Časová značka Jméno a příjmení vedoucího práce: Název tématu v českém jazyce: Název tématu v anglickém jazyce: Navrhovaný jazyk práce: Stručná anotace tématu: "Studijní program, ve kterém má být téma DP vypsáno. " "Pokud je již téma “rezervováno”, pak uveďte jméno studentky/studenta:" E-mailový kontakt na školitele Jméno případného konzultanta Název a adresa pracoviště školitele E-mail a adresa konzultanta UČO vedoucího práce 6/20/2024 14:49:19 PL nsabhjb cmsn acb český nsbjdsbsjhbjsbdbsmbjbcbdjshb Molekulární biologie a genetika nbajdbasbk jnsdbcabck 0000 8/8/2024 14:49:30 "Doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D." Imobilizace bakteriálních biokatalyzátorů na celulózovou matrici pomocí vazebných domén vynášených na buněčných povrch Immobilization of bacterial biocatalysts on cellulose matrix by binding domains displayed on cell surface anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) Imobilizace celobuněčných mikrobiálních biokatalyzátorů na pevné povrchy je atraktivní alternativou k buněčným kultivacím v tekutém médiu. Imobilizace může zvýšit stabilitu buněčného biokatalyzátoru a umožní jeho snadnou recyklaci. Imobilizovaný buněčný katalyzátor může být využit k efektivní biosyntéze zajímavých chemikálií nebo k biodegradaci toxických látek kontaminujících životní prostředí. Cílem tohoto diplomového projektu je vynést za využití sekrečního systému dostupného v naší laboratoři celulóza-vazebné domény z vybraných mikroorganismů na povrch modelové biotechnologicky atraktivní bakterie Pseudomonas putida a ověřit za různých podmínek vazbu rekombinantních buněk na povrch komerční celulózové matrice. Vzniklý imobilizovaný biokatalyzátor může být následně testován pro účely biotransformace cukrů na vybrané molekulární produkty. Mikrobiologie pdvorak@sci.muni.cz Mgr. Barbora Hrnčířová "Ústav experimentální biologie, Oddělení mikrobiologie, budova E25, Kamenice 5, Brno 62500" bhrncirova@sci.muni.cz (adresa totožná s adresou školitele) 151419 8/12/2024 12:02:30 "RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D." Indukce chromozomových přestaveb v genomu Cardamine hirsuta pomocí techniky CRISPR/Cas Engineering chromosomal rearrangements in the Cardamine hirsuta genome using CRISPR/Cas český "Tato diplomová práce se zaměřuje na indukci velkých chromozomových přestaveb v genomu Cardamine hirsuta pomocí technologie CRISPR/Cas. Student bude pracovat na návrhu a přípravě CRISPR/Cas vektorů a specifických guide RNA, které budou cílit na indukci velkých chromozomových přestaveb, včetně deletací, inverzí a reciprokých translokací. Mezi další úkoly patří provádění transformace rostlin, selekce transformovaných linií a optimalizace PCR metod pro detekci těchto přestaveb. Student rovněž provede screening T1 a T2 generací rostlin, aby ověřil přítomnost a dědičnost chromozomových přestaveb. Dále bude zkoumat vliv indukovaných přestaveb na fenotyp mutantních rostlin. Výsledky této práce přispějí k pochopení genetických a fenotypových důsledků velkých chromozomových přestaveb a otevřou nové možnosti pro další výzkum v oblasti chromozomové struktury a evoluce rostlinných genomů." Molekulární biologie a genetika terezie.mandakova@ceitec.muni.cz "Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" 64119 jazyk práce český nebo anglický 8/12/2024 12:16:52 "RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D." Manipulace terminálních NORů z subtelomerické oblasti na pericentromerickou pomocí techniky CRISPR/Cas Manipulating terminal NORs from subtelomeric to pericentromeric regions using CRISPR/Cas technique český "Tato diplomová práce se zaměřuje na přenos terminálních nukleolárních organizačních oblastí (NOR, 35S rDNA) z subtelomerických pozic na pericentromerické oblasti chromozomů pomocí technologie CRISPR/Cas. Studované modelové rostlinné druhy jsou Arabidopsis thaliana a Cardamine hirsuta. Práce zahrnuje syntézu CRISPR/Cas vektorů a specifických guide RNA (gRNA), které budou cílit na přesun NOR z terminálních oblastí chromozomů do pericentromerických regionů. Po přípravě vektorů bude provedena transformace rostlin pomocí Agrobacterium-mediated metody floral dip a následná selekce pozitivních transformantů. Následně budou optimalizovány PCR metody pro detekci chromozomových přestaveb a provedeny Sangerovo sekvenování a fluorescenční in situ hybridizace pro ověření přesunu NOR. Další část práce se zaměří na hodnocení vlivu přemístění NOR na jejich funkci a strukturu chromatinu v mutantních liniích. Výsledky této práce přispějí k lepšímu pochopení vlivu chromozomového kontextu na aktivitu NOR a jejich roli v buněčných procesech." Molekulární biologie a genetika terezie.mandakova@ceitec.muni.cz "Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" 64119 jazyk práce český nebo anglický 8/12/2024 12:19:09 "RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D." Přenos intersticiálních NORů z pericentromerické oblasti do subtelomerické pomocí techniky CRISPR/Cas Transferring interstitial NORs from pericentromeric to subtelomeric regions using CRISPR/Cas technique český "Předmětem této diplomové práce je přenos intersticiálních nukleolárních organizačních oblastí (NOR, 35S rDNA) z pericentromerických do subtelomerických chromozomových oblastí s využitím CRISPR/Cas technologie. Modelovými rostlinami v této studii jsou Boechera sp., Draba nemorosa a Thlaspi arvense. Práce zahrnuje návrh a konstrukci CRISPR/Cas vektorů a specifických guide RNA (gRNA) pro cílení paracentrických inverzí způsobujících otočení chromozomového ramene nesoucího NOR a tím přesun NOR z pericentromerické oblasti do subtelomerické pozice na chromozomu. Po přípravě těchto vektorů bude prováděna transformace rostlin metodikou floral dip a následná selekce transformantů. Součástí práce je optimalizace PCR metod pro detekci indukovaných paracentrických inverzí a jejich ověření sekvenováním a cytogenetickými metodami. Rovněž bude hodnocen vliv přesunutí NOR na jejich funkci a epigenetické modifikace v mutantních liniích. Výsledky práce přinesou nové poznatky o tom, jak změna chromozomového kontextu ovlivňuje intersticiální NOR a jejich vliv na genetické a buněčné procesy." Molekulární biologie a genetika terezie.mandakova@ceitec.muni.cz "Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" 64119 jazyk práce český nebo anglický 8/12/2024 12:22:21 "prof. RNDr. Jana Řepková, CSc." Evoluce chromozomového počtu v rodu Trifolium Evolution of chromosomal number in the genus Trifolium český "Zemědělsky významný rod Trifolium z čeledi bobovitých zahrnuje různé druhy jetelů, které jsou důležité jako krmivo a pro svou schopnost fixace vzdušného dusíku, která zlepšuje kvalitu půdy. Ancestrální chromozomový počet tohoto rodu je n = 8. Během evoluce došlo několikrát nezávisle k redukci chromozomového počtu (tzv. descending dysploidy) na n = 7 a n = 6. Tato diplomová práce se zaměří na analýzu struktury karyotypů vybraných zástupců rodu Trifolium pomocí pokročilých metod molekulární cytogenetiky, včetně chromozomově specifického oligopaintingu a lokalizace tandemových repetitivních sekvencí. Vzhledem k malým mitotickým chromozomům u zástupců rodu Trifolium budou cytogenetické sondy hybridizovány na meiotické chromozomy ve fázi pachytene, které poskytují lepší rozlišení. Cílem práce je konstrukce srovnávacích cytogenetických map, které umožní objasnit evoluci chromozomového počtu v rodu Trifolium a identifikovat mechanismy zodpovědné za descending dysploidy. Výsledky této studie přispějí k lepšímu pochopení chromozomové variability a evolučních procesů u rostlin, což může mít významné dopady na šlechtění a optimalizaci zemědělských plodin z čeledi bobovitých." Molekulární biologie a genetika repkova@sci.muni.cz "RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D." "Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" "terezie.mandakova@ceitec.muni.cz, Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" 530 jazyk práce český nebo anglický 8/12/2024 14:15:32 Renata Karpíšková "Výskyt, populační struktura a genetická diverzita bakterií Staphylococcus aureus izolovaných ze sýrů" "Occurrence, population structure and genetic diversity of Staphylococcus aureus isolated from cheeses " český "Studium výskytu, populační struktury a genetické diverzity Staphylococcus aureus v sýrech je nezbytné pro zajištění bezpečnosti potravin a ochranu veřejného zdraví. Sledování výskytu a pokročilé molekulární techniky mohou přispět k lepšímu pochopení a kontrole tohoto významného patogenu. Bakterie Staphylococcus aureus jsou významným patogen, se schopností produkovat toxiny a při kontaminaci potravin pak vyvolávat tak alimentární intoxikace. Výskyt S. aureus v sýrech je ovlivněn různými faktory, včetně hygienických podmínek při jejich výrobě, skladování, distribuci nebo prodeji. Populační struktura S. aureus v sýrech může být velmi různorodá. Kmeny mohou mít odlišné vlastnosti, včetně schopnosti produkovat různé toxiny, lišit se mohou také virulencí a rezistencí vůči antibiotikům. Genetická diverzita S. aureus je klíčovým faktorem, který ovlivňuje schopnost této bakterie adaptovat se na různé prostředí a podmínky. Vysoká genetická diverzita může znamenat větší schopnost přežití a šíření. Molekulární techniky umožňují detailní analýzu genetické diverzity a identifikaci specifických genů, které mohou být spojeny s virulencí a rezistencí k antibiotikům. Výskyt S. aureus bude sledován ve vzorcích sýrů z tržní sítě (nebalené a originálně balené) od různých výrobců kultivačně metodou ISO EN 6888-1, specifické geny budou detekovány metodou PCR. Rezistence bude sledována metodou DDM. Z typizačních metod budou použity spa a MLST typizace a celogenomové sekvenování. " Mikrobiologie není rezervováno renata.karpiskova@med.muni.cz "MVDr. Ivana Koláčková, Ph.D." "ÚVZ, LF MUNI" ivana.kolackova@med.muni.cz 52659 8/14/2024 17:45:05 Lumír Krejčí Studium mechanismu ochrany replikačních vidlic a jejich souvislosti s lidskými onemocněními Study of the mechanisms of replication fork protection and their connection to human diseases. anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Naše laboratoř se zaměřuje na studium molekulární podstaty zhoubných onemocnění, které souvisí s rekombinací a opravou poškozené DNA. DNA obsažená v lidské buňce je neustále poškozována vnějšími i vnitřními vlivy (radiace, UV záření ale i chybná replikace apod.) Různých poškození nebo zlomů v DNA je až půl milionu za den. Poškozená DNA zpomaluje nebo dokonce zastaví replikační vidlici a vede k nestabilitě genomu a je asociována se vznikem celé řady onemocnění, včetně rakoviny. Jedním z mechanismů, který zaručuje bezchybnou opravu poškozené DNA a její replikaci je homologní rekombinace. Experimentální práce zahrnuje širokou škálu molekulárně-biologických přístupů vč. amplifikace a klonování DNA, expresi proteinů a jejich purifikace, studium proteinových interakcí a další charakterizace pomocí biochemických, molekulárně biologických, biofyzikálních, strukturálních, buněčně biologických a genetických metod." Molekulární biologie a genetika lkrejci@chemi.muni.cz "Laboratoř rekombinace a DNA opravy, Kamenice 6, B7" 18098 8/15/2024 15:14:32 Jan Smetana Analýza genetických variant u pacientů s vrozenou kardiomyopatií pomocí technologie masivního paralelního sekvenování Analysis of genetic variants in patients with congenital cardiomyopathy using massive parallel sequencing technology český Cílem práce bude návrh panelu genetických variant asociovaných s vrozenou kardiomyopatií a aplikace tohoto panelu pro detekci patologických genetických variant u pacientů s vrozenou kardiomyopatií pomocí short-read sekvenační platformy Illumina. Lékařská genetika a molekulární diagnostika 229697@mail.muni.cz "Kamenice 5, UEB PřF MU" 229697 8/19/2024 10:53:04 Pavel Šimara Vliv mechanického signálování na regulaci sestřihu RNA v lidských kmenových buňkách The effect of mechanical stimuli on the splicing regulation in human stem cells český "Heterogenní nukleární ribonukleoproteiny (hnRNPs) jsou RNA-vazebné proteiny, jejichž hlavní funkcí je regulace alternativního sestřihu. Řada současných studií prokázala změny v sestřihu RNA v důsledku mechanické stimulace. Některá data naznačují, že tento proces úzce souvisí s 3D uspořádáním sestřihových regulátorů v jádře, včetně proteinů z rodiny hnRNP. Tento jev by mohl být zásadní pro celkovou regulaci buněčných procesů, zejména v raných fázích vývoje. Cílem diplomové práce (DP) je rozšířit naše znalosti o mechanosensitivitě hnRNP proteinů a jejich roli v poziční identitě v koloni lidských indukovaných kmenových buněk (hiPSC). K tomu student(ka) využije celou řadu molekulárně biologických laboratorních metod, zejména kultivaci a treatment hiPSCs na mikropatternovaných površích, imunocytochemickou analýzu, transfekci buněk pomocí siRNA za účelem knock-downu vybraných genů, Western blotting a analýzu genové exprese pomocí RT-qPCR. Závěrem navrhované DP bude popsat vliv mechanické stimulace na regulaci sestřihu RNA v hiPSC a jejich poziční identitu." Molekulární biologie a genetika pavel.simara@fnusa.cz Jan Vrbský "Mezinárodní centrum klinického výzkumu (International Clinical Research Center) Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně (FNUSA-ICRC), skupina Mechanobiologie nemoci" jan.vrbsky@fnusa.cz 67594 8/21/2024 12:19:15 Prof. Václav Brázda Chemicky a elektricky indukovaná senescence v buněčném modelu a přítomnost G-kvadruplexů Chemically and electrically induced senescence in a cellular model and the presence of G-quadruplexes český "G-kvadruplexy jsou jednou z nejvíce studovaných „nekanonických“ struktur DNA. Jejich role byla popsána u klíčových buněčných molekulárních mechanismů jako replikace, transkripce, translace aj. V současnosti se také ukazuje, že G-kvadruplexy a některé další lokální struktury mohou hrát významnou roli při procesech stárnutí organismu a buněčné senescenci. Student se v této diplomové práci zaměří na práci s buněčnými liniemi a bude převážně studovat vliv působení eleketrického proudu na buňky v kontextu buněčných a molekulárních mechanismů, převážně pak senescence a přítomnosti G-kvadruplexů. Student se bude dále také podílet na projektech řešených na pracovišti školitele." Buněčná biologie Vojtěch Havlík vabdna@gmail.com Mgr. Filip Kledus "Biofyzikální ústav Akademie věd České republiky, v.v.i., Královopolská 135, Brno" 237964@mail.muni.cz 15548 8/21/2024 17:34:30 "Ing. Magdalena Skalníková, CSc." Studium role HDAC1 a HDAC3 v reakci na poškození lidského a myšího genomu UV zářením. The role of HDAC1 and HDAC3 in the DNA Damage Response of Human and Mouse Genomes Induced by UV Radiation. český "Téma diplomové práce je zaměřeno na studium role histonových deacetyláz (HDAC1 a HDAC3) v reakci na poškození genomu UV zářením u lidských a myších buněčných modelů. Histonová deacetyláza 1 (HDAC1) a histonová deacetyláza 3 (HDAC3) jsou enzymy, které patří do rodiny histonových deacetyláz (HDACs), třídy I. HDACs odstraňují acetylové skupiny z histonů a z proteinů ne-histonové povahy v chromatinu eukaryotických buněk. Tyto enzymy hrají důležitou roli v regulaci genové exprese, proliferaci, regulaci buněčného cyklu, v opravě poškození DNA, angiogenezi, ve stresových reakcích nebo v apoptóze a senescenci (Li G et al., fcell.2020.576946). HDAC1 a HDAC3 hrají také roli v opravě DNA po poškození UV zářením a tím přispívají k udržování genomové stability. Pochopením tohoto mechanismu přispějeme k porozumění zachování integrity genomu po UV poškození a jeho potenciálnímu vliv na lidské zdraví. Budeme studovat chování vybraných proteinů po poškození genomu UV zářením pomocí mikroskopické techniky FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) a pomocí imunoblottingu (WB). " Buněčná biologie skalnikova@ibp.cz "prof. RNDr. Eva Bártová, Ph.D., DSc." "Biofyzikální ústav AVČR, v.v.i., Oddělení buněčné biologie a epigenetiky, Královopolská 135, 612 00 Brno." "bartova@ibp.cz, Biofyzikální ústav AVČR, v.v.i., Oddělení buněčné biologie a epigenetiky, Královopolská 135, 612 00 Brno." 369 8/22/2024 15:19:26 Vladimír Rotrekl Modelování rozvoje diabetické kardiomyopatie s pomocí srdečních organoidů derivovaných z lidských pluripotentních kmenových buněk Diabetic cardiomyopathy modelling using human pluripotent stem cell derived cardiac organoids anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Diabetická kardiomyopatie je onemocnění projevující se abnormální strukturou srdečního svalu, fibrózou a sníženou systolickou funkcí, která může vyústit v srdeční selhání. U pacientů trpících Diabetes mellitus jsou obvykle mnohem horší následky srdečního selhání. Podobně je zvýšen výskyt vrozených vad srdce u novorozenců diabetických matek. Cílem této diplomové práce je studium molekulárních mechanismů vedoucích ke změně osudu kmenových buněk a progenitorů, která se podílí na rozvoji diabetické kardiomyopatie. K tomuto účelu bude využitý model lidských pluripotentních buněk a z nich derivovaných kardioorganoidů v podmínkách aberantní koncentrace glukózy. Na tomto modelu bude analyzován vliv rezistence vývoj srdeční tkáně a rozvoj kardiomyopatie, změny v genové expresi a také tkáňového složení organoidů v průběhu diferenciace a maturace. Dále bude analyzováno působení léčiv běžně využívaných při léčbě diabetu. K analýze změn genové a proteinové exprese budou využity techniky kvantitativní PCR, western blottingu a pro lokalizaci molekul bude využito imunocytochemického barvení. " Experimentální biologie živočichů a imunologie "Anežka Poláchová, Bc. (učo: 521929)" vrotrekl@med.muni.cz Mgr. Deborah Beckerová Biologický ústav LF MU deborah.beckerova@gmail.com 699 8/23/2024 13:03:17 Helena Juřicová Charakterizace střevního mikrobiomu psů a možnosti jeho modulace krmivem a krmnými doplňky obohacenými o probiotické kultury Characterization of the intestinal microbiome of dogs and possibilities of its modulation by food and feed supplements enriched with probiotic cultures český "Střevní mikrobiom psů představuje komplexní ekosystém tvořený různými typy mikroorganismů (bakterie, viry, mikroskopické houby, kvasinky a další eukaryotické organismy). Optimální složení střevního mikrobiomu psů přispívá ke správné funkci trávicího traktu a imunitního systému, obraně proti střevním patogenům a tím i k celkovému zdraví zvířete. Naopak dysbióza ve složení střevního mikrobiomu může u psů vést k řadě zdravotních komplikací, jako jsou alergie, metabolická onemocnění (diabetes), obezita, akutní či chronické záněty trávicího traktu a celková nepohoda zvířete. Složení střevního mikrobiomu psů lze významně ovlivnit vhodným složením krmiva, ale také pomocí krmných doplňků na bázi prebiotik, probiotik nebo postbiotik. Diplomová práce bude zaměřena na charakterizaci složení střevního mikrobiomu pomocí metod sekvenování nové generace (amplikonové sekvenování genu pro 16S rRNA a oblasti ITS spacerů) a to ve vzorcích trusu z různých experimentálních skupin zvířat. V průběhu práce bude také optimalizována metoda stanovení tzv. „canine dysbiosis index“ pro rychlou kvantifikaci „střevní dysbiózy“, založená na detekci vybraných bakteriálních druhů pomocí kvantitativní PCR (qPCR)." Mikrobiologie helena.juricova@vri.cz "Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i." 14774 8/26/2024 11:22:09 Lubomír Janda Využití a stabilizace probiotických kultur určených pro úpravu orálního mikrobiomu Use and stabilization of probiotic cultures intended to modify the oral microbiome český "Prevence onemocnění dutiny ústní jako jsou zubní kazy či periodontální onemocnění se obvykle řeší odstraněním iniciačního faktoru – zubního plaku. Právě ústa jsou místem s jednou z nejvyšších mikrobiálních kolonizací, neboť jsou neustále vystavovány nově příchozím mikroorganismům. O to náročněji se poté v těchto podmínkách ustanovuje rovnováha ve prospěch symbiotických vztahů. Významným doplňkem při mechanickém odstraňování zubního plaku jsou antimikrobiální přípravky, které však spolu s patogeny odstraňují z dutiny ústní symbiotické bakterie – probiotika. Je tedy snaha o zavedení přístupů spíše preventivního charakteru, kdy aplikací probiotických bakterií dochází k obnovení rovnováhy mikrobiálního osídlení. Probiotické organismy můžeme dodávat pravidelně ve formě v ústech rozpustné tablety. Existuje však snaha použít probiotické organismy i ve formě přípravků denně používaných v dentální hygieně. K tomu je potřeba stabilizovat probiotickou kulturu ve vodném prostředí a v čase. Cílem teoretické části této bakalářské práce bude vypracování literární rešerše popisující různé formy probiotických kultur, které jsou stabilizované ve vodném prostředí a v čase. Na základě této rešerše bude v rámci praktické části sestaven návrh umožňující dlouhodobé uložení orálních probiotik v prostředcích denní orální hygieny." Mikrobiologie lubomir.janda@vri.cz "Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i. Hudcova 296/70 621 00 Brno Česká republika" 96793 8/26/2024 11:28:07 Lubomír Janda Proteomický rozbor stolice u dětí s diagnózou celiakie Proteomic analysis of stool in children diagnosed with celiac disease český "Celiakie (celiakální sprue, glutenová enteropatie) je autoimunitní onemocnění způsobené nesnášenlivostí gliadinů a dalších prolaminů v některých obilovinách u jedinců s genetickou predispozicí (HLA ‐ DQ2 a HLA ‐ DQ8). Celosvětová prevalence v posledních letech stoupá na zhruba 1,4 %. Za posledních 50 let se výskyt onemocnění zvýšil více než čtyřikrát. Nesnášenlivost lepku je dnes spojena i s dalšími nemocemi, jako je glutenová ataxie, alergie na lepek, astma z povolání nebo neceliakální glutenová senzitivita. Vzhledem k široké škále příznaků je celiakie náročná na diagnostiku. Jedinou dnes dostupnou léčbou je celoživotní bezlepková dieta, která je založena na přísném vyloučení lepku obsaženého v obilovinách, jako je pšenice, žito nebo ječmen, ale také oves, ze stravy jedince. Práce bude zaměřena na proteomickou analýzu stolice u dětí s diagnózou celiakie. Teoretická část bude zaměřena na zjištění peptidů, které byly sledovány v rámci různých studií, zaměřených na nemoci spojené s lepkem. Zaměříme se na identifikaci prolaminových peptidů, které by mohly být sledované jako markrové peptidy u dětí, u kterých je podezření na porušení diety. Ve druhé části budeme analyzovat stolici pacientů se zaměřením na peptidy tkáně střeva například proteiny těsných spojů (zonulin, ocludin) nebo desmosomů (integriny, desmoplakin, intermediální filamenta), které určují míru stability či propustnosti střeva." Molekulární biologie a genetika lubomir.janda@vri.cz "Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i. Hudcova 296/70 621 00 Brno Česká republika" 96793 8/26/2024 13:48:40 Lumír Krejčí Studium mechanismu ochrany replikačních vidlic a jejich souvislosti s lidskými onemocněními Study of the mechanisms of replication fork protection and their connection to human diseases. anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Naše laboratoř se zaměřuje na studium molekulární podstaty zhoubných onemocnění, které souvisí s rekombinací a opravou poškozené DNA. DNA obsažená v lidské buňce je neustále poškozována vnějšími i vnitřními vlivy (radiace, UV záření ale i chybná replikace apod.) Různých poškození nebo zlomů v DNA je až půl milionu za den. Poškozená DNA zpomaluje nebo dokonce zastaví replikační vidlici a vede k nestabilitě genomu a je asociována se vznikem celé řady onemocnění, včetně rakoviny. Jedním z mechanismů, který zaručuje bezchybnou opravu poškozené DNA a její replikaci je homologní rekombinace. Experimentální práce zahrnuje širokou škálu molekulárně-biologických přístupů vč. amplifikace a klonování DNA, expresi proteinů a jejich purifikace, studium proteinových interakcí a další charakterizace pomocí biochemických, molekulárně biologických, biofyzikálních, strukturálních, buněčně biologických a genetických metod." Biologie člověka lkrejci@chemi.muni.cz "Laboratoř rekombinace a DNA opravy, Kamenice 6, B7" 18098 8/26/2024 13:50:16 Lumír Krejčí Studium mechanismu ochrany replikačních vidlic a jejich souvislosti s lidskými onemocněními Study of the mechanisms of replication fork protection and their connection to human diseases. anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Naše laboratoř se zaměřuje na studium molekulární podstaty zhoubných onemocnění, které souvisí s rekombinací a opravou poškozené DNA. DNA obsažená v lidské buňce je neustále poškozována vnějšími i vnitřními vlivy (radiace, UV záření ale i chybná replikace apod.) Různých poškození nebo zlomů v DNA je až půl milionu za den. Poškozená DNA zpomaluje nebo dokonce zastaví replikační vidlici a vede k nestabilitě genomu a je asociována se vznikem celé řady onemocnění, včetně rakoviny. Jedním z mechanismů, který zaručuje bezchybnou opravu poškozené DNA a její replikaci je homologní rekombinace. Experimentální práce zahrnuje širokou škálu molekulárně-biologických přístupů vč. amplifikace a klonování DNA, expresi proteinů a jejich purifikace, studium proteinových interakcí a další charakterizace pomocí biochemických, molekulárně biologických, biofyzikálních, strukturálních, buněčně biologických a genetických metod." Buněčná biologie lkrejci@chemi.muni.cz "Laboratoř rekombinace a DNA opravy, Kamenice 6, B7" 18098 8/26/2024 13:51:50 Lumír Krejčí Studium mechanismu ochrany replikačních vidlic a jejich souvislosti s lidskými onemocněními Study of the mechanisms of replication fork protection and their connection to human diseases. anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Naše laboratoř se zaměřuje na studium molekulární podstaty zhoubných onemocnění, které souvisí s rekombinací a opravou poškozené DNA. DNA obsažená v lidské buňce je neustále poškozována vnějšími i vnitřními vlivy (radiace, UV záření ale i chybná replikace apod.) Různých poškození nebo zlomů v DNA je až půl milionu za den. Poškozená DNA zpomaluje nebo dokonce zastaví replikační vidlici a vede k nestabilitě genomu a je asociována se vznikem celé řady onemocnění, včetně rakoviny. Jedním z mechanismů, který zaručuje bezchybnou opravu poškozené DNA a její replikaci je homologní rekombinace. Experimentální práce zahrnuje širokou škálu molekulárně-biologických přístupů vč. amplifikace a klonování DNA, expresi proteinů a jejich purifikace, studium proteinových interakcí a další charakterizace pomocí biochemických, molekulárně biologických, biofyzikálních, strukturálních, buněčně biologických a genetických metod." Experimentální biologie živočichů a imunologie lkrejci@chemi.muni.cz "Laboratoř rekombinace a DNA opravy, Kamenice 6, B7" 18098 8/26/2024 13:53:07 Lumír Krejčí Studium mechanismu ochrany replikačních vidlic a jejich souvislosti s lidskými onemocněními Study of the mechanisms of replication fork protection and their connection to human diseases. anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Naše laboratoř se zaměřuje na studium molekulární podstaty zhoubných onemocnění, které souvisí s rekombinací a opravou poškozené DNA. DNA obsažená v lidské buňce je neustále poškozována vnějšími i vnitřními vlivy (radiace, UV záření ale i chybná replikace apod.) Různých poškození nebo zlomů v DNA je až půl milionu za den. Poškozená DNA zpomaluje nebo dokonce zastaví replikační vidlici a vede k nestabilitě genomu a je asociována se vznikem celé řady onemocnění, včetně rakoviny. Jedním z mechanismů, který zaručuje bezchybnou opravu poškozené DNA a její replikaci je homologní rekombinace. Experimentální práce zahrnuje širokou škálu molekulárně-biologických přístupů vč. amplifikace a klonování DNA, expresi proteinů a jejich purifikace, studium proteinových interakcí a další charakterizace pomocí biochemických, molekulárně biologických, biofyzikálních, strukturálních, buněčně biologických a genetických metod." Lékařská genetika a molekulární diagnostika lkrejci@chemi.muni.cz "Laboratoř rekombinace a DNA opravy, Kamenice 6, B7" 18098 8/27/2024 8:42:21 "Mgr. Jarmila Navrátilová, Ph.D." "Nádorové buňky tolerantní na terapii, jejich charakterizace a možnosti eliminace. " "Tumor cells tolerant to therapy, their characterization and possibilities of elimination." český "Buňky tolerantní na cílenou nebo standardní terapii představují vážný problém pro léčbu onkologicky nemocných pacientů. Jedná se o buněčný subtyp úzce související s minimální reziduální chorobou, kdy nádorové buňky přechodně ztrácí citlivost na léčbu. Po určité době mohou své maligní vlastnosti obnovit a být příčinou recidivy onemocnění, případně plně vyvinuté rezistence na léčbu. Cílem diplomové práce bude tolerantní buňky vytvořit, charakterizovat a na základě jejich molekulárně biologických vlastností navrhnout a experimentálně potvrdit možnosti jejich eliminace. Studentka si při řešení tématu osvojí metody imonohistochemie, imunoblot, průtokové cytometrie a práci v tkáňových kulturách." Buněčná biologie "Bc. Veronika Mikolajková, učo 505564" jnavratilova@sci.muni.cz "Mgr. Lucia Knopfová, Ph.D." "Ústav experimentální biologie, Přírodověcká fakulta, Masarykova univerzita, Kamenice 5, Brno Bohunice, 62500" "knopfova@sci.muni.cz; Ústav experimentální biologie, Přírodověcká fakulta, Masarykova univerzita, Kamenice 5, Brno Bohunice, 62500" 22031 8/27/2024 9:03:55 Pavel Švec Taxonomická analýza kultivovatelných bakterií z jezerních sedimentů z ostrova Jamese Rosse (Antarktida). Taxonomic analysis of cultivable bacteria from lake sediments from James Ross Island (Antarctica). český "Diplomová práce se zaměří na charakterizaci a identifikaci kultivovatelných bakterií izolovaných ze sedimentů Velkého a Malého Lachmanova jezera, jezírka na mysu Lachman a jezera Monolith na ostrově Jamese Rosse v Antarktidě. Bakteriální izoláty budou analyzovány pomocí genotypizace metodou rep-PCR, která umožní jejich dereplikaci a základní klasifikaci na základě genetické příbuznosti. Následně budou vybrané izoláty identifikovány sekvenováním genu pro 16S rRNA, případně budou na základě dosažených výsledků použity další fenotypové a molekulárně-biologické metody pro jejich přesnější identifikaci. Cílem práce je popsat spektrum kultivovatelných bakterií v sedimentech studovaných jezer, porovnat diverzitu izolátů v rámci různých odběrových míst z jednoho jezera a provést srovnání bakteriálního spektra mezi jednotlivými jezery. Výsledky práce přispějí k poznání bakteriální diverzity v extrémních podmínkách Antarktidy a mohou také odhalit dosud nepopsané druhy osídlující toto jedinečné prostředí." Mikrobiologie pavel@sci.muni.cz "Česká sbírka mikroorganismů, Univerzitní kampus Bohunice, budova E25" 1098 8/29/2024 13:02:43 "doc. Mgr. Markéta Šámalova, Ph.D." Příprava geneticky modifikovaných tabákových rostlin se změněnou expresí expansinů a testování jejich odolnosti vůči stresům. Preparation of genetically modified tobacco plants with altered expression of expansins and testing their resistance to stresses. český "Metody genetických modifikací a editací genomu jsou jednou z nejrychleji se rozvíjející vědní disciplínou a jejich využití je stále více diskutovanou záležitostí také u rostlin. Tyto modifikace by mohly přispět ke zefektivnění zemědělské produkce a tím ke zkvalitnění životního prostředí. Expansiny tvoří rozsáhlou skupinu proteinů, které rozvolňují stěnu rostlinných buněk a umožňují tak jejich růst a diferenciaci. Nedávno byly expansiny identifikovány jako primární geny odezvy měnící svoji expresi vlivem působících abiotických i biotických stresových faktorů. Jejich studiem a modifikací by bylo možné přispět k přizpůsobení růstu a vývoji rostlin měnícím se podmínkám okolního prostředí. Cílem diplomové práce bude i) vypracovat literární rešerši zabývající se využitím CRISPR/Cas technologií v rostlinách ii) připravit geneticky modifikované rostliny tabáku (Nicotiana tabacum) se změněnou expresí expansinů, iii) a otestovat jejich odolnost vůči stresům způsobeným suchem a/nebo rostlinnými patogeny. V rámci diplomové práce bude využita CRISPR/Cas technologie, kvantitativní RT-qPCR na ověření hladiny exprese expansinů a budou testovány různé metody indukce stresu u tabákových rostlin. Doporučená literatura: Capdeville, M., Schindele, P. & Puchta, H. (2023) Getting better all the time — recent progress in the development of CRISPR/Cas-based tools for plant genome engineering. Curr Opin Biotech, 79:102854. Samalova, M., Gahurova, E. & Hejatko, J. (2022) Expansin-mediated developmental and adaptive responses: A matter of cell wall biomechanics? Quantitative Plant Biol. 3: e11, 1-14. Cosgrove, D. J. (2005) Growth of the plant cell wall. Nat Rev Mol Cell Biol. 6: 850–861. " Buněčná biologie Bc Kateřina Malá marketa.samalova@sci.muni.cz "ÚEBR, Kamenice 5, 625 00 Brno" 8937 8/29/2024 15:08:29 "Dalibor Blazek, PhD" Charakterizace mechanismu regulujicich transkripcni elongaci a terminaci Characterization of mechanisms regulating transcription elongation and termination anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "CDK12 je kinaza regulujici elongaci transkripce genu, ktere koduji proteiny a jeji aktivita je nutna pro optimalni terminaci RNA polymerazy II. CDK12 je mutovana v mnoha typech nadoru, nicmene mechanismus, kterym reguluje transkripci neni dobre prostudovan. Cilem diplomove prace bude porozumeni mechanismum, kterymi CDK12 a dalsi elongacni faktory reguluji transkripcni elongaci a terminaci. K dosazeni tohoto cile budou pouzity ruzne metody molekularni biologie a biochemie, vcetne in vitro a in vivo systemu." