C2110 Operační systém UNIX základy programování
11. lekce / modul 1
PS/2020 Distanční forma výuky: Revl
Petr Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Kamenice 5, CZ-62500 Brno
Dperační systém UNIX a základy programování
11. lekce / modul 1
Bash+AWK+Gnuplot
Data jsou v adresáři:
/home/kulhanek/Documents/C2110/Lessonll
Dperační systém UNIX a základy programování
11. lekce / modul 1
Cvičení 1
i.
Soubor prod006.out obsahuje výsledky z molekulové dynamiky. Úkolem je ze souboru vyextrahovat závislost teploty simulovaného systému na čase a tyto data uložit do souboru temp.out, který bude obsahovat právě dva sloupce. První sloupec bude čas a druhý sloupec bude teplota.
cas
teplota
NSTEP =
Etot
BOND
1-4 NB = EELEC =
500
TIME (PS)
942.6248 51.3204 17.7099 -494.7423
EKtot
ANGLE
1-4 EEL =
EGB
0.500    TEMP(K) 151.0990 292.3619 981. 4071 -164.7991
288.02 PRESS
EPtot DIHED VDWAALS RESTRAINT
0.0
791.5258 176.5980 -68.3301 0.1822
EAMBER (non-restraint)
791.3436
Pro analýzu souboru rst.out použijte jazyk awk. Řešení srovnejte s implementací v jazyce bash.
2. Průběh teploty na čase zobrazte ve formě grafu.
Dperační systém UNIX a základy programování
11. lekce / modul 1
Cvičení 2
Ze souboru prod006.out vyextrahujte průběh celkové energie (Etot), kinetické energie (EKtot) a potenciální energie (EPtot) na čase. Průběh jednotlivých energií zobrazte v gnuplotu a uložte do souboru energy.png. Ověřte, že součet potenciální a kinetické energie se rovná celkové energii.
čas
NSTEP =
Etot
BOND
1-4 NB =
EELEC =
500       TIME (PS) = 942.6248 EKtot 51.3204 ANGLE 17.7099    1-4 EEL -494.7423 EGB
0.500    TEMP(K) = 288.02
151.0990 EPtot
292.3619 DIHED
981.4071 VDWAALS
-164.7991 RESTRAINT
PRESS =
0.0
791.5258 176.5980 -68.3301 0.1822
EAMBER (non-restraint)
791.3436
•perační systém UNIX a základy programování
11. lekce / modul 1
Cvičení 3
1. Napište skript(y), který vypíše řadu čísel 3n pro n od 1 do N do souboru data.txt. (10 bodů). Číslo N uživatel zadá jako první argument skriptu (5 bodů). Ošetření vstupu (5 bodů). Průběh číselné řady uložené v souboru data.txt zobrazte v gnuplotu, zobrazení proveďte neinteraktivně (10 bodů).
Ukázka zadání úkolu ke zkoušce.
Dperační systém UNIX a základy programování
11. lekce / modul 1
-5-
Cvičení 4
1. Vykreslete do souboru rovnostranný pravoúhlý trojúhelník, jehož obrys bude ze znaků "*" (5 bodů) a výplň pomocí znaků "@" (10 bodů). Rozměr odvěsen trojúhelníka a název souboru zadá uživatel interaktivně po spuštění skriptu (5 bodů). Ošetření vstupu: Trojúhelník musí obsahovat alespoň jeden znak „@" (5 bodů). Skript nedovolí zápis do již existujícího souboru (5 bodů).
Ukázka zadání úkolu ke zkoušce.
Dperační systém UNIX a základy programování
11. lekce / modul 1
Cvičení 5
1. V zadaném adresáři najde všechny soubory s příponami .hpp a .cpp a vypište na standardní výstup jejich počet celkem a poté zvlášť pro .hpp a .cpp soubory (10 bodů), dále celkový počet řádků ve všech nalezených souborech a poté zvlášť pro .hpp a .cpp soubory (10 bodů). Výpis zároveň uložte do souboru „summary.txt" (5 bodů). Analyzovaný adresář se zadá jako první argument skriptu. Ošetření vstupu (5 bodů): analyzovaný adresář musí existovat. Data pro testování najdete v adresáři pmflib.
Ukázka zadání úkolu ke zkoušce.
Dperační systém UNIX a základy programování
11. lekce / modul 1
Cvičení 6
1. Napište skript v awk, který ze souboru s kvantově-mechanickou analýzou molekulárního komplexu metodou SAPTO vyextrahuje komponenty interakční energie v kcal/mol uvedené v sekci "SAPT Results" uvedené na konci souboru. Konkrétně elektrostatickou (Electrostatics), výměnnou (Exchange), indukční (Induction) a disperzní (Dispersion) energii. Poslední sloupec bude obsahovat celkovou interakční energii (Total SAPTO). Testovací data najdete v adresáři "saptO".
2. Napište skript v bashi, který provede výše uvedenou analýzu pro všechny soubory se zakončením ".out". V prvním sloupci bude název analyzovaného komplexu (jméno souboru bez zakončení .out) a dále jednotlivé složky interakční energie. Výsledek uložte do textového souboru "results.txt". Data jsou v adresáři "saptO".
Dperační systém UNIX a základy programování
11. lekce / modul 1
-8-