1
Představení projektů
̶Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
̶Ing. Vojtěch Bartoň
eva.budinska@recetox.muni.cz, vojtech.barton@recetox.muni.cz
RECETOX - Teaming

2
Projekt 2 - Klonalita buněk nádoru kolorekta
̶Hypotéza: Nádor kolorekta jsou velice heterogenní a různé klony buněk mají odlišné mutace
̶Data: Mutační data 10 primárních nádorů (3-5 morfologicky odlišných oblastí) od pacientů stádia IV
z cíleného DNA sekvenování nové generace Illumina NextSeq (75 bp, paired-end), formát vcf
̶Cíl: Pokusit se zjistit, jestli jednotlivé morfologické regiony odpovídají různým klonům a
zjistit, který morfologický region byl první
̶
̶Praktické kroky projektu:
1.Seznámit se s datovým formátem vcf
2.Na data aplikovat metodu genomické polarizace
3.Data interpretovat a vhodně zvizualizovat
̶
̶
A diagram of different types of lines Description automatically generated Colorectal Cancer: The
Truth About ...

̶Hypotéza: Při infekci B. cereus lze specifickou sacharidovou dietou ovlivnit produkci toxinů této
bakterie.
̶Praktický cíl: Cílem projektu je zjistit, jak se liší metabolismus této bakterie mezi jednotlivými
dietami (např. kdy a jestli vůbec produkuje toxiny)
̶
̶Data: Transkriptomické profily bakterie B. cereus ATCC 10987 z RNA sekvenování nové generace s
pomocí Illumina MiSeq, délka čtení 75 bp, paired-end (formát feature counts)
̶
̶Praktické kroky projektu:
1.S pomocí programu microbiomeAnnotator odvoďte metabolické produkty bakterie za různých podmínek
2.Porovnejte metabolické produkty mezi podmínkami
3.Výsledky zvizualizujte a interpretujte
4.
̶
̶
̶
3
Projekt 3 – Bacillus cereus - metabolický potenciál
Bacillus cereus