Protein-Protein Interactions and Assays, Munazza Ijaz, Mahmood-ur-Rahman Ansari and Muhammad Iqbal, DOI: 10.5772/intechopen.77337 Výhody Nevýhody - Všechny vazebné parametry po 1 měření - Žádné značení -Větší objemy -Pomalé měření Metody pro studium protein-proteinových a protein-ligandových interakcí, Ďurech M., Trčka F., Vojtěšek B., Müller P,, Klin Onkol 2014; 27 (Suppl 1): S75–S81 Obsah obrázku pták, květina Popis vygenerovaný s velmi vysokou mírou spolehlivosti Metody pro studium protein-proteinových a protein-ligandových interakcí, Ďurech M., Trčka F., Vojtěšek B., Müller P,, Klin Onkol 2014; 27 (Suppl 1): S75–S81 Obsah obrázku objekt, hřeben, hodiny Popis vygenerovaný s velmi vysokou mírou spolehlivosti Obsah obrázku text, mapa Popis vygenerovaný s velmi vysokou mírou spolehlivosti Metody pro studium protein-proteinových a protein-ligandových interakcí, Ďurech M., Trčka F., Vojtěšek B., Müller P,, Klin Onkol 2014; 27 (Suppl 1): S75–S81 Výhody Nevýhoda - Malé množství vzorku - Velikost molekul není limitována - Bez imobilizace - Fluorescenční značení MicroScale Thermophoresis: Interaction analysis and beyond, Moran Jerabek-Willemsena, Timon André, Randy Wanner, Heide Marie Rotha, Stefan Duhra, Philipp Baaske, Dennis Breit, https://doi.org/10.1016/j.molstruc.2014.03.009 , Obsah obrázku hodiny Popis vygenerovaný s velmi vysokou mírou spolehlivosti MicroScale Thermophoresis: Interaction analysis and beyond, Moran Jerabek-Willemsena, Timon André, Randy Wanner, Heide Marie Rotha, Stefan Duhra, Philipp Baaske, Dennis Breit, https://doi.org/10.1016/j.molstruc.2014.03.009 Výsledek obrázku pro crosslinking proteins Výsledek obrázku pro crosslinking and mass spectrometry Výsledek obrázku pro phenyl 4-(1-amino-4-hydroxyl-9,10-dioxo-9,10-dihydro-2-anthracenyl)oxy] benzenesulphonate Výsledek obrázku pro acid orange 50 An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is nihms775255f5.jpg An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is nihms775255f5.jpg An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is nihms775255f3.jpg Obsah obrázku hodiny, kreslení, podepsat Popis vygenerovaný s velmi vysokou mírou spolehlivosti https://www.mybiosource.com/learn/assay-learning-center/coimmunoprecipitation/ Obsah obrázku hra Popis vygenerovaný s velmi vysokou mírou spolehlivosti https://www.mybiosource.com/learn/assay-learning-center/coimmunoprecipitation/ https://www.thermofisher.com/cz/en/home/life-science/protein-biology/protein-biology-learning-cente r/protein-biology-resource-library/pierce-protein-methods/pull-down-assays.html afinitní značka afinitní ligand (GST) glutathion-S-transferasa glutathion poly-histidin chelát kobaltu nebo niklu biotin strepravidin Metody pro studium protein-proteinových a protein-ligandových interakcí, Ďurech M., Trčka F., Vojtěšek B., Müller P,, Klin Onkol 2014; 27 (Suppl 1): S75–S81 Obsah obrázku text, mapa Popis vygenerovaný s velmi vysokou mírou spolehlivosti http://old.vscht.cz/nmr/mol_model_bioinfo/lekce/SPR.pdf Obsah obrázku noc, světlo, osvětlené, ulice Popis vygenerovaný s velmi vysokou mírou spolehlivosti https://www.thermofisher.com/cz/en/home/references/molecular-probes-the-handbook/technical-notes-an d-product-highlights/fluorescence-resonance-energy-transfer-fret.html ±BiFC ±In vivo metoda ±Vznik fluorescenčního komplexu (např. YFP – yellow fluorescent protein) asociací 2 fragmentů fluoroforu (N a C fragment) ±Každý z fragmentů navázán na jeden protein zájmu ±Detekujeme sílu i lokalizaci interakce Obsah obrázku mapa, text Popis byl vytvořen automaticky Obsah obrázku kreslení Popis byl vytvořen automaticky Upraveno z YouTube kanálu: https://www.youtube.com/watch?v=g6XeVH08xzY&t=12s https://www.news-medical.net/life-sciences/Bimolecular-Fluorescence-Complementation-(BiFC).aspx ±zobrazit lokalizaci vznikající interakce v závislosti na čase ±Vysoká citlivost – detekce i při nízkých hladinách interagujících proteinů ±Není zapotřebí dalších chemických reagentů ±MULTICOLOR IMAGING: umožňuje vizualizovat několik P-P komplexů v rámci jedné buňky ±Pomalá maturace fluoroforu – může ovlivnit vizualizaci krátce trvajících či proměnlivých interakcí ±Nevhodné pro anaerobní organismy (poslední krok maturace fluoroforu vyžaduje kyslík) Součet Obsah obrázku text, mapa Popis vygenerovaný s velmi vysokou mírou spolehlivosti ±Kvasinkový dvouhybridní systém ±Rekonstituce domén transkripčního faktoru GAL4 – spuštění transkripce reportérového genu ±Aktivační doména (AD) GAL4 je fúzována s jedním a DNA vazebná (BD) doména s druhým proteinem zájmu ±Různé expresní vektory s HIS-tagy na C i N konci pro expresi v E. coli ±Selekční markery (Trp, Leu) ±Reportérové markery (His, Ade) Upraveno z: youtube kanál Dr. Abhishek Bhandawat – xplore bio https://www.youtube.com/watch?v=I Součet ±Velmi citlivá metoda – vhodná pro širší screening ±Metodicky snadná ±Ekonomicky nenáročná ±Vyšší míra falešně pozitivních i negativních výsledků – nutno ověřit použitím jiné metody