UÍJI SCI 3D zobrazování molekul C9531 - Seminář k přednášce Strukturní biochemie Viktor Bartošík, 484477@mail.muni.cz Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity 26. září 2023 Úvodní slovo Požadavky k udělení zápočtu ■ nutno napsat 4 průběžné testy (každý minimálně na 60 %) ■ neúspěšný test Lze opakovat v zápočtovém týdnu ■ úspěšné složení testů je potřebné pro udělení zápočtu, vstupenka na ústní zkoušku k C9530 seminární skupina pá 12:00-13:50 přesunuta na st 17:00-18:50, učebna Bll/333 V. Bartošík • Zobrazování • 26. září 2023 2/13 Úvodní slovo Datum Náplň cvičení 22.9. 3D zobrazování molekul, stereozobrazování 29.9. Určování torzních úhlů - peptidy, Ramachandranův diagram 6.10. Určování torzních úhlů - nukleotidy, struktura sacharidů 13.10. Průběžný test 1: torzní úhly peptidů a nukleotidů 20.10. Sekvenace 27.10. Optické metody 3.11. Průběžný test 2: sekvenace, optické metody 10.11. Rentgenová krystalografie 17.11. Státní svátek 24.11. Rentgenová krystalografie 1.12. Průběžný test 3: Rentgenová krystalografie 8.12. Nukleární magnetická rezonance 15.12. Nukleární magnetická rezonance 22.12. Průběžný test 4: Nukleární magnetická rezonance V. Bartošík • Zobrazování • 26. září 2023 3/13 Stereozobrazování ■ zobrazení pohledu Levého a pravého oka vedLe sebe ■ otočené o cca 5° koLem vertikální osy ■ zaostřuje se mimo rovinu, ze dvou obrázků vzniknou čtyři ■ prostřední dva se složí v pseudo-3D obraz V. Bartošík • Zobrazování • 26. září 2023 4/13 Varianty stereozobrazování waU-eyed: ■ oči zaostřují za rovinou obrázku ■ vyžaduje přesnou vzdálenost mezi obrázky ■ častější při zobrazení na papíře ■ Levé oko se dívá na Levý obrázek, pravé na pravý ■ pomůcka: zaostřit na vzdálený bod (cca 3 metry) V. Bartošík • Zobrazování • 26. září 2023 5/13 Varianty stereozobrazování cross-eyed: ■ oči zaostřují před rovinou obrázku ■ vzdálenost mezi obrázky není tak důležitá ■ častější při zobrazení na monitorech ■ Levé oko se dívá na pravý obrázek, pravé na Levý ■ pomůcka: zaostřit na bližší předmět, např. tužku V. Bartošík • Zobrazování • 26. září 2023 6/13 PDB databáze: stereo zobrazení (cross-eyed) htt ps ://www. res b.o rg/ RCSB PDB Deposit» Search » Visualize» Analyze - Download ^ Learn » About» Documentation » Careers COVID-19 Mypoe-w | | contact us P ROTE 1 N D DATA ^^ft ^9 209,957 Structures from the PDB j^"^ ^^^fc ™* f ▼ 3D Structures © BANK 1,063,577 Computed Structure R Welcome ^ Deposit Q Search Q Visualize ::: Analyze ^ Download M Learn n«oo New: More Computed Structure Models (CSM) available | Lam more September Molecule of the Month RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB) enables breakthroughs in science and education by providing access and tools for exploration, visualization, and analysis of: WM Experimentally-determined 3D structures from the Protein Data Bank (PDB) archive 3 Computed Structure Models (CSM) from AlphaFold DB and Mo de I Archive These data