Úvod do molekulového modelování - cvičení

Projekt A

P01. Organizace projektu

  • Molekula vody
    • Výchozí model
    • Optimalizace geometrie
    • Výpočty frekvencí molekulárních vibrací (ověření stacionárního bodu)
    • Vliv velikosti báze na vlastnosti molekuly (energie, parciální atomové náboje, dipólový moment)
  • Dimer vody
    • Výchozí model
    • Optimalizace geometrie
    • Výpočty frekvencí molekulárních vibrací (ověření stacionárního bodu)
    • Vliv velikosti báze na vlastnosti dimeru (energie, parciální atomové náboje, dipólový moment)
      Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
      https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/P01-C7800-TSM-Project-A-WaterDimer.pdf
  • Dimer vody (BSSE, volitelná část projektu)
    Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
    https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/P01-C7800-TSM-Project-A-WaterDimer-BSSE.pdf

Referenční manuály

  • Nemesis (stavba a vizualizace výsledků)
    Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
    https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/R02-C7800-TSM-Nemesis.pdf
  • Infinity (moduly a spuštění úloh - dávkový systém)
    Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
    https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/R04-C7800-TSM-Infinity.pdf
  • Gaussian (kvantově-chemické výpočty)
    Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
    https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/R05-C7800-TSM-Gaussian.pdf
  • CBS (extrapolace na kompletní bázi)
    Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
    https://is.muni.cz/el/sci/podzim2024/C7800/um/R06-C7800-TSM-CBS.pdf