C7790 Úvod do molekulového modelování -1Petr
Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta
Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno
0. Úvod
C7790 Úvod do molekulového
modelování
TSM Modelování molekulárních struktur
C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení
C7790 Úvod do molekulového modelování -2Harmonogram
semestru
C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I
Zakončení: zkouška (2+2 kredity)
Celkový počet odpřednášených hodin: 14 x 2 hodiny = 28 hodin
Celková hodinová zátěž předmětu: 4 kredity -> 4 x 26 hodin = 104 hodin studijní zátěže
C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I – cvičení
Zakončení: zápočet (1 kredit)
Celkový počet odpřednášených hodin: 14 x 1 hodiny = 14 hodin
Celková hodinová zátěž předmětu: 1 kredit -> 1 x 26 hodin = 26 hodin studijní zátěže
C7790: Samostudium, domácí úlohy, příprava na zkoušku: 76 hodin
C7800: Vypracování protokolů: 12 hodin
Celkem: 88 hodin
1 ECTS kredit -> 26 hodin studijní zátěže
Výuka: 12. září 2022 - 16. prosince 2022
Zkouškové období: 2. ledna 2023 - 10. února 2023
C7790 Úvod do molekulového modelování -3Hlavní
směřování přednášky
ENERGIE FUNKCE
STRUKTURA
C7790 Úvod do molekulového modelování -4Obsah
- cvičení
➢ Stručný úvod do Linuxu
Podrobněji: C2110 Operační systém UNIX a základy programování
C2115 Praktický úvod do superpočítání
➢ Praktické procvičování probírané látky z přednášky
➢I. Samostatný projekt (monomer a dimer molekuly vody)
geometrie a interakční energie (gaussian)
➢ II. Samostatný projekt (modelování reakce)
mechanismus jednoduché reakce za použití semiempirické kvantově
chemické metody (gaussian)
➢ III. Samostatný projekt (molekulová dynamika)
studium konformačního chování malé organické molekuly (AMBER)
C7790 Úvod do molekulového modelování -5Hodnocení
znalostí
Zakončení:
➢ tři velmi stručné reporty (protokoly) ze samostatných projektů (cvičení)
➢ závěrečný test (případně ústní pohovor)
Test 50 otázek (50 bodů); délka 1 hodina;
hodnocení F < 30 bodů;
hodnocení E = <30, 35) bodů;
hodnocení D = <35, 40) bodů;
hodnocení C = <40, 45) bodů;
hodnocení A a B >= 45 bodů plus ústní pohovor.
Hodnocení lze zlepšit o jeden stupeň ústním pohovorem.