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Anna Rozkova dalibor.blazek@ceitec.muni.cz "Peter Manik, Mgr." CEITEC-MU peter.manik@ceitec.muni.cz 114689 8/29/2024 16:29:01 Lenka Kosečková Micenková Charakterizace kmenů Staphylococcus lugdunensis s potenciálem pro prevenci stafylokokových infekcí Characterization of Staphylococcus lugdunensis strains with potential for prevention of staphylococcal infections český "Bakterie Staphylococcus aureus představuje významný problém v oblasti zdravotní péče, neboť je zodpovědná za vysokou morbiditu, mortalitu a výraznou finanční zátěž. Vedle léčby infekcí způsobených touto bakterií se v odborné literatuře stále více objevují studie zaměřené na dekolonizaci jedinců s cílem zabránit vzniku a šíření infekce. Cílem této práce bude pomocí celogenomového sekvenování identifikovat kmeny Staphylococcus lugdunensis s nejnižší virulencí a nejvyšším probiotickým potenciálem. Vybrané kmeny S. lugdunensis s potenciálním probiotickým účinkem budou následně testovány proti klinicky významným kmenům S. aureus." Molekulární biologie a genetika Michaela Navrátilová lenka.micenkova@sci.muni.cz Tibor Botka "Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, Ústav experimentální biologie, Laboratoř molekulární diagnostiky mikroorganismů, Univerzitní kampus Bohunice, pavilon E25, Kamenice 753/5, 625 00 Brno-Bohunice" tibor.botka@mail.muni.cz 229962 9/2/2024 10:14:23 "Doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D." Konstrukce syntetického bakteriálního konsorcia pro paralelní zužitkování lignocelulózových substrátů Construction of a synthetic bacterial consortium for parallel utilization of lignocellulosic substrates anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Řada přírodních procesů v biosféře je katalyzována komunitami mikroorganismů. Příkladem je rozklad organické hmoty. Rostlinná biomasa včetně té reziduální generované antropogenními procesy (např. v zemědělství, lesnictví, či v domácnostech) je z větší části tvořena lignocelulózou – směsí polymerů cukrů a aromatických látek. Reziduální lignocelulóza je vnímána jako zajímavý zdroj uhlíku a energie pro moderní mikrobiální biotechnologie. Její efektivní zužitkování si však žádá robustní mikroorganismy schopné paralelní utilizace jejích složek. Řešením inspirovaným přírodou mohou být syntetická mikrobiální konsorcia tvořená jedinci s různou substrátovou specifitou. Cílem tohoto diplomového projektu je ověřit hypotézu, že modifikované specializované kmeny modelové bakterie Pseudomonas putida jsou v podobě syntetického konsorcia schopné paralelního zpracování tří základních monomerních složek lignocelulózy – cukrů hexóz (především D-glukózy), cukrů pentóz (především D-xylózy) a aromatických látek z ligninu (například kyseliny benzoové nebo kyseliny p-kumarové). Studentka bude mít k dispozici modifikované kmeny P. putida připravené v naší laboratoři a bude je za využití nástrojů genetického inženýrství upravovat na kmeny specializované na jednotlivé složky lignocelulózy. V další části projektu bude studentka testovat paralelní zpracování substrátů konsorciem za různých kultivačních podmínek (např. objem kultury, koncentrace jednotlivých substrátů atd.). Efektivita konsorcia může být v případě dostatku času srovnána s jediným modifikovaným kmenem P. putida shopným koutilizace všech tří typů substrátů – tzv. generalistou. Pro koutilizační experimenty budou využívány primárně směsi čistých komerčně dodaných cukrů a aromatických látek, v pozdější fázi projektu mohou být testovány i lignocelulózové hydrolyzáty. " Molekulární biologie a genetika Barbora Gavendová pdvorak@sci.muni.cz "MSc. Miguel Joao Ferreira da Silva, Ph.D. " "Ústav experimentální biologie, Oddělení mikrobiologie (budova E25, Kamenice 5, Brno 62500), PřF, MUNI" "248446@muni.cz, adresa stejná jako školitel" 151419 9/2/2024 15:13:41 Renáta Karpíšková Genetická diverzita Listeria monocytogenes u lidí Genetic diversity of Listeria monocytogenes in humans český "Studium genetické diverzity Listeria monocytogenes je klíčové pro identifikaci možných epidemických klastrů v humánní populaci. Tento přístup umožňuje sledovat šíření různých sekvenčních typů a analyzovat jejich specifické charakteristiky pomocí pokročilých molekulárních technik. Listeria monocytogenes je patogen, který se šíří převážně alimentární cestou a u zranitelných skupin populace (těhotné ženy, novorozenci, starší lidé a osoby s oslabeným imunitním systémem) může způsobovat závažné, život ohrožující infekce. Genetická diverzita tohoto mikroorganismu je značná, což komplikuje jeho sledování a kontrolu nad jeho šířením. Monitorování prevalence jednotlivých sekvenčních typů je nezbytné pro epidemiologické účely. Pomocí technik jako je sekvenování celého genomu (WGS) a multilokusová sekvenční typizace (MLST) lze získat detailní informace o genetické variabilitě a evolučních vztazích mezi různými kmeny. Pokročilé molekulární techniky umožňují nejen identifikaci a charakterizaci jednotlivých sekvenčních typů, ale také sledování jejich šíření v reálném čase. To je zásadní pro rychlou reakci na vznik možné epidemie, pro vývoj efektivních strategií prevence a kontroly. Humánní izoláty budou charakterizovány na úrovni seroskupiny, serotypu, MLST typu a metodou WGS. Získaná data budou analyzována pomocí softwaru Ridom SeqSphere+. " Mikrobiologie renata.karpiskova@med.muni.cz Koláčková Ivana "Ústav veřejného zdraví, LF MUNI" ivana.kolackova@med.muni.cz 52659 9/2/2024 17:05:21 Stjepan Uldrijan Nanoprotilátky cílící na CA9 jako potenciální nástroj pro detekci a inhibici nádorových buněk Nanobodies targeting CA9 as a potential tool for detecting and inhibiting cancer cells český "Karbonická anhydráza IX (CA9) je povrchový enzym ukotvený v cytoplazmatické membráně, který se podílí na regulaci intracelulárního pH. Exprese CA9 je řízena transkripčním faktorem HIF1, který je zodpovědný za nadprodukci CA9 v hypoxických oblastech zhoubných nádorů. Cílem této diplomové práce je ověření možného využití nových rekombinantních nanoprotilátek cílících na CA9 pro specifickou detekci nádorových buněk a pro stimulaci imunitní odpovědi vůči vybraným typům maligních nádorů." Molekulární biologie a genetika Lenka Burianová uldrijan@med.muni.cz Mgr. Kateřina Koždoňová "Biologický ústav LF MU, Kamenice 5, 62500 Brno" "459395@mail.muni.cz, Biologický ústav LF MU, Kamenice 6, 62500 Brno" 104691 9/3/2024 13:40:03 "Mgr. Stjepan Uldrijan, CSc." Úloha eIF4F v regulaci signální dráhy ERK v buňkách s aktivovaným onkogenem KRAS The role of eIF4F in the regulation of the ERK signaling pathway in cells with activated KRAS oncogene český Funkce eukaryotického iniciačního translačního faktoru eIF4F je nezbytná pro udržování optimální aktivity dráhy MAP kinázy ERK v buňkách melanomu s onkogenními mutacemi genů BRAF a NRAS. Naše pilotní výsledky však naznačují také možné zapojení eIF4F do kontroly signalizace ERK v buňkách nesoucích mutace genu KRAS. Cílem této práce je ověření pilotních výsledků a hlubší charakterizace úlohy eIF4F v kontrole dráhy ERK s využitím panelu nádorových linií reprezentujících nejčastější onkogenní mutace u vybraných lidských nádorových onemocnění spojených s aktivací proteinu KRAS. Lékařská genetika a molekulární diagnostika Eliška Ludmila Frolová uldrijan@med.muni.cz Mgr. Bc. Karolína Smolková "Biologický ústav LF MU, Kamenice 5, 62500 Brno" "karolina.smolkova@mail.muni.cz Biologický ústav LF MU, Kamenice 5, 62500 Brno" 104691 9/3/2024 15:23:28 Diana Nikulenkov Grochová "Využití exomového sekvenování v prenatální diagnostice: přínosy, limitace a úskalí" "Exome sequencing in prenatal diagnosis: benefits, limitations and pitfalls" český "Přibližně u 1-2 % těhotenství bývá během prenatálních vyšetření detekována klinicky významná strukturální nebo funkční abnormalita plodu. Genetická diagnostika může v těchto případech pomoci při určování fetální prognózy a prenatální péče, včetně in utero terapie, plánování porodu a novorozeneckého managementu. Tradičně využívané metody v prenatální diagnostice (karyotyp, QF-PCR, array-CGH) umožňují upřesnit diagnózu u asi třetiny patologických těhotenství, přičemž poslední studie ukazují, že celoexomové sekvenování (WES) přináší objasnění genetické příčiny patologie u další třetiny případů (v závislosti na dané malformaci). Kromě benefitů má tato moderní metoda i řadu limitací a úskalí, především z hlediska interpretace detekovaných variant. Tato diplomová práce bude zaměřena na využití a přínos klinického exomového eventuálně celoexomového sekvenování u vybraných prenatálních případů. Dílčí cíle se zaměří na zpracování výsledků sekvenování vhodnými bioinformatickými nástroji a databázemi, zhodnocení přístupu “all in one” (tj. simultánní detekce SNP, CNV a AOH variant metodou WES) a další praktické otázky spojené s využitím WES v prenatální diagnostice (např. kvalita vstupního materiálu, čas odezvy, prioritizace variant atd.). Jedním z problémů pojících se s využíváním exomového sekvenování jsou i etické aspekty, především otázky týkající se sekundárních a náhodných nálezů, a to jak u plodu, tak v případě trio analýzy i u rodičů. Součástí diplomové práce bude pohled i na tuto problematiku." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Sára Klenovcová diana.groch@gmail.com Jitka Kadlecová "Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o." jitka.kadlecova@cytogenetika.cz 14699 9/3/2024 15:34:22 "Doc. Mgr. Petr Beneš, PhD" Funkční význam genu ZNF91 v osteosarkomových buněčných liniích Functional significance of ZNF91 gene in osteosarcoma cell lines český "Osteosarkom je nejčastější maligní nádor kostní tkáně, který často vytváří metastázy. I přes intenzivní výzkum je terapie již desítky let stále založena na agresivní chemoterapii. Identifikace novým molekulárních markerů agresivních nádorů je tak důležitá pro návrh nových cílených terapeutických přístupů. Pomocí bioinformatických analýz transkriptomu na pacientských datech a buněčných liniích jsme identifikovali gen/protein ZNF91 jako možný regulátor progrese tohoto nádorového onemocnění. Cílem této diplomové práce je tedy analýza funkčního významu ZNF91 u modelových osteosarkomových buněčných linií. " Molekulární biologie a genetika Anděla Žáčková pbenes@sci.muni.cz "Mgr. Lucia Knopfová, PhD" OGMB ÚEB Přf MUNI "OGMB ÚEB Přf MUNI, knopfova@sci.muni.cz" 2082 9/4/2024 13:01:53 Tibor Botka Analýza mechanismů umožňujících pseudolyzogenii u podoviru Staphylococcus sciuri a jeho hostitele Analysis of mechanisms enabling pseudolysogeny in Staphylococcus sciuri podovirus and its host český "Pseudolyzogenie je známý, ale málo prozkoumaný stav koexistence fága a jeho hostitele, který může mít významný dopad na průběh fágové terapie. Práce se bude zabývat podovirem Staphylococcus sciuri s10, který vykazuje úzké hostitelské spektrum a schopnost perzistence v hostitelských buňkách. Cílem bude objasnit mechanismy, které perzistenci umožňují. Součástí experimentálních metod bude optimalizace deplece volných virionů z bakteriální kultury, sekvenování RNA, analýza methylomu, průtoková cytometrie a klonování genu pro putativní fágovou methyltransferázu." Molekulární biologie a genetika Tomáš Holuša tibor.botka@mail.muni.cz Eliška Kučerová "Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Kamenice 5, Brno" "kucerovae@mail.muni.cz; Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Kamenice 5, Brno" 177238 9/4/2024 13:10:57 "prof. RNDr. Eva Matalová, Ph.D." Transkripční profil vývoje zubní pulpy se zaměřením na neurogenezi Transcription profile of developing dental pulp with focus on neurogenesis český "Zubní pulpa (dřeň) je měkká tkáň uložena uvnitř zubu, která je klíčová pro život (homeostázu) zubu a díky přítomnosti kmenových buněk i pro potenciální regeneraci. Zubní pulpa je prostoupena množstvím cév a nervových vláken, přítomna jsou senzorická i autonomní. Průběh inervace je časově a prostorově vymezen, související molekulární regulace však dosud nejsou komplexně objasněny. Cílem diplomové práce je přispět k poznání v této oblasti analýzou transkriptomu (RNA sekvenování) zubní pulpy v prenatálním a postnatálním vývoji. Kromě zvládnutí laboratorní části přípravy vzorků u myšího modelu je diplomová práce zaměřena na datové analýzy a interpretace výsledků v kontextu odontogeneze a regeneračních strategií. " Molekulární biologie a genetika matalova@iach.cz "Mgr. Eva Švandová, Ph.D." "ÚŽFG AV ČR, v.v.i., Veveří 97, 60200 Brno" evabsvandova@gmail.com 56201 9/4/2024 13:38:21 "prof. RNDr. Eva Matalová, Ph.D." Markery PANoptózy vztahující se k osteoartritidě PANoptosis markers associated with osteoarthritis český "PANoptóza je forma buněčné smrti kombinující panoptózu, apoptózu a nekroptózu a je horkým tématem ve výzkumu zánětových procesů a souvisejících onemocnění. To se týká také osteoartritidy, degenerativního kloubního onemocnění, které zasahuje významnou část stárnoucí populace. PANoptóza a její cílené modifikace jsou aktuální výzvou pro terapeutické strategie. Na základě bioinformatické analýzy byly vytipovány biomarkery PANoptózy vztahující se k osteoartritidě. Diplomová práce se bude věnovat výzkumu jejich exprese v zánětovém prostředí chondrocytů. Činnost zahrnuje jak práci v laboratoři, tak s databázemi a výsledky RNA sekvenací." Molekulární biologie a genetika matalova@iach.cz "Mgr. Barbora Veselá, Ph.D." "Laboratoř odontogeneze a osteogeneze, ÚŽFG AV ČR, v.v.i., Veveří 97, 60200 Brno" veselab.lab@gmail.com 56201 9/4/2024 21:34:54 "Tomasz Witold Radaszkiewicz, Ph.D., M.Sc." Řešení CK1 kináz u melanomu: Přístupy a mechanismus účinku Tackling CK1 Kinases in melanoma: Approaches and Mechanism of Action anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "The student will target isoforms of the CK1 family using two different approaches—targeted degradation and small molecule inhibitors. Melanoma cell lines will serve as the research model, employing techniques such as Western blot, proliferation assays, and confocal microscopy. The finalization of this thesis aims to determine which targeting approach is most beneficial and to highlight the consequences for cell biology." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Bc. Marie Tejkalová 234654@mail.muni.cz Section of Animal Physiology and Immunology – Faculty of Science 234654 9/5/2024 9:00:52 Lukáš Čajánek Dynamika efektů inhibice TTBK2 v primárních ciliích Dynamics of effects of TTBK2 inhibition in primary cilia anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Ciliogeneze, proces tvorby buněčných organel nazývaných primární cilie, je řízena proteiny mateřské centrioly. Klíčovou úlohu v regulaci ciliogeneze plní kináza Tau Tubulin Kináza 2 (TTBK2). Recentní poznatky ukazují, že TTBK2 je esenciální nejen pro iniciaci ciliogeneze, ale také pro udržení funkčnosti primární cilií již vytvořených. Mechanismy, kterými TTBK2 primární cilie reguluje nejsou dostatečně známy. Cílem práce bude studium dynamiky efektů farmakologické inhibice TTBK2 na procesy tvorby a funkce cilií v buněčné linii hTERT-RPE-1. K tomu bude využit model analog-senzitivní kinázy, úspěšně etablovaným Andreu Lacigovou během její bakalářské práce. Tento model může být podle potřeby a aktuálních priorit doplněn použitím inhibitorů TTBK1/2 (komerčně dostupné, respektive spolupráce s laboratoří Dr. Alison Axtman – University of North Carolina). Získané výsledky mají potenciál přinést významný pokrok ve studiu dynamiky a hierarchie efektů TTBK2 na primární cilie a jejich tvorbu. Dále si studentka prohloubí znalosti relevantní literatury, což ji umožní popsat a diskutovat získané výsledky v odpovídajícím kontextu." Buněčná biologie "Andrea Lacigová, UČO: 521675" cajanek@med.muni.cz "Laboratoř biologie centrozomu a cilií, Ústav Histologie a Embryologie, Lékařská fakulta, Masarykova Univerzita, Kamenice 3/F01, 625 00 Brno." 40690 9/5/2024 9:15:06 Stanislava Sladeček Úloha duálně specifických fosfatáz v časné diferenciaci in vitro Role of Dual Specificity Phosphatases in Early in vitro Differentiation český "Buněčná diferenciace je složitý biologický proces, do kterého je zapojena celá řada signálních drah, mezi jinými dráha protein kináz regulovaných mitogeny (MAPK – mitogen-activated protein kinases). Aktivita dráhy MAPK je mezi jinými regulovaná rodinou duálně specifických fosfatáz (DUSP – dual specific phosphatases). U linií myších embryonálních kmenových buněk s deplecí DUSP7 byly během in vitro diferenciace pozorovány změny ve vzniku kardiomezodermu a neuroektodermu. DUSP7 tedy pravděpodobně hraje důležitou roli v časné diferenciaci zárodečných listů. Tato diplomová práce bude zaměřena na přípravu a charakterizaci myších embryonálních kmenových buněk s inducibilní expresí shDUSP7. Následně se práce bude věnovat studiu mechanizmu a období diferenciace, ve kterém DUSP7 má dopad na vznik mezodermu a z něj odvozených kardiomyocytů." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Patrik Šmahlík 376333@mail.muni.cz Jiří Pacherník "Oddělení fyziologie a imunologie živočichů, Kamenice 5, 62500 Brno" jipa@sci.muni.cz 376333 9/5/2024 13:21:18 Tibor Botka "Indukce a analýza životaschopných, ale nekultivovatelných buněk stafylokoků s využitím nových živočišných modelů" Induction and analysis of viable but non-culturable staphylococcal cells using novel animal models český "Životaschopný, ale nekultivovatelný stav (VBNC) stafylokoků komplikuje rutinní diagnostiku a léčbu bakteriálních infekcí. Aktuální laboratorní metody neumožňují spolehlivý průkaz přítomnosti VBNC. Komplikací je i zdlouhavá příprava VBNC buněk in vitro. Práce se bude zabývat přípravou VBNC buněk působením různých stresorů, včetně interakce s jinými bakteriemi, s nimiž se setkáváme u stafylokokových infekcí. Dále budou VBNC buňky analyzovány s využitím průtokové cytometrie a fluorescenční mikroskopie. Jejich infekčnost bude ověřena na modelových organismech C. elegans a G. mellonella, přičemž oba modely budou následně srovnány." Experimentální biologie živočichů a imunologie Petr Jelínek tibor.botka@mail.muni.cz Pavel Hyršl "Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Kamenice 5, Brno" "hyrsl@sci.muni.cz; Oddělení fyziologie a imunologie živočichů, Ústav experimentální biologie; PřF MU, Kamenice 5, Brno" 177238 9/5/2024 14:51:21 Michaela Bosáková Signaling primárních cilií u glioblastomu Primary Cilia Signaling in Glioblastoma český Glioblastom je nejčastějším maligním nádorovým onemocněním mozku dospělých lidí a zároveň jedním z nejvíce smrticích nádorů s mediánem přežití pacientů patnáct měsíců. Tento projekt si klade za cíl nahlédnout to patogeneze glioblastomu z pohledu signálních drah zprostředkovaných buněčnou organelou primární cilium. Vybraný magisterský student bude pracovat s již ustanovenými liniemi glioblastomu a bude se také podílet na izolaci nových primárních linií z nádorové tkáně pacientů. Následně bude studovat aktivitu signálních drah buněk glioblastomu pomocí stimulace ligandy a následné western blot a qPCR analýzy. Kromě výzkumných nástrojů a technologií dostupných v laboratoři a Biologickém ústavu bude mít student přístup také ke core facilities v univerzitním kampuse MUNI. Experimentální biologie živočichů a imunologie bosakovam@med.muni.cz Biologický ústav LF MUNI 106056 9/6/2024 7:23:48 Iva Slaninová Studium odpovědi resistentních nádorových buněk na cytostatika a cílená terapeutika Study of the response of resistant cancer cells to cytostatic drugs and targeted therapeutics český "Deregulace apoptotických drah je jedním z hlavních mechanismů, kterými nádorové buňky získávají rezistenci vůči léčbě. Cílem diplomové práce bude studium odpovědi resistentních nádorových buněk na cytostatika a cílená terapeutika, se zaměřením na buňky s poruchami apoptotických signálních drah. Budou využity buňky, které mají mutace v genech pro klíčové proteiny apoptózy a buňky, které získaly resistenci k terapii. Práce se zaměří na hledání strategií, jak překonat rezistenci nádorových buněk, včetně kombinace cytostatik s cílenými terapeutiky, které mohou obnovit apoptotickou odpověď. Výsledky mohou přispět k lepšímu pochopení mechanismů rezistence nádorových buněk a hledání efektivnějších terapeutických strategií." Lékařská genetika a molekulární diagnostika ipokorna@med.muni.cz "Biologický ústav LF MU Kamenice 5, budova B6 62500 Brno" 2105 9/6/2024 9:16:25 "doc. Mgr. Markéta Šámalová, Ph.D." Zavedení metody genetické modifikace mechu Physcomitrium patens a studium buněčné stěny se zaměřením na geny EXPANSINŮ. Introduction of a genetic modification method of the moss Physcomitrium patens and study of the cell wall with a focus on EXPANSIN genes. anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Mechy tvoří evolučně starou skupinu a jsou čím dál častěji využívány jako důležitý modelový organismus pro studium nižších i vyšších rostlin. Buněčná stěna je nedílnou součástí rostlinných buněk, a kromě ochranné a komunikační funkce ovlivňuje také jejich růst a celkový vývoj rostlin. Důležitou roli přitom hrají expansiny, malé proteiny podílející se na jejím rozvolňování čímž ovlivňují rychlost růstu a diferenciaci buněk. Tyto proteiny byly identifikovány jako primární geny odezvy měnící svoji expresi vlivem abiotických i biotických stresových faktorů. Jejich studium je proto důležité pro pochopení principů adaptace rostlin měnícím se podmínkách životního prostředí. Cílem diplomové práce bude i) vypracovat literární rešerši zabývající se studiem buněčné stěny se zaměřením na geny EXPANSINŮ v meších (Physcomitrium patens), ii) optimalizovat kultivaci Physcomitrium patens v podmínkách in vitro, včetně zvýšení jeho produkce v bioreaktoru, iii) pokusit se o modifikaci buněčné stěny Physcomitrium patens manipulací genů EXPANSINŮ a charakterizovat získané mutanty. Doporučená literatura: Cove, D. J., Bezanilla, M., Harries, P., & Quatrano, R. (2006) Mosses as model systems for the study of metabolism and development. Annual Rev Plant Biol. 57: 497–520. Samalova, M., Gahurova, E. & Hejatko, J. (2022) Expansin-mediated developmental and adaptive responses: A matter of cell wall biomechanics? Quantitative Plant Biol. 3: e11, 1-14. Cosgrove, D. J. (2005) Growth of the plant cell wall. Nat Rev Mol Cell Biol. 6: 850–861. " Experimentální biologie rostlin Vít Řezáč marketa.samalova@sci.muni.cz "Mgr. Peter Váczi, Ph.D." "ÚEB, Kamenice 5, Brno 62500" vaczi@sci.muni.cz 8937 9/6/2024 11:47:01 "doc. Mgr. Jan Křivánek, Ph.D." Mechanismy řídící regeneraci a reparaci kontinuálně rostoucích zubů rypoše lysého Mechanisms controlling regeneration and repair of continuously growing teeth of the naked mole rat český "Rypoš lysý je zvláštním modelovým organismem, který je zkoumán pro jeho specifické adaptační schopnosti uzpůsobené jeho životnímu stylu. Mimo jiné se u těchto organismů vyvinuly kontinuálně rostoucí zuby čnějící mimo dutinu ústní. Tyto zuby spolu s okolními měkkými tkáněmi vykazují specifické uzpůsobení pro hrabání podzemních tunelů. Ačkoliv se o této jejich funkci ví, tak molekulární a buněčné mechanismy, které za ni zodpovídají a z nich plynoucí specifická vnitřní mikrostruktura tvrdých tkání zubu, zůstávají zcela neobjasněny. Tato práce se bude za využití komplexních přístupů věnovat zkoumání mechanismů kontrolujících růst a s tím související mikrostrukturu těchto zvláštních zubů. K dosažení tohoto cíle budou využity rozmanité metody včetně imunohistochemie, microCT, metoda sledující dynamiku růstu zubů v čase (BEE-ST) nebo skenovací elektronová mikroskopie. " Molekulární biologie a genetika Bc. Tereza Kohoutová jan.krivanek@med.muni.cz "González López, Marcos, MSc." "Ústav Histologie a Embryologie, Lékařská fakulta, Masarykova Univerzita" marcos.gonzalez.lopez@med.muni.cz 269447 9/6/2024 14:27:50 Lucia Knopfová Funkce iontových kanálů TRP v progresi a metastázování osteosarkomu Function of TRP channels in osteosarcoma progression and metastasis český "TRP (Transient Receptor Potential) iontové kanály tvoří velkou rodinu transmembránových proteinů, které regulují vnitrobuněčnou koncentraci kationtů. Jsou exprimované celou řadou buněčných typů, reagují na mechanické, teplotní a chemické podněty a jsou nezbytné pro udržení buněčné homeostázy. Jejich deregulace je spojena s různými patologiemi, jako jsou kardiovaskulární, neurodegenerativní a také nádorová onemocnění. U různých typů nádorů TRP kanály modulují přežití, angiogenezi, migraci a chemorezistenci a představují tak významný terapeutický cíl. Klinické využití relativně četných inhibitorů/agonistů TRP kanálů nicméně vyžaduje solidní preklinická data zohledňující kontext a specifické faktory různých typů/stadií nádorů. Osteosarkom představuje maligní onemocnění s velmi špatnou prognózou v případě sekundárního rozsevu, kterou se během posledních desetiletí nepodařilo významně zlepšit. Biomarkery a nové terapeutické cíle jsou kriticky potřebné zejména pro pacienty s metastatickými osteosarkomy. Cílem diplomové práce bude stanovit hladinu vybraných TRP kanálů v metastatických a chemorezistentních buněčných liniích osteosarkomu a porovnat ji s hladinou v parentálních buňkách a na základě zjištěné míry exprese navrhnout strategii pro genetickou/farmakologickou modulaci jejich exprese/aktivity a validovat jejich funkční zapojení do procesů buněčné proliferace, migrace, přežití a citlivosti k terapii." Molekulární biologie a genetika Denisa Kostelníková knopfova@sci.muni.cz Petr Beneš "Laboratoř buněčné diferenciace, Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta MU, D36, Kamenice 5, 62500 Brno" pbenes@sci.muni.cz 77886 9/6/2024 15:46:14 Vlastimil Tichý Úloha nekódující RNA při poškození a opravě DNA The role of non-coding RNAs in DNA damage and repair český "Dvouřetězcové zlomy DNA (DSB) vznikají u duplexu DNA po vystavení exogenním či endogenním mutagenům. Poškození DNA může způsobit přestavbu genomu a vést k buněčné smrti [1]. K minimalizaci fatálních účinků pro buňku bylo vyvinuto několik opravných mechanizmů, jako je homologní rekombinace (HR) a nehomologního spojování konců (NHEJ). Rostoucí množství důkazů naznačuje, že různé typy RNA mohou nezávisle na svých primárních funkcích v buňce také přímo ovlivňovat konformaci chromatinu, transkripci nebo sestřih, a také podporovat opravu DNA aktivací buněčné odpovědi na poškození DNA (DDR) [2,3]. Teprve nedávné studie ukazují, že nekódující RNA (ncRNA) a několik proteinových faktorů zapojených do dráhy RNAi jsou zapojeni také do DDR. Student se naučí běžně používané metody stejně jako se bude podílet na vývoji nových metod pro detekci vybraných ncRNA v různých buněčných liniích pomocí specifických DNA sond. Metodika by byla postavena především na zkušenostech s in situ hybridizací v rámci výzkumné skupiny Dr. Bártové. Cílem práce by bylo také stanovení změn v lokalizaci testovaných ncRNA v rámci normálních a nádorových buněčných linií po ozáření UV zářením a detekce kolokalizace ncRNA s markery reparace poškození DNA (jako jsou γ-H2AX, 53BP1, RIF1 nebo R-loop a další) pomocí pokročilých metod konfokální mikroskopie. 1. Dianatpour, A.; Ghafouri-Fard, S. The Role of Long Non Coding RNAs in the Repair of DNA Double Strand Breaks. Int J Mol Cell Med 2017, 6, 1-12. 2. Sharma, V.; Misteli, T. Non-coding RNAs in DNA damage and repair. FEBS Lett 2013, 587, 1832-1839, doi:10.1016/j.febslet.2013.05.006. 3. Francia, S. Non-Coding RNA: Sequence-Specific Guide for Chromatin Modification and DNA Damage Signaling. Front Genet 2015, 6, 320, doi:10.3389/fgene.2015.00320. " Molekulární biologie a genetika tichy@ibp.cz "Assoc. Prof. RNDr. Eva Bártová, Ph.D., DSc." "Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i., DCBE, Královopolská 135, 61200, Brno" "bartova@ibp.cz, Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i., DCBE, Královopolská 135, 61200, Brno" 78343 9/6/2024 16:07:34 "doc. Mgr. Jan Křivánek, Ph.D." Role PIEZO mechanosenzitivních iontových kanálů při kontrole růstu a vývoje zubu The role of PIEZO mechanosensitive ion channels in the control of tooth growth and development český "Obor mechanobiologie zažívá v posledních několika málo letech obrovský rozmach. Ukazuje se, že mechanické podněty vnímané na mnoha úrovních hrají důležitou roli v četných biologických procesech ve vyvíjejícím se i dospělém organismu. Přítomnost mechanosenzitivních iontových kanálů není zdaleka prozkoumaná ani ve vývoji zubu. Cílem této diplomové práce bude zaměřit se na iontové kanály náležící do rodiny PIEZO a objasnit jejich roli v růstu a opravě kontinuálně rostoucích myších řezáků. Druhá část práce bude zaměřena na jejich studium během samotného vývoje zubů u modelového organismu m. musculus. K dosažení vytyčených cílů budou využity jak wildtype myší kmeny, tak i specificky geneticky modifikované organismy s poškozenou funkcí těchto genů v konkrétních buňkách. Analýzy budou provedeny s využitím kombinace různých přístupů jako je například microCT, pokročilé metody imunohistochemie v kombinaci s in situ hybridizací a další techniky. " Buněčná biologie Bc. Michaela Vodičková jan.krivanek@med.muni.cz " Maryam Azam, MPhil., Ph.D." "Ústav histologie a embryologie, Lékařská fakulta, Masarykova univerzita" maryam.azam@med.muni.cz 269447 9/8/2024 0:05:31 Katarína Chalásová Vliv diabetického mikroprostředí na změny exprese vybraných proteinů v buňkách tukové tkáně in vitro The Impact of the Diabetic Microenvironment on Changes in the Expression of Selected Proteins in Adipose Tissue Cells In Vitro český "Diabetes mellitus je jedním z nejčastějších metabolických onemocnění s rostoucí celosvětovou prevalencí. Tento stav je charakterizován komplexní dysregulací intermediárního metabolismu a vzniku glykemického a oxidačního stresu, což dále přispívá k rozvoji diabetických komplikací. Jedním z klíčových rizikových faktorů diabetu je obezita, která dále souvisí s narušenou endokrinní funkci adipocytů. Tuková tkáň, jako endokrinní orgán, reaguje na diabetické mikroprostředí sekrecí různých působků, jako jsou cytokiny, které mohou mít systémové účinky a ovlivňovat jiné tkáně v těle. Cílem této diplomové práce bude zavedení metodiky kultivace a diferenciace vybrané buněčné linie adipocytů in vitro. Následně budou buňky kultivovány v různých podmínkách mimikujících diabetické mikroprostředí (hypeglykemie) a antidiabetickou léčbu. Izolací a stanovením exprese vybraných RNA a proteinů bude analyzován vliv jednotlivých podmínek na diferenciaci, viabilitu a sekreční schopnosti tukových buněk. Tyto analýzy umožní porozumět, jak tuková tkáň reaguje na chronickou hyperglykémii a jaké jsou následky na buněčné a případně systémové úrovni." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Bc. Alena Rejsková (504260) katarina.chalasova@med.muni.cz David Galuška "MED MUNI Ústav patologické fyziologie, Kamenice 5 — A18" 423585@mail.muni.cz Ústav patologické fyziologie 184643 9/9/2024 8:47:43 "RNDr. Josef Večeřa, Ph.D." Úloha kandidátních transkripčních faktorů v nádorovém mikroprostředí B-buněčných malignit The role of candidate transcription factors in the tumor microenvironment of B-cell malignancies český "Transkripční faktory (TF) jsou důležité regulátory buněčného růstu, vývoje a maturace buněk krevní řady. Narušení jejich funkce nebo naopak abnormální aktivita má často za následek vznik nebo rozvoj různých malignit, včetně leukemií a lymfomů. V posledních letech se ukazuje, jak zásadní význam mají TF v regulaci buněčné odpovědi nádorového mikroprostředí pacientů s chronickou lymfocytární leukemií (CLL) či folikulárním lymfomem (FL). Během našeho výzkumu jsme vytipovali několik kandidátních TF, jejichž deregulace v mikroprostředí je evidentně spojena se vznikem či progresí těchto onemocnění avšak příčiny vzniku nejsou jasné. Naším hlavním cílem – a současně náplní práce studenta/studentky - je co možná nejpodrobněji popsat úlohu a mechanizmus působení konkrétního TF v rámci nádorového mikroprostředí – čím je TF aktivován, jaké signální dráhy po aktivaci reguluje a v neposlední řadě také jeho terapeutické zacílení. K realizaci experimentů využíváme primární vzorky přímo od pacientů, patřičné buněčné linie, metody editace genomu (CRISPR), RNA a DNA sekvenace (ChIP-seq), funkční studie na in vitro kulturách či přímo v myším modelu a klasické metody molekulární a buněčné biologie (průtoková cytometrie, western blot, RT-qPCR, mikroskopie, atd.)." Molekulární biologie a genetika josef.vecera@ceitec.muni.cz "MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D." "Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 62500, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" "marek.mraz@ceitec.muni.cz, Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 62500, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" 119292 9/9/2024 8:57:32 "prof. MUDr. Tomáš Freiberger, Ph.D" Optimalizace procesu izolace DNA infekčních agens u septických stavů Optimalization of DNA isolation from pathogens in bloodstream during sepsis český "Téma diplomové práce je zaměřené na optimalizaci izolace DNA gram pozitivních, gram negativních i houbových agens z krve. V naší laboratoři se dlouhodobě zabýváme detekcí patogenů v různých primárně sterilních materiálech, jako jsou tkáně, mozkomíšní mok, BAL, punkáty, chlopně, a také krev. Krev je vždy nejnáročnějším materiálem pro získávání infekčního agens, ať už v důsledku přítomnosti mnoha inhibičních faktorů, velkého množství humánní DNA, či poměru samotného objemu krve vůči relativně malému množství infekčního agens v ní. Proto je metoda izolace bakteriální či houbové DNA z krve kritická pro úspěšnou detekci infekčního agens a je jí věnováno mnoho pozornosti. V rámci diplomové práce by se důkladné analýze podrobila nejen naše stávající izolační metoda, ale také recentně publikované postupy, které by se aplikovaly na vzorcích krve septických pacientů. Hlavním záměrem této diplomové práce je tedy posunout stávající detekční limit na co nejnižší hranici při zachování vysoké specificity vyšetření, čímž by se zvýšila šance septických pacientů na uzdravení. " Mikrobiologie tomas.freiberger@cktch.cz Mgr. Martina Vaněrková "Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie Brno, Genetická laboratoř, Výstavní 17, 60300 Brno" martina.vanerkova@cktch.cz 24036 9/9/2024 11:28:57 "doc. MUDr. Markéta Bébarová, Ph.D." Funkční dopad genetické varianty v genu SCN5A asociované s idiopatickou fibrilací komor Functional impact of a genetic variant in the SCN5A gene associated with idiopathic ventricular fibrillation český "Varianty v genu SCN5A, který kóduje strukturu α-podjednotky sodíkového kanálu INa, mohou být asociovány s různými dědičnými arytmogenními syndromy včetně Brugada syndromu či syndromu dlouhého QT. V nedávné pilotní studii Interní kardiologické kliniky FN Brno byla varianta v genu SCN5A nalezena i u pacientky s idiopatickou fibrilací komor. Funkční analýza vybrané varianty, která bude náplní této práce, by měla objasnit její případný patogenní charakter. Student bude provádět kultivaci buněčné linie, její transfekci kanály s vybranou variantou i bez ní a následná měření technikou whole cell patch clamp, případně další techniky nutné k objasnění studované dysfunkce (např. konfokální mikroskopii). " Lékařská genetika a molekulární diagnostika mbebar@med.muni.cz "Fyziologický ústav, Lékařská fakulta, Masarykova univerzita, Kamenice 5, 625 00 Brno" 15000 9/9/2024 12:55:51 Jiří Kohoutek Objasnění funkce CDK12 ve vývoji mléčné žlázy u myši Elucidation of the CDK12 role during development of mouse mammary gland anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Cyclin-dependent kinase 12 (CDK12) is a transcription-associated kinase and its dysregulation is involved in different types of malignancies. However, function of CDK12 in the development is not well understood. Although Cdk12 knockout (Cdk12ko) mice are embryonically lethal at morula-blastocyst transition, CDK12 heterozygous mice (Cdk12het) appear normal and fertile. Nevertheless CDK12het females show significant postnatal mortality of newborn pups caused most likely caused by disrupted terminal differentiation of epithelial cells in mammary glands. The impact of CDK12 heterozygosity will be studied by evaluating the expression of key differentiation markers, whey acidic protein (Wap) and beta-casein (Csn2) for example. Also, the altered morphology of matured alveoli after parturition will be monitored by immunohistochemical and molecular biology techniques. The signaling by prolactin will be explored also by PCR, ELISA and biochemical methods. The student will test hypothesis if CDK12 is essential for the mammary gland development during lactation?" Molekulární biologie a genetika "Ali Dlshad Jaafar, učo 567687 " jiri.kohoutek@sci.muni.cz Oddělení molekulární biologie a genetiky 19829 pozn. pro studenta N-MCBE 9/9/2024 13:04:43 Václav Šeda Role FoxO proteinů v patogenezi chronické lymfatické leukemie The Role of FoxO Proteins in the Pathogenesis of Chronic Lymphocytic Leukemia český "Cílem této diplomové práce je objasnit roli proteinů rodiny FOXO v patogenezi chronické lymfatické leukémie (CLL), se zaměřením na jejich úlohu v regulaci migrace CLL buněk mezi mikroprostředím lymfatických orgánů a periferní krví. Migrace hraje klíčovou roli v přežívání a proliferaci buněk CLL, a zároveň může přispívat k jejich rezistenci na cílenou léčbu. Přestože jsou FOXO proteiny známy jako významné regulátory buněčných procesů, jejich specifická úloha v migraci CLL buněk nebyla dosud detailně popsána. Tato práce navazuje na bakalářskou práci, která se zabývala širší rolí transkripčních faktorů v migraci CLL buněk, a dále prohlubuje poznatky o významu FOXO proteinů. V experimentální části bude za využití modelů migrace (subpopulace CXCR4/CD5) prováděna identifikace a funkční validace FOXO proteinů a jejich cílových molekul jako klíčových regulátorů zapojených do migrace CLL buněk. Dále budou použity metody western blot, real time PCR, průtokové cytometrie, analýza sekvenačních dat, klonování a další. Výsledky této práce přispějí k hlubšímu pochopení mechanizmů patogeneze CLL a nabídnou nové perspektivy pro terapeutické přístupy zaměřené na inhibici migrace nádorových buněk." Molekulární biologie a genetika Magdalena Ambrozková vasek.k.seda@gmail.com Marek Mráz "CEITEC MU, Kamenice 5, Brno, 62500" marek.mraz@email.cz 323515 9/9/2024 13:40:17 "RNDr. Josef Večeřa, Ph.D." Úloha kandidátních transkripčních faktorů v nádorovém mikroprostředí B-buněčných malignit The role of candidate transcription factors in the tumor microenvironment of B-cell malignancies český "Transkripční faktory (TF) jsou důležité regulátory buněčného růstu, vývoje a maturace buněk krevní řady. Narušení jejich funkce nebo naopak abnormální aktivita má často za následek vznik nebo rozvoj různých malignit, včetně leukemií a lymfomů. V posledních letech se ukazuje, jak zásadní význam mají TF v regulaci buněčné odpovědi nádorového mikroprostředí pacientů s chronickou lymfocytární leukemií (CLL) či folikulárním lymfomem (FL). Během našeho výzkumu jsme vytipovali několik kandidátních TF, jejichž deregulace v mikroprostředí je evidentně spojena se vznikem či progresí těchto onemocnění avšak příčiny vzniku nejsou jasné. Naším hlavním cílem – a současně náplní práce studenta/studentky - je co možná nejpodrobněji popsat úlohu a mechanizmus působení konkrétního TF v rámci nádorového mikroprostředí – čím je TF aktivován, jaké signální dráhy po aktivaci reguluje a v neposlední řadě také jeho terapeutické zacílení. K realizaci experimentů využíváme primární vzorky přímo od pacientů, patřičné buněčné linie, metody editace genomu (CRISPR), RNA a DNA sekvenace (ChIP-seq), funkční studie na in vitro kulturách či přímo v myším modelu a klasické metody molekulární a buněčné biologie (průtoková cytometrie, western blot, RT-qPCR, mikroskopie, atd.)