L LOSCHMIDT , LABORATORIES Mnohonásobné sekvenční přiložení evropská unie hnisterstvo školství. WLÄDEÍE A TĚLOVÝCHOVY OP VjdlňlJWJrtl pro rfonhurťiceachu-unrjsi IMJ INVESTICE DO ROZVOJE Vzdělávání □ Mnohonásobné sekvenční přiložení □ Konsenzuální sekvence □ Konstrukce přiložení □ Manuální konstrukce přiložení □ Automatická konstrukce přiložení □ Využití mnohonásobného sekvenčního přiložení □ PSI-BLAST □ Databáze mnohonásobného sekvenčního přiložení Mnohonásobné přiložení Mnohonásobné sekvenční přiložení je 2D tabulka, ve které řádky představují jednotlivé sekvence a sloupce představují pozice aminokyselinových zbytků. Mnohonásobné přiložení Mnohonásobné sekvenční přiložení je 2D tabulka, ve které řádky představují jednotlivé sekvence a sloupce představují pozice aminokyselinových zbytků. □ Informativnější než párové přiložení □ Vhodné pro analýzu genových rodin □ Vhodné pro identifikaci důležitých zbytků □ Barevně kódované podle vlastností Mnohonásobné přiložení Mnohonásobné sekvenční přiložení PSICLJíAT E N m v >M M tí H .H äj V 1- c y.;'» 1 *f 1 Pf ICEHOUSE ly H |n í v|| 11 i • tí A n M " v jh 1 '? PRľO_:IJXŕ.n E H tí BJH Ipso v S| [:■ :: •■• • n 0 w w'f|-y Ä'' 3 v H í t priojwvih R n HU? v n 0 h n |$ v ■-■ h t 1 .PiWiJLSJtBiíř :: n J (j BJf k q -vij ;&H" n v h :5 t řf.iDj.hick s ň m f »Évi s s p y j ŕ. $c i!n ; t v í — — — M M ]í;|g|V V í'Q M M M H; v -■ I Q M •C P ř. A v t g v T 0 _ 11 c Hfä v v e,q m v vjjjgjQ r* r: ):tí;|c| v v -j m o i r C j£tí PJ '.• : E & x c v o c 30 40 50 60 chk-E5 hum-Hl pea-fíl xla-El *C«-El.1 ace-H1.2 J.'t n, «1 40 43 176 h p t Y s ě m |a a a 1 r a é k s r g q s rosi Y 1 k s s g p [J v s E l It k a v a a S k e r s O V s L a a l k ra a l a a s h p T ¥ E R M ■ K d a 1 V s l k e K N G s s Q Y a 1 H k r 1 e e s g p s a s E L |v k a v s s s k e r s G s L a a l la k a l a a s s k s y R E u ■ l e g l T a l K E r k G s s r p a l f 1 k e s s l T Y k E m Íl k s m p q l n D g k G s r 1 v l k m v k d Q K K g k pdbj1EST Alpha 1 Beta 1 Alpha 2 70 60 90 chk H5 0 G h n A D L Q t K L Ô I R R L L A A G v L K Q T -r A, G v G A S G S = r L A K S D hun -Hl D V E K n N S R i K L G L K S L v S K G T L v O t G T G A S Q S : K L N K K A pea •Hl L P A N FKKLLLQML K K N V A S G K L I KV w x. G S F K L S A A A K K P A V ílu ■Hl D V D K N N S H L K L A L K A L V T K Q T L T Q V * G S G A S G S K L H K K Q ■p« -ai.i S A S N FDLYFNNAI K K G V E A G ÍD F e Q P T Lk G P A G A V K L A K K K S P sce- -Hl. 2 T S S N I- D Y L F N S A I K K C V E N G If i v q p 1 Lkľ G P S G 1 1 K, l K K K V K pdbI1HST -t^mm Alpha 3 Beta 2 Beta 3 Mnohonásobné přiložení 5/44 □ Jediná sekvence reprezentující mnohonásobné přiložení 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 I Y D G G A V — E A L II Y D G G — — — E A L III F E G G I L V E A L IV F D — G I L V Q A V v Y E G G A V v Q A L Mnohonásobné přiložení □ Jediná sekvence reprezentující mnohonásobné přiložení □ Ukazuje četnost výskytu aminokyselinových zbytků v každé pozici 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 I Y D G G A V — E A L II Y D G G — — — E A L III F E G G I L V E A L IV F D — G I L V Q A V v Y E G G A V V : Q A L y d G G k/l V/L v e A l □ Hledání korespondence mezi aminokyselinovými zbytky GVLIQVG GVLIRQSG GVPIRQSG Mnohonásobné přiložení □ Hledání korespondence mezi aminokyselinovými zbytky GVLI-QVG GVLIRQSG GVPIRQSG Mnohonásobné