •Odborné knihy (sekundární zdroj) •Učebnice •Populárně vědecké časopisy (Vesmír, New Scientist) •Online časopisy a knihy – opatrně! •Webové stránky – opatrně! Např. Wikipedia není odborná literatura •Noviny http://technet.idnes.cz/cervene-vino-c94-/veda.aspx?c=A161017_054925_veda_pka (access date 25.10.2016) Členění odborného článku • •Název •Seznam autorů+afiliace •Abstrakt – shrnutí klíčových bodů článku •(Grafický abstrakt) •Úvod – seznámení s problematikou •Materiál a metody – podrobný popis použitých metod •Výsledky – popis výsledků (grafy, tabulky, schémata) •Diskuse – porovnání výsledků s daty z literatury – nejdůležitější část článku •Seznam použité literatury • https://goo.gl/PTgV3z Úsporné čtení literatury •obvykle přes 10 stran textu •nutno rychle zjistit, má-li cenu článek číst • - 5-10 minut na přečtení nadpisu, abstraktu, klíčových slov, •obrázky a tabulky s příslušnými popiskami • - podrobné čtení celého článku – výsledky, diskuse, úvod •Necitovat informace jen podle abstraktu!!! •využití fultextového vyhledávání v Mendeley • •Můžou pomoct výpisky na papír/excelová tabulka •Poznámky a zvýraznění raději přímo v el. správci literatury • Úkol č. 3 •Práce s článkem Neale et al. 2015 1.Co je cílem článku? 2.Co je podle autorů hlavním přínosem článku? 3.Kde pracuje Beate I. Escher? 4.Kdo je korespondující autor? 5.Co je a jak funguje metoda LVSPE? 6.Která látka vysvětlila nejvíc z aktivace AhR? 7.Co autoři shledávají jako hlavní limitaci studie? • https://goo.gl/PTgV3z • Kde najít vědeckou literaturu? •Google (strojový výběr) •https://scholar.google.cz/ (strojový výběr z výsledků googlu; prohledává fulltexty) •specializované databáze: human-currated, komerční a drahé •MUNI je má předplacené: •Scopus •Web of Science •PubMed- lékařské vědy •ScienceDirect – jen publikace nakladatelství Elsevier • • https://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1808/1808.05053.pdf access date 5.11.2018 Jak se k nim dostat? •https://ezdroje.muni.cz/ •-seznam předplacených zdrojů na univerzitě •-návod na vzdálený přístup (VPN) • •Vyhledávácí parametry •Klíčová slova – slova vyskytující se v nadpise, mezi klíčovými slovy článku (Keywords), resp. v abstraktu •Autoři • • Booleho operátory – a, nebo, ne (AND, OR, NOT) Drosophila AND sex AND chromosome Sex AND chromosome NOT Drosophila Yeast AND ccl1 OR ccl2 flower* = flower, flowering, flowered Proximity operators – W/n , PRE/n (Scopus) NEAR/n (Wos) Závorky (cadmium AND gill*) NOT Pisces (salmon OR pike) NEAR/10 virus Web of Science •W/n, PRE/n Úkol č. 4 •Práce s WOS 1.Zjistěte kolik článků publikoval doc. Vrana? 2.Kolik článků publikoval doc. Vrana spolu se mnou? 3.Jaké jaderné receptory (nuclear receptors) se vyskytují v organizmu Danio rerio (danio pruhované) 4.Kolik publikací bylo v roce 2015 zaměřeno na polybromované difenylethery v prostředí? 5.Kolik z nich se netýkalo prachu? 6. 6.Bonus- kolik článků jsem publikoval já ;-) • PBDR v # 63 a ne v prachu 54 ... a co plné texty článků? •Fulltexty přímo na webu vydavatele (např. Sciencedirect.com (nakladatelství Elsevier)) •google (vložit část abstraktu) •Sociální vědecké sítě (ResearchGate) •napsat autorovi •ofotit v knihovně L • •sci-hub.io Úkol č. 5 •Fultext 1.Najděte fultext publikace: Altenburger, R., Scholze, M., Busch, W., Escher, B.I., Jakobs, G., Krauss, M., Krüger, J., Neale, P.A., Ait-Aissa, S., Almeida, A.C., Seiler, T.-B., Brion, F., Hilscherová, K., Hollert, H., Novák, J., Schlichting, R., Serra, H., Shao, Y., Tindall, A., Tolefsen, K.-E., Umbuzeiro, G., Williams, T.D., Kortenkamp, A., 2018. Mixture effects in samples of multiple contaminants – An inter-laboratory study with manifold bioassays. Environ. Int. 114, 95–106. https://doi.org/10.1016/j.envint.2018.02.013 2. 