." Experimentální biologie živočichů a imunologie josef.vecera@ceitec.muni.cz "MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D." "Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 625 00, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" "marek.mraz@ceitec.muni.cz; Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 625 00, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" 119292 9/9/2024 13:50:42 "RNDr. Josef Večeřa, Ph.D." Úloha kandidátních transkripčních faktorů v nádorovém mikroprostředí B-buněčných malignit The role of candidate transcription factors in the tumor microenvironment of B-cell malignancies český "Transkripční faktory (TF) jsou důležité regulátory buněčného růstu, vývoje a maturace buněk krevní řady. Narušení jejich funkce nebo naopak abnormální aktivita má často za následek vznik nebo rozvoj různých malignit, včetně leukemií a lymfomů. V posledních letech se ukazuje, jak zásadní význam mají TF v regulaci buněčné odpovědi nádorového mikroprostředí pacientů s chronickou lymfocytární leukemií (CLL) či folikulárním lymfomem (FL). Během našeho výzkumu jsme vytipovali několik kandidátních TF, jejichž deregulace v mikroprostředí je evidentně spojena se vznikem či progresí těchto onemocnění avšak příčiny vzniku nejsou jasné. Naším hlavním cílem – a současně náplní práce studenta/studentky - je co možná nejpodrobněji popsat úlohu a mechanizmus působení konkrétního TF v rámci nádorového mikroprostředí – čím je TF aktivován, jaké signální dráhy po aktivaci reguluje a v neposlední řadě také jeho terapeutické zacílení. K realizaci experimentů využíváme primární vzorky přímo od pacientů, patřičné buněčné linie, metody editace genomu (CRISPR), RNA a DNA sekvenace (ChIP-seq), funkční studie na in vitro kulturách či přímo v myším modelu a klasické metody molekulární a buněčné biologie (průtoková cytometrie, western blot, RT-qPCR, mikroskopie, atd.)." Lékařská genetika a molekulární diagnostika josef.vecera@ceitec.muni.cz "MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D." "Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 625 00, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" "marek.mraz@ceitec.muni.cz; Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 625 00, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" 119292 9/9/2024 14:20:34 Nikola Hanišáková Posouzení mikrobiálního korozního potenciálu vzorků z plynárenských zařízení Assessment of the microbial corrosion potential of samples from gas facilities slovenský (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Mikrobiální koroze železa a oceli je problematika způsobující ročně ztráty miliardy dolarů. Za nejvýznamnější původce anaerobní mikrobiálně indukované koroze se považují sulfát redukující mikroorganismy, metanogeny, nebo acetogenní mikroorganismy. Tyto skupiny mikroorganismů se vyskytují i v plynárenských zařízení, přičemž způsobují korozi podzemních i povrchových technologií. Cílem této práce bude posoudit tyto vzorky pomocí molekulárně biologických metod, tak i metod kultivačních, a určit potenciál mikrobiálně indukované koroze v tomto prostředí, i stanovit možnou roli mikroorganismů. Práce přinese nové poznatky o rizicích mikrobiální koroze v plynárenských zařízeních a přispěje k vývoji efektivnějších strategií pro ochranu těchto zařízení." Mikrobiologie Alexej Eliáš hanisakova@sci.muni.cz "Mgr. Matúš Pešta; prof. Ing. Tomáš Vítěz, Ph.D.; doc. Mgr. Monika Vítězová, Ph.D." "Ústav experimentální biologie, odd. Mikrobiologie, Kamenice 5" 483976@mail.muni.cz; vitez@sci.muni.cz; vitezova@sci.muni.cz 446645 9/9/2024 14:23:10 "Mgr. Šárka Pavlová, Ph.D." Analýza funkčního dopadu defektů TP53 u chronické lymfocytární leukémie Analysis of functional impact of TP53 defects in chronic lymphocytic leukemia anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) Poškození genu TP53 způsobené mutací genu nebo delecí lokusu 17p13 je spojeno se zvýšeným rizikem agresivního průběhu chronické lymfocytární leukémie. Při léčbě chemoimunoterapií byly všechny defekty TP53 považovány za vysoce rizikové bez ohledu na typ defektu a proporci postižených buněk. Klinická data pacientů léčených novými léky inhibujícími dráhu B-buněčného receptoru a antiapoptotického proteinu bcl-2 čím dál tím více poukazují na potřebu diverzifikace dopadu různých typů poškození genu TP53. V návaznosti na výstupy klinických dat budou v rámci diplomové práce testovány funkční dopady různých typů defektů TP53 s využitím in-vitro modelů. Molekulární biologie a genetika Bc. Lucia Šutvajová pavlova.sarka@fnbrno.cz "CEITEC MU, Kamenice 5, 625 00 Brno" 10372 9/9/2024 15:01:01 "doc. RNDr.Irena Koutná, Ph.D." Stanovení kultivačních a růstových vlastností buněk v 3-D kožních modelech Determination of culture and growth properties of cells in 3-D skin models český "Diplomová práce se bude věnovat porovnání a testování unikátního vícevrstevného biomateriálu (epidermis, dermis, hypodermis) na bázi přírodních resorbovatelných biopolymerů obsahující kolagen, bioaktivní polysacharidy a růstové faktory a decelularizované rybí kůže; Materiály budou osazeny plně diferencovanou buněčnou populací lidských keratinocytů a mesenchymálních stromálních buněk (MSCs) za přídavku stabilních růstových faktorů. Konstrukty budou testovány z hlediska biomechaniky, biodegradace a cytotoxicity. Experimenty budou hodnoceny komplexní histologickou analýzou zahrnující klasické barvení, imunohistochemické barvení, PCR a průtokovou cytometrie. Práce je součástí projektu „Rakousko-česká unie regenerativní medicíny pro akutní a chronické rány“ (ACCURE). " Buněčná biologie bc. Andrea Halasová; učo 456248 irena.koutna@med.muni.cz Mgr. Anna Smolnická "Ústav histologie a embryologie, F01, Kamenice 5, Brno – 62500, 549 49 3969" anna.smolnicka@med.muni.cz 18705 9/9/2024 15:53:26 Sabina Varadínková Studium možných vylepšení CAR-T lymfocytů pro zvýšení jejich účinnosti Investigation of possible improvements of CAR-T cells for enhancing their activity český "Terapie CAR-T lymfocyty je revoluční přístup buněčné imunoterapie nádorových onemocnění, kdy se pacientovy T lymfocyty geneticky přeprogramují k cílené eliminaci nádorových buněk. I přes dobrou počáteční léčebnou odpověď, v dlouhodobém měřítku CAR-T lymfocyty převážně selhávají. Vyvíjí se proto vylepšené verze CAR-T lymfocytů s vyšší účinností. Tato diplomová práce bude zkoumat několik možných vylepšení, které by mohly vést ke zvýšené aktivitě CAR-T lymfocytů. Studentka otestuje možné zapojení proteinu RASAL3 do regulace aktivace T lymfocytů. Pomocí technologie CRISPR/Cas9 připraví několik různých buněčných linií s vyřazenými kandidátními geny navrženými na základě již provedeného celogenomového CRISPR screeningu. U těchto linií ověří produkci cytokinů a cytotoxicitu při ko-kultivaci s cílovými leukemickými buňkami." Molekulární biologie a genetika Petra Cigánková Sabina.Varadinkova@ceitec.muni.cz Michal Šmída "VS Michala Šmídy, CEITEC MU, Kamenice 5, 62500 Brno" "michal.smida@ceitec.muni.cz, CEITEC MU" 250235 9/9/2024 18:00:15 "doc. Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D." Regulace transkripce v reprodukci a reakci na stres Transcriptional regulation in reproduction and stress response český "Zejména v kontextu změn klimatu je pochopení základních procesů provázejících sexuální reprodukci, a tedy zajištění potravinové bezpečnosti, zásadní. Rychlé změny na buněčné úrovni během vývoje vajíčka nebo pylu jsou doprovázeny dynamickými změnami v genové transkripci, obzvláště během stresových podmínek. Transkripce může být regulována také prostřednictvím asociace proteinů s příslušnými boxy v genových promotorech, například asociací TRB (Telomere Repeat Binding) proteinů s telo-boxy (boxy se stejnou sekvencí, jakou mají repetice na fyzických koncích chromozomů – telomerách). V rámci diplomové práce budou zkoumány proteiny asociované s telo-boxy a role těchto telo-boxů v regulačních procesech během vývoje buněk a jejich případné zapojení do odpovědi na stres. Navrhovaný jazyk práce: česky/anglicky/slovensky " Molekulární biologie a genetika schpetra@sci.muni.cz "Ing. Tereza Přerovská, Ph.D." "FGP, NCBR, PřF MU Místnost C02/212 Kamenice 5 — C02 549 49 8137 " " , učo 246459 Postdoc NCBR PřF MU Kamenice 5 — C02, tprerovska@gmail.com" 12987 9/9/2024 18:19:12 "doc. Mgr. Jan Křivánek, Ph.D." Funkční charakterizace nového zdroje kmenových buněk v kontinuálně rostoucích zubech a dalších vybraných tkáních Functional characterization of a novel source of stem cells in continuously growing teeth and other selected tissues český "Kmenové buňky jsou v dospělém organismu zodpovědné za obnovu i opravu mnoha různých tkání. Jejich pravá vývojová podstata však stále zůstává do velké míry neobjasněna. Cílem této práce bude prozkoumat variantu kmenových buněk, která byla recentně objevena v kontinuálně rostoucím myším řezáku. Práce bude zaměřena na zkoumání funkce těchto buněk v zubech, a to jak ve zdravém stavu, tak i po indukovaném poškození. Protože existuje předpoklad, že tyto buňky hrají roli i v ostatních tělních systémech, tak kromě zubů bude tato diplomová práce zacílena i na prozkoumání funkce těchto buněk ve vybraných jiných tkáních, které se více či méně rychle obnovují. Metodologicky práce bude využívat rozmanité přístupy včetně metod lineage-tracing s využitím geneticky modifikovaných zvířat, metody analýzy genové exprese na úrovni jednotlivých buněk, imunohistochemii, in situ hybridizaci a pokročilé zobrazovací metody." Experimentální biologie živočichů a imunologie Bc. Klára Buksová jan.krivanek@med.muni.cz "Marina Štruncová, DDS, Ph.D." "Ústav Histologie a Embryologie, Lékařská fakulta, Masarykova Univerzita" marina.struncova@med.muni.cz 269447 9/9/2024 20:49:03 Martin Anger Poruchy časného vývoje savců Early developmental disorders in mammals český "Časný vývoj je u savců charakterizován poruchami, které mohou vést až k předčasnému ukončení vývoje embrya. Mezi nejčastější poruchy patří nesprávná segregace chromozomů v mitóze. Vzniklá aneuploidie je u těchto buněk několikanásobně frekventovanější, než u somatických buněk. Během práce budou zkoumány molekulární mechanismy vedoucí k ukončení časného vývoje a zániku embrya. Výsledky práce budou využity nejen k rozšíření našeho poznání o tomto období vývoje, ale mohou být uplatněny i na reprodukčních klinikách. " Buněčná biologie Není zarezervováno martin.anger@vri.cz "Ústav histologie a embryologie, Lékařská fakulta Masarykovy univerzity & Výzkumný ústav veterinárního lékařství Brno, Hudcova 70" 105600 9/9/2024 20:51:11 Martin Anger Poruchy časného vývoje savců Early developmental disorders in mammals český "Časný vývoj je u savců charakterizován poruchami, které mohou vést až k předčasnému ukončení vývoje embrya. Mezi nejčastější poruchy patří nesprávná segregace chromozomů v mitóze. Vzniklá aneuploidie je u těchto buněk několikanásobně frekventovanější, než u somatických buněk. Během práce budou zkoumány molekulární mechanismy vedoucí k ukončení časného vývoje a zániku embrya. Výsledky práce budou využity nejen k rozšíření našeho poznání o tomto období vývoje, ale mohou být uplatněny i na reprodukčních klinikách." Lékařská genetika a molekulární diagnostika není známo martin.anger@vri.cz "Ústav histologie a embryologie, Lékařská fakulta Masarykovy univerzity & Výzkumný ústav veterinárního lékařství Brno, Hudcova 70" 105600 9/9/2024 20:55:23 Martin Anger Poruchy časného vývoje savců Early developmental disorders in mammals český "Časný vývoj je u savců charakterizován poruchami, které mohou vést až k předčasnému ukončení vývoje embrya. Mezi nejčastější poruchy patří nesprávná segregace chromozomů v mitóze. Vzniklá aneuploidie je u těchto buněk několikanásobně frekventovanější, než u somatických buněk. Během práce budou zkoumány molekulární mechanismy vedoucí k ukončení časného vývoje a zániku embrya. Výsledky práce budou využity nejen k rozšíření našeho poznání o tomto období vývoje, ale mohou být uplatněny i na reprodukčních klinikách." Experimentální biologie živočichů a imunologie není vybráno martin.anger@vri.cz "Ústav histologie a embryologie, Lékařská fakulta Masarykovy univerzity & Výzkumný ústav veterinárního lékařství Brno, Hudcova 70" 105600 9/9/2024 23:55:51 Kristýna Brzobohatá Genetická analýza jedinců z hřbitova u sv. Jakuba v Brně Genetic analysis of individuals from the cemetery of St. Jakub in Brno anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) " Hřbitov u sv. Jakuba v Brně byl archeologicky zkoumán v několika etapách, kdy zde bylo odkryto přes tisíc jedinců. Stal se tak cenným zdrojem antropologických dat, na něž navázala genetická analýza. Cílem diplomové práce je bioinformatická, biostatistická a populačně genetická analýza výsledků sekvenování. Budou stanoveny kvalitativní parametry, populační afinita, možné příbuzenství a zvláštní pozornost bude věnována detekci patogenů, virů a bakterií, jež byly v minulosti příčinou epidemií. Student se během řešení diplomové práce seznámí také s kompletním laboratorním postupem analýzy starobylé DNA a jejími specifiky. " Molekulární biologie a genetika "Nerezervováno, ale před přidělením tématu bychom uvítali vstupní pohovor" brzobohata@sci.muni.cz Zuzana Hofmanová "Ústav archeologie a muzeologie, Joštova 220/13 662 43 Brno " "hofmanova@mail.muni.cz, " 184739 9/10/2024 8:53:31 "Mgr. Ing. Kateřina Řehůřková, Ph.D." Studium interpopulační diverzity lokusů rDNA u ekotypů rostliny Arabidopsis thaliana Study of Interpopulation diversity of rDNA loci in Arabidopsis thaliana český "Housekeeping geny pro rRNA (rDNA) jsou u eukaryot vysoce amplifikované a tvoří klastry tandemových repetic. U rostlin se jejich počet pohybuje v rozmezí desítek až tisíců kopií. rDNA se dělí na lokusy kódující 5S a 35S rDNA, jejichž vyvážený počet přispívá k udržení rovnováhy dávky genů v genomu a ke správnému stechiometrickému poměru rRNA molekul v ribozomech. Cílem této diplomové práce je zkoumat vztahy mezi počtem lokusů rDNA (5S a 35S rDNA), jejich pozicí na chromozomech, interpopulační dynamikou a transkripční aktivitou. Při studiu budou využity pokročilé bioinformatické metody analýzy klíčových oblastí chromozomu, jako jsou centromery, rDNA a telomery, za použití programů jako StainedGlass a Repeatom fingerprinting. Výhodou je přístup k celogenomovým sekvencím mnoha ekotypů, které pokrývají celosvětovou diverzitu tohoto druhu." Molekulární biologie a genetika rehurkova@ibp.cz "RNDr. Aleš Kovařík, CSc." "Biofyzikální ústav AV ČR, Královopolská 135, 612 00 Brno" "kovarik@ibp.cz, Biofyzikální ústav AV ČR, Královopolská 135, 612 00 Brno" 67569 9/10/2024 8:55:42 Marcela Hortová Kohoutková Role imunometabolismu v hematopoeze buněk vrozené imunity Role of immunometabolism in hematopoiesis of innate immune cells anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Sepse a septický šok způsobují zásadní dlouhodobé změny v imunitním systému, pacienti jsou náchylní k opakujícím se infekcím a dalším následkům, které způsobují celkový poklesu kvality života souvisejícího se zdravím. Pokles imunitních funkcí, který je ústředním bodem mnoha dlouhodobých následků sepse, může přetrvávat mnoho měsíců a let po zotavení ze septického šoku. Projekt si klade za cíl odhalit sepsí indukovanou remodelaci mikroprostředí kostní dřeně a její vliv na hematopoetické kmenové a progenitorové buňky (HSPC) a z nich diferencovaných buněk. Konkrétně se projekt bude zabývat vlivem stimulace zánětlivých cytokinů na změny v imunometabolismu a jeho schopnosti měnit hematopoézu a diferenciaci buněk vrozené imunity. Tento translační projekt bude kombinovat použití modelu hematopoézy odvozené z iPSC, modelu mikroprostředí kostní dřeně a analýzy dynamiky sepse u pacientů pomocí imunofenotypizace hlubokou průtokovou cytometrií v kombinaci s analýzou humorálních znaků zánětu a poškození tkání. Projekt si klade za cíl popsat molekulární mechanismus stojící za rozvojem imunoparalýzy související se sepsí, která je zodpovědná za zvýšenou náchylnost k infekcím a také za rozvoj dlouhodobých následků sepse." Experimentální biologie živočichů a imunologie marcela.hortova@fnusa.cz Jan Frič "Skupina buněčné a molekulární imunoregulace, Mezinárodní centrum klinického výzkumu, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně a Lékařská fakulta Masarykovy univerzity" "jan.fric@fnusa.cz, Skupina buněčné a molekulární imunoregulace, Mezinárodní centrum klinického výzkumu, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně a Lékařská fakulta Masarykovy univerzity" 269300 9/10/2024 9:01:31 "doc. Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D." Regulace transkripce v reprodukci a reakci na stres Transcriptional regulation in reproduction and stress response český "Zejména v kontextu změn klimatu je pochopení základních procesů provázejících sexuální reprodukci, a tedy zajištění potravinové bezpečnosti, zásadní. Rychlé změny na buněčné úrovni během vývoje vajíčka nebo pylu jsou doprovázeny dynamickými změnami v genové transkripci, obzvláště během stresových podmínek. Transkripce může být regulována také prostřednictvím asociace proteinů s příslušnými boxy v genových promotorech, například asociací TRB (Telomere Repeat Binding) proteinů s telo-boxy (boxy se stejnou sekvencí, jakou mají repetice na fyzických koncích chromozomů – telomerách). V rámci diplomové práce budou zkoumány proteiny asociované s telo-boxy a role těchto telo-boxů v regulačních procesech během vývoje buněk a jejich případné zapojení do odpovědi na stres. Jazyk tematu: česky/anglicky/slovensky " Experimentální biologie rostlin schpetra@sci.muni.cz "Ing. Tereza Přerovská, Ph.D." "NCBR, PřF MU" učo 246459 Postdoc NCBR PřF MU Kamenice 5 — C02 tprerovska@gmail.com 12987 9/10/2024 9:13:47 "RNDr. Josef Večeřa, Ph.D." Úloha kandidátních transkripčních faktorů v nádorovém mikroprostředí B-buněčných malignit The role of transcription factors in tumor microenvironment of B-cell malignancies český "Transkripční faktory (TF) jsou důležité regulátory buněčného růstu, vývoje a maturace buněk krevní řady. Narušení jejich funkce nebo naopak abnormální aktivita má často za následek vznik nebo rozvoj různých malignit, včetně leukemií a lymfomů. V posledních letech se ukazuje, jak zásadní význam mají TF v regulaci buněčné odpovědi nádorového mikroprostředí pacientů s chronickou lymfocytární leukemií (CLL) či folikulárním lymfomem (FL). Během našeho výzkumu jsme vytipovali několik kandidátních TF, jejichž deregulace v mikroprostředí je evidentně spojena se vznikem či progresí těchto onemocnění avšak příčiny vzniku nejsou jasné. Naším hlavním cílem – a současně náplní práce studenta/studentky - je co možná nejpodrobněji popsat úlohu a mechanizmus působení konkrétního TF v rámci nádorového mikroprostředí – čím je TF aktivován, jaké signální dráhy po aktivaci reguluje a v neposlední řadě také jeho terapeutické zacílení. K realizaci experimentů využíváme primární vzorky přímo od pacientů, patřičné buněčné linie, metody editace genomu (CRISPR), RNA a DNA sekvenace (ChIP-seq), funkční studie na in vitro kulturách či přímo v myším modelu a klasické metody molekulární a buněčné biologie (průtoková cytometrie, western blot, RT-qPCR, mikroskopie, atd.)." Buněčná biologie josef.vecera@ceitec.muni.cz "MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D." "Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 625 00, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" "marek.mraz@ceitec.muni.cz; Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 625 00, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" 119292 9/10/2024 13:50:05 Petra Šarhanová Reprodukční mechanismy u ostružiníků The reproductive system of blackberries anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "The aim of the thesis is to reveal different types of reproduction in blackberries, their origin, and their impact on reproductive success. The student will use flow cytometry to analyze the mode of reproduction in a large set of seeds from experimental crosses and open pollination. Based on the ratio of genome size between the embryo and endosperm, he/she will assess the degree of apomixis/sexuality, which will be correlated with the size of individual seeds. Furthermore, the student will attempt to uncover the causes of apomictic/sexual seed formation as a response to stress or the pollen donor. Using next-generation sequencing, the student will identify the pollen donor in both sexual and apomictic seeds and detect rare phenomena in the reproduction of apomictic blackberries. He/she will publish the results as a co-author in a peer-reviewed journal." Molekulární biologie a genetika Jan Pospíšil sarhanova@gmail.com "Ústav botaniky a zoologie, Biosystematika rostlin, Kamenice 753/5, 625 00 Brno " 43249 9/10/2024 14:33:56 "Mgr. Ambrožová Gabriela, Ph.D. " Interakce bakteriálních extracelulárních vezikul s eukaryotickými buňkami a související změny membránové struktury Interactions Between Bacterial Extracellular Vesicles and Eukaryotic Cells: Effects on Membrane Structure slovenský (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Bakteriální EVs jsou schopny přenášet bakteriální PAMPs a ovlivňovat tak funkční projevy cílových imunitních buněk. Rozpoznání bakteriálních PAMPs může být spjaté se změnami fluidity membrány. Lipidové složení membrán a změna fluidity membrány jsou předpokladem pro změnu produkce EVs touto buňkou. Cílem práce je odhalit jakým způsobem interagují bEVs s cílovými eukaryotickými buňkami, jaké změny v morfologii těchto buněk, složení a fluiditě jejich membrány nastávají po rozpoznání bakteriálních PAMPs a jak mohou tyto změny ovlivnit produkci EVs eukaryotickou buňkou. " Experimentální biologie živočichů a imunologie Bc. Júlia Orlovská (učo: 521019) ambrozova@ibp.cz Mgr. Miriam Sandanusová (učo: 451779) "BFU AVČR, Královopolská 135, Brno" "451779@mail.muni.cz, BFU AVČR, Královopolská 135, Brno" 106838 9/10/2024 15:08:01 "doc. RNDr. Jakub Neradil, Ph.D." Možnosti využití biotisku pro tvorbu 3D modelů obrovskobuněčných kostních lézí Potential use of bioprinting for the creation of 3D models of giant cell-rich lesions of bone český "Obrovskobuněčné léze kostí tvoří heterogenní skupinu reaktivních procesů a nádorů postihujících především skelet. Práce bude zaměřena na dva primárně benigní nádory: obrovskobuněčný kostní nádor a chondroblastom. Pro oba nádory je typická přítomnost mnohojaderných osteoklastických buněk a stroma s jednojadernými neoplastickými buňkami. Náplní práce bude příprava ko-kultivačních modelů obou typů nádorů, testování vhodných typů matric a způsobu 3D tisku. Cílem práce je vytvoření 3D modelu histologicky odpovídající nádorové tkáni pro přenos do in vivo podmínek a následné využití pro hledání a testování terapeutických cílů." Buněčná biologie Běla Stejskalová jneradil@sci.muni.cz "Mgr. Andrea Vítečková Wünschová, Ph.D." "ÚEB, PřF MU, Kamenice 5, Brno" "andrea.wunschova@med.muni.cz, AnatÚ, LF MU, Brno" 10009 9/10/2024 15:09:58 "doc. RNDr. Petr Kuglík, CSc." Využití automatických a semiautomatických kalkulátorů pro klasifikaci variant v počtu opakování v klinické cytogenomice The use of automatic and semi-automatic calculators for the classification of copy number variants in clinical cytogenomics český "V současné době čelí klinická cytogenomika výzvám při analýze a interpretaci variant v počtu opakování (CNVs), které mohou být spojeny s mnoha genetickými poruchami, jejichž klinický dopad není jasný, anebo, a to nejčastěji, jsou genomovými polymorfizmy. Tradiční metody analýzy, především u variant nejasné klinické signifikance, jsou časově náročné a náchylné k lidským chybám. Práce se soustředí na evaluaci a srovnání různých automatických a semiautomatických nástrojů pro analýzu CNVs. Cílem je identifikovat, jak tyto nástroje přispívají k přesnější a efektivnější klasifikaci genomových variant a jak mohou zlepšit diagnostické postupy v klinické praxi. V rámci práce budou analyzovány výhody a omezení jednotlivých kalkulátorů a bude navržena metodika pro jejich optimální využití v klinickém prostředí. Výsledky práce mají potenciál přispět k lepšímu porozumění a efektivnější diagnostice genetických poruch." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Bc. Eliška Novotná kugl@sci.muni.cz Mgr. Miroslav Štolfa "Oddělení genetiky a molekulární biologie, Kamenice 753/5, 625 00 Brno" stolfa.miroslav@fnbrno.cz 1881 9/10/2024 15:52:51 "Konstantinos Tripsianes, Ph.D." Fosforylační mechanismy kasein kinázy 1 Phosphorylation mechanisms by casein kinase 1 anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Casein Kinase 1 (Ck1) proteins play a crucial role in various cellular processes, including cell proliferation, survival, and metabolism. Their dysregulation has been implicated in the development and progression of several types of cancer. What is currently missing in the field is the mechanisms that dictate the phosphorylation of target proteins. This thesis will focus on the production and purification of Ck1ε (and its mutants) for the functional characterization using Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy. In combination with other biophysical methods the aim is to understand the kinase activity on various substrates. References: Knippschild, U. et al. The CK1 Family: Contribution to Cellular Stress Response and Its Role in Carcinogenesis. Frontiers in Oncology 4(2014). Xu, P. et al. Structure, regulation, and (patho-)physiological functions of the stress-induced protein kinase CK1 delta (CSNK1D). Gene 715, 144005 (2019). Beenstock, J., Mooshayef, N. & Engelberg, D. How Do Protein Kinases Take a Selfie (Autophosphorylate)? Trends in Biochemical Sciences 41, 938-953 (2016)." Molekulární biologie a genetika kostas.tripsianes@ceitec.muni.cz "Sara Bologna, Ph.D." "Centrum strukturní biologie – Středoevropský technologický institut, Kamenice 5 - pavilon E35" sara.bologna@ceitec.muni.cz 119435 9/10/2024 16:47:28 Zdeněk Kubát Regulace transpozonů a genů v reprodukčních orgánech rostlin Regulation of transposons and genes in plant reproductive organs český "Transponovatelné elementy jsou dominantní složkou rostlinných genomů, ale dynamika jejich multiplikace během ontogeneze je dosud málo prozkoumaná. Diplomová práce naváže na nové poznatky naší laboratoře, z nichž plyne, že transpozony jsou krátkodobě aktivovány specifickými transkripčními faktory v reprodukčních orgánech rostlin. V rámci diplomové práce bude studována interakce vybraných transkripčních faktorů s vazebnými místy v promotorech transpozonů. Dále bude vyvíjen a testován reportérový systém pro studium transkripční aktivace v reprodukčních orgánech. Diplomová práce bude sestávat zejména z tvorby konstruktů metodami genového inženýrství, transgenních linií rostlin a jejich charakterizace." Molekulární biologie a genetika Kryštof Popela kubat@ibp.cz Vojtěch Hudzieczek "DPDG, Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i., Královopolská 135, Brno 61200" hudzieczek@ibp.cz 22400 9/10/2024 16:46:02 Jana Lunerová Porovnání repeatomů nahosemenných a krytosemenných rostlin. Comparison of gymnosperm and angiosperm repeatomes. český "Repetitivní sekvence jsou nedílnou součástí genomu nejen živočichů, ale i rostlin. Řadí se do nich jednak telomerické sekvence, které chrání konce lineárních chromozomů nebo centromerické repetice, které určují identitu centromerických oblastí. Tyto sekvence jsou důležité pro mitotické a meiotické dělení. Dalšími repeticemi v genomu jsou satelity nebo retrotranspozony, které mohou mít důležité regulační funkce a mohou být i druhově specifické. Jako známé evoluční markry se používají repetitivní úseky genů kódující ribozomální DNA. Diplomová práce bude zahrnovat bioinformatické analýzy, práci s databázemi a cytogenetické analýzy." Experimentální biologie rostlin jana.luner@ibp.cz Ing. Jana Sochorová PhD. "Oddělení Molekulární Epigenetiky, Biofyzikální ústav AV ČR v.v.i, Královopolská 135" sochorova@ibp.cz 11847 9/10/2024 16:58:16 Lukas Trantirek Duální povaha aptamerů: Studium molekulárního mechanismu aktivace receptoru prostřednictvím dimerizovaných inhibitorů. Dual nature of the aptamers: Exploring molecular mechanism of receptor activation through dimerized inhibitors. český "Signální dráhy aktivované přes buněčné povrchové receptory jsou nezbytné pro buněčnou proliferaci, diferenciaci, přežití a migraci. Dysregulace této signalizace stojí za rozvojem celé řady patologických stavů, včetně rakoviny a neurodegenerativních onemocnění. Jednou ze slibných terapeutických strategií pro modulaci aberantní receptorové signalizace je aptamerová technologie. Hlavním cílem tohoto projektu je objasnit molekulární mechanismus, kterým aptamery působí jako antagonisté příslušných receptorových cílů v jejich monomerní formě, ale jako agonisté, pokud existují v (kovalentně) dimerizované formě." Molekulární biologie a genetika lukas.trantirek@ceitec.muni.cz Silvie Trantirkova Středoevropský technologický institut Masarykova univerzita silvie.trantirkova@ceitec.muni.cz 8725 9/10/2024 17:18:00 Vladimír Vinarský "Vliv modifikaci chromatinu na proliferaci, maturaci a strukturu sarkomer kardiomyocytů in vitro" "Effects of chromatin modifications on proliferation, cardiomyocyte maturation and structure of sarcomere in vitro." anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "The student will focus on effects of histone modifiers on DNA replication and sarcomere structure to get insight into regenerative potential of human cardiomyocytes. Cardiomyocytes of human foetal heart progress from proliferating cells to post-mitotic cells of the adult heart characterized by well established, force producing sarcomere. The process of maturation is accompanied by restrictive changes of histone modifications locking in the adult transcriptional landscape. During injury and regeneration of adult heart, these modifications are partially reversed resulting re-expression of foetal genes. While this transcriptional shift leads to changes in sarcomere structure and increased DNA synthesis, it is not sufficient to promote proliferation required for tissue replacement. Human cardiomyocytes derived from pluripotent stem cells in vitro are useful tool to study cardiomyocyte development, sarcomere maturation, and regeneration. The student will learn and apply methods of cardiomyocyte differentiation to established model of single cell cardiomyocytes in vitro. Next he/she will screen a library of histone modifiers using confocal microscopy followed by image analysis to identify the most pronounced effects on cardiomyocyte proliferation, sarcomere structure, and cardiomyocyte maturation to assess the potential of histone modifiers on regeneration." Molekulární biologie a genetika vladimir.vinarsky@fnusa.cz Giancarlo Forte "Fakultní nemocnice u Svaté Anny v Brně, Mezinárodní centum klinického výzkumu, Centrum Translační medicíny; Sudentská 6, Brno-Bohunice, 62500" giancarlo.forte@kcl.ac.uk 106932 9/10/2024 21:23:37 Jiřina Medalová Testování biomateriálů s využitím in vitro modelů kůže Biomaterial testing on in vitro skin models český "Kožní náhrady jsou jedním z nejvyužívanějších a také nejstudovanějších odvětví bioinženýrství, stejně jako studium materiálů určených ke krytí ran. Oba tyto obory se však