Optical methods
Dávid Tužinčin
460988@mail.muni.cz
C9531 Strukturní Biochemie –seminář
Circular dichroism
▶ Cirkulární dichroismus je jev způsoben asymetrií molekulárních
struktur.
▶ Součástí biologických molekul jsou opticky aktivní molekuly
cukrů a aminokyseliny
▶ Optická aktivita roztoků biologických molekul je použita k
popisu jejich struktury a zejména strukturních změn
Circular dichroism
Circular dichroism
měříme rozdíl extinkčních koeficientů CD = ∆ϵ = ϵL- ϵP
Circular dichroism
Visualization of circular dichroism with EMANIM
Circular dichroism
Využití - Určování sekundární struktury biomakromolekul, ...
-50
-40
-30
-20
-10
0
10
20
30
40
50
60
70
80
170 180 190 200 210 220 230 240 250
[ϑ]/degcm-1
dmol-1
λ / nm
α-helix
β-sheet
random coil
Circular dichroism
Vibrational Spectroscopy
▶ absorbce světla (IR oblast) jader
▶ peptidová vazba
▶ sledujeme spřažené vibrace vazeb
▶ 9 různých spůsobů vibrování - amid A, amid B, amid I, ...
▶ amid I - závisí na H-vazbách
AMID II
C
N
O
AMID I
H
C
N
O
H
AMID III
C
N
O
H
Vibrational Spectroscopy
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
16001610162016301640165016601670168016901700
Absorbance
Wavenumber / cm
-1
resolution enhanced spectrum
α-helix
β-sheet
β-turn
unstructured