Adaptivní introgrese u vlků
E4013: Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská
bioinformatika
Natália Martínková
RECETOX, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita
N. Martínková ·E4013: Introgrese u vlků · 1 / 7
Adaptivní introgrese u vlků
N. Martínková ·E4013: Introgrese u vlků · 2 / 7
Hybridizace vlků se psy
V Severní Americe mají vlci často černou srst
Černé zbarvení zřejmě způsobuje delece kodonu v genu CBD103 (Anderson et al.
2009)
Alela s delecí má původ u psů
Severoamerické vlky ale v jiných částech genomu nemají signál pro křížení se psy
Černí vlci sa objevují i v jiných částech světa – Irán, Itálie, Francie
Pozdější studie (Schweizer et al. 2018, Sinding et al. 2018, Cubaynes et al. 2022,
Hinton et al. 2022) a práce předchozích Týmových projektů ukázaly, že závěry práce
Anderson et al. (2009) nejsou podloženy
Výzkum publikovaný i v nejprestižnějších časopisech může být korigován výsledky z
Týmového projektu
N. Martínková ·E4013: Introgrese u vlků · 3 / 7
Jaké následky na vlky tedy hybridizace se psy má?
Další výzkum ukazuje, že vlci mohli od psů získat geny, které ovlivňují nervové
funkce a vývin mozku (Pilot et al. 2021)
N. Martínková ·E4013: Introgrese u vlků · 4 / 7
Zadání
Vlci zřejmě získali varianty genů, které ovlivňují kognitivní
schopnosti, hybridizací se psy. Cílem projektu
je pomocí polarizace genomů nalézt introgrese
v okolí genů ABI1, APBB1IP, FRMD4A a PLD1.
N. Martínková ·E4013: Introgrese u vlků · 5 / 7
Postup
Zjistit, kde se v genomu vlka a psa vyskytují geny ABI1, APBB1IP, FRMD4A a PLD1.
Stáhnout data o jednonukleotidových polymorfizmech vlků a psů pro daný
chromozom z databáze iDOG
Převést dostupná genotypová data do formátu vhodného pro metodu polarizace
genomu diem
Polarizovat genomická data (Baird et al. 2023) pomocí algoritmu diem v R nebo
Pythonu.
Zobrazit polarizované úseky a interpretovat možné introgrese u vlků nebo psů
N. Martínková ·E4013: Introgrese u vlků · 6 / 7