Vysvětlivky
a) Popis drah nad jamkami
b) Popis markeru – velikosti fragmentů
c) Popis proužků – jednotlivé konformace
Neštěpená pDNA je v různých konformacích: dimery,
otevřená kružnicová a kovalentně uzavřená kružnicová
DNA
Štěpená pDNA má jen jednu konformaci: je lineární
Reziduum RNA
d) Jeden výřez elektroforetogramu bez úprav
e) Marker a vzorky na jednom výřezu
Fragment DNA – úsek DNA vzniklý odštěpením
z původní molekuly. Nevzniká nová DNA, ale ta
původní se fragmentuje, tzn. štěpí na více částí.
Pokud se kružnicová DNA rozštěpí v jednom místě,
vzniká linearizovaná molekula o stejné velikosti jako
původní, tzn. není to fragment, ale odlišná
konformace. Pokud by ke štěpení došlo ve dvou a více
místech, tak vzniknou fragmenty.
Vysvětlivky
a) Staphylococcus aureus – píše se kurzívou, neskloňuje se
b) Popis drah nad jamkami
c) Popis velikostního markeru
d) Popis amplikonů
Amplikony nejsou fragmenty, vznikly syntézou nových molekul DNA
při PCR. Primery nasedají na detekované oblasti sekvence DNA a
ohraničují tak vznikající produkt. Primery pro rpoB ohraničují oblast
v genu pro 16S rRNA o velikosti cca 500 bp, primery pro mecA
ohraničují oblast v genu pro rezistenci k meticilinu o velikosti cca 300
bp. Primery nasedají jen v případě, že je komplementární sekvence
v DNA přítomna. Na gelu pak vidíme amplikon tvořený identickými
molekulami stejné velikosti, které byly nasyntetizovány podle
templátové DNA. Pokud je amplikon přítomen, znamená to, že DNA
obsahuje příslušnou sekvenci (gen), pokud amplikon přítomen není,
tak DNA příslušný gen neobsahuje. Abychom vyloučili chyby provádí
se negativní a pozitivní kontrola.
e) Zkratky genů se píší malými písmeny a kurzívou (zkratky
proteinů s velkým počátečním písmenem a bez kurzívy)