Genetické a cytologické mapy
-genetické mapy – ke stanovení relativní vzdálenosti mezi geny, četnost crossing-overů
základní jednotkou 1 cM (centimorgan) = 1 % rekombinací (cca 700 bp u člověka)
-cytologické mapy – pruhování, FISH – lokalizují geny s ohledem na cytogenetické referenční body
-
-fyzické mapy – lokalizují jednotlivé geny přímo na chromozomy, vzdálenosti v bp
Genetická vs fyzická mapa – odpovídá pořadí, neodpovídá vzdálenost
→ v některých místech c-o častější (rekombinační hot-spots), jinde potlačený
Čím geny blíže, tím větší přesnost mapování → rekombinace < 20 % určuje mapovou vzdálenost,
     > 20 % podhodnocuje (vícenásobné c-o)

Genetické a cytologické mapy
-v minulosti – mapování genů pomocí molekulárních markerů = polymorfní sekvence DNA ležící v
intronech rozptýlené v genomu chovající se jako alely
-molekulární marker - RFLP – restrikční místo enzymu
    - VNTR – variable number of tandem repeats – mini/mikrosatelity, SNP
→ nepřímá DNA diagnostika (např. Huntingtonova choroba)
Výsledek obrázku pro nancy wexler




Tříbodové mapování, tříbodový test
-určuje pořadí a polohu tří genů na chromozomu
-
-
-podmínky: - sledujeme gamety heterozygota
- zviditelňujeme gamety v potomstvu B1 (AaBbCc x aabbcc)
- dostatečný počet potomstva – abychom zachytili i dvojnásobné c-o (DCO)
-křížíme trihybrida (AaBbCc) s recesivním homozygotem (aabbcc)

Tříbodové mapování, tříbodový test
1)Rozdělíme fenotypové třídy dle počtu c-o
•NCO – žádný c-o – rodičovská = nejčastější
•
•SCO – jednoduchý c-o = méně časté
•
•DCO – dvojnásobný c-o = velmi vzácný
NCO
SCO1
SCO2
DCO

Tříbodové mapování, tříbodový test
2) Stanovíme pořadí genů na chromozomu
-vezmeme rodičovské (nejčastější) – bez c-o
-Provedeme dvojitý c-o a porovnáme s potomstvem
+   br  f
an  +  +
+    +   f
an  br  +
NENÍ !
Musíme zkusit
jiné pořadí
Prohodíme pozice genů
br  +   f
+   an  +
br  an  f
+    +    +
NENÍ !
Musíme zkusit
jiné pořadí
br   f   +
+   +   an
br  +   +
+    f    an
br + + v DCO je!

Tříbodové mapování, tříbodový test
2) Stanovíme pořadí genů na chromozomu
-vezmeme rodičovské (nejčastější) – bez c-o
-Provedeme dvojitý c-o a porovnáme s potomstvem
A B C
A B C
a b c
a b c
A B C
A B C
a b c
a b c
A        b     C
a         B        c

Tříbodové mapování, tříbodový test
2) Stanovíme pořadí genů na chromozomu
-vezmeme rodičovské (nejčastější) – bez c-o
-Provedeme dvojitý c-o a porovnáme s potomstvem
NCO: +  br  f DCO: +  br  +
an +  + an +   f

Tříbodové mapování, tříbodový test
3) Vypočteme vzdálenost genů mezi sebou
-určíme jako součet četností SCO mezi těmito
dvěma geny a DCO
NCO: rodičovské: +   br f 339
an +  + 355 tedy 694 jedinců z 879 78,95 %
SCO1: +   +  + 88
an br f 55 16,27 %
SCO2: +   +   f 21
an br + 17 4,32 %
DCO: +  br + 2
an +  f 2 0,46 %

Tříbodové mapování, tříbodový test
3) Vypočteme vzdálenost genů mezi sebou
-určíme jako součet četností SCO mezi těmito dvěma geny a DCO
br   f  +
+   +  an
br  +   an
+    f    +
+ f + je v SCO2
Vzdálenost určíme jako: SCO2 + DCO = 4,32 + 0,46 = 4,78 cM
Vzdálenost určíme jako: SCO1 + DCO = 16,27 + 0,46 = 16,73 cM
4) Nakreslíme genetickou mapu

Koeficient koincidence
-z koeficientu koincidence lze potom vypočítat interferenci = jak moc c-o bylo inhibováno (o kolik
míň vzniklo, než se očekávalo)
interference I = 1 – c

Tříbodové mapování, tříbodový test
0,227 → 22,7 % = 22,7 cM
6,2 cM
.
.
.
20 cM
.
.
-víme, že:
-
•black – curved 22,7 cM
•black – purple 6,2 cM
•curved – purple 20 cM
•
→ číselně nebude vycházet přesně!!!
ALE
-black-curved jsou dál než curved-purple
-black-purple jsou si blízko
black
curved
purple