can be explored in context of external annotations providing a structural view of biology. i PDE fl Explore NEW Features Virtual Crash Course Leveraging RCSB PDB APIs for Blolnformatlcs Analyses and Machine Learning October 12 I Register Now! Histone Deacetylases Latest Entries a, & rue s Q Mcnodnaviria (8) f~J Varidnaviria (3) Q unclassified sequences (2) Q Archaea {1 > P~j Duplodnaviria (1) Experimental Method □ X-RAY DIFFRACTION (1,61 S) □ SOLUTION MMR (52) □ ELECTRON MICROSCOPY (46) Polymer Entity Type □ Protein [1r718) Q DNA (60) □ RNA (6) Refinement Resolution (A) □ 0.5-1.0 (1} □ 10-1.5(213) 1 to 25ct 1.71ŮStructures © 3D View © 3D View -Tabular Report - (g) All o Selected Page 1 of 69 f ^25 Sort by [ Score crystal structure of Cryptosporidium parvum 14-3-3 protein in complex with peptide ^i£W^Wasney1 G., Ren, FL, Lin, L, Hassanali, A., Qiu: W.t """^ v rw,i^ n^w^.^ Koeieradzki, I, tdwards, KWymmmr^ S., Structural Genomics Consortium (SGC) (2011) PLoS One 6: e14827-e14627 ^DoyJe^^_ 11., UlLiyUl, J , ^UIILMUIL iii., rWikarev, A., Hui, R.ř Brokx Released Method Organisms Macromolecule 3EFZ 2C06-11-D7 X-RAY DIFFRACTION 2.52 A Cryptosporidium parvum 14-3-3 domain containing protein (protein) CONSENSUS PEPTIDE FOR 14-3-3 PROTEINS (protein) Download File View File Crystal Structure of a 14-3-3 protein from Cryptosporidium parvum (cgd1_2980) Wernimont, A.K., Dong, A., Qiu, W.d Lew, J., Wasney, GA, Vedadi. M., Kozieradzki, l.h Zhao, Y., Ren, H., Alam. Z_h Lin. Y.H., Sundstrom, M.d Weigelt, J., Arrowsmith, C.hLh Edwards, A.M., Bochkarev. A., Hui, R.( Brokx, S., Structural Genomics Consortium (SGC) (2011) PLoS One 6: e14827-e14627 Released 2008-09-23 Method X-RAY DIFFRACTION 2.Q8 A Organisms Cryptosporidium parvum Iowa II Macromolecule 14-3-3 protein (protein) Unique Ligands EDO 1 09C | Download File | View File Structural view of a fungal toxin acting on a 14-3-3 regulatory complex Wurtele, M., Jelich-Gttmann, C, Wittinghofer, A., Oecking, C. (2003) EMBO J 22: 987 Released Method Organisms Macromolecule Unique Ligands 2003-03-06 X-RAY DIFFRACTION 2.6 Á Nicotians tabacum 14-3-3-LIKE PROTEIN C (protein) CL, FLC PDB databáze: stereo zobrazení (cross-eyed) RCSB PDB Deposits Search » Visjalize w Analyze w Downloads Learn » About» Documentation w Careers COVID-19 m/pdbt contactus PROTEIN DATA BANK 203,957 Structures from lne PDB 1,065,577 Computed Structure Models [C3M] ' 3D Structures G |Eníer search term(s), Entry !D(s), or sequence Include CSM & Advanced Search Browse Annotations ÍEMntífc™ ^NAKB 0PDB-Dev Structure Summary Experiment Sequence B Biological Assembly 1 © 9 © 3D Vitw: Structure |1 D-3D View | fl--T-i^Tiiiljf | W^i-n Report Global Symmetry: Cyclic - C2 9 (3D View) Global Stoic biometry: Hetero 4-mer - A2B2 © Pseudo Symmetry: Asymmetric - C1 O Pscudo Stoichiometry: Hetero 4-mer - A2B1C1 O Find Similar Assemblies Biological assembly 1 assigned by authors and generated by PISA (software) k Display Files ^ © Download Files» Q Unit Cell P4i 2i 2 ■rsj # Density 0 Quality Assessment Assembly Symmetry ± Export Models ^ Export Animation Export Geometry PDB databáze: stereo zobrazení (cross-eyed) RCSB PDB Deposit - Search Visualize - Analyze - Download * Learn - About - Documentation - Careers COVID-19 mvpdbt contactus Sequence of 2NPM | cryst.. Ch^in 1: 14-3^3 dam.. 0 Structure 51 tl 91 101 GILBTQHTIR05ELH3 KUS K H5D9VNARES HVYHAXLAEQ AERYDEMAK1Í MKDWEARQE EĽTVEERN LLSVAYKNAVGSRR33WRIISSVEQXEH3RNAEDA3KMCGK Ul 121 HI 131 161 171 181 191 201 211 221 YRSKVĽAEL TDICNDILTM LDK.H11 ?TAT 3 PDSKVFYFK.MKGDYhšR.ľ 15 EFSTGD5KQS SftEDAlKAVK DA.T'j'VA.K.DIE PTHPIHLGLA LNFSVFtíYEI LNEPPAAIQMAK 2J1 211 251 ľae'EMAIEULDKLSSDCľ KDSTL1MQLLRDNLTLKTŕ. 2NPM | crystal structure of Cryptos Type Assembly Asm Id 1: Author And Software Dynamic Bonds x Off Nothing Focused [ % Measurements d Structure Motif Search © Components 2nf □1 Preset Polymer Non-standard Water Unit Call P4i 2i 2 + Add Cartoon <2> Ball S Stick Ball & Stick <5> n n □ ;UI Density 0 Quality Assessment it Assembly Symmetry 1 Export Models fB Export Animation ^r$i Export Geometry Select a drrierent viewer Mor (WebGLt PDB databáze: stereo zobrazení (cross-eyed) RCSB PDB Deposil t Search ▼ Visualize ^ Analyze ^ Downloads Learn ^ About ▼ Documentation » Careers COVID-19 MyPDB contact us Sequence oř 2NPM | crysi Chain 1: 14-3-3 dom.. O Structure Bl 101 Gl LRTQHT I R CSZlí; I K ť." SKM5DSVHARES NVYRAKL.P.ĽJ AUF VILM-.K ľ MKI'VYEí.RrjE E LTVSERN L LSYAYKHŕ.V Z- 5?F 1- I-Ä? I ľ I í V Eij?;EHS? HAZ.DÄSKMCG K 121 131 141 151 161 171 íai 191 201 211 221 YHSKVEAELTD3CNDILTMLCKHLI = TA7SPDSK\rFYFKMK5DYKFr IE EFETGľ'Eľ-OjS S = E" ŕlKí.Yľ' CATWAKDLE PTHP1RLGLA LHFEVFUY" LKEPRAAľDKAK 231 211 251 EÄFEMAIEÍLCKLSLCC'i KCSTLI^LLRDTCITLKTAI Settings ■' Controls Info Animate Off Camera Perspective Axes X Off Field of View Background - Occlusion s On Shadow X Off Outline X Off Fog ✓ On Clipping A 58 — Layout 1 Of 1 0 2NPM | crystal structure of Cryptos Type Assembly Asm Id 1: Author And Software. Dynamic Bonds X Off Nothing Focused Sfi X Measurements □ Ball & Stick. Q 4rj Density @ Quality Assessment A Assembly Symmetry ± Export Models EE Export Animation =.& Export Geometry Select a different viewer Mol* (WebGL} PDB databáze: stereo zobrazení (cross-eyed) RCSB PDB Deposit t Search t Visjalize ▼ Analyze ▼ Download -w Learn ▼ About ▼ Documentation ▼ Careers COVID-19 MyPDB^ coniactus Sequence of 2NPM | cryst... 1: 14-3-3 dom.. ; :.: \YZ VVFJARC'E ELTVE.ľpn ^LSVAYřNA; ÍI5?.F.SSW?.: i ISvTC^EHSP.NAEjASKMC'jK 111 131 L41 151 Lßl 171 íai L91 í Gl 211 331 YRSKVEAEľL TDICHDILTM LDKH11 ?TAT S PDSKVFY7KMKĚDYKRV EF£TGľ>£ľ □ Non-slandard Bail a stick Q Water Bail a stick fj Unit Cell p 4i 2i 2 ^ Density 0 Quality Assessment % Assembly Symmetry ± Export Models Export Animation ^© Export Geometry Select a differenl viewer Moľ (WebGLJ MASARYKOVA UNIVERZITA