přiložení □ Hledání korespondence mezi aminokyselinovými zbytky VLI-QVG JVLIRQSG VPIRQSG Mnohonásobné přiložení □ Hledání korespondence mezi aminokyselinovými zbytky S-> V/řř VLIRQSG JVLI-QVG JVLIRQSG VPIRQSG L^P Mnohonásobné přiložení □ Manuální □ Automatická □ ClustalW Nejznámějšía nejpoužívanější □ MUSCLE Přesné a velmi rychlé □ TCoffee Velmi přesné a pomalé o Mnohonásobné přiložení Manuální konstrukce přiložení □ BioEdit Editor sekvenčních přiložení Manuální i automatická konstrukce přiložení Analýza sekvencí Příprava sekvencí ß Copyright ©1997-2007 tom hall Ibis Biosciences „vJiioEdit iálurffcál sequence align mení editor jar Wín9j/9u/iTí72í WR W WR Pseatl F F Mnohonásobné přiložení Využití mnohonásobného přiložení □ Rekonstrukce fylogenetických stromů S-> V/řř VLIRQSG JVLI-QVG JVLIRQSG VPIRQSG L^P Mnohonásobné přiložení Využití mnohonásobného přiložení □ Rekonstrukce fylogenetických stromů ■ Předpověď - již neexistujících - sekvencí předků S-> V/řř VLIRQSG L^P předek JVLI-QVG JVLIRQSG Q VPIRQSG Mnohonásobné přiložení Využití mnohonásobného přiložení □ Citlivé prohledání sekvenčních databází iquences producing significant alignments: Score [Bits; E Value »e sp | P59336IDHAA RHOSD Haloalkane dehalogenase >pdb | 1BCT6 | A Chai.. 429 le- 118 aB sp|P0A3G2IDHAA RHORH Haloalkane dehalogenase >sp | P0A3G3 | DHAA .. 424 3e- 117 -»|3 »P pdbllCQTJIA Chain A, Nai Cocrystallised With Haloalkane Dehalo. . sp I Q9ZERO | DHAA MYCSX Haloalkane dehalogenase >emh|CAA10076.1|.. 424 422 4e-le- 117 116 gb|AAV70825.1| HT2 [Expression vector pHT21 415 le- 114 aB ref1YP 001675030.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella hal.. 320 Be- B6 E ref1YP 734675.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella sp. MR.. 318 3e- B5 ref1YP 001473250.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella sed.. 317 6e- B5 ref1SP 01736514.11 alpha/beta hydrolase riTarinobacter sp. ELB.. 317 6e- B5 »e ref1YP 738656.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella sp. MR.. 316 9e- B5 *>w ref1YP 001502590.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella pea.. 316 9e- B5 E *w ref |IJP 717353.11 hydrolasej alpha/beta hydrolase fold family .. 315 2e- B4 9B ref1YP 750057.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella frigid.. 315 2e- B4 *>w ref1YP 268S79.1I hydrolasej alpha/beta hydrolase fold family .. 315 2e- B4 E »e ref1YP 001761524.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella woo.. 315 3e- B4 E »13 ref1ZP 01841154.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella bait.. 315 3e- B4 *W ref1YP 870347.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella sp. AH.. 314 4e- B4 E 9B ref1YP 129676.11 putative haloalkane dehalogenase [Photobacte.. 314 7e- B4 E ref1SP 01221858.11 putative haloalkane dehalogenase rPhotobac. 313 Be- B4 9B ref1YP 001365757.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella bal.. 313 9e- B4 E "13 ref1YP 562379.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella denitr.. 313 9e- B4 E 9B ref1ZP 01897865.11 putative haloalkane dehalogenase rMocitell.. 313 le- B3 "13 ref1YP 001049934.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella bal.. 313 le- B3 E *W ref1YP 943362.11 alpha/beta hydrolase fold rPsychromonas ingr.. 313 le- B3 E 9B ref1YP □□1182970.11 alpha/beta hydrolase fold rShewane11a put.. 312 2e- B3 E "13 ref1YP 001554014.ll alpha/beta hydrolase fold rShewanella bal.. 312 2e- B3 E 9B ref1ZP □17DS252.il alpha/beta hydrolase fold [Shewanella putr.. 310 7e- B3 "13 ref1YP 964030.