potýkají s problémem vhodného modelu pro prvotní in vitro stadia testování. Nejjednodušším modelem je 2D kultura keratinocytů, ve složitějších modelech se využívá kokultivace keratinocytů, fibroblastů a případně melanoblastů. Vhodnější je však využít 3D modely, kdy se využívá stratifikace buněčných linií, aby se co nejvěrněji napodobila dermis a epidermis. Cílem této diplomové práce je sestavit buněčný model založený na kolagenové matrix. Velkou výhodou takovéhoto 3D modelu je schopnost buněk přežít i překrytí testovaným materiálem, takže je možné jeho využití pro testování obvazových materiálů." Buněčná biologie jipro@email.cz "Odd. fyziologie a imunologie živočichů, UEB" 176525 9/10/2024 21:59:48 Petr Chlapek Heterogenita buněk neuroblastomu v různých kultivačních podmínkách. Heterogeneity of neuroblastoma cells in different culture conditions. slovenský (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Odlišnosti jednotlivých buněk neuroblastomu jsou úzce spojeny s procesy při embryonálním vývoji, kdy dochází k migraci buněk z neurální lišty a diferenciaci těchto buněk do různých tkáňových typů. Patologie v těchto procesech jsou podstatou heterogenity samotného onemocnění. Buňky neuroblastomu často vykazují znaky různých vývojových stádií, nebo mezistádii, které lze charakterizovat konkrétním souborem aktivně přepisovaných genů. I stabilní buněčné linie obsahují rozličné frakce buněk a zdá se, že různé kultivační podmínky mohou poměry těchto frakcí měnit. Práce by se měla zaměřit na analýzu buněk stávajících modelů pomocí detekce vybraných markerů, odpovídajících výše zmíněným genům. To by mělo přispět k pochopení roli jednotlivých markerů a v kombinaci s úpravou kultivačních podmínek, by to mohlo vést k přípravě lépe definovaných modelů neuroblastomu." Molekulární biologie a genetika Michaela Štolcová chlapek@sci.muni.cz Jan Škoda Genet ÚEB Biol PřF MU jan.skoda@sci.muni.cz 185032 9/10/2024 23:56:54 "Mgr. Vojtěch Pavlík, Ph.D." Histologická analýza obrazu v poškozených a regenerujících tkáních Histological image analysis in damaged and regenerating tissue český "Histologická technika je standardní způsob, jak hodnotit procesy probíhající v tkáních během homeostázy i v poškození a následné regeneraci. Tento soubor technik je důležitý, pokud jsou tkáně léčeny a hodnotí se efektivita léčby realizované například prostředky obsahujícími kyselinu hyaluronovou. Díky pokroku v počítačové analýze obrazu je možné urychlit a standardizovat histologické vyhodnocení. Cílem diplomové práce bude podílet se na zavedení hodnoticích algoritmů. V rámci diplomové práce budou barveny vzorky imunitních buněk a složky extracelulární matrix v různých tkáních. V programech QuPath a ImageJ budou připraveny algoritmy pro hodnocení vzorků. Výsledky z manuálního a automatizovaného hodnocení budou porovnány mezi sebou a budou navrženy případné optimalizace." Buněčná biologie vojtech.pavlik@contipro.com prof. Renata Veselská "Laboratoř fyziologie buňky, Contipro, a.s., Dolní Dobrouč" veselska@mail.muni.cz 516701 9/11/2024 0:00:21 "Mgr. Vojtěch Pavlík, Ph.D." Hojení ran z pohledu histologie glykosaminoglykanů Wound healing from the perspective of glycosaminoglycan histology český "Histologická technika je standardní způsob, jak hodnotit procesy probíhající v tkáních během homeostázy i v poškození a následné regeneraci, například v průběhu hojení kožních ran. Glykosaminoglykany (GAG) jsou nezbytnou funkční a organizační složkou pojivových tkání a regenerující se tkáně v akutní a chronické ráně. Léčba ran může ovlivnit i expresi GAG, jako je hyaluronová kyselina, dermatan sulfát, keratan sulfát aj. V průběhu výzkumu byly získány vzorky pro histologickou analýzu hojení ran různých druhů (myš, potkan, prase, králík). Cílem práce bude histologické barvení již získaných vzorků obecnými histologickými barveními (např. Alciánovou modří) i specifickými barveními (hyaluronan vázajícím proteinem pro vizualizaci kyseliny hyaluronové, protilátkami na jiné GAG). Následně budou vzorky vyfoceny a pomocí počítačové analýzy vyhodnocena míra signálu v průběhu hojení. Bude tak porovnána distribuce a relativní exprese v rámci hojení akutních ran u různých druhů experimentálních modelů." Buněčná biologie vojtech.pavlik@contipro.com prof. Renata Veselská "Laboratoř fyziologie buňky, Contipro, a.s., Dolní Dobrouč" veselska@mail.muni.cz 516701 9/11/2024 10:03:01 Mgr. Juraj Bosák Ph.D. Charakterizace toxicity experimentálních probiotických kmenů Escherichia coli na buňky tkáňových kultur Characterization of the toxicity of experimental probiotic Escherichia coli strains for tissue culture cells český "Probiotické bakterie výrazně přispívají k zdravému trávicímu systému; proto se jejich terapeutickému potenciálu v posledních letech věnuje velká pozornost. Kromě nejčastěji používaných probiotických bakterií z rodů Lactobacillus a Bifidobacterium se v medicíně používá také několik probiotických přípravků obsahujících kmeny Escherichia coli. Kmeny E. coli se běžně vyskytují v lidském střevě, kde zpravidla působí jako komenzální mikroorganismy. Některé kmeny E. coli jsou ale původci různě závažných infekcí. V posledních letech se ukázalo, že kmeny E. coli v probiotických přípravcích nesou i genetické znaky typické pro patogenní kmeny a proto existují obavy o bezpečnost jejich používání. Naše laboratoř disponuje několika experimentálními probiotickými kmeny E. coli, u kterých byl prokázán antagonistický účinek vůči patogenům. Jejich vliv na eukaryotické buňky však není znám. Cílem této diplomové práce bude stanovit účinek vybraných probiotických kmenů E. coli na hostitelské buňky in vitro se zaměřením na určení jejich nežádoucích, potenciálně toxických (cytotoxických a genotoxických) vlastností. " Molekulární biologie a genetika Bc. Magdaléna Noštinská jbosak@med.muni.cz Mgr. Saša Zahornacká "Biologický ústav LF MU, Kamenice 5, 62500 Brno" 498831@mail.muni.cz 106498 9/11/2024 10:41:26 Jiří Kohoutek Ověření využití epizomů v přípravě CAR-T buněk Test of episomes for preparation of CAR T cells český "Cílem diplomové práce je ověřit, zda je možné využít speciální syntetické neintegrující se vektory k přípravě geneticky modifikovaných buněk, jako jsou chimérické antigenní receptory (CAR)-T buňky. Tyto vektory se označují jako Epizomy a obsahují specifickou sekvenci označovanou jako ""S/MAR"", která umožňuje jejich uchování po mnoho generací jako extrachromozomální kruhovou DNA v savčích buňkách. Výhodou použití S/MAR epizomů pro buněčnou terapii je, že se neintegrují do buněčného genomu. Nedávno jsme identifikovali lidský protein SAF-A, který je důležitý pro ustanovení epizomální retence v lidských buňkách. V rámci vypracování diplomové práce bude využit upravený epizom nesoucí lidský gen SAF-A k tvorbě CAR T buněk. Praktickým cílem je zjistit, zda tento vylepšený vektor je možné účinně využít pro trvalou transgenní expresi chimérického antigenního receptoru v lidských T-buňkách, aniž by bylo ovlivněno jejich chování a molekulární integrita. " Molekulární biologie a genetika jiri.kohoutek@sci.muni.cz 19829 9/11/2024 11:55:56 Zdenek Andrysik Alternativní translace genů kontrolovaných p53 Alternative translation of the p53 target genes anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "The most frequently mutated tumor suppressor gene in human cancers is TP53, which encodes transcription factor p53. Induced by various types of cellular stress, p53 transactivates a broad range of genes involved in numerous anti-cancer programs including cell cycle arrest, DNA repair, senescence, and apoptosis. However, targeted induction of p53 by small molecule inhibitors of a key upstream negative regulator MDM2 leads in most cancer types to a reversible proliferation block, while the therapeutically desirable elimination of cancer cells by apoptosis is limited at best. Recently, we identified a novel regulatory mechanism within the p53 network (Andrysik et al., Nature Communications, 2022) responsible for restraining the apoptotic response upon p53 activation. In this scenario, p53 activity maintains eukaryotic translation initiation factor eIF2a dephosphorylated and fully functional. Severing such negative feedback loop pharmacologically by eIF2a inhibitors leads to rapid onset of apoptosis in cancer cells in vitro and stalled tumor growth and animal survival in vivo. Rationale Tumor suppressor p53 activates transcription of hundreds of protein-coding genes. However, in response to numerous stress stimuli, canonical translation governed by eIF2a is downregulated in favor of alternative translation mechanisms. Our preliminary data suggest that inhibition of eIF2a may lead to differential translation of p53 target genes including translation boost of a key pro-apoptotic gene BBC3/Puma. Nevertheless, it is unclear how a joint inhibition of MDM2 and eIF2a affects the entire p53 network and the rest of the translatome. Therefore, we propose genome-wide experiments to elucidate this overlooked, yet crucial level of p53 response control. Hypothesis Preferential translation of pro-apoptotic genes results in cell death phenotype amidst inhibition of MDM2 and eIF2a. " Molekulární biologie a genetika Melanie Drexlerova zdenek.andrysik@med.muni.cz Biologicky ustav LF MU 12323 9/11/2024 21:31:26 Tomáš Vítěz Vliv vybraných těžkých kovů na anaerobní stabilizaci čistírenských kalů Effect of selected heavy metals on anaerobic stabilization of sewage sludge český "Cílem této práce je ověřit vliv přídavku vybraného kovu (Cu, Zn, Ag, Cr, Ni, Fe) případně směsí různých kovů na proces anaerobní stabilizace čistírenských kalů. Vzorky smíšené kultury (čistírenské kaly) budou kultivovány ve 120mililitrových vialkách. Množství vznikajícího plynu bude stanovováno manometricky, složení bioplynu pomocí GC-TCD a zastoupení mastných kyselin pomocí GC-FID. Z odebraného vzorku kalů bude izolována DNA, která bude následně sekvenována. Výsledky kultivace nám pomohou určit, které skupiny organismů budou ovlivněny přídavkem kovu, případně směsí kovů a to na základě měření zastoupení metabolitů. Sekvenační data nám pomohou zvolit vhodné druhy mikroorganismů k následnému ověřování vlivu přídavku kovů nebo směsi kovů na čistou kulturu těchto mikroorganismů. " Mikrobiologie vitez@sci.muni.cz 238240 9/12/2024 10:12:57 Jan Hošek "Příprava, exprese a charakterizace bovinního rekombinantního folikulostimulačního hormonu" "Preparation, Expression, and Characterization of Bovine Recombinant Follicle-Stimulating Hormone" český "Tato diplomová práce se bude zabývat přípravou rekombinantního bovinního FSH proteinu - folikulostimulačného hormonu, používaného při asistované reprodukci skotu. Jedná se o heterodimerní glykosylovaný protein, jehož exprese bude probíhat v savčím expresním systému. Součástí práce bude in silico návrh DNA konstruktu v několika variantách – I. každá podjednotka proteinu na jiném plasmidu; II. obě podjednotky v jednom konstruktu za využití tzn. IRES sekvence (internal ribosome entry site); III. obě podjednotky v jednom řetězci s kovalentním linkerem mezi nimi. Student bude využívat molekulárně biologických metod pro klonování konstruktů do savčích CHO buněk, jejich kultivaci a expresi proteinu. Dále bude za použití vhodných purifikačních metod izolovat exprimovaný protein a provede jeho charakterizaci pomocí biochemických metod (SDS-PAGE, nativní elektroforéza, western blot, dot blot, CD a FTIR spektrometrie, hmotnostní spektrometrie). V posledním kroku se bude podílet na ověření účinnosti FSH proteinu in vitro na izolovaných oocytech. Tato práce je součástí projektu NAZV, která má za cíl vytvořit platformu pro řízené uvolňování hormonu z hydrogelové matrice, která zajistí delší cirkulaci a pomalé uvolňování, což povede k redukci počtu a četnosti injekčního podání zvířeti pro stimulaci oocytů." Molekulární biologie a genetika hosekj@pharm.muni.cz "Mgr. Jan Gebauer, Ph.D." "Výzkumný ústav veterinárního lékařství, Hudcova 70, Brno-Medlánky" jan.gebauer@vri.cz 63697 9/12/2024 12:27:22 Jiřina Medalová Komunikace neutrofilů a makrofágů při in vitro testování imunokompatibility biomateriálů Neutrophils and macrophages cross-talk during in vitro testing of biomaterial immunecompatibility český "Materiály určené pro medicínské využití je nutno nejprve otestovat metodami, které ověří jejich biokompatibilitu, tj. to, zda při kultivaci neovlivňují cytokinetické parametry nežádoucím způsobem. Dalším stupněm testování je pak jejich vliv na buňky imunitního systému. Nejčastěji se využívají makrofágy, které se vlivem působení materiálů mohou diferencovat v dva dobře rozeznatelné fenotypy. Podle exprese povrchových markerů je tak možno usoudit, zda daný materiál vyvolává nežádoucí prozánětlivou nebo vítanou proregenerační reakci. V in vivo prostředí je však tato reakce makrofágů modulována cyto- a chemokiny, které produkují neutrofily, jakožto první buněčná populace, která reaguje na přítomnost cizího tělesa. V případě in vitro testování je tedy vhodné simulovat situaci in vivo, a proto by mělo být hlavní náplní této diplomové práce otestovat různé přístupy kokultivace neutrofilů a makrofágů s cílem optimalizovat podmínky kultivace tak, abychom získali standardizované podmínky pro testování biomateriálů." Experimentální biologie živočichů a imunologie jipro@sci.muni.cz Oddělení fyziologie a imunologie živočichů 176525 9/12/2024 13:30:17 Albert Cairo Calzada Studium regulace translačního iniciačního komplexu pomocí stresových tělísek u Arabidopsis thaliana Study of the regulation of the translation initiation complex by stress granules in Arabidopsis anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) Stress granules (SGs) are cytosolic biomolecular condensates that form in response to stress to repress translation of housekeeping genes. In this Thesis the student will elucidate the components of the translation initiation complex that are sequestered into SGs and the components that remain active in the cytosol and are responsible for the translation of the stress related genes. Molekulární biologie a genetika Sofia Kanávorová albert.calzada@ceitec.muni.cz Kateřina Mácová "CEITEC - Office E26/214 - Kamenice 753/5, Brno, 625 00" katerina.macova@ceitec.muni.cz 235534 9/12/2024 15:20:17 "Mgr. Magdaléna Crhánová, Ph.D." Charakterizace kvasinek izolovaných z trávicího traktu divokých a domácích prasat Characterization of yeasts isolated from the digestive tract of wild and domestic pigs český "Význam použití probiotik v současné době vzrůstá nejen v humánní, ale také ve veterinární medicíně. Probiotika například v chovech prasat mohou představovat zajímavou a účinnou alternativu k použití antibiotik tím, že omezují kolonizaci hostitele patogenními mikroorganismy, produkují látky s antimikrobiálním účinkem, zvyšují imunitní odezvu hostitele či zlepšují využitelnost živin z krmiva. Při návrhu funkčních probiotik je však nezbytná důsledná charakteristika kmenů s ohledem na jejich bezpečnost pro hostitele a zastoupení vhodných probiotických vlastností. V poslední době se také pozornost výzkumníků obrací na méně obvyklé zdroje probiotických mikroorganismů pro použití u domácích či hospodářských zvířat, kterým může být například trávicí trakt divokých zvířat. Tato diplomová práce se zaměří na izolaci a identifikaci kvasinek původem z trávicího traktu divokých a domácích prasat. Vybrané kmeny pak budou podrobně charakterizovány s ohledem na jejich biologickou bezpečnost a zastoupení vhodných probiotických vlastností. Identifikace izolátů bude provedena pomocí hmotnostní spektrometrie MALI-TOF. Pro stanovení probiotických vlastností izolátů budou použity mikrobiologické, biochemické a imunologické metody, kterými bude stanovena například citlivost k vybraným antifungálním látkám, enzymatická aktivita, termorezistence, odolnost vůči nízkému pH či žlučovým solím nebo například schopnost adheze ke střevním buňkám. Kmeny kvasinek s nejvhodnějším profilem probiotických charakteristik pak budou využity pro konstrukci probiotické směsi pro selata po odstavu v rámci projektu MZe podporovaného Národní agenturou pro zemědělský výzkum. " Mikrobiologie magdalena.crhanova@vri.cz "Oddělení mikrobiologie a antimikrobiální rezistence, Výzkumný ústa veterinárního lékařství, v.v.i., Hudcova 296/70, Brno, 621 00" 40972 9/12/2024 16:06:07 Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. Zoonotický potenciál aviární patogenní Escherichia coli: detekce a typizace kmenů ve střevě člověka Zoonotic potential of avian pathogenic Escherichia coli: detection and typing of strains from human clinical materiál český "Ptačí patogenní E. coli (APEC) jsou podskupinou E. coli vyvolávající závažné infekce drůbeže. Současné poznatky ukazují, že se tyto kmeny mohou šířit ke člověku potravinami a představovat významné zoonotické patogeny s potenciálem způsobovat infekce. Cílem diplomové práce bude v souboru izolátů E. coli získaných ze střeva ambulantních a hospitalizovaných pacientů identifikovat molekulárně-biologickými metodami kmeny APEC. Dále u těchto kmenů stanovit profil rezistence k antibiotikům fenotypovými metodami a provést genotypizaci za využití celogenomového sekvenování. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů ke člověku." Mikrobiologie monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42 Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:07:52 Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D Zoonotický potenciál aviární patogenní Escherichia coli: detekce a typizace kmenů ve střevě člověka Zoonotic potential of avian pathogenic Escherichia coli: detection and typing of strains from human clinical materiál český "Ptačí patogenní E. coli (APEC) jsou podskupinou E. coli vyvolávající závažné infekce drůbeže. Současné poznatky ukazují, že se tyto kmeny mohou šířit ke člověku potravinami a představovat významné zoonotické patogeny s potenciálem způsobovat infekce. Cílem diplomové práce bude v souboru izolátů E. coli získaných ze střeva ambulantních a hospitalizovaných pacientů identifikovat molekulárně-biologickými metodami kmeny APEC. Dále u těchto kmenů stanovit profil rezistence k antibiotikům fenotypovými metodami a provést genotypizaci za využití celogenomového sekvenování. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů ke člověku." Lékařská genetika a molekulární diagnostika monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42 Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:09:27 Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. Zoonotický potenciál aviární patogenní Escherichia coli: detekce a typizace kmenů ve střevě člověka Zoonotic potential of avian pathogenic Escherichia coli: detection and typing of strains from human clinical material český "Ptačí patogenní E. coli (APEC) jsou podskupinou E. coli vyvolávající závažné infekce drůbeže. Současné poznatky ukazují, že se tyto kmeny mohou šířit ke člověku potravinami a představovat významné zoonotické patogeny s potenciálem způsobovat infekce. Cílem diplomové práce bude v souboru izolátů E. coli získaných ze střeva ambulantních a hospitalizovaných pacientů identifikovat molekulárně-biologickými metodami kmeny APEC. Dále u těchto kmenů stanovit profil rezistence k antibiotikům fenotypovými metodami a provést genotypizaci za využití celogenomového sekvenování. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů ke člověku." Molekulární biologie a genetika monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42 Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:10:56 Monika Dolejská Doc. RNDr. PhD. Močové infekce vyvolané aviární patogenní Escherichia coli: antibiotická rezistence a populační struktura kmenů Urinary tract infections caused by avian pathogenic Escherichia coli: antibiotic resistance and population structure of strains český "Současný výzkum poukazuje na rostoucí klinický význam ptačích patogenních kmenů E. coli (APEC) pro člověka. Podíl, rezistence k antibiotikům a genetické rysy APEC kmenů stojících za lidskými chorobami však nejsou v současnosti známé a informace o výskytu a vlastnostech APEC kmenů ve zdravé a nemocné populaci v ČR zcela chybí. V rámci této práce bude studována molekulární epidemiologie, rezistence a virulence APEC z močových infekci ambulantních a hospitalizovaných pacientů z ČR. Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z drůbeže. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů ke člověku." Mikrobiologie monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková Veterinární univerzita Brno veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:12:13 Monika Dolejská Doc. RNDr. PhD. Močové infekce vyvolané aviární patogenní Escherichia coli: antibiotická rezistence a populační struktura kmenů Urinary tract infections caused by avian pathogenic Escherichia coli: antibiotic resistance and population structure of strains český "Současný výzkum poukazuje na rostoucí klinický význam ptačích patogenních kmenů E. coli (APEC) pro člověka. Podíl, rezistence k antibiotikům a genetické rysy APEC kmenů stojících za lidskými chorobami však nejsou v současnosti známé a informace o výskytu a vlastnostech APEC kmenů ve zdravé a nemocné populaci v ČR zcela chybí. V rámci této práce bude studována molekulární epidemiologie, rezistence a virulence APEC z močových infekci ambulantních a hospitalizovaných pacientů z ČR. Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z drůbeže. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů ke člověku." Molekulární biologie a genetika monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42 Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:13:43 Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. Močové infekce vyvolané aviární patogenní Escherichia coli: antibiotická rezistence a populační struktura kmenů Urinary tract infections caused by avian pathogenic Escherichia coli: antibiotic resistance and population structure of strains český "Současný výzkum poukazuje na rostoucí klinický význam ptačích patogenních kmenů E. coli (APEC) pro člověka. Podíl, rezistence k antibiotikům a genetické rysy APEC kmenů stojících za lidskými chorobami však nejsou v současnosti známé a informace o výskytu a vlastnostech APEC kmenů ve zdravé a nemocné populaci v ČR zcela chybí. V rámci této práce bude studována molekulární epidemiologie, rezistence a virulence APEC z močových infekci ambulantních a hospitalizovaných pacientů z ČR. Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z drůbeže. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů ke člověku." Lékařská genetika a molekulární diagnostika monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42 Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:14:57 Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. "Patogenní kmeny Escherichia coli u drůbeže v České republice: izolace, antibiotická rezistence a populační struktura " "Pathogenic Escherichia coli strains in poultry in the Czech Republic: isolation, antibiotic resistance and population structure " český "Escherichia coli je považována za jeden z nejvýznamnějších patogenů drůbeže. Skupina aviární patogenní E. coli (APEC) způsobuje významné ekonomické ztráty v chovech. Rostoucí rezistence těchto kmenů k široké škále různých antimikrobiálních látek způsobuje značné terapeutické problémy. Cílem této diplomové práce bude v souboru vzorků z chovů drůbeže prokázat kmeny APEC a dále u těchto kmenů otestovat citlivost k antimikrobiálním látkám, přítomnost genů rezistence a virulence. Budou využity mikrobiologické metody, celogenomové sekvenování a provedena základní bioinformatická analýza dat. Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z humánního klinického materiálu. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů z chovů drůbeže." Mikrobiologie monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42 Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:16:12 Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. "Patogenní kmeny Escherichia coli u drůbeže v České republice: izolace, antibiotická rezistence a populační struktura " "Pathogenic Escherichia coli strains in poultry in the Czech Republic: isolation, antibiotic resistance and population structure " český "Escherichia coli je považována za jeden z nejvýznamnějších patogenů drůbeže. Skupina aviární patogenní E. coli (APEC) způsobuje významné ekonomické ztráty v chovech. Rostoucí rezistence těchto kmenů k široké škále různých antimikrobiálních látek způsobuje značné terapeutické problémy. Cílem této diplomové práce bude v souboru vzorků z chovů drůbeže prokázat kmeny APEC a dále u těchto kmenů otestovat citlivost k antimikrobiálním látkám, přítomnost genů rezistence a virulence. Budou využity mikrobiologické metody, celogenomové sekvenování a provedena základní bioinformatická analýza dat. Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z humánního klinického materiálu. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů z chovů drůbeže." Molekulární biologie a genetika monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42 Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:17:21 Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. Detekce a typizace aviární patogenní Escherichia coli v drůbežím mase Detection and typing of avian pathogenic Escherichia coli in poultry meat český "Escherichia coli je považována za jeden z nejvýznamnějších patogenů drůbeže. Skupina aviární patogenní E. coli (APEC) způsobuje významné ekonomické ztráty v chovech. Rostoucí rezistence těchto kmenů k široké škále různých antimikrobiálních látek způsobuje značné terapeutické problémy. Cílem této diplomové práce bude v souboru vzorků drůbežího masa z tržní sítě v ČR prokázat kmeny APEC a dále u těchto kmenů otestovat citlivost k antimikrobiálním látkám, přítomnost genů rezistence a virulence. Budou využity mikrobiologické metody, celogenomové sekvenování a provedena základní bioinformatická analýza dat. . Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z humánního klinického materiálu. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů cestou konzumace drůbežího masa." Mikrobiologie monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:18:38 Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. Detekce a typizace aviární patogenní Escherichia coli v drůbežím mase Detection and typing of avian pathogenic Escherichia coli in poultry meat český "Escherichia coli je považována za jeden z nejvýznamnějších patogenů drůbeže. Skupina aviární patogenní E. coli (APEC) způsobuje významné ekonomické ztráty v chovech. Rostoucí rezistence těchto kmenů k široké škále různých antimikrobiálních látek způsobuje značné terapeutické problémy. Cílem této diplomové práce bude v souboru vzorků drůbežího masa z tržní sítě v ČR prokázat kmeny APEC a dále u těchto kmenů otestovat citlivost k antimikrobiálním látkám, přítomnost genů rezistence a virulence. Budou využity mikrobiologické metody, celogenomové sekvenování a provedena základní bioinformatická analýza dat. . Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z humánního klinického materiálu. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů cestou konzumace drůbežího masa." Molekulární biologie a genetika monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42, Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 9/12/2024 16:22:43 Kristýna Turková Extracelulární vezikuly a jejich příspěvek k bakteriální virulenci u infekční endokarditidy Extracellular vesicles and their contribution to bacterial virulence in infective endocarditis anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Infekční endokarditida je zánětlivé onemocnění postihující vnitřní výstelku srdce, zejména srdeční chlopně, způsobené různými druhy mikroorganismů. Patologický proces je nejčastěji lokalizován na srdečních chlopních. Hlavními původci infekční endokarditidy jsou gram-pozitivní bakterie, nejčastěji z rodů Streptococcus, Staphylococcus a Enterococcus, které představují 80–90 % případů. Extracelulární vezikuly (EVs) jsou membránové váčky vytvářené všemi typy buněk, včetně těch bakteriálních. Pochopení, jak tyto vezikuly přispívají k bakteriální virulenci a jejich interakci s imunitním systémem, by mohlo přispět ke zlepšení diagnostiky a terapie závažných případů infekční endokarditidy. Cílem této práce je izolace EVs z vybraného klinického izolátu pacienta s potvrzenou infekční endokarditidou, analýza přítomnosti virulenčních faktorů a vyhodnocení příspěvku EVs k virulenci bakteriálního kmene na vybraných buněčných liniích." Experimentální biologie živočichů a imunologie Veronika Mlčeková turkova@ibp.cz Gabriela Ambrožová "Biofyzikální ústav AVČR, Královopolská 135, Brno" ambrozova@ibp.cz 150983 9/13/2024 14:35:51 Miloš Barták Mechanismy resistence lišejníků rodu Umbilicaria vůči stresu chladem a mrazem se zaměřením na ochranné fyziologické mechanismy aktivované akutním stresem. Mechanisms of resistance of lichens of the genus Umbilicaria to cold and frost stress with a focus on protective physiological mechanisms activated by acute stress. český "Navrhované téma diplomové práce bude řešeno pomocí experimentů v laboratoři fotosyntetických procesů (Ústav experimentální biologie) a to pomocí měření efektivity jednotlivých částí primární fotosyntézy spojená s činností fotosystému II (PSII). Cílem bude stanovit míru inhibice PSII způsobenou akutním stresem mrazem (několik různých způsobů navození tohoto stresu) a srovnání reakce různých druhů lišejníků rodu Umbilicaria na tento stres. Počítáme s využitím vzorků lišejníků z Arktidy (Svalbard), Antarktidy (české expedice) a z vysokohorského prostředí. Budou použity zejména metody biofyzikální, založené na indukované fluorescenci chlorofylu, metody biochemické (organické molekuly, t.j. pigmenty, enzymy, proteiny jako indikátory stresu) a metody molekulárně biologické (stresové proteiny). Téma diplomové práce je možno po dohodě studenta(-ky) a vedoucího upravit. Rovněž lze toto téma vypsat (obsadit) pro osobu, která bude chtít diplomovou práci předložit v anglickém jazyce. " Experimentální biologie rostlin mbartak@sci.muni.cz "Odělení experimentální biologie rostlin, laboratoř fotosyntetických procesů, Budova C-13, Univerzitní kampus Brno-Bohunice. kamenice 5, 625 00 Brno" 57 9/13/2024 14:55:12 Miloš Barták Vliv bakterií (growth promoting bacteria) na růst a zmírnění toxického účinku iontů kadmia na fyziologické charakteristiky mutantů Arabidopsis thaliana Effect of growth promoting bacteria on mitigating the toxic effect of cadmium ions on growth and physiological characteristics of Arabidopsis thaliana mutants český "Cílem diplomové práce je zkoumat účinky stresu těžkými kovy, jmenovitě ionty kadmia (Cd2+) v růstovém mediu na modelovou rostlinu Arabidopsis thaliana se zaměřením na její růstovou, fotosyntetickou a protistresovou odezvu. Pro diplomovou práci bude využito několik typů rostlin: kontrola (wild type) a mutanti s potlačenou funkcí fotosyntetického aparátu v chloroplastech. Odezva experimentálních rostlin na stres Cd2+ bude stanovena ve variantách s přídavkem bakterií (growth promoting bacteria) do růstového media a bez tohoto přídavku. Reakce rostlin bude měřena pomocí pokročilých technik fluorescence chlorofylu (OJIP, KK+QA) s cílem objasnit mechanismy, kterými kadmium narušuje fotosyntézu v rostlinách, a prohloubit znalosti o kombinovaném účinku fotoinhibice a akumulace Cd v rostlinných pletivech. Fluorescenční techniky budou kombinovány s metodami růstové analýzy a stanovením markerů stresu a aktivace protistresových fyziologických mechanismů v různé fázi (délce expozice) působení stresu v listech (asimilačních pletivech) na biochemické úrovni. Uchazeč(-ka) se v rámci řešení tématu diplomové práce může spolupodílet na mezinárodním výzkumu v této oblasti." Experimentální biologie rostlin mbartak@sci.muni.cz "Oddělení experimentální biologie rostlin, Laboratoř fotosyntetických procesů, Ústav experimentální biologie, Budova C-13, univerzitní kampus Brno-Bohunice, Kamenice 5, 62500 Brno" 57 9/13/2024 15:11:39 Miloš Barták Limity přežití modelových extremofilních autotrofů v extrémním radiačním prostředí Survival limits of model extremophile autotrophs in extreme radiation environments anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Cílem diplomové práce je experimentální stanovení letálních dávek záření o různé vlnové délce (složky krátkovlnného záření, složky viditelného (PAR) záření) pro několik extremofilních autotrofních organismů (zástupci řas, sinic a lišejníků). Diplomová práce se bude věnovat radiací-indukované inaktivaci chlorofylu, stanovení intenzity radiací indukované tvorby reaktivních forem kyslíku a následného fenoménu fotovybělení (photobleaching) způsobeného silným oxidativním stresem. Kapacita obranných mechanismů bude studována pomocí přídavku různých antioxidantů do experimentálního kultivačního media a následným krátko- a střednědobým ovlivněním experimentálnímu záření o silné intenzitě. Téma práce je možné po dohodě uchazeče (-ky) s vedoucím diplomové práce upravit. Rovněž je možné nabídnout téma i uchazeči(-ce), který(-á) by práci chtěl(-a) vypracovat v českém jazyce." Experimentální biologie rostlin mbartak@sci.muni.cz "Laboratoř fotosyntetických procesů, Ústav experimentální biologie, Budova C-13, Univerzitní kampus Brno-Bohunice, kamenice 5, 62500 Brno" 57 9/14/2024 20:46:43 Jana Palkovičová Vliv ko-evoluce plazmid-hostitel: fitness zátěž na hostitele a šíření antibiotické rezistence The effect of plasmid-host co-evolution: fitness cost on a bacterial host and antibiotic resistance dissemination český "Celosvetové rozšírenie rezistencie k významným skupinám antibiotík prostredníctvom úspešných mobilných genetických elementov predstavuje narastajúci problém súčasnej medicíny, s dopadom na zdravie človeka, zvierat, ale aj prostredia. Pochopenie mechanizmov prenosu a šírenia génov rezistencie nesených mobilnými genetickými elementami v bakteriálnych populáciách je základom pre úspešný boj s narastajúcou antibiotickou rezistenciou. Práca bude zameraná na vplyv ko-evolúcie plazmidov s bakteriálnymi hostiteľmi. V rámci práce bude študovaná perzistencia a fitness záťaž plazmidov počas experimentálnej evolúcie. " Mikrobiologie palkovicova.jane@gmail.com Kristína Krúteková 542361 9/14/2024 20:48:34 Jana Palkovičová Vliv ko-evoluce plazmid-hostitel: fitness zátěž na hostitele a šíření antibiotické rezistence The effect of plasmid-host co-evolution: fitness cost on a bacterial host and antibiotic resistance dissemination český "Celosvetové rozšírenie rezistencie k významným skupinám antibiotík prostredníctvom úspešných mobilných genetických elementov predstavuje narastajúci problém súčasnej medicíny, s dopadom na zdravie človeka, zvierat, ale aj prostredia. Pochopenie mechanizmov prenosu a šírenia génov rezistencie nesených mobilnými genetickými elementami v bakteriálnych populáciách je základom pre úspešný boj s narastajúcou antibiotickou rezistenciou. Práca bude zameraná na vplyv ko-evolúcie plazmidov s bakteriálnymi hostiteľmi. V rámci práce bude študovaná perzistencia a fitness záťaž plazmidov počas experimentálnej evolúcie. " Molekulární biologie a genetika palkovicova.jane@gmail.com Kristína Krúteková 542361 9/14/2024 20:50:22 Jana Palkovičová Interakce plazmidů a bakteriálních hostitelů v šíření antibiotické rezistence Interaction of plasmids and bacterial hosts in the dissemination of antibiotic resistance český "Plazmidy nesúce gény rezistencie k významným antibiotikám sú obrovským problémom v boji proti antibiotickej rezistencii v súčasnej medicíne, ohrozujúce zdravie človeka, zvierat aj prostredia. Šírenie a úspech klinicky významných plazmidov v bakteriálnych klonoch (napr. Escherichia coli ST131 a plazmidy typu F) je kľúčový v boji s antibiotickou rezistenciou. Cieľom diplomovej práce bude štúdium interakcií úspešných bakteriálnych línií a ich plazmidov. Bude analyzovaný fitness bakteriálnych kmeňov s plazmidom a bez neho s cieľom testovať vplyv plazmidu na svojho prirodzeného hostiteľa. Literatúra: 1. San Millan A, MacLean RC. Fitness Costs of Plasmids: a Limit to Plasmid Transmission. Microbiol Spectr. 