Úloha 2 18. října 2023
Výběr excitačních laserů a emisního filtru
Přijeli jste na výzkumný pobyt do významné zahraniční
laboratoře. Její vedoucí Vás provedl po laboratořích a
ukázal mimo jiné scanner pro fluorescenční snímání
gelů. Po úvodním pohovoru Vás nový vedoucí vyzval,
abyste sepsali seznam vybavení, které budete pro svůj
výzkum potřebovat.
Protože budete používat fluorofor A, potřebujete zjistit,
zda je možné na stávajícím scanneru excitovat a
selektivně detekovat fluorescenční emisi Vašeho
fluoroforu.
Excitační vlnové délky instalovaných laserů jsou 473 nm, 532 nm, 635 nm.
Instalované „long-pass“ emisní filtry jsou 510 LP, 575 LP, 665 LP.
1) Jaký stávající laser byste použili pro excitaci Vašeho fluoroforu?
2) Laser o jaké vlnové délce emitovaného záření byste případně dokoupili pro dosažení
maximální intenzity fluorescence a tedy i citlivosti pro daný fluorofor? Vyberte prosím
nový laser z nabídky Light Sources aplikace SpectraViewer. Napište také případně,
že je stávající laser ideální.
3) Který nainstalovaný emisní filtr „long-pass“ by byl použitelný pro detekci fluorescence
daného fluoroforu?
4) Jaký “band-pass“ filtr s šířkou pásu 20 nm byste objednali, aby byla detekce Vašeho
fluoroforu optimální. Napište hodnotu střední vlnové délky lomenou šířkou pásma
(např. 530/20).
Pro zjištění spektrálních charakteristik fluoroforu a navrhování “band-pass“ filtru použijte
aplikaci SpectraViewer
https://www.thermofisher.com/cz/en/home/life-science/cell-analysis/labeling-
chemistry/fluorescence-spectraviewer.html
Návod: Vyberte svůj fluorofor z nabídky. Zadejte Váš vhodný dostupný laser do Light
Sources výběrem Custom a zadáním vlnové délky. Zadejte Váš vhodný filtr do Emission
Filters zvolením Custom, zadaním vlnové délký a do Badwidth zadejte LP nebo šířku pásu
v nanometrech.
Fluorofor A naleznete níže v tabulce u svého jména.
Vaše odpovědi mi prosím zašlete emailem do 48 hodin. Správná odpověď = 0.5 bodu.
Fluorofor A
Bačovská, Petra Hypoxia Green
Badin, Jan ROX (carboxy X rhodamine)
Bajerová, Martina Acridine Orange
Blažková, Gabriela GFP (emerald GFP)
Faldynová, Hana Lucifer Yellow
Fialková, Barbora Ethidium homodimer
Hendrych, Jan Pacific Green
Hricinová, Michaela JOE
Hrnčířová, Barbora Alexa Fluor 488
Hýsková, Anna Cy3
Chamrádová, Linda Oregon Green 514
Kajabová, Simona Cyanine5
Koktavá, Monika SYBR Green
Körtingová, Martina RFP (TagRFP)
Králová, Barbora TOTO-3
Kružlicová, Jana Alexa Fluor 594
Levková, Petra BOBO-1
Linhartová, Eliška Sypro Orange
Lněničková, Anna TOTO-1
Martikan, Jakub Texas Red
Neumeisterová, Nikola TAMRA
Novotná, Pavla SYTO 9
Páleníčková, Zuzana Rhodamine Red
Pluskal, Daniel TetraSpeck orange
Pospíšilová, Anna Lucifer Yellow
Sedláčková, Barbora mBanana
Segedyová, Daniela mCherry
Sklenárová, Dorota mHoneyDew
Strunga, Alan Rhodamine 6G
Štrbáňová, Anna SYBR Gold
Vilkova, Anastassiya Fluorescein (FITC)
Voznicová, Simona Calcium Orange
Žatko, Daniel tdTomato