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella gp. TJ3. . 310 9e- B3 E "13 ref1YP 510562.11 haloalkane dehalogenase TJannaschia sp. CCS1.. 308 3e- B2 E "p ref1ZP □1216824.11 hydrolase, alpha/beta hydrolase fold famil... 307 Be- B2 -13 ref1YP 001093840.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella loi... 306 le- Bl E »e ref|NP 106032.1| haloalkane dehalogenase [Mesarhizohium loti ... 303 Be- Bl E »13 • h gh 1 AAT70109. 11 Curií rLyngbya maiusculal ref 1 SP 01055470 .11 haloalkane dehalocrenase fRoseobacter sp . IT. . . 303 303 Be-le- Bl BO »e ref1ZP □ 1617455.11 haloalkane dehalogenase [marine gamma prot. . . 302 2e- BO »13 ref1SP 01592200.11 alpha/beta hydrolase fold TC-eobacter lovle... 300 7e- BO -13 ref1SP 01911259.11 alpha/beta hydrolase rPlesiocystis pacific... 300 9e- BO »13 ref1YP □ 01230772.11 alnha/beta hydrolase fold TG-eobacter uran. . . 300 9e- BO E Mnohonásobné přiložení Využití mnohonásobného přilože □ Citlivé prohledání sekvenčních databází ■ PSI-BLAST - detekce slabých biologicky významných podobností iquences producing significant alignments: Score [Bits; E Value »e sp|P59336IDHAA RHOSD Haloalkane dehalogenase >pdb|lBN6|A Chai.. 429 le- 118 aB sp|P0A3G2IDHAA RHORH Haloalkane dehalofjenase >sp|P0A3G3|DHAA .. 424 3e- 117 -»|3 »P pdbllCQTJlA Chain A, Nai Cocrystallised With Haloalkane Dehalo. . sp|Q9ZER0IDHAA HYCSX Haloalkane dehalofjenase >emb | CAA10076 . 1 | . . 424 422 4e-le- 117 116 gb|AAV70825.1| HT2 [Expression vector pHT21 415 le- 114 aB ref1YP 001675030.ll alpha/beta hydrolase fold rShewanella hal.. 320 Be- B6 E ref1YP 734675.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella sp. MR.. 318 3e- B5 ref1YP 001473250.il alpha/beta hydrolase fold TShewanella sed.. 317 6e- B5 ref1SP 01736514.11 alpha/beta hydrolase THarinobacter sp. ELB.. 317 6e- B5 »e ref1YP 738656.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella SP- MR.. 316 9e- B5 *>w ref1YP 001502590.11 alpha/beta hydrolase fold rShewanella pea.. 316 9e- B5 E *w ref |IJP 717353.11 hydrolasej alpha/beta hydrolase fold family .. 315 2e- B4 9B ref1YP 750057.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella frigid.. 315 2e- B4 *>w ref1YP 268S79.1I hydrolasej alpha/beta hydrolase fold family 315 2e- B4 E »e ref1YP 001761524.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella woo.. 315 3e- B4 E »13 ref1ZP 01841154.11 alpha/beta hydrolase fold rSheuanella bait.. 315 3e- B4 *W ref1YP 870347.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella sp. AH.. 314 4e- B4 E 9B ref1YP 129676.11 putative haloalkane dehalogenase [Photobacte.. 314 7e- B4 E *W ref1SP 01221858.11 putative haloalkane dehalogenase TPhotobac. 313 Be- B4 9B ref1YP 001365757.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella bal.. 313 9e- B4 E "13 ref1YP 562379.11 alpha/beta hydrolase fold |"Shewanella denitr.. 313 9e- B4 E 9B ref1ZP 01897865.11 putative haloalkane dehalogenase |~Moritell.. 313 le- B3 "13 ref1YP 001049934.11 alpha/beta hydrolase fold |"Shewanella bal.. 313 le- B3 E *W ref1YP 943362.11 alpha/beta hydrolase fold |"Psychromonas ingr.. 313 le- B3 E 9B ref1YP □ □1182970.11 alpha/beta hydrolase fold |~Shewane 11 a put.. 312 2e- B3 E "13 ref1YP 001554014.11 alpha/beta hydrolase fold |"Shewanella bal.. 312 2e- B3 E 9B ref1ZP □17DS252.il alpha/beta hydrolase fold [Shewanella putr.. 310 7e- B3 "13 ref1YP 964030.