2017; 5(5). doi: 10.1128/microbiolspec.MTBP-0016-2017. 2. Johnson TJ. Role of Plasmids in the Ecology and Evolution of “High-Risk” Extraintestinal Pathogenic Escherichia coli Clones. EcoSal Plus, 2021; 9:eESP-0013-2020.https://doi.org/10.1128/ecosalplus.ESP-0013-2020" Mikrobiologie palkovicova.jane@gmail.com Markéta Ryšavá 542361 9/14/2024 20:51:30 Jana Palkovičová Interakce plazmidů a bakteriálních hostitelů v šíření antibiotické rezistence Interaction of plasmids and bacterial hosts in the dissemination of antibiotic resistance český "Plazmidy nesúce gény rezistencie k významným antibiotikám sú obrovským problémom v boji proti antibiotickej rezistencii v súčasnej medicíne, ohrozujúce zdravie človeka, zvierat aj prostredia. Šírenie a úspech klinicky významných plazmidov v bakteriálnych klonoch (napr. Escherichia coli ST131 a plazmidy typu F) je kľúčový v boji s antibiotickou rezistenciou. Cieľom diplomovej práce bude štúdium interakcií úspešných bakteriálnych línií a ich plazmidov. Bude analyzovaný fitness bakteriálnych kmeňov s plazmidom a bez neho s cieľom testovať vplyv plazmidu na svojho prirodzeného hostiteľa. Literatúra: 1. San Millan A, MacLean RC. Fitness Costs of Plasmids: a Limit to Plasmid Transmission. Microbiol Spectr. 2017; 5(5). doi: 10.1128/microbiolspec.MTBP-0016-2017. 2. Johnson TJ. Role of Plasmids in the Ecology and Evolution of “High-Risk” Extraintestinal Pathogenic Escherichia coli Clones. EcoSal Plus, 2021; 9:eESP-0013-2020.https://doi.org/10.1128/ecosalplus.ESP-0013-2020" Molekulární biologie a genetika palkovicova.jane@gmail.com Markéta Ryšavá 542361 9/15/2024 23:46:28 Jiří Holoubek Charakterizace nasální infekce virem klíšťové encefalitidy na myším modelu a primárních lidských nasálních epiteliálních buňkách Characterization of nasal infection with tick-borne encephalitis virus in a mouse model and primary human nasal epithelial cells český "Klíšťová encefalitida je závažné onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Běžně k infekci dochází skrze infikované klíště, případně z nepasterizovaného mléka. Infekce je však možná také skrz čichovou sliznici, jak bylo popsáno pro mnoho jiných neurotropních virů. Zadaná diplomová práce se zaměří na studium mechanismů, které zprostředkovávají vstup viru klíšťové encefalitidy (VKE) do organismu přes nosní sliznici. Využití primárních lidských nasálních epiteliálních buněk pěstovaných na transwell kultivačním systému umožní napodobení přirozeného fenotypu lidské čichové sliznice a tedy primárního místa pro pomnožení VKE. V rámci této práce se student zaměří na charakterizaci procesů virové infekce a šíření v tomto vstupním bodě. Cílem je identifikovat klíčové faktory, které ovlivňují průběh infekce a následnou imunitní odpověď hostitele. Zároveň jsou k dispozici vzorky myších tkání po intranazální infekci, které mohou přispět k pochopení infekce v distálních částech čichové sliznice, kde dochází k zapojení zralých a nezralých čichových neuronů, které mohou hrát významnou roli při neuroinvazi do CNS. Výsledky tohoto výzkumu mohou přispět k lepšímu pochopení patogeneze klíšťové encefalitidy a k rozvoji nových terapeutických strategií zaměřených na prevenci a léčbu této vážné neuroinfekce." Virologie Eliška Mráčková 453423@mail.muni.cz "prof. RNDr. Daniel Růžek, Ph.D." "Laboratoř Virologie, Oddělení mikrobiologie, ÚEB, MUNI & VUVeL" 100599@mail.muni.cz 453423 9/15/2024 23:50:15 Jiří Holoubek Charakterizace nasální infekce virem klíšťové encefalitidy na myším modelu a primárních lidských nasálních epiteliálních buňkách Characterization of nasal infection with tick-borne encephalitis virus in a mouse model and primary human nasal epithelial cells český "Klíšťová encefalitida je závažné onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Běžně k infekci dochází skrze infikované klíště, případně z nepasterizovaného mléka. Infekce je však možná také skrz čichovou sliznici, jak bylo popsáno pro mnoho jiných neurotropních virů. Zadaná diplomová práce se zaměří na studium mechanismů, které zprostředkovávají vstup viru klíšťové encefalitidy (VKE) do organismu přes nosní sliznici. Využití primárních lidských nasálních epiteliálních buněk pěstovaných na transwell kultivačním systému umožní napodobení přirozeného fenotypu lidské čichové sliznice a tedy primárního místa pro pomnožení VKE. V rámci této práce se student zaměří na charakterizaci procesů virové infekce a šíření v tomto vstupním bodě. Cílem je identifikovat klíčové faktory, které ovlivňují průběh infekce a následnou imunitní odpověď hostitele. Zároveň jsou k dispozici vzorky myších tkání po intranazální infekci, které mohou přispět k pochopení infekce v distálních částech čichové sliznice, kde dochází k zapojení zralých a nezralých čichových neuronů, které mohou hrát významnou roli při neuroinvazi do CNS. Výsledky tohoto výzkumu mohou přispět k lepšímu pochopení patogeneze klíšťové encefalitidy a k rozvoji nových terapeutických strategií zaměřených na prevenci a léčbu této vážné neuroinfekce." Virologie Eliška Mráčková 453423@mail.muni.cz "prof. RNDr. Daniel Růžek, Ph.D." "Laboratoř Virologie, Oddělení mikrobiologie, ÚEB, MUNI & Laborator emergentních virových nákaz, VÚVeL, Brno" ruzekd@paru.cas.cz 453423 9/16/2024 11:25:33 Jiří Holoubek Charakterizace infekce myších enterických neuronů kmeny viru klíšťové encefalitidy s rozdílnou virulencí Characterization of infection of mouse enteric neurons by tick-borne encephalitis virus strains with different virulence anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Klíšťová encefalitida je závažné onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Běžně k infekci dochází skrze infikované klíště, případně alimentární cestou z nepasterizovaného mléka. Právě v případě alimentární infekce dochází k infekci různých buněčných typů v rámci střeva, včetně enterických neuronů. Cílem práce je porovnat průběh infekce na modelu imortalizovaných enterických neuronů způsobený kmeny viru klíšťové encefalitidy (VKE) s rozdílnou virulencí. Práce zahrnuje in vitro experimenty na enterických myších neuronech a pro srovnání na dalších buněčných liniích (Caco-2, Vero). Pomocí plakových titrací, molekulárních analýz a imunofluorescence bude hodnocena virová replikace, cytopatické změny neuronů a imunitní odpověď. Výsledky této práce tak mohou přispět k lepšímu porozumění patogeneze klíšťové encefalitidy, zejména pak při alimentární nákaze. --- --- --- --- Tick-borne encephalitis is a serious disease of the human central nervous system. Infection commonly occurs via an infected tick or alimentary route from unpasteurised milk. It is in the case of alimentary infection that infection of various cell types within the gut occurs, including enteric neurons. The aim of this study is to compare the course of infection in a model of immortalized enteric neurons caused by tick-borne encephalitis virus strains with different virulence. The work includes in vitro experiments on enteric mouse neurons and for comparison on other cell lines (Caco-2, Vero,...). Using plaque titrations, molecular analyses and immunofluorescence, viral replication, cytopathic changes in neurons and immune response will be assessed. The findings of this work may thus contribute to a better understanding of the pathogenesis of tick-borne encephalitis, especially in alimentary infection. " Virologie 453423@mail.muni.cz Alexandra Louise Wilson (253191) "Laboratoř Virologie, Oddělení mikrobiologie, ÚEB, MUNI & Laborator emergentních virových nákaz, VÚVeL, Brno" 253191@mail.muni.cz 453423 9/16/2024 11:37:27 Jan Víteček In vitro modely pro studium chování cévního endotelu In Vitro Models for Investigating Vascular Endothelium Behavior český "Tok krve je vnímán jak buňkami vnitřního povrchu cévních stěn – endoteliem. Tyto buňky jsou schopné převádět mechanický signál daný tokem krve na intracelulární signály prostřednictvím mechanotransdukce. Mechanotransdukce jako taková je dále ovlivňována řadou dalších procesů. V teoretické části práce se student seznámí se základními mechanobiologickými aspekty chování cévního systému obratlovců. Dále bude kladen důraz na metody přípravy cévních modelů s ohledem na jejich topologii. Součástí teoretické části budou také aplikace cévních modelů pro studium různých patologií. V praktické části budou navrženy a připraveny vybrané cévní modely s různou topologií. V cévních modelech budou provedeny experimenty zaměřené na sledování vlivu průtoku media a různých dalších stimulů na chování cévního endotelu. Projevy endotelu budou sledovány prostřednictvím mikroskopických metod a dále pomocí metod molekulární biologie – zejména exprese genů pomocí RT-qPCR, imunocytometrická charakterizace, apod. " Buněčná biologie jan.vitecek@ibp.cz "Biofyzikální ústav AVČR, Královopolská 135, Brno" 13473 9/16/2024 14:29 Lenka Šindlerová Vliv střevního mikrobiomu na rozvoj kolorektálního karcinomu Effect of the gut microbiome on the development of colorectal cancer český "Vliv střevního mikrobiomu na rozvoj kolorektálního karcinomu (KRK) je v posledních letech velmi intenzivně studován. Ukazuje se, že některé mikroorganismy mohou hrát roli v iniciaci, jiné v promoci nádorového bujení, rozvoji metastáz, případně v rezistenci nádoru k cytostatikům. Mechanismy těchto efektů však zdaleka nejsou popsány. Cílem navrhované práce bude studium vlivu vybraných druhů mikroorganismů s patogenním potenciálem a jejich produktů na jednotlivé fáze procesu nádorového bujení. K tomu budou využity pokročilé 2D a 3D in vitro buněčné modely a primární buňky imunitního systému a moderní metody buněčné a molekulární biologie, jako je flowcytometrie, konfokální mikroskopie, qPCR a další." Experimentální biologie živočichů a imunologie sindler@ibp.cz "Biofyzikální ústav Av ČR, v.v.i., Královopolská 135, Brno 612 00" 10672 ##### Sheet/List 2 ##### Jméno a příjmení vedoucího práce: Název tématu v českém jazyce: Název tématu v anglickém jazyce: Jazyk práce Stručná anotace tématu: Studijní program Rezervováno? E-mail školitele Konzultant Název a adresa pracoviště školitele E-mail a adresa konzultanta UČO vedoucího práce Lumír Krejčí Studium mechanismu ochrany replikačních vidlic a jejich souvislosti s lidskými onemocněními Study of the mechanisms of replication fork protection and their connection to human diseases. anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Naše laboratoř se zaměřuje na studium molekulární podstaty zhoubných onemocnění, které souvisí s rekombinací a opravou poškozené DNA. DNA obsažená v lidské buňce je neustále poškozována vnějšími i vnitřními vlivy (radiace, UV záření ale i chybná replikace apod.) Různých poškození nebo zlomů v DNA je až půl milionu za den. Poškozená DNA zpomaluje nebo dokonce zastaví replikační vidlici a vede k nestabilitě genomu a je asociována se vznikem celé řady onemocnění, včetně rakoviny. Jedním z mechanismů, který zaručuje bezchybnou opravu poškozené DNA a její replikaci je homologní rekombinace. Experimentální práce zahrnuje širokou škálu molekulárně-biologických přístupů vč. amplifikace a klonování DNA, expresi proteinů a jejich purifikace, studium proteinových interakcí a další charakterizace pomocí biochemických, molekulárně biologických, biofyzikálních, strukturálních, buněčně biologických a genetických metod." Molekulární biologie a genetika lkrejci@chemi.muni.cz "Laboratoř rekombinace a DNA opravy, Kamenice 6, B7" 18098 Biologie člověka Buněčná biologie Experimentální biologie živočichů a imunologie Lékařská genetika a molekulární diagnostika "RNDr. Josef Večeřa, Ph.D." Úloha kandidátních transkripčních faktorů v nádorovém mikroprostředí B-buněčných malignit The role of candidate transcription factors in the tumor microenvironment of B-cell malignancies český "Transkripční faktory (TF) jsou důležité regulátory buněčného růstu, vývoje a maturace buněk krevní řady. Narušení jejich funkce nebo naopak abnormální aktivita má často za následek vznik nebo rozvoj různých malignit, včetně leukemií a lymfomů. V posledních letech se ukazuje, jak zásadní význam mají TF v regulaci buněčné odpovědi nádorového mikroprostředí pacientů s chronickou lymfocytární leukemií (CLL) či folikulárním lymfomem (FL). Během našeho výzkumu jsme vytipovali několik kandidátních TF, jejichž deregulace v mikroprostředí je evidentně spojena se vznikem či progresí těchto onemocnění avšak příčiny vzniku nejsou jasné. Naším hlavním cílem – a současně náplní práce studenta/studentky - je co možná nejpodrobněji popsat úlohu a mechanizmus působení konkrétního TF v rámci nádorového mikroprostředí – čím je TF aktivován, jaké signální dráhy po aktivaci reguluje a v neposlední řadě také jeho terapeutické zacílení. K realizaci experimentů využíváme primární vzorky přímo od pacientů, patřičné buněčné linie, metody editace genomu (CRISPR), RNA a DNA sekvenace (ChIP-seq), funkční studie na in vitro kulturách či přímo v myším modelu a klasické metody molekulární a buněčné biologie (průtoková cytometrie, western blot, RT-qPCR, mikroskopie, atd.)." Experimentální biologie živočichů a imunologie josef.vecera@ceitec.muni.cz "MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D." "Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 625 00, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" "marek.mraz@ceitec.muni.cz; Mikroprostředí imunitních buněk, CEITEC MU, Kamenice 753/5, 625 00, Brno; http://mrazlab.ceitec.cz/" 119292 Molekulární biologie a genetika Buněčná biologie Lékařská genetika a molekulární diagnostika Martin Anger Poruchy časného vývoje savců Early developmental disorders in mammals český "Časný vývoj je u savců charakterizován poruchami, které mohou vést až k předčasnému ukončení vývoje embrya. Mezi nejčastější poruchy patří nesprávná segregace chromozomů v mitóze. Vzniklá aneuploidie je u těchto buněk několikanásobně frekventovanější, než u somatických buněk. Během práce budou zkoumány molekulární mechanismy vedoucí k ukončení časného vývoje a zániku embrya. Výsledky práce budou využity nejen k rozšíření našeho poznání o tomto období vývoje, ale mohou být uplatněny i na reprodukčních klinikách. " Buněčná biologie Není zarezervováno martin.anger@vri.cz "Ústav histologie a embryologie, Lékařská fakulta Masarykovy univerzity & Výzkumný ústav veterinárního lékařství Brno, Hudcova 70" 105600 Lékařská genetika a molekulární diagnostika Experimentální biologie živočichů a imunologie Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. Zoonotický potenciál aviární patogenní Escherichia coli: detekce a typizace kmenů ve střevě člověka Zoonotic potential of avian pathogenic Escherichia coli: detection and typing of strains from human clinical materiál český "Ptačí patogenní E. coli (APEC) jsou podskupinou E. coli vyvolávající závažné infekce drůbeže. Současné poznatky ukazují, že se tyto kmeny mohou šířit ke člověku potravinami a představovat významné zoonotické patogeny s potenciálem způsobovat infekce. Cílem diplomové práce bude v souboru izolátů E. coli získaných ze střeva ambulantních a hospitalizovaných pacientů identifikovat molekulárně-biologickými metodami kmeny APEC. Dále u těchto kmenů stanovit profil rezistence k antibiotikům fenotypovými metodami a provést genotypizaci za využití celogenomového sekvenování. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů ke člověku." Mikrobiologie monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42 Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 Lékařská genetika a molekulární diagnostika Molekulární biologie a genetika Monika Dolejská Doc. RNDr. PhD. Močové infekce vyvolané aviární patogenní Escherichia coli: antibiotická rezistence a populační struktura kmenů Urinary tract infections caused by avian pathogenic Escherichia coli: antibiotic resistance and population structure of strains český "Současný výzkum poukazuje na rostoucí klinický význam ptačích patogenních kmenů E. coli (APEC) pro člověka. Podíl, rezistence k antibiotikům a genetické rysy APEC kmenů stojících za lidskými chorobami však nejsou v současnosti známé a informace o výskytu a vlastnostech APEC kmenů ve zdravé a nemocné populaci v ČR zcela chybí. V rámci této práce bude studována molekulární epidemiologie, rezistence a virulence APEC z močových infekci ambulantních a hospitalizovaných pacientů z ČR. Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z drůbeže. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů ke člověku." Mikrobiologie monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková Veterinární univerzita Brno veronikaillikova5818@gmail.com 64110 Molekulární biologie a genetika Lékařská genetika a molekulární diagnostika Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. "Patogenní kmeny Escherichia coli u drůbeže v České republice: izolace, antibiotická rezistence a populační struktura " "Pathogenic Escherichia coli strains in poultry in the Czech Republic: isolation, antibiotic resistance and population structure " český "Escherichia coli je považována za jeden z nejvýznamnějších patogenů drůbeže. Skupina aviární patogenní E. coli (APEC) způsobuje významné ekonomické ztráty v chovech. Rostoucí rezistence těchto kmenů k široké škále různých antimikrobiálních látek způsobuje značné terapeutické problémy. Cílem této diplomové práce bude v souboru vzorků z chovů drůbeže prokázat kmeny APEC a dále u těchto kmenů otestovat citlivost k antimikrobiálním látkám, přítomnost genů rezistence a virulence. Budou využity mikrobiologické metody, celogenomové sekvenování a provedena základní bioinformatická analýza dat. Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z humánního klinického materiálu. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů z chovů drůbeže." Mikrobiologie monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "Veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42 Brno" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 Molekulární biologie a genetika Monika Dolejská Doc. RNDr. Ph.D. Detekce a typizace aviární patogenní Escherichia coli v drůbežím mase Detection and typing of avian pathogenic Escherichia coli in poultry meat český "Escherichia coli je považována za jeden z nejvýznamnějších patogenů drůbeže. Skupina aviární patogenní E. coli (APEC) způsobuje významné ekonomické ztráty v chovech. Rostoucí rezistence těchto kmenů k široké škále různých antimikrobiálních látek způsobuje značné terapeutické problémy. Cílem této diplomové práce bude v souboru vzorků drůbežího masa z tržní sítě v ČR prokázat kmeny APEC a dále u těchto kmenů otestovat citlivost k antimikrobiálním látkám, přítomnost genů rezistence a virulence. Budou využity mikrobiologické metody, celogenomové sekvenování a provedena základní bioinformatická analýza dat. . Výsledky budou porovnány s charakteristika APEC kmenů původem z humánního klinického materiálu. Diplomová práce je součástí projektu podpořeného Ministerstvem zdravotnictví a bude využita pro zhodnocení rizik spojených s šířením APEC kmenů cestou konzumace drůbežího masa." Mikrobiologie monika.dolejska@gmail.com Mgr. Veronika Illíková "veterinární univerzita Brno, Palackého tř. 1946/1, 612 42" veronikaillikova5818@gmail.com 64110 Molekulární biologie a genetika Jana Palkovičová Vliv ko-evoluce plazmid-hostitel: fitness zátěž na hostitele a šíření antibiotické rezistence The effect of plasmid-host co-evolution: fitness cost on a bacterial host and antibiotic resistance dissemination český "Celosvetové rozšírenie rezistencie k významným skupinám antibiotík prostredníctvom úspešných mobilných genetických elementov predstavuje narastajúci problém súčasnej medicíny, s dopadom na zdravie človeka, zvierat, ale aj prostredia. Pochopenie mechanizmov prenosu a šírenia génov rezistencie nesených mobilnými genetickými elementami v bakteriálnych populáciách je základom pre úspešný boj s narastajúcou antibiotickou rezistenciou. Práca bude zameraná na vplyv ko-evolúcie plazmidov s bakteriálnymi hostiteľmi. V rámci práce bude študovaná perzistencia a fitness záťaž plazmidov počas experimentálnej evolúcie. " Mikrobiologie palkovicova.jane@gmail.com Kristína Krúteková 542361 Molekulární biologie a genetika Jana Palkovičová Interakce plazmidů a bakteriálních hostitelů v šíření antibiotické rezistence Interaction of plasmids and bacterial hosts in the dissemination of antibiotic resistance český "Plazmidy nesúce gény rezistencie k významným antibiotikám sú obrovským problémom v boji proti antibiotickej rezistencii v súčasnej medicíne, ohrozujúce zdravie človeka, zvierat aj prostredia. Šírenie a úspech klinicky významných plazmidov v bakteriálnych klonoch (napr. Escherichia coli ST131 a plazmidy typu F) je kľúčový v boji s antibiotickou rezistenciou. Cieľom diplomovej práce bude štúdium interakcií úspešných bakteriálnych línií a ich plazmidov. Bude analyzovaný fitness bakteriálnych kmeňov s plazmidom a bez neho s cieľom testovať vplyv plazmidu na svojho prirodzeného hostiteľa. Literatúra: 1. San Millan A, MacLean RC. Fitness Costs of Plasmids: a Limit to Plasmid Transmission. Microbiol Spectr. 2017; 5(5). doi: 10.1128/microbiolspec.MTBP-0016-2017. 2. Johnson TJ. Role of Plasmids in the Ecology and Evolution of “High-Risk” Extraintestinal Pathogenic Escherichia coli Clones. EcoSal Plus, 2021; 9:eESP-0013-2020.https://doi.org/10.1128/ecosalplus.ESP-0013-2020" Mikrobiologie palkovicova.jane@gmail.com Markéta Ryšavá 542361 Molekulární biologie a genetika "doc. Mgr. Petra Procházková Schrumpfová, Ph.D." Regulace transkripce v reprodukci a reakci na stres Transcriptional regulation in reproduction and stress response český "Zejména v kontextu změn klimatu je pochopení základních procesů provázejících sexuální reprodukci, a tedy zajištění potravinové bezpečnosti, zásadní. Rychlé změny na buněčné úrovni během vývoje vajíčka nebo pylu jsou doprovázeny dynamickými změnami v genové transkripci, obzvláště během stresových podmínek. Transkripce může být regulována také prostřednictvím asociace proteinů s příslušnými boxy v genových promotorech, například asociací TRB (Telomere Repeat Binding) proteinů s telo-boxy (boxy se stejnou sekvencí, jakou mají repetice na fyzických koncích chromozomů – telomerách). V rámci diplomové práce budou zkoumány proteiny asociované s telo-boxy a role těchto telo-boxů v regulačních procesech během vývoje buněk a jejich případné zapojení do odpovědi na stres. Navrhovaný jazyk práce: česky/anglicky/slovensky " Molekulární biologie a genetika schpetra@sci.muni.cz "Ing. Tereza Přerovská, Ph.D." "FGP, NCBR, PřF MU Místnost C02/212 Kamenice 5 — C02 549 49 8137 " " , učo 246459 Postdoc NCBR PřF MU Kamenice 5 — C02, tprerovska@gmail.com" 12987 Experimentální biologie rostlin ##### Sheet/List 3 ##### Jméno a příjmení vedoucího práce: Název tématu v českém jazyce: Název tématu v anglickém jazyce: Jazyk práce Stručná anotace tématu: Studijní program Rezervováno? E-mail školitele Konzultant Název a adresa pracoviště školitele E-mail a adresa konzultanta UČO vedoucího práce Prof. Václav Brázda Chemicky a elektricky indukovaná senescence v buněčném modelu a přítomnost G-kvadruplexů Chemically and electrically induced senescence in a cellular model and the presence of G-quadruplexes český "G-kvadruplexy jsou jednou z nejvíce studovaných „nekanonických“ struktur DNA. Jejich role byla popsána u klíčových buněčných molekulárních mechanismů jako replikace, transkripce, translace aj. V současnosti se také ukazuje, že G-kvadruplexy a některé další lokální struktury mohou hrát významnou roli při procesech stárnutí organismu a buněčné senescenci. Student se v této diplomové práci zaměří na práci s buněčnými liniemi a bude převážně studovat vliv působení eleketrického proudu na buňky v kontextu buněčných a molekulárních mechanismů, převážně pak senescence a přítomnosti G-kvadruplexů. Student se bude dále také podílet na projektech řešených na pracovišti školitele." Buněčná biologie Vojtěch Havlík vabdna@gmail.com Mgr. Filip Kledus "Biofyzikální ústav Akademie věd České republiky, v.v.i., Královopolská 135, Brno" 237964@mail.muni.cz 15548 "Ing. Magdalena Skalníková, CSc." Studium role HDAC1 a HDAC3 v reakci na poškození lidského a myšího genomu UV zářením. The role of HDAC1 and HDAC3 in the DNA Damage Response of Human and Mouse Genomes Induced by UV Radiation. český "Téma diplomové práce je zaměřeno na studium role histonových deacetyláz (HDAC1 a HDAC3) v reakci na poškození genomu UV zářením u lidských a myších buněčných modelů. Histonová deacetyláza 1 (HDAC1) a histonová deacetyláza 3 (HDAC3) jsou enzymy, které patří do rodiny histonových deacetyláz (HDACs), třídy I. HDACs odstraňují acetylové skupiny z histonů a z proteinů ne-histonové povahy v chromatinu eukaryotických buněk. Tyto enzymy hrají důležitou roli v regulaci genové exprese, proliferaci, regulaci buněčného cyklu, v opravě poškození DNA, angiogenezi, ve stresových reakcích nebo v apoptóze a senescenci (Li G et al., fcell.2020.576946). HDAC1 a HDAC3 hrají také roli v opravě DNA po poškození UV zářením a tím přispívají k udržování genomové stability. Pochopením tohoto mechanismu přispějeme k porozumění zachování integrity genomu po UV poškození a jeho potenciálnímu vliv na lidské zdraví. Budeme studovat chování vybraných proteinů po poškození genomu UV zářením pomocí mikroskopické techniky FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) a pomocí imunoblottingu (WB). " Buněčná biologie skalnikova@ibp.cz "prof. RNDr. Eva Bártová, Ph.D., DSc." "Biofyzikální ústav AVČR, v.v.i., Oddělení buněčné biologie a epigenetiky, Královopolská 135, 612 00 Brno." "bartova@ibp.cz, Biofyzikální ústav AVČR, v.v.i., Oddělení buněčné biologie a epigenetiky, Královopolská 135, 612 00 Brno." 369 "Mgr. Jarmila Navrátilová, Ph.D." "Nádorové buňky tolerantní na terapii, jejich charakterizace a možnosti eliminace. " "Tumor cells tolerant to therapy, their characterization and possibilities of elimination." český "Buňky tolerantní na cílenou nebo standardní terapii představují vážný problém pro léčbu onkologicky nemocných pacientů. Jedná se o buněčný subtyp úzce související s minimální reziduální chorobou, kdy nádorové buňky přechodně ztrácí citlivost na léčbu. Po určité době mohou své maligní vlastnosti obnovit a být příčinou recidivy onemocnění, případně plně vyvinuté rezistence na léčbu. Cílem diplomové práce bude tolerantní buňky vytvořit, charakterizovat a na základě jejich molekulárně biologických vlastností navrhnout a experimentálně potvrdit možnosti jejich eliminace. Studentka si při řešení tématu osvojí metody imonohistochemie, imunoblot, průtokové cytometrie a práci v tkáňových kulturách." Buněčná biologie "Bc. Veronika Mikolajková, učo 505564" jnavratilova@sci.muni.cz "Mgr. Lucia Knopfová, Ph.D." "Ústav experimentální biologie, Přírodověcká fakulta, Masarykova univerzita, Kamenice 5, Brno Bohunice, 62500" "knopfova@sci.muni.cz; Ústav experimentální biologie, Přírodověcká fakulta, Masarykova univerzita, Kamenice 5, Brno Bohunice, 62500" 22031 "doc. Mgr. Markéta Šámalova, Ph.D." Příprava geneticky modifikovaných tabákových rostlin se změněnou expresí expansinů a testování jejich odolnosti vůči stresům. Preparation of genetically modified tobacco plants with altered expression of expansins and testing their resistance to stresses. český "Metody genetických modifikací a editací genomu jsou jednou z nejrychleji se rozvíjející vědní disciplínou a jejich využití je stále více diskutovanou záležitostí také u rostlin. Tyto modifikace by mohly přispět ke zefektivnění zemědělské produkce a tím ke zkvalitnění životního prostředí. Expansiny tvoří rozsáhlou skupinu proteinů, které rozvolňují stěnu rostlinných buněk a umožňují tak jejich růst a diferenciaci. Nedávno byly expansiny identifikovány jako primární geny odezvy měnící svoji expresi vlivem působících abiotických i biotických stresových faktorů. Jejich studiem a modifikací by bylo možné přispět k přizpůsobení růstu a vývoji rostlin měnícím se podmínkám okolního prostředí. Cílem diplomové práce bude i) vypracovat literární rešerši zabývající se využitím CRISPR/Cas technologií v rostlinách ii) připravit geneticky modifikované rostliny tabáku (Nicotiana tabacum) se změněnou expresí expansinů, iii) a otestovat jejich odolnost vůči stresům způsobeným suchem a/nebo rostlinnými patogeny. V rámci diplomové práce bude využita CRISPR/Cas technologie, kvantitativní RT-qPCR na ověření hladiny exprese expansinů a budou testovány různé metody indukce stresu u tabákových rostlin. Doporučená literatura: Capdeville, M., Schindele, P. & Puchta, H. (2023) Getting better all the time — recent progress in the development of CRISPR/Cas-based tools for plant genome engineering. Curr Opin Biotech, 79:102854. Samalova, M., Gahurova, E. & Hejatko, J. (2022) Expansin-mediated developmental and adaptive responses: A matter of cell wall biomechanics? Quantitative Plant Biol. 3: e11, 1-14. Cosgrove, D. J. (2005) Growth of the plant cell wall. Nat Rev Mol Cell Biol. 6: 850–861. " Buněčná biologie Bc Kateřina Malá marketa.samalova@sci.muni.cz "ÚEBR, Kamenice 5, 625 00 Brno" 8937 Lukáš Čajánek Dynamika efektů inhibice TTBK2 v primárních ciliích Dynamics of effects of TTBK2 inhibition in primary cilia anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Ciliogeneze, proces tvorby buněčných organel nazývaných primární cilie, je řízena proteiny mateřské centrioly. Klíčovou úlohu v regulaci ciliogeneze plní kináza Tau Tubulin Kináza 2 (TTBK2). Recentní poznatky ukazují, že TTBK2 je esenciální nejen pro iniciaci ciliogeneze, ale také pro udržení funkčnosti primární cilií již vytvořených. Mechanismy, kterými TTBK2 primární cilie reguluje nejsou dostatečně známy. Cílem práce bude studium dynamiky efektů farmakologické inhibice TTBK2 na procesy tvorby a funkce cilií v buněčné linii hTERT-RPE-1. K tomu bude využit model analog-senzitivní kinázy, úspěšně etablovaným Andreu Lacigovou během její bakalářské práce. Tento model může být podle potřeby a aktuálních priorit doplněn použitím inhibitorů TTBK1/2 (komerčně dostupné, respektive spolupráce s laboratoří Dr. Alison Axtman – University of North Carolina). Získané výsledky mají potenciál přinést významný pokrok ve studiu dynamiky a hierarchie efektů TTBK2 na primární cilie a jejich tvorbu. Dále si studentka prohloubí znalosti relevantní literatury, což ji umožní popsat a diskutovat získané výsledky v odpovídajícím kontextu." Buněčná biologie "Andrea Lacigová, UČO: 521675" cajanek@med.muni.cz "Laboratoř biologie centrozomu a cilií, Ústav Histologie a Embryologie, Lékařská fakulta, Masarykova Univerzita, Kamenice 3/F01, 625 00 Brno." 40690 "doc. Mgr. Jan Křivánek, Ph.D." Role PIEZO mechanosenzitivních iontových kanálů při kontrole růstu a vývoje zubu The role of PIEZO mechanosensitive ion channels in the control of tooth growth and development český "Obor mechanobiologie zažívá v posledních několika málo letech obrovský rozmach. Ukazuje se, že mechanické podněty vnímané na mnoha úrovních hrají důležitou roli v četných biologických procesech ve vyvíjejícím se i dospělém organismu. Přítomnost mechanosenzitivních iontových kanálů není zdaleka prozkoumaná ani ve vývoji zubu. Cílem této diplomové práce bude zaměřit se na iontové kanály náležící do rodiny PIEZO a objasnit jejich roli v růstu a opravě kontinuálně rostoucích myších řezáků. Druhá část práce bude zaměřena na jejich studium během samotného vývoje zubů u modelového organismu m. musculus. K dosažení vytyčených cílů budou využity jak wildtype myší kmeny, tak i specificky geneticky modifikované organismy s poškozenou funkcí těchto genů v konkrétních buňkách. Analýzy budou provedeny s využitím kombinace různých přístupů jako je například microCT, pokročilé metody imunohistochemie v kombinaci s in situ hybridizací a další techniky. " Buněčná biologie Bc. Michaela Vodičková jan.krivanek@med.muni.cz " Maryam Azam, MPhil., Ph.D." "Ústav histologie a embryologie, Lékařská fakulta, Masarykova univerzita" maryam.azam@med.muni.cz 269447 "doc. RNDr.Irena Koutná, Ph.D." Stanovení kultivačních a růstových vlastností buněk v 3-D kožních modelech Determination of culture and growth properties of cells in 3-D skin models český "Diplomová práce se bude věnovat porovnání a testování unikátního vícevrstevného biomateriálu (epidermis, dermis, hypodermis) na bázi přírodních resorbovatelných biopolymerů obsahující kolagen, bioaktivní polysacharidy a růstové faktory a decelularizované rybí kůže; Materiály budou osazeny plně diferencovanou buněčnou populací lidských keratinocytů a mesenchymálních stromálních buněk (MSCs) za přídavku stabilních růstových faktorů. Konstrukty budou testovány z hlediska biomechaniky, biodegradace a cytotoxicity. Experimenty budou hodnoceny komplexní histologickou analýzou zahrnující klasické barvení, imunohistochemické barvení, PCR a průtokovou cytometrie. Práce je součástí projektu „Rakousko-česká unie regenerativní medicíny pro akutní a chronické rány“ (ACCURE). " Buněčná biologie bc. Andrea Halasová; učo 456248 irena.koutna@med.muni.cz Mgr. Anna Smolnická "Ústav histologie a embryologie, F01, Kamenice 5, Brno – 62500, 549 49 3969" anna.smolnicka@med.muni.cz 18705 "doc. RNDr. Jakub Neradil, Ph.D." Možnosti využití biotisku pro tvorbu 3D modelů obrovskobuněčných kostních lézí Potential use of bioprinting for the creation of 3D models of giant cell-rich lesions of bone český "Obrovskobuněčné léze kostí tvoří heterogenní skupinu reaktivních procesů a nádorů postihujících především skelet. Práce bude zaměřena na dva primárně benigní nádory: obrovskobuněčný kostní nádor a