Úloha 1 Z infračerveného spektra vibrace AMID I určete zastoupení a-šroubovice a skládaného listu v proteinu. • Uveďte zastoupení a-šroubovice: % • Uveďte zastoupení skládaného listu: % Úloha 2 Dostali jste výsledky CD měření. V horní části jsou naměřená spektra typických konformací peptidú, v dolní části jsou spektra proteinu naměřená ihned po purifikaci a o dva dny později. Z uvedených interpretací výsledků uveďte tu, která odpovídá vašemu CD spektru. Označte správnou odpověď: yx&ÚA 1 Q Purifikovaný protein neměl pravidelnou strukturu, během doby mezi měřeními došlo k jeho vysrážení, takže koncentrace v kyvetě poklesla. • Purifikovaný protein měl strukturu /3-soudku, během doby mezi měřeními došlo k částečnému vysrážení, takže koncentrace v kyvetě poklesla. Struktura proteinu v roztoku se ale nezměnila. 'fYcAtin C © Purifikovaný protein byl tvořen svazkem a-šroubovic. Během doby mezi měřeními došlo k částečnému vysrážení, takže koncentrace v kyvetě poklesla. Struktura proteinu v roztoku se ale nezměnila. • Purifikovaný protein měl strukturu /3-soudku, během doby mezi měřeními došlo k částečné denaturaci proteinu. yidtin to (3 Purifikovaný protein byl tvořen svazkem a-šroubovic. Během doby mezi měřeními došlo k částečné denaturaci proteinu. všimnete si částečného random coil kolem 204 nm ^^Purifikovaný protein byl tvořen dvěma /3-doménami spojenými delší smyčkou bez pravidelné struktury. Mezi měřeními byla přidána látka, která vyvolala přeměnu smyčky na /3-sandwich. • Purifikovaný protein byl tvořen dvima /3-doménami spojenými delší smyčkou bez pravidelné struktury. Mezi měřeními byla přidána látka, která vyvolala přeměnu smyčky na dvě antipa-ralelní a-šroubovice. • Purifikovaný protein byl tvořen dvěma paralelními a-helixy spojenými dlouhou smyčkou bez pravidelné struktury. Mezi měřeními byla přidána látka, která vyvolala konformační změnu proteinu na strukturu a-/3-a. (•) Purifikovaný protein byl přítomen ve své nativní a-šroubovicové formě. Mezi měřeními bylo přidáno malé množství patologické /3-formy proteinu. Tento přídavek katalyzoval přeměnu proteinu na formu skládaného listu. ittdodw* ^ Purifikovaný protein měl strukturu /3-soudku. Zlomyslný kamarád vám ale vzorek mezi měřeními \ vyměnil za protein tvořený svazkem a-šroubovic. 170 180 190 200 210 220 XI nm 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 230 240 250 I protein 2 - 1 1 j { { { 1 : : : I : 170 180 190 200 210 Unm 220 230 240 250 170 180 190 200 210 220 230 240 250 XI nm 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 T T pro fresh protein 1 — ein 1 a ter 48 hours 170 180 190 200 210 220 230 240 250 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 1 a-helix- — : rani 1-do sneet ■ nmil ■ : i a .1 t s \ i i 1 é 1 \ 1 ~t r I .< t V > \ \ 1 ď / / t \ \ V 1 f * J > \ i I : I 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 170 180 190 200 210 220 230 240 250 I ..................... fresh protein 5 ........... : n : oi: e a e - L k 5 n 0 LI rs : j : : / / V s : ' t t / é V : f i it \\ k 4 •7 r I \\ f ■- K . \ \ \ \ \ ✓ * z : : : 170 180 190 200 210 220 230 240 250 170 180 190 200 210 220 "k I nm 230 240 fresh protein 10 — 250 170 180 190 200 210 220 230 240 250 170 180 190 200 210 220 230 240 250 XI nm 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 I fresh protein 2 ■ ........ : p ro le ir 1 c : 8 ITT( 3r s r 10 u rs : j ■ - : 4' s X : i > \ : .< t \ \ : * „ * "-- \ \ I : 170 180 190 200 210 220 230 240 250 170 180 190 200 210 220 230 240 250 XI nm fresh protein 4 — 170 180 190 200 210 220 230 240 250 0 E "O —i 1 E u v 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 "20 -30 -40 -50 1111111111111111111111M111111111111111111M1111111111111111111111111 fresh protein protein after 48 hours 170 180 190 200 210 220 230 240 250 X I nm 07 0.9 0.8 0.7 0.6 0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 origina AM E I spectrum o pro ein 5 0 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 -1 Wavenumber / cm" 1 resolution enhanced spectrum a-helix |3-sheet (3-turn 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 Wavenumber / cm"1 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 -1 Wavenumber / cm" 1 resolution enhanced spectrum — a-helix — |3-sheet (3-turn unstructured 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 Wavenumber / cm"1 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 Wavenumber / cm"1 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 Wavenumber / cm"1 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 Wavenumber / cm"1 resolution enhanced spectrum a-helix |3-sheet (3-turn unstructured NOK *zmenil se typ car, ale hodnoty jsou správne grafik se muze rozhodnout změnit font nebo caru, ale fyzika se nemeni 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 Wavenumber / cm"1 resolution enhanced spectrum a-helix |3-sheet (3-turn unstructured NOK cary, vid legenda 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 Wavenumber / cm"1 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 -1 Wavenumber / cm" 1 0.9 0.8 0.7 0.6 0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 0 resolution enhanced spectrum a-helix |3-sheet (3-turn unstructured Tl 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 Wavenumber / cm"1