2.Vörösmarty, C.J., McIntyre, P.B., Gessner, M.O., Dudgeon, D., Prusevich, a, Green, P., Glidden, S., Bunn, S.E., Sullivan, C. a, Liermann, C.R., Davies, P.M., 2010. Global threats to human water security and river biodiversity. Nature 467, 555–561. https://doi.org/10.1038/nature09549 3. PBDR v # 63 a ne v prachu 54 Co s tím vším? • http://theladykillers.typepad.com/.a/6a00d83451f4a069e201538f64d522970b-320wi http://clevelandcounty.com/cchd/wp-content/uploads/2010/05/trash-bin.jpg Aplikace pro správu literárních zdrojů • •Endnote web – zdarma •Endnote – placený •Bibtex tools •Zotero •Mendeley • •Sbírání zdrojů •Třídění literatury •Práce s fulltextem •Vkládání citací do textu •Formátování seznamu referencí • •Cloudové úložiště •Sdílení se spoluautory •Vědecká sociální síť Příklad diplomové práce •Brózman 2015 Úkol č. 6 •Práce s textem 1.Otevřete Text1.docx 2.Vyměňte první a poslední odstavec a přečíslujte citace 3.Vložte citaci práce: https://doi.org/10.1038/nature09549 4. PBDR v # 63 a ne v prachu 54 Doporučený nástroj: Mendeley.com •Porovnání s jinými nástroji: https://libguides.bodleian.ox.ac.uk/c.php?g=423116&p=3851803 •Návod: http://libguides.wustl.edu/mendeley •Hlavní přednosti: •Free •Fultextové vyhledávání v článcích •Poznámky přímo ve fultextu článku •Cloudová záloha •Nástroje pro spolupráci • https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcSzMVtHvep_-oHQ2rCHVIn-GZa3x7MmDaX7FBHfwxqmDR1 PGToHHRVdETI Mendeley.com •Instalace a nastavení (propojení s textovým procesorem; plug-in do prohlížeče) •Import citací •Vytvoření bibliografie •Organizace prací •Sdílení a spolupráce •Práce s fultexty článků • https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcSzMVtHvep_-oHQ2rCHVIn-GZa3x7MmDaX7FBHfwxqmDR1 PGToHHRVdETI Citace v textu •Prakticky každý poznatek, který není váš nebo to není obecná znalost, si žádá citaci •1. citace dává kredit autoru myšlenky (citovat ideálně primární zdroj) •2. vy se chráníte, pokud je informace špatně •3. poskytujete čtenáři odkazy na literaturu ke studiu, pokud ho myšlenka zaujme •Není nutné opakovat stejnou citaci za každou větou – stačí na začátku (nebo konci) odstavce • Literární zdroje Sekundární zdroje – shrnuté znalosti v knihách, přehledech (reviews), v databázích, učebnicích, diplomových a disertačních pracích – tyto zdroje se necitují samostatně nejlepší postup: ocitovat primární i sekundární zdroj Primární zdroje – původní vědecké práce (z ověřeného zdroje) Tipy jak psát dobrý text: •„přesýpací hodiny“ tj. od širokého záběru k úzkému (hypotéza, metodika) a zase zpět (diskuse a závěr) •Sled myšlenek –text musí navazovat v logickém sledu •„Dobrý text je jako med, nebo řetěz“ •Řazení myšlenek v logickém (a očekávaném) pořadí •Použití přechodových výrazů k propojení různých myšlenek •Opakování klíčových slov, výrazů, zkratek •Využívání schématu „téma-réma“ •Téma (východisko, angl. topic) je kontextově zapojené a vyjadřuje skutečnosti, které jsou známé (např. z předchozího textu). •Réma (jádro výpovědi, ohnisko, angl. comment, focus) vyjadřuje nové skutečnosti, kontextově nezapojeno. Réma poznáme podle toho, že je možné se na něj zeptat. • • • •http://www.recetox-education.cz/index.php?vyuka=studentske-prace Téma-réma Úkol č. 7 •Práce s WOS a Mendeley 1.Stáhněte si 5 citací z WoS do Mendeley (pokud možno z vašeho oboru) 2.Napište krátký odstaveček a ocitujte jednotlivá tvrzení (citace nemusí být správně zvolené) 3.Vygenerujte seznam citací s citačním stylem „Chemosphere“ 4. • PBDR v # 63 a ne v prachu 54 Časté chyby ve studentských pracích •Abstrakt psaný jako anotace – abstrakt má být správně výcuc celé práce tj. má stejnou strukturu (úvod, hypotéza, metoda, výsledky, závěr) •Seznam zkratek – musí obsahovat všechny zkratky, zkratku nadefinovat při prvním výskytu v textu a dále používat jen zkratku •Popisky obrázků musí být samovysvětlující •Diskuse – nejdůležitější část práce- zapojení získaných výsledků do kontextu výzkumu dalších vědců, vyvozování obecných závěrů, formulace otázek pro navazující výzkum •Chybějící či špatně naformátované citace (pozor na webové stránky! Citace musí obsahovat datum stažení) •Konzistence • • • •http://www.recetox-education.cz/index.php?vyuka=studentske-prace