chondroblastom. Pro oba nádory je typická přítomnost mnohojaderných osteoklastických buněk a stroma s jednojadernými neoplastickými buňkami. Náplní práce bude příprava ko-kultivačních modelů obou typů nádorů, testování vhodných typů matric a způsobu 3D tisku. Cílem práce je vytvoření 3D modelu histologicky odpovídající nádorové tkáni pro přenos do in vivo podmínek a následné využití pro hledání a testování terapeutických cílů." Buněčná biologie Běla Stejskalová jneradil@sci.muni.cz "Mgr. Andrea Vítečková Wünschová, Ph.D." "ÚEB, PřF MU, Kamenice 5, Brno" "andrea.wunschova@med.muni.cz, AnatÚ, LF MU, Brno" 10009 Jiřina Medalová Testování biomateriálů s využitím in vitro modelů kůže Biomaterial testing on in vitro skin models český "Kožní náhrady jsou jedním z nejvyužívanějších a také nejstudovanějších odvětví bioinženýrství, stejně jako studium materiálů určených ke krytí ran. Oba tyto obory se však potýkají s problémem vhodného modelu pro prvotní in vitro stadia testování. Nejjednodušším modelem je 2D kultura keratinocytů, ve složitějších modelech se využívá kokultivace keratinocytů, fibroblastů a případně melanoblastů. Vhodnější je však využít 3D modely, kdy se využívá stratifikace buněčných linií, aby se co nejvěrněji napodobila dermis a epidermis. Cílem této diplomové práce je sestavit buněčný model založený na kolagenové matrix. Velkou výhodou takovéhoto 3D modelu je schopnost buněk přežít i překrytí testovaným materiálem, takže je možné jeho využití pro testování obvazových materiálů." Buněčná biologie jipro@email.cz "Odd. fyziologie a imunologie živočichů, UEB" 176525 "Mgr. Vojtěch Pavlík, Ph.D." Histologická analýza obrazu v poškozených a regenerujících tkáních Histological image analysis in damaged and regenerating tissue český "Histologická technika je standardní způsob, jak hodnotit procesy probíhající v tkáních během homeostázy i v poškození a následné regeneraci. Tento soubor technik je důležitý, pokud jsou tkáně léčeny a hodnotí se efektivita léčby realizované například prostředky obsahujícími kyselinu hyaluronovou. Díky pokroku v počítačové analýze obrazu je možné urychlit a standardizovat histologické vyhodnocení. Cílem diplomové práce bude podílet se na zavedení hodnoticích algoritmů. V rámci diplomové práce budou barveny vzorky imunitních buněk a složky extracelulární matrix v různých tkáních. V programech QuPath a ImageJ budou připraveny algoritmy pro hodnocení vzorků. Výsledky z manuálního a automatizovaného hodnocení budou porovnány mezi sebou a budou navrženy případné optimalizace." Buněčná biologie vojtech.pavlik@contipro.com prof. Renata Veselská "Laboratoř fyziologie buňky, Contipro, a.s., Dolní Dobrouč" veselska@mail.muni.cz 516701 "Mgr. Vojtěch Pavlík, Ph.D." Hojení ran z pohledu histologie glykosaminoglykanů Wound healing from the perspective of glycosaminoglycan histology český "Histologická technika je standardní způsob, jak hodnotit procesy probíhající v tkáních během homeostázy i v poškození a následné regeneraci, například v průběhu hojení kožních ran. Glykosaminoglykany (GAG) jsou nezbytnou funkční a organizační složkou pojivových tkání a regenerující se tkáně v akutní a chronické ráně. Léčba ran může ovlivnit i expresi GAG, jako je hyaluronová kyselina, dermatan sulfát, keratan sulfát aj. V průběhu výzkumu byly získány vzorky pro histologickou analýzu hojení ran různých druhů (myš, potkan, prase, králík). Cílem práce bude histologické barvení již získaných vzorků obecnými histologickými barveními (např. Alciánovou modří) i specifickými barveními (hyaluronan vázajícím proteinem pro vizualizaci kyseliny hyaluronové, protilátkami na jiné GAG). Následně budou vzorky vyfoceny a pomocí počítačové analýzy vyhodnocena míra signálu v průběhu hojení. Bude tak porovnána distribuce a relativní exprese v rámci hojení akutních ran u různých druhů experimentálních modelů." Buněčná biologie vojtech.pavlik@contipro.com prof. Renata Veselská "Laboratoř fyziologie buňky, Contipro, a.s., Dolní Dobrouč" veselska@mail.muni.cz 516701 Jan Víteček In vitro modely pro studium chování cévního endotelu In Vitro Models for Investigating Vascular Endothelium Behavior český "Tok krve je vnímán jak buňkami vnitřního povrchu cévních stěn – endoteliem. Tyto buňky jsou schopné převádět mechanický signál daný tokem krve na intracelulární signály prostřednictvím mechanotransdukce. Mechanotransdukce jako taková je dále ovlivňována řadou dalších procesů. V teoretické části práce se student seznámí se základními mechanobiologickými aspekty chování cévního systému obratlovců. Dále bude kladen důraz na metody přípravy cévních modelů s ohledem na jejich topologii. Součástí teoretické části budou také aplikace cévních modelů pro studium různých patologií. V praktické části budou navrženy a připraveny vybrané cévní modely s různou topologií. V cévních modelech budou provedeny experimenty zaměřené na sledování vlivu průtoku media a různých dalších stimulů na chování cévního endotelu. Projevy endotelu budou sledovány prostřednictvím mikroskopických metod a dále pomocí metod molekulární biologie – zejména exprese genů pomocí RT-qPCR, imunocytometrická charakterizace, apod. " Buněčná biologie jan.vitecek@ibp.cz "Biofyzikální ústav AVČR, Královopolská 135, Brno" 13473 ##### Sheet/List 4 ##### Jméno a příjmení vedoucího práce: Název tématu v českém jazyce: Název tématu v anglickém jazyce: Jazyk práce Stručná anotace tématu: Studijní program Rezervováno? E-mail školitele Konzultant Název a adresa pracoviště školitele E-mail a adresa konzultanta UČO vedoucího práce "doc. Mgr. Markéta Šámalová, Ph.D." Zavedení metody genetické modifikace mechu Physcomitrium patens a studium buněčné stěny se zaměřením na geny EXPANSINŮ. Introduction of a genetic modification method of the moss Physcomitrium patens and study of the cell wall with a focus on EXPANSIN genes. anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Mechy tvoří evolučně starou skupinu a jsou čím dál častěji využívány jako důležitý modelový organismus pro studium nižších i vyšších rostlin. Buněčná stěna je nedílnou součástí rostlinných buněk, a kromě ochranné a komunikační funkce ovlivňuje také jejich růst a celkový vývoj rostlin. Důležitou roli přitom hrají expansiny, malé proteiny podílející se na jejím rozvolňování čímž ovlivňují rychlost růstu a diferenciaci buněk. Tyto proteiny byly identifikovány jako primární geny odezvy měnící svoji expresi vlivem abiotických i biotických stresových faktorů. Jejich studium je proto důležité pro pochopení principů adaptace rostlin měnícím se podmínkách životního prostředí. Cílem diplomové práce bude i) vypracovat literární rešerši zabývající se studiem buněčné stěny se zaměřením na geny EXPANSINŮ v meších (Physcomitrium patens), ii) optimalizovat kultivaci Physcomitrium patens v podmínkách in vitro, včetně zvýšení jeho produkce v bioreaktoru, iii) pokusit se o modifikaci buněčné stěny Physcomitrium patens manipulací genů EXPANSINŮ a charakterizovat získané mutanty. Doporučená literatura: Cove, D. J., Bezanilla, M., Harries, P., & Quatrano, R. (2006) Mosses as model systems for the study of metabolism and development. Annual Rev Plant Biol. 57: 497–520. Samalova, M., Gahurova, E. & Hejatko, J. (2022) Expansin-mediated developmental and adaptive responses: A matter of cell wall biomechanics? Quantitative Plant Biol. 3: e11, 1-14. Cosgrove, D. J. (2005) Growth of the plant cell wall. Nat Rev Mol Cell Biol. 6: 850–861. " Experimentální biologie rostlin Vít Řezáč marketa.samalova@sci.muni.cz "Mgr. Peter Váczi, Ph.D." "ÚEB, Kamenice 5, Brno 62500" vaczi@sci.muni.cz 8937 Jana Lunerová Porovnání repeatomů nahosemenných a krytosemenných rostlin. Comparison of gymnosperm and angiosperm repeatomes. český "Repetitivní sekvence jsou nedílnou součástí genomu nejen živočichů, ale i rostlin. Řadí se do nich jednak telomerické sekvence, které chrání konce lineárních chromozomů nebo centromerické repetice, které určují identitu centromerických oblastí. Tyto sekvence jsou důležité pro mitotické a meiotické dělení. Dalšími repeticemi v genomu jsou satelity nebo retrotranspozony, které mohou mít důležité regulační funkce a mohou být i druhově specifické. Jako známé evoluční markry se používají repetitivní úseky genů kódující ribozomální DNA. Diplomová práce bude zahrnovat bioinformatické analýzy, práci s databázemi a cytogenetické analýzy." Experimentální biologie rostlin jana.luner@ibp.cz Ing. Jana Sochorová PhD. "Oddělení Molekulární Epigenetiky, Biofyzikální ústav AV ČR v.v.i, Královopolská 135" sochorova@ibp.cz 11847 Miloš Barták Mechanismy resistence lišejníků rodu Umbilicaria vůči stresu chladem a mrazem se zaměřením na ochranné fyziologické mechanismy aktivované akutním stresem. Mechanisms of resistance of lichens of the genus Umbilicaria to cold and frost stress with a focus on protective physiological mechanisms activated by acute stress. český "Navrhované téma diplomové práce bude řešeno pomocí experimentů v laboratoři fotosyntetických procesů (Ústav experimentální biologie) a to pomocí měření efektivity jednotlivých částí primární fotosyntézy spojená s činností fotosystému II (PSII). Cílem bude stanovit míru inhibice PSII způsobenou akutním stresem mrazem (několik různých způsobů navození tohoto stresu) a srovnání reakce různých druhů lišejníků rodu Umbilicaria na tento stres. Počítáme s využitím vzorků lišejníků z Arktidy (Svalbard), Antarktidy (české expedice) a z vysokohorského prostředí. Budou použity zejména metody biofyzikální, založené na indukované fluorescenci chlorofylu, metody biochemické (organické molekuly, t.j. pigmenty, enzymy, proteiny jako indikátory stresu) a metody molekulárně biologické (stresové proteiny). Téma diplomové práce je možno po dohodě studenta(-ky) a vedoucího upravit. Rovněž lze toto téma vypsat (obsadit) pro osobu, která bude chtít diplomovou práci předložit v anglickém jazyce. " Experimentální biologie rostlin mbartak@sci.muni.cz "Odělení experimentální biologie rostlin, laboratoř fotosyntetických procesů, Budova C-13, Univerzitní kampus Brno-Bohunice. kamenice 5, 625 00 Brno" 57 Miloš Barták Vliv bakterií (growth promoting bacteria) na růst a zmírnění toxického účinku iontů kadmia na fyziologické charakteristiky mutantů Arabidopsis thaliana Effect of growth promoting bacteria on mitigating the toxic effect of cadmium ions on growth and physiological characteristics of Arabidopsis thaliana mutants český "Cílem diplomové práce je zkoumat účinky stresu těžkými kovy, jmenovitě ionty kadmia (Cd2+) v růstovém mediu na modelovou rostlinu Arabidopsis thaliana se zaměřením na její růstovou, fotosyntetickou a protistresovou odezvu. Pro diplomovou práci bude využito několik typů rostlin: kontrola (wild type) a mutanti s potlačenou funkcí fotosyntetického aparátu v chloroplastech. Odezva experimentálních rostlin na stres Cd2+ bude stanovena ve variantách s přídavkem bakterií (growth promoting bacteria) do růstového media a bez tohoto přídavku. Reakce rostlin bude měřena pomocí pokročilých technik fluorescence chlorofylu (OJIP, KK+QA) s cílem objasnit mechanismy, kterými kadmium narušuje fotosyntézu v rostlinách, a prohloubit znalosti o kombinovaném účinku fotoinhibice a akumulace Cd v rostlinných pletivech. Fluorescenční techniky budou kombinovány s metodami růstové analýzy a stanovením markerů stresu a aktivace protistresových fyziologických mechanismů v různé fázi (délce expozice) působení stresu v listech (asimilačních pletivech) na biochemické úrovni. Uchazeč(-ka) se v rámci řešení tématu diplomové práce může spolupodílet na mezinárodním výzkumu v této oblasti." Experimentální biologie rostlin mbartak@sci.muni.cz "Oddělení experimentální biologie rostlin, Laboratoř fotosyntetických procesů, Ústav experimentální biologie, Budova C-13, univerzitní kampus Brno-Bohunice, Kamenice 5, 62500 Brno" 57 Miloš Barták Limity přežití modelových extremofilních autotrofů v extrémním radiačním prostředí Survival limits of model extremophile autotrophs in extreme radiation environments anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Cílem diplomové práce je experimentální stanovení letálních dávek záření o různé vlnové délce (složky krátkovlnného záření, složky viditelného (PAR) záření) pro několik extremofilních autotrofních organismů (zástupci řas, sinic a lišejníků). Diplomová práce se bude věnovat radiací-indukované inaktivaci chlorofylu, stanovení intenzity radiací indukované tvorby reaktivních forem kyslíku a následného fenoménu fotovybělení (photobleaching) způsobeného silným oxidativním stresem. Kapacita obranných mechanismů bude studována pomocí přídavku různých antioxidantů do experimentálního kultivačního media a následným krátko- a střednědobým ovlivněním experimentálnímu záření o silné intenzitě. Téma práce je možné po dohodě uchazeče (-ky) s vedoucím diplomové práce upravit. Rovněž je možné nabídnout téma i uchazeči(-ce), který(-á) by práci chtěl(-a) vypracovat v českém jazyce." Experimentální biologie rostlin mbartak@sci.muni.cz "Laboratoř fotosyntetických procesů, Ústav experimentální biologie, Budova C-13, Univerzitní kampus Brno-Bohunice, kamenice 5, 62500 Brno" 57 ##### Sheet/List 5 ##### Jméno a příjmení vedoucího práce: Název tématu v českém jazyce: Název tématu v anglickém jazyce: Jazyk práce Stručná anotace tématu: Studijní program Rezervováno? E-mail školitele Konzultant Název a adresa pracoviště školitele E-mail a adresa konzultanta UČO vedoucího práce Vladimír Rotrekl Modelování rozvoje diabetické kardiomyopatie s pomocí srdečních organoidů derivovaných z lidských pluripotentních kmenových buněk Diabetic cardiomyopathy modelling using human pluripotent stem cell derived cardiac organoids anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Diabetická kardiomyopatie je onemocnění projevující se abnormální strukturou srdečního svalu, fibrózou a sníženou systolickou funkcí, která může vyústit v srdeční selhání. U pacientů trpících Diabetes mellitus jsou obvykle mnohem horší následky srdečního selhání. Podobně je zvýšen výskyt vrozených vad srdce u novorozenců diabetických matek. Cílem této diplomové práce je studium molekulárních mechanismů vedoucích ke změně osudu kmenových buněk a progenitorů, která se podílí na rozvoji diabetické kardiomyopatie. K tomuto účelu bude využitý model lidských pluripotentních buněk a z nich derivovaných kardioorganoidů v podmínkách aberantní koncentrace glukózy. Na tomto modelu bude analyzován vliv rezistence vývoj srdeční tkáně a rozvoj kardiomyopatie, změny v genové expresi a také tkáňového složení organoidů v průběhu diferenciace a maturace. Dále bude analyzováno působení léčiv běžně využívaných při léčbě diabetu. K analýze změn genové a proteinové exprese budou využity techniky kvantitativní PCR, western blottingu a pro lokalizaci molekul bude využito imunocytochemického barvení. " Experimentální biologie živočichů a imunologie "Anežka Poláchová, Bc. (učo: 521929)" vrotrekl@med.muni.cz Mgr. Deborah Beckerová Biologický ústav LF MU deborah.beckerova@gmail.com 699 Martin Vácha Stabilita cirkadiánních rytmů obratlovců na modelu Danio rerio Stability of vertebrate circadian rhythms on Danio rerio anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) Cirkadiánní rytmy obratlovců a člověka jsou citlivé na antropogenní civilizační vlivy. Práce se zaměří na možné vlivy elektromagnetických polí. Součástí práce bude optimalizace metody. Experimentální biologie živočichů a imunologie Amálie Kovács vacha@sci.muni.cz 1376 Martin Vácha Vliv elektromagnetických polí na paměť a učení Apis melifera Effect of electromagnetic fields on memory and learning in Apis melifera český Hmyzí opylovači a zejména včely mohou mezi jinými nepříznivými civilizačními vlivy trpět i vlivem antropogenních elektromagnetických polí. Existujících studií je málo a potřebují replikaci za dobře kontrolovaných podmínek. Práce se zaměří na replikaci jedné již publikované studie o vlivu 50Hz polí na paměť včel a rozšíří ji o další podmínky. Experimentální biologie živočichů a imunologie Filip Trojek vacha@sci.muni.cz 1376 Tibor Botka "Indukce a analýza životaschopných, ale nekultivovatelných buněk stafylokoků s využitím nových živočišných modelů" Induction and analysis of viable but non-culturable staphylococcal cells using novel animal models český "Životaschopný, ale nekultivovatelný stav (VBNC) stafylokoků komplikuje rutinní diagnostiku a léčbu bakteriálních infekcí. Aktuální laboratorní metody neumožňují spolehlivý průkaz přítomnosti VBNC. Komplikací je i zdlouhavá příprava VBNC buněk in vitro. Práce se bude zabývat přípravou VBNC buněk působením různých stresorů, včetně interakce s jinými bakteriemi, s nimiž se setkáváme u stafylokokových infekcí. Dále budou VBNC buňky analyzovány s využitím průtokové cytometrie a fluorescenční mikroskopie. Jejich infekčnost bude ověřena na modelových organismech C. elegans a G. mellonella, přičemž oba modely budou následně srovnány." Experimentální biologie živočichů a imunologie Petr Jelínek tibor.botka@mail.muni.cz Pavel Hyršl "Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Kamenice 5, Brno" "hyrsl@sci.muni.cz; Oddělení fyziologie a imunologie živočichů, Ústav experimentální biologie; PřF MU, Kamenice 5, Brno" 177238 Michaela Bosáková Signaling primárních cilií u glioblastomu Primary Cilia Signaling in Glioblastoma český Glioblastom je nejčastějším maligním nádorovým onemocněním mozku dospělých lidí a zároveň jedním z nejvíce smrticích nádorů s mediánem přežití pacientů patnáct měsíců. Tento projekt si klade za cíl nahlédnout to patogeneze glioblastomu z pohledu signálních drah zprostředkovaných buněčnou organelou primární cilium. Vybraný magisterský student bude pracovat s již ustanovenými liniemi glioblastomu a bude se také podílet na izolaci nových primárních linií z nádorové tkáně pacientů. Následně bude studovat aktivitu signálních drah buněk glioblastomu pomocí stimulace ligandy a následné western blot a qPCR analýzy. Kromě výzkumných nástrojů a technologií dostupných v laboratoři a Biologickém ústavu bude mít student přístup také ke core facilities v univerzitním kampuse MUNI. Experimentální biologie živočichů a imunologie bosakovam@med.muni.cz Biologický ústav LF MUNI 106056 "doc. Mgr. Jan Křivánek, Ph.D." Funkční charakterizace nového zdroje kmenových buněk v kontinuálně rostoucích zubech a dalších vybraných tkáních Functional characterization of a novel source of stem cells in continuously growing teeth and other selected tissues český "Kmenové buňky jsou v dospělém organismu zodpovědné za obnovu i opravu mnoha různých tkání. Jejich pravá vývojová podstata však stále zůstává do velké míry neobjasněna. Cílem této práce bude prozkoumat variantu kmenových buněk, která byla recentně objevena v kontinuálně rostoucím myším řezáku. Práce bude zaměřena na zkoumání funkce těchto buněk v zubech, a to jak ve zdravém stavu, tak i po indukovaném poškození. Protože existuje předpoklad, že tyto buňky hrají roli i v ostatních tělních systémech, tak kromě zubů bude tato diplomová práce zacílena i na prozkoumání funkce těchto buněk ve vybraných jiných tkáních, které se více či méně rychle obnovují. Metodologicky práce bude využívat rozmanité přístupy včetně metod lineage-tracing s využitím geneticky modifikovaných zvířat, metody analýzy genové exprese na úrovni jednotlivých buněk, imunohistochemii, in situ hybridizaci a pokročilé zobrazovací metody." Experimentální biologie živočichů a imunologie Bc. Klára Buksová jan.krivanek@med.muni.cz "Marina Štruncová, DDS, Ph.D." "Ústav Histologie a Embryologie, Lékařská fakulta, Masarykova Univerzita" marina.struncova@med.muni.cz 269447 Marcela Hortová Kohoutková Role imunometabolismu v hematopoeze buněk vrozené imunity Role of immunometabolism in hematopoiesis of innate immune cells anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Sepse a septický šok způsobují zásadní dlouhodobé změny v imunitním systému, pacienti jsou náchylní k opakujícím se infekcím a dalším následkům, které způsobují celkový poklesu kvality života souvisejícího se zdravím. Pokles imunitních funkcí, který je ústředním bodem mnoha dlouhodobých následků sepse, může přetrvávat mnoho měsíců a let po zotavení ze septického šoku. Projekt si klade za cíl odhalit sepsí indukovanou remodelaci mikroprostředí kostní dřeně a její vliv na hematopoetické kmenové a progenitorové buňky (HSPC) a z nich diferencovaných buněk. Konkrétně se projekt bude zabývat vlivem stimulace zánětlivých cytokinů na změny v imunometabolismu a jeho schopnosti měnit hematopoézu a diferenciaci buněk vrozené imunity. Tento translační projekt bude kombinovat použití modelu hematopoézy odvozené z iPSC, modelu mikroprostředí kostní dřeně a analýzy dynamiky sepse u pacientů pomocí imunofenotypizace hlubokou průtokovou cytometrií v kombinaci s analýzou humorálních znaků zánětu a poškození tkání. Projekt si klade za cíl popsat molekulární mechanismus stojící za rozvojem imunoparalýzy související se sepsí, která je zodpovědná za zvýšenou náchylnost k infekcím a také za rozvoj dlouhodobých následků sepse." Experimentální biologie živočichů a imunologie marcela.hortova@fnusa.cz Jan Frič "Skupina buněčné a molekulární imunoregulace, Mezinárodní centrum klinického výzkumu, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně a Lékařská fakulta Masarykovy univerzity" "jan.fric@fnusa.cz, Skupina buněčné a molekulární imunoregulace, Mezinárodní centrum klinického výzkumu, Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně a Lékařská fakulta Masarykovy univerzity" 269300 "Mgr. Ambrožová Gabriela, Ph.D. " Interakce bakteriálních extracelulárních vezikul s eukaryotickými buňkami a související změny membránové struktury Interactions Between Bacterial Extracellular Vesicles and Eukaryotic Cells: Effects on Membrane Structure slovenský (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Bakteriální EVs jsou schopny přenášet bakteriální PAMPs a ovlivňovat tak funkční projevy cílových imunitních buněk. Rozpoznání bakteriálních PAMPs může být spjaté se změnami fluidity membrány. Lipidové složení membrán a změna fluidity membrány jsou předpokladem pro změnu produkce EVs touto buňkou. Cílem práce je odhalit jakým způsobem interagují bEVs s cílovými eukaryotickými buňkami, jaké změny v morfologii těchto buněk, složení a fluiditě jejich membrány nastávají po rozpoznání bakteriálních PAMPs a jak mohou tyto změny ovlivnit produkci EVs eukaryotickou buňkou. " Experimentální biologie živočichů a imunologie Bc. Júlia Orlovská (učo: 521019) ambrozova@ibp.cz Mgr. Miriam Sandanusová (učo: 451779) "BFU AVČR, Královopolská 135, Brno" "451779@mail.muni.cz, BFU AVČR, Královopolská 135, Brno" 106838 Jiřina Medalová Komunikace neutrofilů a makrofágů při in vitro testování imunokompatibility biomateriálů Neutrophils and macrophages cross-talk during in vitro testing of biomaterial immunecompatibility český "Materiály určené pro medicínské využití je nutno nejprve otestovat metodami, které ověří jejich biokompatibilitu, tj. to, zda při kultivaci neovlivňují cytokinetické parametry nežádoucím způsobem. Dalším stupněm testování je pak jejich vliv na buňky imunitního systému. Nejčastěji se využívají makrofágy, které se vlivem působení materiálů mohou diferencovat v dva dobře rozeznatelné fenotypy. Podle exprese povrchových markerů je tak možno usoudit, zda daný materiál vyvolává nežádoucí prozánětlivou nebo vítanou proregenerační reakci. V in vivo prostředí je však tato reakce makrofágů modulována cyto- a chemokiny, které produkují neutrofily, jakožto první buněčná populace, která reaguje na přítomnost cizího tělesa. V případě in vitro testování je tedy vhodné simulovat situaci in vivo, a proto by mělo být hlavní náplní této diplomové práce otestovat různé přístupy kokultivace neutrofilů a makrofágů s cílem optimalizovat podmínky kultivace tak, abychom získali standardizované podmínky pro testování biomateriálů." Experimentální biologie živočichů a imunologie jipro@sci.muni.cz Oddělení fyziologie a imunologie živočichů 176525 Kristýna Turková Extracelulární vezikuly a jejich příspěvek k bakteriální virulenci u infekční endokarditidy Extracellular vesicles and their contribution to bacterial virulence in infective endocarditis anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Infekční endokarditida je zánětlivé onemocnění postihující vnitřní výstelku srdce, zejména srdeční chlopně, způsobené různými druhy mikroorganismů. Patologický proces je nejčastěji lokalizován na srdečních chlopních. Hlavními původci infekční endokarditidy jsou gram-pozitivní bakterie, nejčastěji z rodů Streptococcus, Staphylococcus a Enterococcus, které představují 80–90 % případů. Extracelulární vezikuly (EVs) jsou membránové váčky vytvářené všemi typy buněk, včetně těch bakteriálních. Pochopení, jak tyto vezikuly přispívají k bakteriální virulenci a jejich interakci s imunitním systémem, by mohlo přispět ke zlepšení diagnostiky a terapie závažných případů infekční endokarditidy. Cílem této práce je izolace EVs z vybraného klinického izolátu pacienta s potvrzenou infekční endokarditidou, analýza přítomnosti virulenčních faktorů a vyhodnocení příspěvku EVs k virulenci bakteriálního kmene na vybraných buněčných liniích." Experimentální biologie živočichů a imunologie Veronika Mlčeková turkova@ibp.cz Gabriela Ambrožová "Biofyzikální ústav AVČR, Královopolská 135, Brno" ambrozova@ibp.cz 150983 Lenka Šindlerová Vliv střevního mikrobiomu na rozvoj kolorektálního karcinomu Effect of the gut microbiome on the development of colorectal cancer český "Vliv střevního mikrobiomu na rozvoj kolorektálního karcinomu (KRK) je v posledních letech velmi intenzivně studován. Ukazuje se, že některé mikroorganismy mohou hrát roli v iniciaci, jiné v promoci nádorového bujení, rozvoji metastáz, případně v rezistenci nádoru k cytostatikům. Mechanismy těchto efektů však zdaleka nejsou popsány. Cílem navrhované práce bude studium vlivu vybraných druhů mikroorganismů s patogenním potenciálem a jejich produktů na jednotlivé fáze procesu nádorového bujení. K tomu budou využity pokročilé 2D a 3D in vitro buněčné modely a primární buňky imunitního systému a moderní metody buněčné a molekulární biologie, jako je flowcytometrie, konfokální mikroskopie, qPCR a další." Experimentální biologie živočichů a imunologie sindler@ibp.cz "Biofyzikální ústav Av ČR, v.v.i., Královopolská 135, Brno 612 00" 10672 ##### Sheet/List 6 ##### Jméno a příjmení vedoucího práce: Název tématu v českém jazyce: Název tématu v anglickém jazyce: Jazyk práce Stručná anotace tématu: Studijní program Rezervováno? E-mail školitele Konzultant Název a adresa pracoviště školitele E-mail a adresa konzultanta UČO vedoucího práce Jan Smetana Analýza genetických variant u pacientů s vrozenou kardiomyopatií pomocí technologie masivního paralelního sekvenování Analysis of genetic variants in patients with congenital cardiomyopathy using massive parallel sequencing technology český Cílem práce bude návrh panelu genetických variant asociovaných s vrozenou kardiomyopatií a aplikace tohoto panelu pro detekci patologických genetických variant u pacientů s vrozenou kardiomyopatií pomocí short-read sekvenační platformy Illumina. Lékařská genetika a molekulární diagnostika 229697@mail.muni.cz "Kamenice 5, UEB PřF MU" 229697 "Dalibor Blazek, PhD" Charakterizace mechanismu regulujicich transkripcni elongaci a terminaci Characterization of mechanisms regulating transcription elongation and termination anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "CDK12 je kinaza regulujici elongaci transkripce genu, ktere koduji proteiny a jeji aktivita je nutna pro optimalni terminaci RNA polymerazy II. CDK12 je mutovana v mnoha typech nadoru, nicmene mechanismus, kterym reguluje transkripci neni dobre prostudovan. Cilem diplomove prace bude porozumeni mechanismum, kterymi CDK12 a dalsi elongacni faktory reguluji transkripcni elongaci a terminaci. K dosazeni tohoto cile budou pouzity ruzne metody molekularni biologie a biochemie, vcetne in vitro a in vivo systemu." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Anna Rozkova dalibor.blazek@ceitec.muni.cz "Peter Manik, Mgr." CEITEC-MU peter.manik@ceitec.muni.cz 114689 "Mgr. Stjepan Uldrijan, CSc." Úloha eIF4F v regulaci signální dráhy ERK v buňkách s aktivovaným onkogenem KRAS The role of eIF4F in the regulation of the ERK signaling pathway in cells with activated KRAS oncogene český Funkce eukaryotického iniciačního translačního faktoru eIF4F je nezbytná pro udržování optimální aktivity dráhy MAP kinázy ERK v buňkách melanomu s onkogenními mutacemi genů BRAF a NRAS. Naše pilotní výsledky však naznačují také možné zapojení eIF4F do kontroly signalizace ERK v buňkách nesoucích mutace genu KRAS. Cílem této práce je ověření pilotních výsledků a hlubší charakterizace úlohy eIF4F v kontrole dráhy ERK s využitím panelu nádorových linií reprezentujících nejčastější onkogenní mutace u vybraných lidských nádorových onemocnění spojených s aktivací proteinu KRAS. Lékařská genetika a molekulární diagnostika Eliška Ludmila Frolová uldrijan@med.muni.cz Mgr. Bc. Karolína Smolková "Biologický ústav LF MU, Kamenice 5, 62500 Brno" "karolina.smolkova@mail.muni.cz Biologický ústav LF MU, Kamenice 5, 62500 Brno" 104691 Diana Nikulenkov Grochová "Využití exomového sekvenování v prenatální diagnostice: přínosy, limitace a úskalí" "Exome sequencing in prenatal diagnosis: benefits, limitations and pitfalls" český "Přibližně u 1-2 % těhotenství bývá během prenatálních vyšetření detekována klinicky významná strukturální nebo funkční abnormalita plodu. Genetická diagnostika může v těchto případech pomoci při určování fetální prognózy a prenatální péče, včetně in utero terapie, plánování porodu a novorozeneckého managementu. Tradičně využívané metody v prenatální diagnostice (karyotyp, QF-PCR, array-CGH) umožňují upřesnit diagnózu u asi třetiny patologických těhotenství, přičemž poslední studie ukazují, že celoexomové sekvenování (WES) přináší objasnění genetické příčiny patologie u další třetiny případů (v závislosti na dané malformaci). Kromě benefitů má tato moderní metoda i řadu limitací a úskalí, především z hlediska interpretace detekovaných variant. Tato diplomová práce bude zaměřena na využití a přínos klinického exomového eventuálně celoexomového sekvenování u vybraných prenatálních případů. Dílčí cíle se zaměří na zpracování výsledků sekvenování vhodnými bioinformatickými nástroji a databázemi, zhodnocení přístupu “all in one” (tj. simultánní detekce SNP, CNV a AOH variant metodou WES) a další praktické otázky spojené s využitím WES v prenatální diagnostice (např. kvalita vstupního materiálu, čas odezvy, prioritizace variant atd.). Jedním z problémů pojících se s využíváním exomového sekvenování jsou i etické aspekty, především otázky týkající se sekundárních a náhodných nálezů, a to jak u plodu, tak v případě trio analýzy i u rodičů. Součástí diplomové práce bude pohled i na tuto problematiku." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Sára Klenovcová diana.groch@gmail.com Jitka Kadlecová "Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o." jitka.kadlecova@cytogenetika.cz 14699 "Tomasz Witold Radaszkiewicz, Ph.D., M.Sc." Řešení CK1 kináz u melanomu: Přístupy a mechanismus účinku Tackling CK1 Kinases in melanoma: Approaches and Mechanism of Action anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "The student will target isoforms of the CK1 family using two different approaches—targeted degradation and small molecule inhibitors. Melanoma cell lines will serve as the research model, employing techniques such as Western blot, proliferation assays, and confocal microscopy. The finalization of this thesis aims to determine which targeting approach is most beneficial and to highlight the consequences for cell biology." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Bc. Marie Tejkalová 234654@mail.muni.cz Section of Animal Physiology and Immunology – Faculty of Science 234654 Stanislava Sladeček Úloha duálně specifických fosfatáz v časné diferenciaci in vitro Role of Dual Specificity Phosphatases in Early in vitro Differentiation český "Buněčná diferenciace je složitý biologický proces, do kterého je zapojena celá řada signálních drah, mezi jinými dráha protein kináz regulovaných mitogeny (MAPK – mitogen-activated protein kinases). Aktivita dráhy MAPK je mezi jinými regulovaná rodinou duálně specifických fosfatáz (DUSP – dual specific phosphatases). U linií myších embryonálních kmenových buněk s deplecí DUSP7 byly během in vitro diferenciace pozorovány změny ve vzniku kardiomezodermu a neuroektodermu. DUSP7 tedy pravděpodobně hraje důležitou roli v časné diferenciaci zárodečných listů. Tato diplomová práce bude zaměřena na přípravu a charakterizaci myších embryonálních kmenových buněk s inducibilní expresí shDUSP7. Následně se práce bude věnovat studiu mechanizmu a období diferenciace, ve kterém DUSP7 má dopad na vznik mezodermu a z něj odvozených kardiomyocytů." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Patrik Šmahlík 376333@mail.muni.cz Jiří Pacherník "Oddělení fyziologie a imunologie živočichů, Kamenice 5, 62500 Brno" jipa@sci.muni.cz 376333 Iva Slaninová Studium odpovědi resistentních nádorových buněk na cytostatika a cílená terapeutika Study of the response of resistant cancer cells to cytostatic drugs and targeted therapeutics český "Deregulace apoptotických drah je jedním z hlavních mechanismů, kterými nádorové buňky získávají rezistenci vůči léčbě. Cílem diplomové práce bude studium odpovědi resistentních nádorových buněk na cytostatika a cílená terapeutika, se zaměřením na buňky s poruchami apoptotických signálních drah. Budou využity buňky, které mají mutace v genech pro klíčové proteiny apoptózy a buňky, které získaly resistenci k terapii. Práce se zaměří na hledání strategií, jak překonat rezistenci nádorových buněk, včetně kombinace cytostatik s cílenými terapeutiky, které mohou obnovit apoptotickou odpověď. Výsledky mohou přispět k lepšímu pochopení mechanismů rezistence nádorových buněk a hledání efektivnějších terapeutických strategií." Lékařská genetika a molekulární diagnostika ipokorna@med.muni.cz "Biologický ústav LF MU Kamenice 5, budova B6 62500 Brno" 2105 Katarína Chalásová Vliv diabetického mikroprostředí na změny exprese vybraných proteinů v buňkách tukové tkáně in vitro The Impact of the Diabetic Microenvironment on Changes in the Expression of Selected Proteins in Adipose Tissue Cells In Vitro český "Diabetes mellitus je jedním z nejčastějších metabolických onemocnění s rostoucí celosvětovou prevalencí. Tento stav je charakterizován komplexní dysregulací intermediárního metabolismu a vzniku glykemického a oxidačního stresu, což dále přispívá k rozvoji diabetických komplikací. Jedním z klíčových rizikových faktorů diabetu je obezita, která dále souvisí s narušenou endokrinní funkci adipocytů. Tuková tkáň, jako endokrinní orgán, reaguje na diabetické mikroprostředí sekrecí různých působků, jako jsou cytokiny, které mohou mít systémové účinky a ovlivňovat jiné tkáně v těle. Cílem této diplomové práce bude zavedení metodiky kultivace a diferenciace vybrané buněčné linie adipocytů in vitro. Následně budou buňky kultivovány v různých podmínkách mimikujících diabetické mikroprostředí (hypeglykemie) a antidiabetickou léčbu. Izolací a stanovením exprese vybraných RNA a proteinů bude analyzován vliv jednotlivých podmínek na diferenciaci, viabilitu a sekreční schopnosti tukových buněk. Tyto analýzy umožní porozumět, jak tuková tkáň reaguje na chronickou hyperglykémii a jaké jsou následky na buněčné a případně systémové úrovni." