Úloha 2 21. října 2020
Výběr excitačních laserů a emisního filtru
Přijeli jste na výzkumný pobyt do významné zahraniční laboratoře. Její vedoucí Vás
provedl po laboratořích a ukázal mimo jiné scanner pro fluorescenční snímání gelů.
Po úvodním pohovoru Vás nový vedoucí vyzval, abyste sepsali seznam vybavení,
které budete pro svůj výzkum potřebovat.
Protože budete používat fluorofor A, potřebujete zjistit, zda je možné na stávajícím
scanneru excitovat a selektivně detekovat fluorescenční emisi Vašeho fluoroforu.
Excitační vlnové délky instalovaných laserů jsou 473 nm, 532 nm, 635 nm.
Instalované „long-pass“ emisní filtry jsou 510 LP, 575 LP, 665 LP.
1) Jaký stávající laser byste použili pro excitaci Vašeho fluoroforu?
2) Laser o jaké vlnové délce emitovaného záření byste případně dokoupili pro
dosažení maximální intenzity fluorescence a tedy i citlivosti pro daný fluorofor?
Vyberte prosím nový laser z nabídky Light Sources aplikace SpectraViewer.
3) Který nainstalovaný emisní filtr „long-pass“ by byl použitelný pro detekci
fluorescence daného fluoroforu?
4) Jaký “band-pass“ filtr s šířkou pásu 20 nm byste objednali, aby byla detekce
Vašeho fluoroforu optimální. Napište hodnotu střední vlnové délky lomenou
šířkou pásma (např. 530/20).
Pro zjištění spektrálních charakteristik fluoroforu a navrhování “band-pass“ filtru
použijte aplikaci SpectraViewer
https://www.thermofisher.com/cz/en/home/life-science/cell-analysis/labeling-
chemistry/fluorescence-spectraviewer.html
Návod: Vyberte svůj fluorofor z nabídky. Zadejte Váš vhodný dostupný laser do
Light Sources výběrem Custom a zadáním vlnové délky. Zadejte Váš vhodný filtr do
Emission Filters zvolením Custom, zadaním vlnové délký a do Badwidth zadejte LP
nebo šířku pásu v nanometrech.
Fluorofor A naleznete níže v tabulce u svého jména.
Vaše odpovědi mi prosím zašlete emailem do 48 hodin.
Správná odpověď = 0.5 bodu.
A
1 Dikunová Alžbeta FITC (Fluorescein)
2 Dzurov Matej ROX (carboxy X rhodamine)
3 Faturová Jana Acridine Orange
4 Gašparik Norbert GFP (emerald GFP)
5 Hesko Ondrej Lucifer Yellow
6 Jahodová Kateřina Ethidium Homodimer
7 Kameniarová Michaela Pacific Green
8 Konečná Kateřina JOE
9 Korytářová Anna Alexa Fluor 488
10 Kozeleková Aneta Cy3
11 Kubinyiová Lenka Oregon Green 514
12 Kůřilová Eliška Cyanine5
13 Lysáková Klára SYBR Green
14 Mikšátková Barbora Red Fluorescent Protein (RFP)
15 Nováková Barbora TOTO-3
16
Prabhullachandran
Unnikannan
Alexa Fluor 594
17 Procházková Markéta BOBO-1
18 Šimek Jan Sypro Orange
19 Tužinčin Dávid TOTO-1