V01. Základy vytváření modelů a jejich vizualizace

• Spouštění aplikaci na klastru WOLF
• Stavba modelů v programu Avogadro a Nemesis
  
• Vizualizace výsledků MD simulace v programu VMD
  Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.

  https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/V01-C7800-TSM-ModellingAndVisualization_I.pdf

V02. OpenBabel (volitelné)

• Stavba modelu vody
  
• Konverze formátu programem OpenBabel
  
• Formáty xyz, mol2
  
  Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.

  https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/V02-C7800-TSM-ModellingAndVisualization_II.pdf

V03. Stavba makrocyklů (volitelné)

• Cucurbt[n]urils
• Bambus[n]urils
  Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.

  https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/V03-C7800-TSM-ModellingAndVisualization_III.pdf

V04. Stavba makrocyklu

• MTC (methoxythiacalix[4]arene)
  
  Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.

  https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/P02-M02-2024_M3-FSC2SB_MTC_Model.pdf

Referenční manuály

• Avogadro (stavba a vizualizace výsledků)
  
  Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.

  https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/R01-C7800-TSM-Avogadro.pdf
• Nemesis (stavba a vizualizace výsledků)
  
  Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.

  https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/R02-C7800-TSM-Nemesis.pdf
• VMD (vizualizace struktur a trajektorií)
  Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.

  https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/R03-C7800-TSM-VMD.pdf