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Bc. Alena Rejsková (504260) katarina.chalasova@med.muni.cz David Galuška "MED MUNI Ústav patologické fyziologie, Kamenice 5 — A18" 423585@mail.muni.cz Ústav patologické fyziologie 184643 "doc. MUDr. Markéta Bébarová, Ph.D." Funkční dopad genetické varianty v genu SCN5A asociované s idiopatickou fibrilací komor Functional impact of a genetic variant in the SCN5A gene associated with idiopathic ventricular fibrillation český "Varianty v genu SCN5A, který kóduje strukturu α-podjednotky sodíkového kanálu INa, mohou být asociovány s různými dědičnými arytmogenními syndromy včetně Brugada syndromu či syndromu dlouhého QT. V nedávné pilotní studii Interní kardiologické kliniky FN Brno byla varianta v genu SCN5A nalezena i u pacientky s idiopatickou fibrilací komor. Funkční analýza vybrané varianty, která bude náplní této práce, by měla objasnit její případný patogenní charakter. Student bude provádět kultivaci buněčné linie, její transfekci kanály s vybranou variantou i bez ní a následná měření technikou whole cell patch clamp, případně další techniky nutné k objasnění studované dysfunkce (např. konfokální mikroskopii). " Lékařská genetika a molekulární diagnostika mbebar@med.muni.cz "Fyziologický ústav, Lékařská fakulta, Masarykova univerzita, Kamenice 5, 625 00 Brno" 15000 "doc. RNDr. Petr Kuglík, CSc." Využití automatických a semiautomatických kalkulátorů pro klasifikaci variant v počtu opakování v klinické cytogenomice The use of automatic and semi-automatic calculators for the classification of copy number variants in clinical cytogenomics český "V současné době čelí klinická cytogenomika výzvám při analýze a interpretaci variant v počtu opakování (CNVs), které mohou být spojeny s mnoha genetickými poruchami, jejichž klinický dopad není jasný, anebo, a to nejčastěji, jsou genomovými polymorfizmy. Tradiční metody analýzy, především u variant nejasné klinické signifikance, jsou časově náročné a náchylné k lidským chybám. Práce se soustředí na evaluaci a srovnání různých automatických a semiautomatických nástrojů pro analýzu CNVs. Cílem je identifikovat, jak tyto nástroje přispívají k přesnější a efektivnější klasifikaci genomových variant a jak mohou zlepšit diagnostické postupy v klinické praxi. V rámci práce budou analyzovány výhody a omezení jednotlivých kalkulátorů a bude navržena metodika pro jejich optimální využití v klinickém prostředí. Výsledky práce mají potenciál přispět k lepšímu porozumění a efektivnější diagnostice genetických poruch." Lékařská genetika a molekulární diagnostika Bc. Eliška Novotná kugl@sci.muni.cz Mgr. Miroslav Štolfa "Oddělení genetiky a molekulární biologie, Kamenice 753/5, 625 00 Brno" stolfa.miroslav@fnbrno.cz 1881 ##### Sheet/List 7 ##### Jméno a příjmení vedoucího práce: Název tématu v českém jazyce: Název tématu v anglickém jazyce: Jazyk práce Stručná anotace tématu: Studijní program Rezervováno? E-mail školitele Konzultant Název a adresa pracoviště školitele E-mail a adresa konzultanta UČO vedoucího práce "Doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D." Imobilizace bakteriálních biokatalyzátorů na celulózovou matrici pomocí vazebných domén vynášených na buněčných povrch Immobilization of bacterial biocatalysts on cellulose matrix by binding domains displayed on cell surface anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) Imobilizace celobuněčných mikrobiálních biokatalyzátorů na pevné povrchy je atraktivní alternativou k buněčným kultivacím v tekutém médiu. Imobilizace může zvýšit stabilitu buněčného biokatalyzátoru a umožní jeho snadnou recyklaci. Imobilizovaný buněčný katalyzátor může být využit k efektivní biosyntéze zajímavých chemikálií nebo k biodegradaci toxických látek kontaminujících životní prostředí. Cílem tohoto diplomového projektu je vynést za využití sekrečního systému dostupného v naší laboratoři celulóza-vazebné domény z vybraných mikroorganismů na povrch modelové biotechnologicky atraktivní bakterie Pseudomonas putida a ověřit za různých podmínek vazbu rekombinantních buněk na povrch komerční celulózové matrice. Vzniklý imobilizovaný biokatalyzátor může být následně testován pro účely biotransformace cukrů na vybrané molekulární produkty. Mikrobiologie pdvorak@sci.muni.cz Mgr. Barbora Hrnčířová "Ústav experimentální biologie, Oddělení mikrobiologie, budova E25, Kamenice 5, Brno 62500" bhrncirova@sci.muni.cz (adresa totožná s adresou školitele) 151419 Renata Karpíšková "Výskyt, populační struktura a genetická diverzita bakterií Staphylococcus aureus izolovaných ze sýrů" "Occurrence, population structure and genetic diversity of Staphylococcus aureus isolated from cheeses " český "Studium výskytu, populační struktury a genetické diverzity Staphylococcus aureus v sýrech je nezbytné pro zajištění bezpečnosti potravin a ochranu veřejného zdraví. Sledování výskytu a pokročilé molekulární techniky mohou přispět k lepšímu pochopení a kontrole tohoto významného patogenu. Bakterie Staphylococcus aureus jsou významným patogen, se schopností produkovat toxiny a při kontaminaci potravin pak vyvolávat tak alimentární intoxikace. Výskyt S. aureus v sýrech je ovlivněn různými faktory, včetně hygienických podmínek při jejich výrobě, skladování, distribuci nebo prodeji. Populační struktura S. aureus v sýrech může být velmi různorodá. Kmeny mohou mít odlišné vlastnosti, včetně schopnosti produkovat různé toxiny, lišit se mohou také virulencí a rezistencí vůči antibiotikům. Genetická diverzita S. aureus je klíčovým faktorem, který ovlivňuje schopnost této bakterie adaptovat se na různé prostředí a podmínky. Vysoká genetická diverzita může znamenat větší schopnost přežití a šíření. Molekulární techniky umožňují detailní analýzu genetické diverzity a identifikaci specifických genů, které mohou být spojeny s virulencí a rezistencí k antibiotikům. Výskyt S. aureus bude sledován ve vzorcích sýrů z tržní sítě (nebalené a originálně balené) od různých výrobců kultivačně metodou ISO EN 6888-1, specifické geny budou detekovány metodou PCR. Rezistence bude sledována metodou DDM. Z typizačních metod budou použity spa a MLST typizace a celogenomové sekvenování. " Mikrobiologie není rezervováno renata.karpiskova@med.muni.cz "MVDr. Ivana Koláčková, Ph.D." "ÚVZ, LF MUNI" ivana.kolackova@med.muni.cz 52659 Helena Juřicová Charakterizace střevního mikrobiomu psů a možnosti jeho modulace krmivem a krmnými doplňky obohacenými o probiotické kultury Characterization of the intestinal microbiome of dogs and possibilities of its modulation by food and feed supplements enriched with probiotic cultures český "Střevní mikrobiom psů představuje komplexní ekosystém tvořený různými typy mikroorganismů (bakterie, viry, mikroskopické houby, kvasinky a další eukaryotické organismy). Optimální složení střevního mikrobiomu psů přispívá ke správné funkci trávicího traktu a imunitního systému, obraně proti střevním patogenům a tím i k celkovému zdraví zvířete. Naopak dysbióza ve složení střevního mikrobiomu může u psů vést k řadě zdravotních komplikací, jako jsou alergie, metabolická onemocnění (diabetes), obezita, akutní či chronické záněty trávicího traktu a celková nepohoda zvířete. Složení střevního mikrobiomu psů lze významně ovlivnit vhodným složením krmiva, ale také pomocí krmných doplňků na bázi prebiotik, probiotik nebo postbiotik. Diplomová práce bude zaměřena na charakterizaci složení střevního mikrobiomu pomocí metod sekvenování nové generace (amplikonové sekvenování genu pro 16S rRNA a oblasti ITS spacerů) a to ve vzorcích trusu z různých experimentálních skupin zvířat. V průběhu práce bude také optimalizována metoda stanovení tzv. „canine dysbiosis index“ pro rychlou kvantifikaci „střevní dysbiózy“, založená na detekci vybraných bakteriálních druhů pomocí kvantitativní PCR (qPCR)." Mikrobiologie helena.juricova@vri.cz "Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i." 14774 Lubomír Janda Využití a stabilizace probiotických kultur určených pro úpravu orálního mikrobiomu Use and stabilization of probiotic cultures intended to modify the oral microbiome český "Prevence onemocnění dutiny ústní jako jsou zubní kazy či periodontální onemocnění se obvykle řeší odstraněním iniciačního faktoru – zubního plaku. Právě ústa jsou místem s jednou z nejvyšších mikrobiálních kolonizací, neboť jsou neustále vystavovány nově příchozím mikroorganismům. O to náročněji se poté v těchto podmínkách ustanovuje rovnováha ve prospěch symbiotických vztahů. Významným doplňkem při mechanickém odstraňování zubního plaku jsou antimikrobiální přípravky, které však spolu s patogeny odstraňují z dutiny ústní symbiotické bakterie – probiotika. Je tedy snaha o zavedení přístupů spíše preventivního charakteru, kdy aplikací probiotických bakterií dochází k obnovení rovnováhy mikrobiálního osídlení. Probiotické organismy můžeme dodávat pravidelně ve formě v ústech rozpustné tablety. Existuje však snaha použít probiotické organismy i ve formě přípravků denně používaných v dentální hygieně. K tomu je potřeba stabilizovat probiotickou kulturu ve vodném prostředí a v čase. Cílem teoretické části této bakalářské práce bude vypracování literární rešerše popisující různé formy probiotických kultur, které jsou stabilizované ve vodném prostředí a v čase. Na základě této rešerše bude v rámci praktické části sestaven návrh umožňující dlouhodobé uložení orálních probiotik v prostředcích denní orální hygieny." Mikrobiologie lubomir.janda@vri.cz "Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i. Hudcova 296/70 621 00 Brno Česká republika" 96793 Pavel Švec Taxonomická analýza kultivovatelných bakterií z jezerních sedimentů z ostrova Jamese Rosse (Antarktida). Taxonomic analysis of cultivable bacteria from lake sediments from James Ross Island (Antarctica). český "Diplomová práce se zaměří na charakterizaci a identifikaci kultivovatelných bakterií izolovaných ze sedimentů Velkého a Malého Lachmanova jezera, jezírka na mysu Lachman a jezera Monolith na ostrově Jamese Rosse v Antarktidě. Bakteriální izoláty budou analyzovány pomocí genotypizace metodou rep-PCR, která umožní jejich dereplikaci a základní klasifikaci na základě genetické příbuznosti. Následně budou vybrané izoláty identifikovány sekvenováním genu pro 16S rRNA, případně budou na základě dosažených výsledků použity další fenotypové a molekulárně-biologické metody pro jejich přesnější identifikaci. Cílem práce je popsat spektrum kultivovatelných bakterií v sedimentech studovaných jezer, porovnat diverzitu izolátů v rámci různých odběrových míst z jednoho jezera a provést srovnání bakteriálního spektra mezi jednotlivými jezery. Výsledky práce přispějí k poznání bakteriální diverzity v extrémních podmínkách Antarktidy a mohou také odhalit dosud nepopsané druhy osídlující toto jedinečné prostředí." Mikrobiologie pavel@sci.muni.cz "Česká sbírka mikroorganismů, Univerzitní kampus Bohunice, budova E25" 1098 Renáta Karpíšková Genetická diverzita Listeria monocytogenes u lidí Genetic diversity of Listeria monocytogenes in humans český "Studium genetické diverzity Listeria monocytogenes je klíčové pro identifikaci možných epidemických klastrů v humánní populaci. Tento přístup umožňuje sledovat šíření různých sekvenčních typů a analyzovat jejich specifické charakteristiky pomocí pokročilých molekulárních technik. Listeria monocytogenes je patogen, který se šíří převážně alimentární cestou a u zranitelných skupin populace (těhotné ženy, novorozenci, starší lidé a osoby s oslabeným imunitním systémem) může způsobovat závažné, život ohrožující infekce. Genetická diverzita tohoto mikroorganismu je značná, což komplikuje jeho sledování a kontrolu nad jeho šířením. Monitorování prevalence jednotlivých sekvenčních typů je nezbytné pro epidemiologické účely. Pomocí technik jako je sekvenování celého genomu (WGS) a multilokusová sekvenční typizace (MLST) lze získat detailní informace o genetické variabilitě a evolučních vztazích mezi různými kmeny. Pokročilé molekulární techniky umožňují nejen identifikaci a charakterizaci jednotlivých sekvenčních typů, ale také sledování jejich šíření v reálném čase. To je zásadní pro rychlou reakci na vznik možné epidemie, pro vývoj efektivních strategií prevence a kontroly. Humánní izoláty budou charakterizovány na úrovni seroskupiny, serotypu, MLST typu a metodou WGS. Získaná data budou analyzována pomocí softwaru Ridom SeqSphere+. " Mikrobiologie renata.karpiskova@med.muni.cz Koláčková Ivana "Ústav veřejného zdraví, LF MUNI" ivana.kolackova@med.muni.cz 52659 "prof. MUDr. Tomáš Freiberger, Ph.D" Optimalizace procesu izolace DNA infekčních agens u septických stavů Optimalization of DNA isolation from pathogens in bloodstream during sepsis český "Téma diplomové práce je zaměřené na optimalizaci izolace DNA gram pozitivních, gram negativních i houbových agens z krve. V naší laboratoři se dlouhodobě zabýváme detekcí patogenů v různých primárně sterilních materiálech, jako jsou tkáně, mozkomíšní mok, BAL, punkáty, chlopně, a také krev. Krev je vždy nejnáročnějším materiálem pro získávání infekčního agens, ať už v důsledku přítomnosti mnoha inhibičních faktorů, velkého množství humánní DNA, či poměru samotného objemu krve vůči relativně malému množství infekčního agens v ní. Proto je metoda izolace bakteriální či houbové DNA z krve kritická pro úspěšnou detekci infekčního agens a je jí věnováno mnoho pozornosti. V rámci diplomové práce by se důkladné analýze podrobila nejen naše stávající izolační metoda, ale také recentně publikované postupy, které by se aplikovaly na vzorcích krve septických pacientů. Hlavním záměrem této diplomové práce je tedy posunout stávající detekční limit na co nejnižší hranici při zachování vysoké specificity vyšetření, čímž by se zvýšila šance septických pacientů na uzdravení. " Mikrobiologie tomas.freiberger@cktch.cz Mgr. Martina Vaněrková "Centrum kardiovaskulární a transplantační chirurgie Brno, Genetická laboratoř, Výstavní 17, 60300 Brno" martina.vanerkova@cktch.cz 24036 Nikola Hanišáková Posouzení mikrobiálního korozního potenciálu vzorků z plynárenských zařízení Assessment of the microbial corrosion potential of samples from gas facilities slovenský (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Mikrobiální koroze železa a oceli je problematika způsobující ročně ztráty miliardy dolarů. Za nejvýznamnější původce anaerobní mikrobiálně indukované koroze se považují sulfát redukující mikroorganismy, metanogeny, nebo acetogenní mikroorganismy. Tyto skupiny mikroorganismů se vyskytují i v plynárenských zařízení, přičemž způsobují korozi podzemních i povrchových technologií. Cílem této práce bude posoudit tyto vzorky pomocí molekulárně biologických metod, tak i metod kultivačních, a určit potenciál mikrobiálně indukované koroze v tomto prostředí, i stanovit možnou roli mikroorganismů. Práce přinese nové poznatky o rizicích mikrobiální koroze v plynárenských zařízeních a přispěje k vývoji efektivnějších strategií pro ochranu těchto zařízení." Mikrobiologie Alexej Eliáš hanisakova@sci.muni.cz "Mgr. Matúš Pešta; prof. Ing. Tomáš Vítěz, Ph.D.; doc. Mgr. Monika Vítězová, Ph.D." "Ústav experimentální biologie, odd. Mikrobiologie, Kamenice 5" 483976@mail.muni.cz; vitez@sci.muni.cz; vitezova@sci.muni.cz 446645 Tomáš Vítěz Vliv vybraných těžkých kovů na anaerobní stabilizaci čistírenských kalů Effect of selected heavy metals on anaerobic stabilization of sewage sludge český "Cílem této práce je ověřit vliv přídavku vybraného kovu (Cu, Zn, Ag, Cr, Ni, Fe) případně směsí různých kovů na proces anaerobní stabilizace čistírenských kalů. Vzorky smíšené kultury (čistírenské kaly) budou kultivovány ve 120mililitrových vialkách. Množství vznikajícího plynu bude stanovováno manometricky, složení bioplynu pomocí GC-TCD a zastoupení mastných kyselin pomocí GC-FID. Z odebraného vzorku kalů bude izolována DNA, která bude následně sekvenována. Výsledky kultivace nám pomohou určit, které skupiny organismů budou ovlivněny přídavkem kovu, případně směsí kovů a to na základě měření zastoupení metabolitů. Sekvenační data nám pomohou zvolit vhodné druhy mikroorganismů k následnému ověřování vlivu přídavku kovů nebo směsi kovů na čistou kulturu těchto mikroorganismů. " Mikrobiologie vitez@sci.muni.cz 238240 "Mgr. Magdaléna Crhánová, Ph.D." Charakterizace kvasinek izolovaných z trávicího traktu divokých a domácích prasat Characterization of yeasts isolated from the digestive tract of wild and domestic pigs český "Význam použití probiotik v současné době vzrůstá nejen v humánní, ale také ve veterinární medicíně. Probiotika například v chovech prasat mohou představovat zajímavou a účinnou alternativu k použití antibiotik tím, že omezují kolonizaci hostitele patogenními mikroorganismy, produkují látky s antimikrobiálním účinkem, zvyšují imunitní odezvu hostitele či zlepšují využitelnost živin z krmiva. Při návrhu funkčních probiotik je však nezbytná důsledná charakteristika kmenů s ohledem na jejich bezpečnost pro hostitele a zastoupení vhodných probiotických vlastností. V poslední době se také pozornost výzkumníků obrací na méně obvyklé zdroje probiotických mikroorganismů pro použití u domácích či hospodářských zvířat, kterým může být například trávicí trakt divokých zvířat. Tato diplomová práce se zaměří na izolaci a identifikaci kvasinek původem z trávicího traktu divokých a domácích prasat. Vybrané kmeny pak budou podrobně charakterizovány s ohledem na jejich biologickou bezpečnost a zastoupení vhodných probiotických vlastností. Identifikace izolátů bude provedena pomocí hmotnostní spektrometrie MALI-TOF. Pro stanovení probiotických vlastností izolátů budou použity mikrobiologické, biochemické a imunologické metody, kterými bude stanovena například citlivost k vybraným antifungálním látkám, enzymatická aktivita, termorezistence, odolnost vůči nízkému pH či žlučovým solím nebo například schopnost adheze ke střevním buňkám. Kmeny kvasinek s nejvhodnějším profilem probiotických charakteristik pak budou využity pro konstrukci probiotické směsi pro selata po odstavu v rámci projektu MZe podporovaného Národní agenturou pro zemědělský výzkum. " Mikrobiologie magdalena.crhanova@vri.cz "Oddělení mikrobiologie a antimikrobiální rezistence, Výzkumný ústa veterinárního lékařství, v.v.i., Hudcova 296/70, Brno, 621 00" 40972 ##### Sheet/List 8 ##### Jméno a příjmení vedoucího práce: Název tématu v českém jazyce: Název tématu v anglickém jazyce: Jazyk práce Stručná anotace tématu: Studijní program Rezervováno? E-mail školitele Konzultant Název a adresa pracoviště školitele E-mail a adresa konzultanta UČO vedoucího práce "RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D." Indukce chromozomových přestaveb v genomu Cardamine hirsuta pomocí techniky CRISPR/Cas Engineering chromosomal rearrangements in the Cardamine hirsuta genome using CRISPR/Cas český "Tato diplomová práce se zaměřuje na indukci velkých chromozomových přestaveb v genomu Cardamine hirsuta pomocí technologie CRISPR/Cas. Student bude pracovat na návrhu a přípravě CRISPR/Cas vektorů a specifických guide RNA, které budou cílit na indukci velkých chromozomových přestaveb, včetně deletací, inverzí a reciprokých translokací. Mezi další úkoly patří provádění transformace rostlin, selekce transformovaných linií a optimalizace PCR metod pro detekci těchto přestaveb. Student rovněž provede screening T1 a T2 generací rostlin, aby ověřil přítomnost a dědičnost chromozomových přestaveb. Dále bude zkoumat vliv indukovaných přestaveb na fenotyp mutantních rostlin. Výsledky této práce přispějí k pochopení genetických a fenotypových důsledků velkých chromozomových přestaveb a otevřou nové možnosti pro další výzkum v oblasti chromozomové struktury a evoluce rostlinných genomů." Molekulární biologie a genetika terezie.mandakova@ceitec.muni.cz "Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" 64119 jazyk práce český nebo anglický "RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D." Manipulace terminálních NORů z subtelomerické oblasti na pericentromerickou pomocí techniky CRISPR/Cas Manipulating terminal NORs from subtelomeric to pericentromeric regions using CRISPR/Cas technique český "Tato diplomová práce se zaměřuje na přenos terminálních nukleolárních organizačních oblastí (NOR, 35S rDNA) z subtelomerických pozic na pericentromerické oblasti chromozomů pomocí technologie CRISPR/Cas. Studované modelové rostlinné druhy jsou Arabidopsis thaliana a Cardamine hirsuta. Práce zahrnuje syntézu CRISPR/Cas vektorů a specifických guide RNA (gRNA), které budou cílit na přesun NOR z terminálních oblastí chromozomů do pericentromerických regionů. Po přípravě vektorů bude provedena transformace rostlin pomocí Agrobacterium-mediated metody floral dip a následná selekce pozitivních transformantů. Následně budou optimalizovány PCR metody pro detekci chromozomových přestaveb a provedeny Sangerovo sekvenování a fluorescenční in situ hybridizace pro ověření přesunu NOR. Další část práce se zaměří na hodnocení vlivu přemístění NOR na jejich funkci a strukturu chromatinu v mutantních liniích. Výsledky této práce přispějí k lepšímu pochopení vlivu chromozomového kontextu na aktivitu NOR a jejich roli v buněčných procesech." Molekulární biologie a genetika terezie.mandakova@ceitec.muni.cz "Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" 64119 jazyk práce český nebo anglický "RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D." Přenos intersticiálních NORů z pericentromerické oblasti do subtelomerické pomocí techniky CRISPR/Cas Transferring interstitial NORs from pericentromeric to subtelomeric regions using CRISPR/Cas technique český "Předmětem této diplomové práce je přenos intersticiálních nukleolárních organizačních oblastí (NOR, 35S rDNA) z pericentromerických do subtelomerických chromozomových oblastí s využitím CRISPR/Cas technologie. Modelovými rostlinami v této studii jsou Boechera sp., Draba nemorosa a Thlaspi arvense. Práce zahrnuje návrh a konstrukci CRISPR/Cas vektorů a specifických guide RNA (gRNA) pro cílení paracentrických inverzí způsobujících otočení chromozomového ramene nesoucího NOR a tím přesun NOR z pericentromerické oblasti do subtelomerické pozice na chromozomu. Po přípravě těchto vektorů bude prováděna transformace rostlin metodikou floral dip a následná selekce transformantů. Součástí práce je optimalizace PCR metod pro detekci indukovaných paracentrických inverzí a jejich ověření sekvenováním a cytogenetickými metodami. Rovněž bude hodnocen vliv přesunutí NOR na jejich funkci a epigenetické modifikace v mutantních liniích. Výsledky práce přinesou nové poznatky o tom, jak změna chromozomového kontextu ovlivňuje intersticiální NOR a jejich vliv na genetické a buněčné procesy." Molekulární biologie a genetika terezie.mandakova@ceitec.muni.cz "Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" 64119 jazyk práce český nebo anglický "prof. RNDr. Jana Řepková, CSc." Evoluce chromozomového počtu v rodu Trifolium Evolution of chromosomal number in the genus Trifolium český "Zemědělsky významný rod Trifolium z čeledi bobovitých zahrnuje různé druhy jetelů, které jsou důležité jako krmivo a pro svou schopnost fixace vzdušného dusíku, která zlepšuje kvalitu půdy. Ancestrální chromozomový počet tohoto rodu je n = 8. Během evoluce došlo několikrát nezávisle k redukci chromozomového počtu (tzv. descending dysploidy) na n = 7 a n = 6. Tato diplomová práce se zaměří na analýzu struktury karyotypů vybraných zástupců rodu Trifolium pomocí pokročilých metod molekulární cytogenetiky, včetně chromozomově specifického oligopaintingu a lokalizace tandemových repetitivních sekvencí. Vzhledem k malým mitotickým chromozomům u zástupců rodu Trifolium budou cytogenetické sondy hybridizovány na meiotické chromozomy ve fázi pachytene, které poskytují lepší rozlišení. Cílem práce je konstrukce srovnávacích cytogenetických map, které umožní objasnit evoluci chromozomového počtu v rodu Trifolium a identifikovat mechanismy zodpovědné za descending dysploidy. Výsledky této studie přispějí k lepšímu pochopení chromozomové variability a evolučních procesů u rostlin, což může mít významné dopady na šlechtění a optimalizaci zemědělských plodin z čeledi bobovitých." Molekulární biologie a genetika repkova@sci.muni.cz "RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D." "Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" "terezie.mandakova@ceitec.muni.cz, Laboratoř molekulární genetiky rostlin, Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU" 530 jazyk práce český nebo anglický Pavel Šimara Vliv mechanického signálování na regulaci sestřihu RNA v lidských kmenových buňkách The effect of mechanical stimuli on the splicing regulation in human stem cells český "Heterogenní nukleární ribonukleoproteiny (hnRNPs) jsou RNA-vazebné proteiny, jejichž hlavní funkcí je regulace alternativního sestřihu. Řada současných studií prokázala změny v sestřihu RNA v důsledku mechanické stimulace. Některá data naznačují, že tento proces úzce souvisí s 3D uspořádáním sestřihových regulátorů v jádře, včetně proteinů z rodiny hnRNP. Tento jev by mohl být zásadní pro celkovou regulaci buněčných procesů, zejména v raných fázích vývoje. Cílem diplomové práce (DP) je rozšířit naše znalosti o mechanosensitivitě hnRNP proteinů a jejich roli v poziční identitě v koloni lidských indukovaných kmenových buněk (hiPSC). K tomu student(ka) využije celou řadu molekulárně biologických laboratorních metod, zejména kultivaci a treatment hiPSCs na mikropatternovaných površích, imunocytochemickou analýzu, transfekci buněk pomocí siRNA za účelem knock-downu vybraných genů, Western blotting a analýzu genové exprese pomocí RT-qPCR. Závěrem navrhované DP bude popsat vliv mechanické stimulace na regulaci sestřihu RNA v hiPSC a jejich poziční identitu." Molekulární biologie a genetika pavel.simara@fnusa.cz Jan Vrbský "Mezinárodní centrum klinického výzkumu (International Clinical Research Center) Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně (FNUSA-ICRC), skupina Mechanobiologie nemoci" jan.vrbsky@fnusa.cz 67594 Lubomír Janda Proteomický rozbor stolice u dětí s diagnózou celiakie Proteomic analysis of stool in children diagnosed with celiac disease český "Celiakie (celiakální sprue, glutenová enteropatie) je autoimunitní onemocnění způsobené nesnášenlivostí gliadinů a dalších prolaminů v některých obilovinách u jedinců s genetickou predispozicí (HLA ‐ DQ2 a HLA ‐ DQ8). Celosvětová prevalence v posledních letech stoupá na zhruba 1,4 %. Za posledních 50 let se výskyt onemocnění zvýšil více než čtyřikrát. Nesnášenlivost lepku je dnes spojena i s dalšími nemocemi, jako je glutenová ataxie, alergie na lepek, astma z povolání nebo neceliakální glutenová senzitivita. Vzhledem k široké škále příznaků je celiakie náročná na diagnostiku. Jedinou dnes dostupnou léčbou je celoživotní bezlepková dieta, která je založena na přísném vyloučení lepku obsaženého v obilovinách, jako je pšenice, žito nebo ječmen, ale také oves, ze stravy jedince. Práce bude zaměřena na proteomickou analýzu stolice u dětí s diagnózou celiakie. Teoretická část bude zaměřena na zjištění peptidů, které byly sledovány v rámci různých studií, zaměřených na nemoci spojené s lepkem. Zaměříme se na identifikaci prolaminových peptidů, které by mohly být sledované jako markrové peptidy u dětí, u kterých je podezření na porušení diety. Ve druhé části budeme analyzovat stolici pacientů se zaměřením na peptidy tkáně střeva například proteiny těsných spojů (zonulin, ocludin) nebo desmosomů (integriny, desmoplakin, intermediální filamenta), které určují míru stability či propustnosti střeva." Molekulární biologie a genetika lubomir.janda@vri.cz "Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v. v. i. Hudcova 296/70 621 00 Brno Česká republika" 96793 Lenka Kosečková Micenková Charakterizace kmenů Staphylococcus lugdunensis s potenciálem pro prevenci stafylokokových infekcí Characterization of Staphylococcus lugdunensis strains with potential for prevention of staphylococcal infections český "Bakterie Staphylococcus aureus představuje významný problém v oblasti zdravotní péče, neboť je zodpovědná za vysokou morbiditu, mortalitu a výraznou finanční zátěž. Vedle léčby infekcí způsobených touto bakterií se v odborné literatuře stále více objevují studie zaměřené na dekolonizaci jedinců s cílem zabránit vzniku a šíření infekce. Cílem této práce bude pomocí celogenomového sekvenování identifikovat kmeny Staphylococcus lugdunensis s nejnižší virulencí a nejvyšším probiotickým potenciálem. Vybrané kmeny S. lugdunensis s potenciálním probiotickým účinkem budou následně testovány proti klinicky významným kmenům S. aureus." Molekulární biologie a genetika Michaela Navrátilová lenka.micenkova@sci.muni.cz Tibor Botka "Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, Ústav experimentální biologie, Laboratoř molekulární diagnostiky mikroorganismů, Univerzitní kampus Bohunice, pavilon E25, Kamenice 753/5, 625 00 Brno-Bohunice" tibor.botka@mail.muni.cz 229962 "Doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D." Konstrukce syntetického bakteriálního konsorcia pro paralelní zužitkování lignocelulózových substrátů Construction of a synthetic bacterial consortium for parallel utilization of lignocellulosic substrates anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Řada přírodních procesů v biosféře je katalyzována komunitami mikroorganismů. Příkladem je rozklad organické hmoty. Rostlinná biomasa včetně té reziduální generované antropogenními procesy (např. v zemědělství, lesnictví, či v domácnostech) je z větší části tvořena lignocelulózou – směsí polymerů cukrů a aromatických látek. Reziduální lignocelulóza je vnímána jako zajímavý zdroj uhlíku a energie pro moderní mikrobiální biotechnologie. Její efektivní zužitkování si však žádá robustní mikroorganismy schopné paralelní utilizace jejích složek. Řešením inspirovaným přírodou mohou být syntetická mikrobiální konsorcia tvořená jedinci s různou substrátovou specifitou. Cílem tohoto diplomového projektu je ověřit hypotézu, že modifikované specializované kmeny modelové bakterie Pseudomonas putida jsou v podobě syntetického konsorcia schopné paralelního zpracování tří základních monomerních složek lignocelulózy – cukrů hexóz (především D-glukózy), cukrů pentóz (především D-xylózy) a aromatických látek z ligninu (například kyseliny benzoové nebo kyseliny p-kumarové). Studentka bude mít k dispozici modifikované kmeny P. putida připravené v naší laboratoři a bude je za využití nástrojů genetického inženýrství upravovat na kmeny specializované na jednotlivé složky lignocelulózy. V další části projektu bude studentka testovat paralelní zpracování substrátů konsorciem za různých kultivačních podmínek (např. objem kultury, koncentrace jednotlivých substrátů atd.). Efektivita konsorcia může být v případě dostatku času srovnána s jediným modifikovaným kmenem P. putida shopným koutilizace všech tří typů substrátů – tzv. generalistou. Pro koutilizační experimenty budou využívány primárně směsi čistých komerčně dodaných cukrů a aromatických látek, v pozdější fázi projektu mohou být testovány i lignocelulózové hydrolyzáty. " Molekulární biologie a genetika Barbora Gavendová pdvorak@sci.muni.cz "MSc. Miguel Joao Ferreira da Silva, Ph.D. " "Ústav experimentální biologie, Oddělení mikrobiologie (budova E25, Kamenice 5, Brno 62500), PřF, MUNI" "248446@muni.cz, adresa stejná jako školitel" 151419 Stjepan Uldrijan Nanoprotilátky cílící na CA9 jako potenciální nástroj pro detekci a inhibici nádorových buněk Nanobodies targeting CA9 as a potential tool for detecting and inhibiting cancer cells český "Karbonická anhydráza IX (CA9) je povrchový enzym ukotvený v cytoplazmatické membráně, který se podílí na regulaci intracelulárního pH. Exprese CA9 je řízena transkripčním faktorem HIF1, který je zodpovědný za nadprodukci CA9 v hypoxických oblastech zhoubných nádorů. Cílem této diplomové práce je ověření možného využití nových rekombinantních nanoprotilátek cílících na CA9 pro specifickou detekci nádorových buněk a pro stimulaci imunitní odpovědi vůči vybraným typům maligních nádorů." Molekulární biologie a genetika Lenka Burianová uldrijan@med.muni.cz Mgr. Kateřina Koždoňová "Biologický ústav LF MU, Kamenice 5, 62500 Brno" "459395@mail.muni.cz, Biologický ústav LF MU, Kamenice 6, 62500 Brno" 104691 "Doc. Mgr. Petr Beneš, PhD" Funkční význam genu ZNF91 v osteosarkomových buněčných liniích Functional significance of ZNF91 gene in osteosarcoma cell lines český "Osteosarkom je nejčastější maligní nádor kostní tkáně, který často vytváří metastázy. I přes intenzivní výzkum je terapie již desítky let stále založena na agresivní chemoterapii. Identifikace novým molekulárních markerů agresivních nádorů je tak důležitá pro návrh nových cílených terapeutických přístupů. Pomocí bioinformatických analýz transkriptomu na pacientských datech a buněčných liniích jsme identifikovali gen/protein ZNF91 jako možný regulátor progrese tohoto nádorového onemocnění. Cílem této diplomové práce je tedy analýza funkčního významu ZNF91 u modelových osteosarkomových buněčných linií. " Molekulární biologie a genetika Anděla Žáčková pbenes@sci.muni.cz "Mgr. Lucia Knopfová, PhD" OGMB ÚEB Přf MUNI "OGMB ÚEB Přf MUNI, knopfova@sci.muni.cz" 2082 Tibor Botka Analýza mechanismů umožňujících pseudolyzogenii u podoviru Staphylococcus sciuri a jeho hostitele Analysis of mechanisms enabling pseudolysogeny in Staphylococcus sciuri podovirus and its host český "Pseudolyzogenie je známý, ale málo prozkoumaný stav koexistence fága a jeho hostitele, který může mít významný dopad na průběh fágové terapie. Práce se bude zabývat podovirem Staphylococcus sciuri s10, který vykazuje úzké hostitelské spektrum a schopnost perzistence v hostitelských buňkách. Cílem bude objasnit mechanismy, které perzistenci umožňují. Součástí experimentálních metod bude optimalizace deplece volných virionů z bakteriální kultury, sekvenování RNA, analýza methylomu, průtoková cytometrie a klonování genu pro putativní fágovou methyltransferázu." Molekulární biologie