Zadání pro týden od 18. 1. 2021 (Týden A)
C2110 Operační systém UNIX a základy programování
Data k úkolům jsou v adresáři:
/home/kulhanek/Documents/C2110/Tests/Final/Data/Scripts/WeekA
UPOZORNĚNÍ:
Jednu zvolenou úlohu řešte v adresáři C2110-kolokvium, který bude mít plně zakázaný přístup
pro skupinu a pro ostatní uživatele!
Zadání A
V adresáři „PDB“ se nacházejí soubory ve formátu PDB obsahující strukturní informace biomolekul určených
různými experimentálními metodami. Proveďte jejich analýzu jejichž výsledkem bude soubor “methods.txt”
obsahující na jednotlivých řádcích PDB ID struktury (jméno souboru PDB bez přípony) a název experimentální
metody, která byla použita k určení její struktury. Experimentální metoda je uvedena v souboru vedle klíčového
slova EXPDTA (10 bodů). Dále ze získaného souboru methods.txt vytvořte souhrnnou statistiku obsahující
experimentální metodu a počet struktur, pro jejichž určení byla metoda použita. Dále celkový počet struktur
obsažených v adresáři. Vytvořený přehled vypište na standardní výstup (15 bodů). Jméno adresáře obsahující
struktury zadá uživatel interaktivně po spuštění skriptu. Skript ověří, zdali adresář existuje. Pokud ne, tak vypíše
chybové hlášení a ukončí se (5 bodů).
Ukázka výstupního souboru s počty molekul získanými jednotlivými metodami:
Zadání B
Pomocí kvantově-chemického výpočtu metodou HF/6-31G(d) byla provedena optimalizace geometrie
molekuly. Výsledkem optimalizace je nalezení geometrického uspořádání atomů, které má nejnižší energií.
Úkolem je ze zaznamenaného průběhu optimalizace vyextrahovat pro každou geometrii její energii a ověřit, že
poslední geometrie má skutečně nejnižší energii. Energie pro každý optimalizační krok je uvedena za klíčovým
výrazem: „SCF Done:“. Jednotkou energie je Hartree (15 bodů). Průběh energie zobrazte ve formě grafu, který
uložíte do souboru s názvem „optimization.png“. Řádně popište osy grafu (10 bodů). Název analyzovaného
souboru zadá uživatel jako první argument skriptu. Skript ověří, že zadaný soubor skutečně existuje (5 bodů).
Testovací soubor s názvem „aceticacid.log” je dostupný v adresáři „QM“.
Zadání C
V souboru „data.txt“ v adresáři „DATA“ se nacházejí sloupce s celými čísly. Pro každý řádek spočítejte součet
všech čísel na řádku (10 bodů), a dále maximální a minimální hodnotu z těchto čísel (15 bodů). Výstup uložte do
souboru „results.txt“ pouze v případě, že soubor již neexistuje (5 bodů).