Zadání úloh z předmětu Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií – cvičení (C7350)


Provedte identifikaci ve proteinů pomoci databázového prohledávače Mascot

Access Mascot for free | Protein identification software for mass spec data (matrixscience.com)

Pozn. Nutno zadat nazev i e-mailovou adresu


Úkol 1 – peptidové mapování

Peptide Mass Fingerprint

Soubor – ukol1.mgf


Podmínky prohledávání:

Databáze – Swissprot

Enzym – Trypsin                               Missed cleavages – 1

Variable modification – Oxidation(M)

Peptide tolerance – 200 ppm

Zaslete mi seznam signifikantne identifikovaných proteinů.


Úkol 2 – MS/MS data

MS/MS ion search

Soubor – ukol2.mgf


Podminky prohledavani:

Databáze – Swissprot

Enzym – Trypsin                               Missed cleavages – 1

Variable modification – Oxidation(M)

Peptide tolerance – 1.0 Da                          MS/MS tol. – 0,6  Da

Naboj peptidu – 2+ and 3+

Typ stroje – ESI-TRAP

Zaslete mi jmeno 1. signifikantne identifikovaného proteinu v seznamu, který není podle Vas
kontaminanta.