Úloha 2 23. října 2024
Výběr excitačních laserů a emisního filtru
Přijeli jste na výzkumný pobyt do významné
zahraniční laboratoře. Její vedoucí Vás provedl po
laboratořích a ukázal mimo jiné scanner pro
fluorescenční snímání gelů. Po úvodním pohovoru
Vás nový vedoucí vyzval, abyste sepsali seznam
vybavení, které budete pro svůj výzkum potřebovat.
Protože budete používat fluorofor A, potřebujete
zjistit, zda je možné na stávajícím scanneru
excitovat a selektivně detekovat fluorescenční emisi
Vašeho fluoroforu.
Excitační vlnové délky instalovaných laserů jsou 473 nm, 532 nm, 635 nm.
Instalované „long-pass“ emisní filtry jsou 510 LP, 575 LP, 665 LP.
1) Jaký stávající laser byste použili pro excitaci Vašeho fluoroforu?
2) Laser o jaké vlnové délce emitovaného záření byste případně dokoupili pro dosažení
maximální intenzity fluorescence a tedy i citlivosti pro daný fluorofor? Vyberte prosím
nový laser z nabídky Light Sources aplikace SpectraViewer. Napište také případně,
že je stávající laser ideální.
3) Který nainstalovaný emisní filtr „long-pass“ by byl použitelný pro detekci fluorescence
daného fluoroforu?
4) Jaký “band-pass“ filtr s šířkou pásu 20 nm byste objednali, aby byla detekce Vašeho
fluoroforu optimální. Napište hodnotu střední vlnové délky lomenou šířkou pásma
(např. 530/20).
Pro zjištění spektrálních charakteristik fluoroforu a navrhování “band-pass“ filtru použijte
aplikaci SpectraViewer
https://www.thermofisher.com/cz/en/home/life-science/cell-analysis/labeling-
chemistry/fluorescence-spectraviewer.html
Návod: Vyberte svůj fluorofor z nabídky. Zadejte Váš vhodný dostupný laser do Light
Sources výběrem Custom a zadáním vlnové délky. Zadejte Váš vhodný filtr do Emission
Filters zvolením Custom, zadaním vlnové délký a do Badwidth zadejte LP nebo šířku pásu
v nanometrech.
Fluorofor A naleznete níže v tabulce u svého jména.
Vaše odpovědi mi prosím zašlete emailem do 48 hodin. Správná odpověď = 0.5 bodu.
Fluorofor A
Babánková, Bára Hypoxia Green
Červinka, Jakub ROX (carboxy X rhodamine)
Greňa, Tomi Acridine Orange
Halasová, Andrea GFP (emerald GFP)
Hrachovinová, Šárka Lucifer Yellow
Hruška, Jakub Ethidium homodimer
Jurtíková, Anna Pacific Green
Křivská, Tereza JOE
Maroz, Volha Alexa Fluor 488
Miléřová, Lenka Cy3
Minaříková, Anna Oregon Green 514
Murínová, Markéta Cyanine5
Paříková, Tereza SYBR Green
Pastyříková, Nela RFP (TagRFP)
Přikryl, Matěj TOTO-3
Salivarová, Petra Alexa Fluor 594
Sošková, Ema BOBO-1
Staník, Vojtěch Sypro Orange
Stejskalová, Běla TOTO-1
Valášek, Jan Texas Red