Postup Bayesovské analýzy:
1. Určete všechny hypotézy
2. Pro každou hypotézu určete apriorní pravděpodobnost
3. Získejte data
4. Zjistěte věrohodnost dat pro každou hypotézu
5. Použijte Bayesův teorém k vypočítání aposteriorní pravděpodobnosti

BEAUti ... příprava vstupního souboru pro BEAST
BEAST ... vlastní analýza
Tracer ... prozkoumání výsledků
LogCombiner ... kombinace log a tree souborů
TreeAnnotator ... hledání „nejlepšího“ stromu
DensiTree ... vizualizace stromů z několika markerů




























Tracer output:












ESS = Effective Sample Size






DensiTree
LogCombiner
TreeAnnotator

DensiTree: Making Sense of Sets of Trees