UÍJI
SCI
Určování torzních úhlů - Peptidy
C9531 - Seminář k přednášce Strukturní biochemie
Viktor Bartošík, 484477@mail.muni.cz
Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity 27. září 2023
Peptidy
skládají se z a-L-aminokyselin, které jsou spojeny peptidovou vazbou v řetězce - poLypeptidy
vzájemná kombinovateLnost a "stavebnicové"uspořádání umožňují nespočet funkcí
konformaci určují torzní úhly
Obrázek: Streptavidin v komplexu s biotinem, 14.18 kDa, PDBcode:2rtg
V. Bartošík • Peptidy • 27. září 2023
h33 h22
\ /
Pro (P)
H-1 CTHHT1),
Val {V)
' H°
Leu (L)
i h"5
H -N VV— C^H11).
j H" HP
lie (I)
I «g /ÍHE):
H-N b f —S*
Met (M)
h-N
\
CK J
Asn (N)
H-N
f
X
.■2_ ,22
Gin (Q)
W
I H^C^ I           ^ jf h-N C'-
Phe (F)
V 1
h-1^
l
H-H VďW
r
Asp (D)
H-n
j -
2HQ
Glu (E)
H-N
I hp h33
Lys {K)
\
H-N
0-.._      J- QL hP Hl11
?—V—H*2
II    I \\ /
h- y^vv H~\
v?
H
Trp (W) His (H)
i.
Obrázek: Monomer streptavidinu, PDBcode:2rtg - vizuaLizace C-termináLního p-Listu se zvýrazněnými aminokyselinami.
V pořadí od N-konce: Lys, Ser, Thr, Leu, VaL, GLy, His, Asp, Thr, Phe,Thr, Lys, VaL, Lys, Pro
Torzní úhly
páteř x postranní řetězec
v páteři 3 torzní úhly: 0, íp, u
peptidová vazba má částečně dvojný charakter
úheL u (peptidové vazby) nabývá hodnot 180°a vzácně 0
H
N Psí
Phi CA
pro určení konformace stačí určit úhly cp, íp
o
Omega
N"
H
zobrazení pomocí Newmanovy projekce
V. Bartošík • Peptidy • 27. září 2023
5
Torzní úhly </>, i/j, a u v páteři
Torzní úhel \ v postranním řetězci
většina aminokyselin        threonin, isoleucin
Ramachandranův diagram
G. N. Ramachandran byL indický fyzik, zabývající RTG-krystaLografií a optickými vlastnostmi krystalů
Jako první popsal tri-heLikáLní strukturu kolagenu (1955) a zasloužil se o používání Ramachandranova diagramu pro zobrazování torzních úhlů v proteinech (1962/1963)
Obrázek: GopaLasamudram Narayanan Ramachandran
V. Bartošík • Peptidy • 27. září 2023
8/11
Ramachandranuv diagram
+180
0 ¥
I-1-1 -180
-180 0 +180
Phi (degrees)
Obrázek: Ramachandranův diagram zobrazující torzní úhly reziduí monomeru streptavidinu, PDB ID: 2rtg. Červené oblasti jsou typické pro (3-Ust (vlevo nahoře), a-helix (vlevo uprostřed) a levotočivou /3-smyčku (vpravo)
Modely k procvičování
https://web.ncbr.muni.cz/^Lzidek/C9531/practice/
V. Bartošík • Peptidy • 27. září 2023
11/11
MASARYKOVA UNIVERZITA