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella sp. TJ3. . 310 9e- B3 E "13 ref1YP 510562.11 haloalkane dehalogenase TJannaschia sp. CCS1.. 308 3e- B2 E "p ref1ZP □1216824.11 hydrolase, alpha/beta hydrolase fold famil... 307 Be- B2 -13 ref1YP 001093840.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella loi... 306 le- Bl E »e ref|NP 106032.1| haloalkane dehalogenase [Hesorhizobium loti ... 303 Be- Bl E »13 • h gh 1 AAT70109. 11 Curií ľLyngbya maiusculal ref 1 SP 01055470 .11 haloalkane dehal o crenas e fRoseobacter sp . H. . . 303 303 Be-le- Bl BO »e ref1ZP □ 1617455.11 haloalkane dehalocjenase [marine gamma prot. . . 302 2e- BO »13 ref1SP 01592200.11 alpha/beta hydrolase fold TC-eobacter lovle... 300 7e- BO -13 ref1SP 01911259.11 alpha/beta hydrolase [Plesiocystis pacific... 300 9e- BO »13 ref1YP □ 01230772.11 alnha/heta hydrolase fold TG-eobacter uran... 300 9e- BO E Mnohonásobné přiložení PSI-BLAST □ První iterace Query sequence Sequence homologs Mnohonásobné přiložení BLAST search PSI-BLAST □ První iterace Query sequence BLAST search Sequence homologs i Multiple sequence alignment Profile ACDb... Mnohonásobné přiložení Mnohonásobné přiložení PSI-BLAST □ Druhá iterace Profile AC D b i J BLAST search Additional homologs Mnohonásobné přiložení PSI-BLAST □ Druhá iterace Profile AC D b i J BLAST search Additional homologs Incorporated in profile New profile A CD h i 1 Mnohonásobné přiložení PSI-BLAST □ Druhá iterace Profile AC D b i J BLAST search Additional homologs Incorporated in profile New profile ATI) h i 1 Iterated Mnohonásobné přiložení PSI-BLAST □ Vstup BLAST *» Home Recent Results Saved Sti MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEG TGDPILFQHGNPTSSYLWRNI_ ► NCBI/ BLAST/ blastp suite: BLASTP programs search protein databases using a protein query. Reset page Bookmark Enter Query Sequence Enter accession number, gi, or FASTA sequence Clear Query subrange < Enter a descriptive title for your BLAST search Choose Search Set [ Database Organism Optional I Non-redundant protein sequences (nr) ** Any *~ Human *~ A.thaliana *~ Mouse o Custom. Search only sequences from selected organism <£_ Mnohonásobné přiložení Sequences producing significant alignments: [Bits) Value spiP59336IDHAA RHOSD Haloalkane dehalogenase >pdb|lBN6|A Chai... 429 le -118 sp i P0A3G-2 IDHAA RHORH Haloalkane dehalogenase >sp i P0A3G-3 iDHAA ... 424 3e -117 pdb|lCQU|A Chain A, Nai Cocrystallised With Haloalkane Dehalo... 424 4e -117 B <*w spiQ9ZER0IDHAA MYCSX Haloalkane dehalogenase >embiCAA10076.1 i.. . 422 le -116 gbiAAV70825.11 HT2 [Expression vector pHT2] 415 le -114 ref1YP 001675030.11 alpha/beta hydrolase fold [Shewanella hal... 320 8e -86 E ref1YP 734675.11 alpha/beta hydrolase fold [Shewanella sp. MR... 318 3e 85 E ref1YP 001473250.11 alpha/beta hydrolase fold [Shewanella sed... 317 6e 85 E ref1SP 01736514.11 alpha/beta hydrolase [Harinobacter sp. ELB... 317 6e -85 ref1YP 738656.11 alpha/beta hydrolase fold [Shewane11a sp. MR... 316 9e -85 E ref1YP 001502590.11 alpha/beta hydrolase fold [Shewanella pea... 316 9e -85 E refINP 717353.11 hydrolase, alpha/beta hydrolase fold family ... 