a genetika Tomáš Holuša tibor.botka@mail.muni.cz Eliška Kučerová "Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Kamenice 5, Brno" "kucerovae@mail.muni.cz; Oddělení genetiky a molekulární biologie, Ústav experimentální biologie, PřF MU, Kamenice 5, Brno" 177238 "prof. RNDr. Eva Matalová, Ph.D." Transkripční profil vývoje zubní pulpy se zaměřením na neurogenezi Transcription profile of developing dental pulp with focus on neurogenesis český "Zubní pulpa (dřeň) je měkká tkáň uložena uvnitř zubu, která je klíčová pro život (homeostázu) zubu a díky přítomnosti kmenových buněk i pro potenciální regeneraci. Zubní pulpa je prostoupena množstvím cév a nervových vláken, přítomna jsou senzorická i autonomní. Průběh inervace je časově a prostorově vymezen, související molekulární regulace však dosud nejsou komplexně objasněny. Cílem diplomové práce je přispět k poznání v této oblasti analýzou transkriptomu (RNA sekvenování) zubní pulpy v prenatálním a postnatálním vývoji. Kromě zvládnutí laboratorní části přípravy vzorků u myšího modelu je diplomová práce zaměřena na datové analýzy a interpretace výsledků v kontextu odontogeneze a regeneračních strategií. " Molekulární biologie a genetika matalova@iach.cz "Mgr. Eva Švandová, Ph.D." "ÚŽFG AV ČR, v.v.i., Veveří 97, 60200 Brno" evabsvandova@gmail.com 56201 "prof. RNDr. Eva Matalová, Ph.D." Markery PANoptózy vztahující se k osteoartritidě PANoptosis markers associated with osteoarthritis český "PANoptóza je forma buněčné smrti kombinující panoptózu, apoptózu a nekroptózu a je horkým tématem ve výzkumu zánětových procesů a souvisejících onemocnění. To se týká také osteoartritidy, degenerativního kloubního onemocnění, které zasahuje významnou část stárnoucí populace. PANoptóza a její cílené modifikace jsou aktuální výzvou pro terapeutické strategie. Na základě bioinformatické analýzy byly vytipovány biomarkery PANoptózy vztahující se k osteoartritidě. Diplomová práce se bude věnovat výzkumu jejich exprese v zánětovém prostředí chondrocytů. Činnost zahrnuje jak práci v laboratoři, tak s databázemi a výsledky RNA sekvenací." Molekulární biologie a genetika matalova@iach.cz "Mgr. Barbora Veselá, Ph.D." "Laboratoř odontogeneze a osteogeneze, ÚŽFG AV ČR, v.v.i., Veveří 97, 60200 Brno" veselab.lab@gmail.com 56201 "doc. Mgr. Jan Křivánek, Ph.D." Mechanismy řídící regeneraci a reparaci kontinuálně rostoucích zubů rypoše lysého Mechanisms controlling regeneration and repair of continuously growing teeth of the naked mole rat český "Rypoš lysý je zvláštním modelovým organismem, který je zkoumán pro jeho specifické adaptační schopnosti uzpůsobené jeho životnímu stylu. Mimo jiné se u těchto organismů vyvinuly kontinuálně rostoucí zuby čnějící mimo dutinu ústní. Tyto zuby spolu s okolními měkkými tkáněmi vykazují specifické uzpůsobení pro hrabání podzemních tunelů. Ačkoliv se o této jejich funkci ví, tak molekulární a buněčné mechanismy, které za ni zodpovídají a z nich plynoucí specifická vnitřní mikrostruktura tvrdých tkání zubu, zůstávají zcela neobjasněny. Tato práce se bude za využití komplexních přístupů věnovat zkoumání mechanismů kontrolujících růst a s tím související mikrostrukturu těchto zvláštních zubů. K dosažení tohoto cíle budou využity rozmanité metody včetně imunohistochemie, microCT, metoda sledující dynamiku růstu zubů v čase (BEE-ST) nebo skenovací elektronová mikroskopie. " Molekulární biologie a genetika Bc. Tereza Kohoutová jan.krivanek@med.muni.cz "González López, Marcos, MSc." "Ústav Histologie a Embryologie, Lékařská fakulta, Masarykova Univerzita" marcos.gonzalez.lopez@med.muni.cz 269447 Lucia Knopfová Funkce iontových kanálů TRP v progresi a metastázování osteosarkomu Function of TRP channels in osteosarcoma progression and metastasis český "TRP (Transient Receptor Potential) iontové kanály tvoří velkou rodinu transmembránových proteinů, které regulují vnitrobuněčnou koncentraci kationtů. Jsou exprimované celou řadou buněčných typů, reagují na mechanické, teplotní a chemické podněty a jsou nezbytné pro udržení buněčné homeostázy. Jejich deregulace je spojena s různými patologiemi, jako jsou kardiovaskulární, neurodegenerativní a také nádorová onemocnění. U různých typů nádorů TRP kanály modulují přežití, angiogenezi, migraci a chemorezistenci a představují tak významný terapeutický cíl. Klinické využití relativně četných inhibitorů/agonistů TRP kanálů nicméně vyžaduje solidní preklinická data zohledňující kontext a specifické faktory různých typů/stadií nádorů. Osteosarkom představuje maligní onemocnění s velmi špatnou prognózou v případě sekundárního rozsevu, kterou se během posledních desetiletí nepodařilo významně zlepšit. Biomarkery a nové terapeutické cíle jsou kriticky potřebné zejména pro pacienty s metastatickými osteosarkomy. Cílem diplomové práce bude stanovit hladinu vybraných TRP kanálů v metastatických a chemorezistentních buněčných liniích osteosarkomu a porovnat ji s hladinou v parentálních buňkách a na základě zjištěné míry exprese navrhnout strategii pro genetickou/farmakologickou modulaci jejich exprese/aktivity a validovat jejich funkční zapojení do procesů buněčné proliferace, migrace, přežití a citlivosti k terapii." Molekulární biologie a genetika Denisa Kostelníková knopfova@sci.muni.cz Petr Beneš "Laboratoř buněčné diferenciace, Ústav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta MU, D36, Kamenice 5, 62500 Brno" pbenes@sci.muni.cz 77886 Vlastimil Tichý Úloha nekódující RNA při poškození a opravě DNA The role of non-coding RNAs in DNA damage and repair český "Dvouřetězcové zlomy DNA (DSB) vznikají u duplexu DNA po vystavení exogenním či endogenním mutagenům. Poškození DNA může způsobit přestavbu genomu a vést k buněčné smrti [1]. K minimalizaci fatálních účinků pro buňku bylo vyvinuto několik opravných mechanizmů, jako je homologní rekombinace (HR) a nehomologního spojování konců (NHEJ). Rostoucí množství důkazů naznačuje, že různé typy RNA mohou nezávisle na svých primárních funkcích v buňce také přímo ovlivňovat konformaci chromatinu, transkripci nebo sestřih, a také podporovat opravu DNA aktivací buněčné odpovědi na poškození DNA (DDR) [2,3]. Teprve nedávné studie ukazují, že nekódující RNA (ncRNA) a několik proteinových faktorů zapojených do dráhy RNAi jsou zapojeni také do DDR. Student se naučí běžně používané metody stejně jako se bude podílet na vývoji nových metod pro detekci vybraných ncRNA v různých buněčných liniích pomocí specifických DNA sond. Metodika by byla postavena především na zkušenostech s in situ hybridizací v rámci výzkumné skupiny Dr. Bártové. Cílem práce by bylo také stanovení změn v lokalizaci testovaných ncRNA v rámci normálních a nádorových buněčných linií po ozáření UV zářením a detekce kolokalizace ncRNA s markery reparace poškození DNA (jako jsou γ-H2AX, 53BP1, RIF1 nebo R-loop a další) pomocí pokročilých metod konfokální mikroskopie. 1. Dianatpour, A.; Ghafouri-Fard, S. The Role of Long Non Coding RNAs in the Repair of DNA Double Strand Breaks. Int J Mol Cell Med 2017, 6, 1-12. 2. Sharma, V.; Misteli, T. Non-coding RNAs in DNA damage and repair. FEBS Lett 2013, 587, 1832-1839, doi:10.1016/j.febslet.2013.05.006. 3. Francia, S. Non-Coding RNA: Sequence-Specific Guide for Chromatin Modification and DNA Damage Signaling. Front Genet 2015, 6, 320, doi:10.3389/fgene.2015.00320. " Molekulární biologie a genetika tichy@ibp.cz "Assoc. Prof. RNDr. Eva Bártová, Ph.D., DSc." "Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i., DCBE, Královopolská 135, 61200, Brno" "bartova@ibp.cz, Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i., DCBE, Královopolská 135, 61200, Brno" 78343 Jiří Kohoutek Objasnění funkce CDK12 ve vývoji mléčné žlázy u myši Elucidation of the CDK12 role during development of mouse mammary gland anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Cyclin-dependent kinase 12 (CDK12) is a transcription-associated kinase and its dysregulation is involved in different types of malignancies. However, function of CDK12 in the development is not well understood. Although Cdk12 knockout (Cdk12ko) mice are embryonically lethal at morula-blastocyst transition, CDK12 heterozygous mice (Cdk12het) appear normal and fertile. Nevertheless CDK12het females show significant postnatal mortality of newborn pups caused most likely caused by disrupted terminal differentiation of epithelial cells in mammary glands. The impact of CDK12 heterozygosity will be studied by evaluating the expression of key differentiation markers, whey acidic protein (Wap) and beta-casein (Csn2) for example. Also, the altered morphology of matured alveoli after parturition will be monitored by immunohistochemical and molecular biology techniques. The signaling by prolactin will be explored also by PCR, ELISA and biochemical methods. The student will test hypothesis if CDK12 is essential for the mammary gland development during lactation?" Molekulární biologie a genetika "Ali Dlshad Jaafar, učo 567687 " jiri.kohoutek@sci.muni.cz Oddělení molekulární biologie a genetiky 19829 pozn. pro studenta N-MCBE Václav Šeda Role FoxO proteinů v patogenezi chronické lymfatické leukemie The Role of FoxO Proteins in the Pathogenesis of Chronic Lymphocytic Leukemia český "Cílem této diplomové práce je objasnit roli proteinů rodiny FOXO v patogenezi chronické lymfatické leukémie (CLL), se zaměřením na jejich úlohu v regulaci migrace CLL buněk mezi mikroprostředím lymfatických orgánů a periferní krví. Migrace hraje klíčovou roli v přežívání a proliferaci buněk CLL, a zároveň může přispívat k jejich rezistenci na cílenou léčbu. Přestože jsou FOXO proteiny známy jako významné regulátory buněčných procesů, jejich specifická úloha v migraci CLL buněk nebyla dosud detailně popsána. Tato práce navazuje na bakalářskou práci, která se zabývala širší rolí transkripčních faktorů v migraci CLL buněk, a dále prohlubuje poznatky o významu FOXO proteinů. V experimentální části bude za využití modelů migrace (subpopulace CXCR4/CD5) prováděna identifikace a funkční validace FOXO proteinů a jejich cílových molekul jako klíčových regulátorů zapojených do migrace CLL buněk. Dále budou použity metody western blot, real time PCR, průtokové cytometrie, analýza sekvenačních dat, klonování a další. Výsledky této práce přispějí k hlubšímu pochopení mechanizmů patogeneze CLL a nabídnou nové perspektivy pro terapeutické přístupy zaměřené na inhibici migrace nádorových buněk." Molekulární biologie a genetika Magdalena Ambrozková vasek.k.seda@gmail.com Marek Mráz "CEITEC MU, Kamenice 5, Brno, 62500" marek.mraz@email.cz 323515 "Mgr. Šárka Pavlová, Ph.D." Analýza funkčního dopadu defektů TP53 u chronické lymfocytární leukémie Analysis of functional impact of TP53 defects in chronic lymphocytic leukemia anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) Poškození genu TP53 způsobené mutací genu nebo delecí lokusu 17p13 je spojeno se zvýšeným rizikem agresivního průběhu chronické lymfocytární leukémie. Při léčbě chemoimunoterapií byly všechny defekty TP53 považovány za vysoce rizikové bez ohledu na typ defektu a proporci postižených buněk. Klinická data pacientů léčených novými léky inhibujícími dráhu B-buněčného receptoru a antiapoptotického proteinu bcl-2 čím dál tím více poukazují na potřebu diverzifikace dopadu různých typů poškození genu TP53. V návaznosti na výstupy klinických dat budou v rámci diplomové práce testovány funkční dopady různých typů defektů TP53 s využitím in-vitro modelů. Molekulární biologie a genetika Bc. Lucia Šutvajová pavlova.sarka@fnbrno.cz "CEITEC MU, Kamenice 5, 625 00 Brno" 10372 Sabina Varadínková Studium možných vylepšení CAR-T lymfocytů pro zvýšení jejich účinnosti Investigation of possible improvements of CAR-T cells for enhancing their activity český "Terapie CAR-T lymfocyty je revoluční přístup buněčné imunoterapie nádorových onemocnění, kdy se pacientovy T lymfocyty geneticky přeprogramují k cílené eliminaci nádorových buněk. I přes dobrou počáteční léčebnou odpověď, v dlouhodobém měřítku CAR-T lymfocyty převážně selhávají. Vyvíjí se proto vylepšené verze CAR-T lymfocytů s vyšší účinností. Tato diplomová práce bude zkoumat několik možných vylepšení, které by mohly vést ke zvýšené aktivitě CAR-T lymfocytů. Studentka otestuje možné zapojení proteinu RASAL3 do regulace aktivace T lymfocytů. Pomocí technologie CRISPR/Cas9 připraví několik různých buněčných linií s vyřazenými kandidátními geny navrženými na základě již provedeného celogenomového CRISPR screeningu. U těchto linií ověří produkci cytokinů a cytotoxicitu při ko-kultivaci s cílovými leukemickými buňkami." Molekulární biologie a genetika Petra Cigánková Sabina.Varadinkova@ceitec.muni.cz Michal Šmída "VS Michala Šmídy, CEITEC MU, Kamenice 5, 62500 Brno" "michal.smida@ceitec.muni.cz, CEITEC MU" 250235 Kristýna Brzobohatá Genetická analýza jedinců z hřbitova u sv. Jakuba v Brně Genetic analysis of individuals from the cemetery of St. Jakub in Brno anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) " Hřbitov u sv. Jakuba v Brně byl archeologicky zkoumán v několika etapách, kdy zde bylo odkryto přes tisíc jedinců. Stal se tak cenným zdrojem antropologických dat, na něž navázala genetická analýza. Cílem diplomové práce je bioinformatická, biostatistická a populačně genetická analýza výsledků sekvenování. Budou stanoveny kvalitativní parametry, populační afinita, možné příbuzenství a zvláštní pozornost bude věnována detekci patogenů, virů a bakterií, jež byly v minulosti příčinou epidemií. Student se během řešení diplomové práce seznámí také s kompletním laboratorním postupem analýzy starobylé DNA a jejími specifiky. " Molekulární biologie a genetika "Nerezervováno, ale před přidělením tématu bychom uvítali vstupní pohovor" brzobohata@sci.muni.cz Zuzana Hofmanová "Ústav archeologie a muzeologie, Joštova 220/13 662 43 Brno " "hofmanova@mail.muni.cz, " 184739 "Mgr. Ing. Kateřina Řehůřková, Ph.D." Studium interpopulační diverzity lokusů rDNA u ekotypů rostliny Arabidopsis thaliana Study of Interpopulation diversity of rDNA loci in Arabidopsis thaliana český "Housekeeping geny pro rRNA (rDNA) jsou u eukaryot vysoce amplifikované a tvoří klastry tandemových repetic. U rostlin se jejich počet pohybuje v rozmezí desítek až tisíců kopií. rDNA se dělí na lokusy kódující 5S a 35S rDNA, jejichž vyvážený počet přispívá k udržení rovnováhy dávky genů v genomu a ke správnému stechiometrickému poměru rRNA molekul v ribozomech. Cílem této diplomové práce je zkoumat vztahy mezi počtem lokusů rDNA (5S a 35S rDNA), jejich pozicí na chromozomech, interpopulační dynamikou a transkripční aktivitou. Při studiu budou využity pokročilé bioinformatické metody analýzy klíčových oblastí chromozomu, jako jsou centromery, rDNA a telomery, za použití programů jako StainedGlass a Repeatom fingerprinting. Výhodou je přístup k celogenomovým sekvencím mnoha ekotypů, které pokrývají celosvětovou diverzitu tohoto druhu." Molekulární biologie a genetika rehurkova@ibp.cz "RNDr. Aleš Kovařík, CSc." "Biofyzikální ústav AV ČR, Královopolská 135, 612 00 Brno" "kovarik@ibp.cz, Biofyzikální ústav AV ČR, Královopolská 135, 612 00 Brno" 67569 Petra Šarhanová Reprodukční mechanismy u ostružiníků The reproductive system of blackberries anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "The aim of the thesis is to reveal different types of reproduction in blackberries, their origin, and their impact on reproductive success. The student will use flow cytometry to analyze the mode of reproduction in a large set of seeds from experimental crosses and open pollination. Based on the ratio of genome size between the embryo and endosperm, he/she will assess the degree of apomixis/sexuality, which will be correlated with the size of individual seeds. Furthermore, the student will attempt to uncover the causes of apomictic/sexual seed formation as a response to stress or the pollen donor. Using next-generation sequencing, the student will identify the pollen donor in both sexual and apomictic seeds and detect rare phenomena in the reproduction of apomictic blackberries. He/she will publish the results as a co-author in a peer-reviewed journal." Molekulární biologie a genetika Jan Pospíšil sarhanova@gmail.com "Ústav botaniky a zoologie, Biosystematika rostlin, Kamenice 753/5, 625 00 Brno " 43249 "Konstantinos Tripsianes, Ph.D." Fosforylační mechanismy kasein kinázy 1 Phosphorylation mechanisms by casein kinase 1 anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Casein Kinase 1 (Ck1) proteins play a crucial role in various cellular processes, including cell proliferation, survival, and metabolism. Their dysregulation has been implicated in the development and progression of several types of cancer. What is currently missing in the field is the mechanisms that dictate the phosphorylation of target proteins. This thesis will focus on the production and purification of Ck1ε (and its mutants) for the functional characterization using Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy. In combination with other biophysical methods the aim is to understand the kinase activity on various substrates. References: Knippschild, U. et al. The CK1 Family: Contribution to Cellular Stress Response and Its Role in Carcinogenesis. Frontiers in Oncology 4(2014). Xu, P. et al. Structure, regulation, and (patho-)physiological functions of the stress-induced protein kinase CK1 delta (CSNK1D). Gene 715, 144005 (2019). Beenstock, J., Mooshayef, N. & Engelberg, D. How Do Protein Kinases Take a Selfie (Autophosphorylate)? Trends in Biochemical Sciences 41, 938-953 (2016)." Molekulární biologie a genetika kostas.tripsianes@ceitec.muni.cz "Sara Bologna, Ph.D." "Centrum strukturní biologie – Středoevropský technologický institut, Kamenice 5 - pavilon E35" sara.bologna@ceitec.muni.cz 119435 Zdeněk Kubát Regulace transpozonů a genů v reprodukčních orgánech rostlin Regulation of transposons and genes in plant reproductive organs český "Transponovatelné elementy jsou dominantní složkou rostlinných genomů, ale dynamika jejich multiplikace během ontogeneze je dosud málo prozkoumaná. Diplomová práce naváže na nové poznatky naší laboratoře, z nichž plyne, že transpozony jsou krátkodobě aktivovány specifickými transkripčními faktory v reprodukčních orgánech rostlin. V rámci diplomové práce bude studována interakce vybraných transkripčních faktorů s vazebnými místy v promotorech transpozonů. Dále bude vyvíjen a testován reportérový systém pro studium transkripční aktivace v reprodukčních orgánech. Diplomová práce bude sestávat zejména z tvorby konstruktů metodami genového inženýrství, transgenních linií rostlin a jejich charakterizace." Molekulární biologie a genetika Kryštof Popela kubat@ibp.cz Vojtěch Hudzieczek "DPDG, Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i., Královopolská 135, Brno 61200" hudzieczek@ibp.cz 22400 Lukas Trantirek Duální povaha aptamerů: Studium molekulárního mechanismu aktivace receptoru prostřednictvím dimerizovaných inhibitorů. Dual nature of the aptamers: Exploring molecular mechanism of receptor activation through dimerized inhibitors. český "Signální dráhy aktivované přes buněčné povrchové receptory jsou nezbytné pro buněčnou proliferaci, diferenciaci, přežití a migraci. Dysregulace této signalizace stojí za rozvojem celé řady patologických stavů, včetně rakoviny a neurodegenerativních onemocnění. Jednou ze slibných terapeutických strategií pro modulaci aberantní receptorové signalizace je aptamerová technologie. Hlavním cílem tohoto projektu je objasnit molekulární mechanismus, kterým aptamery působí jako antagonisté příslušných receptorových cílů v jejich monomerní formě, ale jako agonisté, pokud existují v (kovalentně) dimerizované formě." Molekulární biologie a genetika lukas.trantirek@ceitec.muni.cz Silvie Trantirkova Středoevropský technologický institut Masarykova univerzita silvie.trantirkova@ceitec.muni.cz 8725 Vladimír Vinarský "Vliv modifikaci chromatinu na proliferaci, maturaci a strukturu sarkomer kardiomyocytů in vitro" "Effects of chromatin modifications on proliferation, cardiomyocyte maturation and structure of sarcomere in vitro." anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "The student will focus on effects of histone modifiers on DNA replication and sarcomere structure to get insight into regenerative potential of human cardiomyocytes. Cardiomyocytes of human foetal heart progress from proliferating cells to post-mitotic cells of the adult heart characterized by well established, force producing sarcomere. The process of maturation is accompanied by restrictive changes of histone modifications locking in the adult transcriptional landscape. During injury and regeneration of adult heart, these modifications are partially reversed resulting re-expression of foetal genes. While this transcriptional shift leads to changes in sarcomere structure and increased DNA synthesis, it is not sufficient to promote proliferation required for tissue replacement. Human cardiomyocytes derived from pluripotent stem cells in vitro are useful tool to study cardiomyocyte development, sarcomere maturation, and regeneration. The student will learn and apply methods of cardiomyocyte differentiation to established model of single cell cardiomyocytes in vitro. Next he/she will screen a library of histone modifiers using confocal microscopy followed by image analysis to identify the most pronounced effects on cardiomyocyte proliferation, sarcomere structure, and cardiomyocyte maturation to assess the potential of histone modifiers on regeneration." Molekulární biologie a genetika vladimir.vinarsky@fnusa.cz Giancarlo Forte "Fakultní nemocnice u Svaté Anny v Brně, Mezinárodní centum klinického výzkumu, Centrum Translační medicíny; Sudentská 6, Brno-Bohunice, 62500" giancarlo.forte@kcl.ac.uk 106932 Petr Chlapek Heterogenita buněk neuroblastomu v různých kultivačních podmínkách. Heterogeneity of neuroblastoma cells in different culture conditions. slovenský (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Odlišnosti jednotlivých buněk neuroblastomu jsou úzce spojeny s procesy při embryonálním vývoji, kdy dochází k migraci buněk z neurální lišty a diferenciaci těchto buněk do různých tkáňových typů. Patologie v těchto procesech jsou podstatou heterogenity samotného onemocnění. Buňky neuroblastomu často vykazují znaky různých vývojových stádií, nebo mezistádii, které lze charakterizovat konkrétním souborem aktivně přepisovaných genů. I stabilní buněčné linie obsahují rozličné frakce buněk a zdá se, že různé kultivační podmínky mohou poměry těchto frakcí měnit. Práce by se měla zaměřit na analýzu buněk stávajících modelů pomocí detekce vybraných markerů, odpovídajících výše zmíněným genům. To by mělo přispět k pochopení roli jednotlivých markerů a v kombinaci s úpravou kultivačních podmínek, by to mohlo vést k přípravě lépe definovaných modelů neuroblastomu." Molekulární biologie a genetika Michaela Štolcová chlapek@sci.muni.cz Jan Škoda Genet ÚEB Biol PřF MU jan.skoda@sci.muni.cz 185032 Mgr. Juraj Bosák Ph.D. Charakterizace toxicity experimentálních probiotických kmenů Escherichia coli na buňky tkáňových kultur Characterization of the toxicity of experimental probiotic Escherichia coli strains for tissue culture cells český "Probiotické bakterie výrazně přispívají k zdravému trávicímu systému; proto se jejich terapeutickému potenciálu v posledních letech věnuje velká pozornost. Kromě nejčastěji používaných probiotických bakterií z rodů Lactobacillus a Bifidobacterium se v medicíně používá také několik probiotických přípravků obsahujících kmeny Escherichia coli. Kmeny E. coli se běžně vyskytují v lidském střevě, kde zpravidla působí jako komenzální mikroorganismy. Některé kmeny E. coli jsou ale původci různě závažných infekcí. V posledních letech se ukázalo, že kmeny E. coli v probiotických přípravcích nesou i genetické znaky typické pro patogenní kmeny a proto existují obavy o bezpečnost jejich používání. Naše laboratoř disponuje několika experimentálními probiotickými kmeny E. coli, u kterých byl prokázán antagonistický účinek vůči patogenům. Jejich vliv na eukaryotické buňky však není znám. Cílem této diplomové práce bude stanovit účinek vybraných probiotických kmenů E. coli na hostitelské buňky in vitro se zaměřením na určení jejich nežádoucích, potenciálně toxických (cytotoxických a genotoxických) vlastností. " Molekulární biologie a genetika Bc. Magdaléna Noštinská jbosak@med.muni.cz Mgr. Saša Zahornacká "Biologický ústav LF MU, Kamenice 5, 62500 Brno" 498831@mail.muni.cz 106498 Jiří Kohoutek Ověření využití epizomů v přípravě CAR-T buněk Test of episomes for preparation of CAR T cells český "Cílem diplomové práce je ověřit, zda je možné využít speciální syntetické neintegrující se vektory k přípravě geneticky modifikovaných buněk, jako jsou chimérické antigenní receptory (CAR)-T buňky. Tyto vektory se označují jako Epizomy a obsahují specifickou sekvenci označovanou jako ""S/MAR"", která umožňuje jejich uchování po mnoho generací jako extrachromozomální kruhovou DNA v savčích buňkách. Výhodou použití S/MAR epizomů pro buněčnou terapii je, že se neintegrují do buněčného genomu. Nedávno jsme identifikovali lidský protein SAF-A, který je důležitý pro ustanovení epizomální retence v lidských buňkách. V rámci vypracování diplomové práce bude využit upravený epizom nesoucí lidský gen SAF-A k tvorbě CAR T buněk. Praktickým cílem je zjistit, zda tento vylepšený vektor je možné účinně využít pro trvalou transgenní expresi chimérického antigenního receptoru v lidských T-buňkách, aniž by bylo ovlivněno jejich chování a molekulární integrita. " Molekulární biologie a genetika jiri.kohoutek@sci.muni.cz 19829 Zdenek Andrysik Alternativní translace genů kontrolovaných p53 Alternative translation of the p53 target genes anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "The most frequently mutated tumor suppressor gene in human cancers is TP53, which encodes transcription factor p53. Induced by various types of cellular stress, p53 transactivates a broad range of genes involved in numerous anti-cancer programs including cell cycle arrest, DNA repair, senescence, and apoptosis. However, targeted induction of p53 by small molecule inhibitors of a key upstream negative regulator MDM2 leads in most cancer types to a reversible proliferation block, while the therapeutically desirable elimination of cancer cells by apoptosis is limited at best. Recently, we identified a novel regulatory mechanism within the p53 network (Andrysik et al., Nature Communications, 2022) responsible for restraining the apoptotic response upon p53 activation. In this scenario, p53 activity maintains eukaryotic translation initiation factor eIF2a dephosphorylated and fully functional. Severing such negative feedback loop pharmacologically by eIF2a inhibitors leads to rapid onset of apoptosis in cancer cells in vitro and stalled tumor growth and animal survival in vivo. Rationale Tumor suppressor p53 activates transcription of hundreds of protein-coding genes. However, in response to numerous stress stimuli, canonical translation governed by eIF2a is downregulated in favor of alternative translation mechanisms. Our preliminary data suggest that inhibition of eIF2a may lead to differential translation of p53 target genes including translation boost of a key pro-apoptotic gene BBC3/Puma. Nevertheless, it is unclear how a joint inhibition of MDM2 and eIF2a affects the entire p53 network and the rest of the translatome. Therefore, we propose genome-wide experiments to elucidate this overlooked, yet crucial level of p53 response control. Hypothesis Preferential translation of pro-apoptotic genes results in cell death phenotype amidst inhibition of MDM2 and eIF2a. " Molekulární biologie a genetika Melanie Drexlerova zdenek.andrysik@med.muni.cz Biologicky ustav LF MU 12323 Jan Hošek "Příprava, exprese a charakterizace bovinního rekombinantního folikulostimulačního hormonu" "Preparation, Expression, and Characterization of Bovine Recombinant Follicle-Stimulating Hormone" český "Tato diplomová práce se bude zabývat přípravou rekombinantního bovinního FSH proteinu - folikulostimulačného hormonu, používaného při asistované reprodukci skotu. Jedná se o heterodimerní glykosylovaný protein, jehož exprese bude probíhat v savčím expresním systému. Součástí práce bude in silico návrh DNA konstruktu v několika variantách – I. každá podjednotka proteinu na jiném plasmidu; II. obě podjednotky v jednom konstruktu za využití tzn. IRES sekvence (internal ribosome entry site); III. obě podjednotky v jednom řetězci s kovalentním linkerem mezi nimi. Student bude využívat molekulárně biologických metod pro klonování konstruktů do savčích CHO buněk, jejich kultivaci a expresi proteinu. Dále bude za použití vhodných purifikačních metod izolovat exprimovaný protein a provede jeho charakterizaci pomocí biochemických metod (SDS-PAGE, nativní elektroforéza, western blot, dot blot, CD a FTIR spektrometrie, hmotnostní spektrometrie). V posledním kroku se bude podílet na ověření účinnosti FSH proteinu in vitro na izolovaných oocytech. Tato práce je součástí projektu NAZV, která má za cíl vytvořit platformu pro řízené uvolňování hormonu z hydrogelové matrice, která zajistí delší cirkulaci a pomalé uvolňování, což povede k redukci počtu a četnosti injekčního podání zvířeti pro stimulaci oocytů." Molekulární biologie a genetika hosekj@pharm.muni.cz "Mgr. Jan Gebauer, Ph.D." "Výzkumný ústav veterinárního lékařství, Hudcova 70, Brno-Medlánky" jan.gebauer@vri.cz 63697 Albert Cairo Calzada Studium regulace translačního iniciačního komplexu pomocí stresových tělísek u Arabidopsis thaliana Study of the regulation of the translation initiation complex by stress granules in Arabidopsis anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) Stress granules (SGs) are cytosolic biomolecular condensates that form in response to stress to repress translation of housekeeping genes. In this Thesis the student will elucidate the components of the translation initiation complex that are sequestered into SGs and the components that remain active in the cytosol and are responsible for the translation of the stress related genes. Molekulární biologie a genetika Sofia Kanávorová albert.calzada@ceitec.muni.cz Kateřina Mácová "CEITEC - Office E26/214 - Kamenice 753/5, Brno, 625 00" katerina.macova@ceitec.muni.cz 235534 ##### Sheet/List 9 ##### Jméno a příjmení vedoucího práce: Název tématu v českém jazyce: Název tématu v anglickém jazyce: Jazyk práce Stručná anotace tématu: Studijní program Rezervováno? E-mail školitele Konzultant Název a adresa pracoviště školitele E-mail a adresa konzultanta UČO vedoucího práce Jiří Holoubek Charakterizace nasální infekce virem klíšťové encefalitidy na myším modelu a primárních lidských nasálních epiteliálních buňkách Characterization of nasal infection with tick-borne encephalitis virus in a mouse model and primary human nasal epithelial cells český "Klíšťová encefalitida je závažné onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Běžně k infekci dochází skrze infikované klíště, případně z nepasterizovaného mléka. Infekce je však možná také skrz čichovou sliznici, jak bylo popsáno pro mnoho jiných neurotropních virů. Zadaná diplomová práce se zaměří na studium mechanismů, které zprostředkovávají vstup viru klíšťové encefalitidy (VKE) do organismu přes nosní sliznici. Využití primárních lidských nasálních epiteliálních buněk pěstovaných na transwell kultivačním systému umožní napodobení přirozeného fenotypu lidské čichové sliznice a tedy primárního místa pro pomnožení VKE. V rámci této práce se student zaměří na charakterizaci procesů virové infekce a šíření v tomto vstupním bodě. Cílem je identifikovat klíčové faktory, které ovlivňují průběh infekce a následnou imunitní odpověď hostitele. Zároveň jsou k dispozici vzorky myších tkání po intranazální infekci, které mohou přispět k pochopení infekce v distálních částech čichové sliznice, kde dochází k zapojení zralých a nezralých čichových neuronů, které mohou hrát významnou roli při neuroinvazi do CNS. Výsledky tohoto výzkumu mohou přispět k lepšímu pochopení patogeneze klíšťové encefalitidy a k rozvoji nových terapeutických strategií zaměřených na prevenci a léčbu této vážné neuroinfekce." Virologie Eliška Mráčková 453423@mail.muni.cz "prof. RNDr. Daniel Růžek, Ph.D." "Laboratoř Virologie, Oddělení mikrobiologie, ÚEB, MUNI & Laborator emergentních virových nákaz, VÚVeL, Brno" ruzekd@paru.cas.cz 453423 Jiří Holoubek Charakterizace infekce myších enterických neuronů kmeny viru klíšťové encefalitidy s rozdílnou virulencí Characterization of infection of mouse enteric neurons by tick-borne encephalitis virus strains with different virulence anglický (student/ka podává žádost v Úřadovně v ISu) "Klíšťová encefalitida je závažné onemocnění centrální nervové soustavy člověka. Běžně k infekci dochází skrze infikované klíště, případně alimentární cestou z nepasterizovaného mléka. Právě v případě alimentární infekce dochází k infekci různých buněčných typů v rámci střeva, včetně enterických neuronů. Cílem práce je porovnat průběh infekce na modelu imortalizovaných enterických neuronů způsobený kmeny viru klíšťové encefalitidy (VKE) s rozdílnou virulencí. Práce zahrnuje in vitro experimenty na enterických myších neuronech a pro srovnání na dalších buněčných liniích (Caco-2, Vero). Pomocí plakových titrací, molekulárních analýz a imunofluorescence bude hodnocena virová replikace, cytopatické změny neuronů a imunitní odpověď. Výsledky této práce tak mohou přispět k lepšímu porozumění patogeneze klíšťové encefalitidy, zejména pak při alimentární nákaze. --- --- --- --- Tick-borne encephalitis is a serious disease of the human central nervous system. Infection commonly occurs via an infected tick or alimentary route from unpasteurised milk. It is in the case of alimentary infection that infection of various cell types within the gut occurs, including enteric neurons. The aim of this study is to compare the course of infection in a model of immortalized enteric neurons caused by tick-borne encephalitis virus strains with different virulence. The work includes in vitro experiments on enteric mouse neurons and for comparison on other cell lines (Caco-2, Vero,...). Using plaque titrations, molecular analyses and immunofluorescence, viral replication, cytopathic changes in neurons and immune response will be assessed. The findings of this work may thus contribute to a better understanding of the pathogenesis of tick-borne encephalitis, especially in alimentary infection. " Virologie 453423@mail.muni.cz Alexandra Louise Wilson (253191) "Laboratoř Virologie, Oddělení mikrobiologie, ÚEB, MUNI & Laborator emergentních virových nákaz, VÚVeL, Brno" 253191@mail.muni.cz 453423