Úloha 1 Z infračerveného spektra vibrace AMID I určete zastoupení a-šroubovice a skládaného listu v proteinu. • Uveďte zastoupení a-šroubovice: % • Uveďte zastoupení skládaného listu: % Úloha 2 Dostali jste výsledky CD měření. V horní části jsou naměřená spektra typických konformací peptidú, v dolní části jsou spektra proteinu naměřená ihned po purifikaci a o dva dny později. Z uvedených interpretací výsledků uveďte tu, která odpovídá vašemu CD spektru. Označte správnou odpověď: • Purifikovaný protein neměl pravidelnou strukturu, během doby mezi měřeními došlo k jeho vysrážení, takže koncentrace v kyvetě poklesla. • Purifikovaný protein měl strukturu /3-soudku, během doby mezi měřeními došlo k částečnému vysrážení, takže koncentrace v kyvetě poklesla. Struktura proteinu v roztoku se ale nezměnila. • Purifikovaný protein byl tvořen svazkem a-šroubovic. Během doby mezi měřeními došlo k částečnému vysrážení, takže koncentrace v kyvetě poklesla. Struktura proteinu v roztoku se ale nezměnila. • Purifikovaný protein měl strukturu /3-soudku, během doby mezi měřeními došlo k částečné denaturaci proteinu. • Purifikovaný protein byl tvořen svazkem a-šroubovic. Během doby mezi měřeními došlo k částečné denaturaci proteinu. • Purifikovaný protein byl tvořen dvěma /3-doménami spojenými delší smyčkou bez pravidelné struktury. Mezi měřeními byla přidána látka, která vyvolala přeměnu smyčky na /3-sandwich. • Purifikovaný protein byl tvořen dvima /3-doménami spojenými delší smyčkou bez pravidelné struktury. Mezi měřeními byla přidána látka, která vyvolala přeměnu smyčky na dvě antipa-ralelní a-šroubovice. • Purifikovaný protein byl tvořen dvěma paralelními a-helixy spojenými dlouhou smyčkou bez pravidelné struktury. Mezi měřeními byla přidána látka, která vyvolala konformační změnu proteinu na strukturu a-/3-a. • Purifikovaný protein byl přítomen ve své nativní a-šroubovicové formě. Mezi měřeními bylo přidáno malé množství patologické /3-formy proteinu. Tento přídavek katalyzoval přeměnu proteinu na formu skládaného listu. • Purifikovaný protein měl strukturu /3-soudku. Zlomyslný kamarád vám ale vzorek mezi měřeními vyměnil za protein tvořený svazkem a-šroubovic. 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 1 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 cc-helix — ß-sheet -random coil ■■■■ 170 180 190 200 210 XI nm 220 230 240 250 1 protein 2 ........... : : : : I : : : : : : : j 170 180 190 200 210 XI nm 220 230 240 250 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 1 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 cc-helix — p-sheet -random coil ■■■■ 170 180 190 200 210 XI nm 220 230 240 250 I .................. fresh protein 1 .......... : ei n | or. i a Tt e r L 5 r 10 u r s { { I { { { i- .... - - z ^' ... -■ \ \ \ \ 170 180 190 200 210 XI nm 220 230 240 250 170 180 190 200 210 220 230 240 250 fresh protein 5 - 170 180 190 200 210 220 230 240 250 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 1 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 cc-helix — p-sheet -random coil ■■■■ 170 180 190 200 210 XI nm 220 230 240 250 I fresh protein 10 ........... : rc )t( 3 i r | p i I i J Í at te r' it 5 r 10 u rs { | I { { { — > i - \ S \ ■ s . _ : : 1 170 180 190 200 210 XI nm 220 230 240 250 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 cc-helix — p-sheet -random coil ■■■■ fresh protein 2 - 170 180 190 200 210 220 230 240 250 XI nm 170 180 190 200 210 220 230 240 250 XI nm 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 -20 -30 -40 -50 cc-helix — p-sheet -random coil ■■■■ fresh protein 4 - 170 180 190 200 210 220 230 240 250 XI nm 170 180 190 200 210 220 230 240 250 XI nm 80 70 60 1 50 o E ~o E u Dl