Sylabus výuky předmětů Bi5000 Bioinformatika											
a Bi5000c Bioinformatika - cvičení v semestru podzim 2024											
											
	Přednášky:		úterý 11:00-12:50 prezenčně v učebně B11-306								
		Kontakt:	"prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (1441@mail.muni.cz)"								
			"prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pantucek@sci.muni.cz)"								
	Cvičení:		"středa 10:00-17:00 prezenčně v učebně B09-316, dle seminárních skupin"								
		Kontakt:	Ing. Miloš Musil (imusilm@fit.vutbr.cz)								
			"prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D."								
											
Datum	č.	Předmět	Lekce								
9/17/2024		Výuka se nekoná z důvodu povodní									
9/18/2024											
											
9/24/2024	2	Bi5000	Manipulace se sekvenčními daty								
9/25/2024		Bi5000c	Cvičení - textové vyhledávání v databázích								
											
10/1/2024	1	Bi5000	"Bioinformatika –  základní definice, molekulárně biologické databáze"								
10/2/2024		Bi5000c	"Cvičení – formáty sekvencí, manipulace se sekvenčními daty"								
											
10/8/2024	3	Bi5000	Posuzování podobnosti sekvencí nukleových kyselin a proteinů 								
10/9/2024		Bi5000c	"Cvičení – párové přiložení sekvencí, BLAST"								
											
10/15/2024	4	Bi5000	Mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogeneze								
10/16/2024		Bi5000c	Cvičení - mnohonásobné přiložení a fylogeneze								
											
10/22/2024	5	Bi5000	"Genomové projekty, sekvenování nové generace"								
10/23/2024		Bi5000c	"Cvičení – návrh oligonukleotidů pro PCR, sekvenování, klonování  a mutagenezi"								
											
10/29/2024	6	Bi5000	Počítačové vyhledávání genů a srovnávací genomika								
10/30/2024		Bi5000c	"Cvičení – hledání prokaryotických genů, práce s programy pro srovnávací genomiku"								
											
11/5/2024	7	Bi5000	Analýza sekvencí proteinů								
11/6/2024		Bi5000c	Cvičení – analýza sekvencí proteinů								
											
11/12/2024	8	Bi5000	Strukturní databáze								
11/13/2024		Bi5000c	"Cvičení –  základní strukturní analýzy, vizualizace proteinových struktur v PyMOL"								
											
11/19/2024	9	Bi5000	Predikce struktury proteinů								
11/20/2024		Bi5000c	Cvičení –  predikce struktury proteinů								
											
11/26/2024	10	Bi5000	Příprava anotované sekvence DNA pro zaslání do databáze								
11/27/2024		Bi5000c	Cvičení – NGS data a lokální anotace dat								
											
12/3/2024		Bi5000	1. Předtermín								
12/4/2024		Bi5000c	Zápočtový test na PC (odpovědník v ISu)								
											
12/10/2024		Bi5000	"2. Předtermín, další termíny v lednu"								
12/11/2024		Bi5000c	Opravný zápočtový test na PC (odpovědník v ISu)