315 2e -84 E ref1YP 750057.11 alpha/beta hydrolase fold [Shewane11a frigid... 315 2e -84 E ref1YP 268879.11 hydrolase, alpha/beta hydrolase fold family ... 315 2e -84 E ref1YP 001761524.11 alpha/beta hydrolase fold [Shewanella woo... 315 3e -84 E ref1ZP 01841154.11 alpha/beta hydrolase fold [Shewanella bait... 315 3e -84 ref1YP 870347.11 alpha/beta hydrolase fold [She-wane 11 a sp. AN... 314 4e -84 E ref1YP 129676.11 putative haloalkane dehalogenase [Photobacte... 314 7e -84 E ref1ZP 01221858.11 putative haloalkane dehalogenase [Photobac... 313 8e -84 ref1YP 001365757.11 alpha/beta hydrolase fold TShewanella bal... 313 9e -84 E Mnohonásobné přiložení PSI-BLAST □ Skóre □ Normalizované skóre = součet substitucí a penalizací za mezery □ Nedostatečně kvantifikuje významnost (vyšší je lepší) □ E-hodnota □ Rovna počtu BLAST přiložení s příslušným skóre, která mohou vzniknout náhodou □ Kvantifikuje významnost přiložení (nižší je lepší) □ Významné jsou hity s E-hodnotou <0.01 o Mnohonásobné přiložení PSI-BLAST □ Výsledek Sequences producing significant alianments ^17 spIP59336IDHAA R] spI P0A3G2IDHAA R] pdh I 1CQTJI A Chail sp I Q9ZER0 I DHAA IT erb IAAV70825. 1 I ] let YP 001675030 tef YP 734675.11 let YP 001473250 tef ZP 01736514. . tef YP 738656.11 tef YP 001502590 tef HP 717353.11 tef YP 750057.11 tef YP 268879.11 tef YP 001761524 tef ZP 01841154. . tef YP 870347.11 tef YP 129676.11 tef ZP 01221858. . tef YP 001365757 tef YP 562379.11 tef ZP 01897865. . tef YP 001049934 tef YP 943362.11 tef YP 001182970 tef YP 001554014 tef ZP 01706252. . tef YP 964030.11 tef YP 510562.11 refIZP 01216324.J reŕlYP 001093S40 Score fEits "i E Value rilozeni >rgb|AAT70109.1| Length=341 CurN [Lyngbya majuscula] Score = 303 bits (111), Expect = 8e-81, Method: Composition-based stats Identities = 148/297 (49%), Positives = 188/297 (63%), Gaps = 8/297 (2%) SEIGTGF PFDPHYVEVLGERMHYVDVGPRDGTPVLFLHGNPTS SYLWRNIIPHV-APSHR I + FPF VEV G + YVD G G PVLFLHGNPTSSYLWRNIIP+V A +R LPIS SEF PFAKRTVEVEGATIAYVDEG— SGQPVLFLHGNPTS SYLWRNIIPYVVAAGYR CIAPDLIGMGKSDKPDLDYFFDDHVRYLDAFIEALGLEEVVLVIHDWGSALGFHWAKRNP +APDLIGMG S KPD++Y DHV Y+D FI+ALGL+++VLVIHDWGS +G A+ NP AVAPDLIGMGDSAKPDIEYRLQDHVAYMDGFIDALGLDDMVLVIHDWGSVIGMRHARLNP ERVKGIACMEFIRPI----PTWDEWPEFARETFQAFRTADVGRELIIDQNAFIEGVLPK- +RV +A ME + P P+++ F+ RTADVG ++++D N F+E +LP+ DRVAAVAFMEALVPPALPMPSYEAMGPQLGPLFRDLRTADVGEKMVLDGNFFVETILPEM CVVRPLTEVEMDHYRE PFLKPVDRE PLWRF PNEIPIAGE PANIVALVEAYMNWLHQS PVP VVR L+E EM YR PF R P ++P E + PI GEPA A V WL SP+P GVVRSLSEAEMAAYRAPFPTRQSRLPTLQWPREVPIGGE PAFAEAEVLKNGEWLMAS PIP Query 2 Sbjct 41 Que ry 61 Sbjct 99 Que ry 121 Sbjct 159 Que ry 176 Sbjct 219 Que ry 236 Sbjct 279 60 98 120 158 175 218 235 278 KLLFWGTPGVLIPPAEAARLAESLPNCKTVDIGPGLHYLQEDNPDLIGSEIARWLPG 2 92 KLLF PG L P L+E++PH + +G G H+LQED+P LIG IA WL KLLFHAE PGALAPKPVVDYLSENVPNLEVRFVGAGTHFLQEDHPHLIGQGIADWLRR 3 35 ^^^^^^^^06^3^^^^^^^^a^^a^^^ae^^^^^^^g^rie^e^^^le^^r^^^ob^ui^^^c^^^ 13" ' FT] crh I AAT70109 ■ 1 I CurN [ Lyngriya majuscula] » \S reflZP 01055470.il * E ref|ZP 01617455.11 * H reflZP 01592200.il a H reflZP 01911259.11 ref IYP 001230772.11 haloalkane dehalogenase [Roseobacter sp. H. Laloaltane dehalogenase [marine gamma prot. alpha/beta hydrolase fold [Geobacter loyle. alpha/beta hydrolase [Plesiocystis pacific, alpha/beta hydrolase fold fGeohacter uran. le-2e-7e-9e-9e- 80 80 80 80 80 Mnohonásobné přiložení Databáze mnohonásobného přiložení □ Pf a m wellcome trust si Sanger institute » HOME | SEARCH | BROWSE | FTP | HELP Přom keyword search E 11 e ;- ■ t l= MYK 96 architecture 9801 sequence 4 interactions 1013 species 126 structures Family: Abhydrolase_l (PFOQ561) Summary Domain organisation | Alignments Trees Curation & models Species Interactions Structures Alignments There are various ways to view or download the sequence alignments that we store. You can use a sequence viewer to look at either the seed or full alignment for the family; or you can look at a plain text version of the sequence in a variety of different formats. More... View options Alignment: E Seed (48) r Full (98G1) Viewer: View | Formatting options Mnohonásobné přiložení T Databáze mnohonásobného přiložení □ Pf a m wellcome trust sanger inititutp *f HOME | SEARCH | BROWSE I FTP I HELP Prom j keyword search ^ Family: Abhyc Summary Domain organisation I Alignments -........*.*.....nnni-u Pfam seed alignment for PF00561 .- currently showing rows 1 to 30 of 48 rows in this alignment. Show |30 rows of alignment G Al B c i.B = M t B Trees Curation & models Species Interactions Structures Align There ar viewer t sequenc View ( View Forme po 7000/132-321 p 53264/170-440 FDVLII ■wCIHAI p65824/134-506 F ] PGA SR.P AltJCNSD ADHD RLRAE P Q VD YSRE GVAHIEMETKQ FVGRCVDKMGKNFLAHV V VAKDL i LPGFGFTE.T..............................................PEHYKFSFDSL E S IG' p53750/56-2s5 fhiiap p53208/67-318 p27747/162-370 | TWAL p42786/58-307 FRIVII p07383j/63-269 KRYLAL p65822/138-415 FDLVGF prgvghs ADIF V VEUHGIS .................................................KAIP D p46s47/82-313 p24640/93-308 £26174/63-280 p66777/56-296 p52705/31-252 IFRVLLL HLIIP I RVIVP FRIVR HRGQGRS . R L LAD.....................................PHLGHVHRF DYVDDLAAFU LPG GFS RPKFP.......................................FEYPRDHIHSVQDWFHERIH L HDLI1 LPGHG s ................................................PRLAG LAQMAGFVAI QRG GRSH. P.............................................YACAEDNTTWD LVADIEI LRGH|GT3................................................I PK YVSDFAEDVSI T.PALRCRTDAE FDAYRRD PMADYS PAGVTHVE QVYRQ LAQD CVDRMGFS FLAIJIGTA5VARDHD1 QRG GHS . PIHAELL...............................AHLNPRQQADYL HFRAD HVRDAE] LLGFG s . K..............................................PH AD RADAQATRLHI LPGHG SR. 3..............................................TAR RFGLK MAEDLU1 HRGVGRS VP..............................................KP I A HAHFADDFDJ |hKVTAl|hAAS|ID .R..............................................QIEQIHSFDE SEPLL Mnohonásobné přiložení □ Claverie, J-M., & Notredame, C. (2006) Bioinformatics for Dummies (2nd ed.) Wiley Publishing, Hoboken, p. 436. □ Xiong, J. (2006) Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, New York, p. 352. □ MUSCLE: http://www.drive5.com/muscle/ □ TCoffee: http://tcoffee.vital-it.ch/cgi-bin/Tcoffee/tcoffee cgi/index.cgi □ ClustalW: http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html □ BioEdit: http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html □ PSI-BLAST: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi □ PhyML: http://www.phylogeny.fr/ □ PHYLIP: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html □ MPI Toolkit: http://toolkit.tuebingen.mpg.de/ □ Pfam: http://pfam.sanger.ac.uk/ Mnohonásobné přiložení