Ukázkové otázky k písemné části zkoušky


1.      Na vypracování testu bude 90 minut. S sebou je třeba mít kalkulačku. Bez vypočtení
dihedrálního úhlu je test hodnocen nedostatečně.

2.      Napište reakci, při níž vzniká peptidová vazba a popište základní charakteristiky peptidové
vazby.

3.      Nakreslete proteinovou páteř (alespoň pořadí tří aminokyselin) a nakreslete všechny
dihedrální úhly proteinové páteře

4.      Popište α-helix a β-skládaný list a jejich úlohu v terciární struktuře proteinu.

5.      Jakou strukturní informaci nám dává Ramachandranův diagram?

6.      Popište, čeho se týkal Anfinsenův experiment.(cíl experimentu, protein, činidla, závěr; ve
kterém roce a za co byla Anfinsenovi udělěna 1/2 Nobelovy ceny?)

7.      Nakreslete a popište jednu purinovou a jednu pyrimidinovou bázi nukleových kyselin
(číslování, donory/akceptory vodíkových vazeb, dvojné vazby).

8.      Popište základní stavební jednotky řetězce nukleových kyselin

9.      Uveďte příklady párování bází ve dvojšroubovicích, triplexech nebo kvadruplexech.

10.  Popište dvoujšroubovici DNA - velký žlábek, malý žlábek, konformace cukrů, náboj na
cukr-fosfátové páteři, proti-ionty.

11.  Kdo jsou objevitelé struktury DNA, kteří byli oceněni Nobelovou cenou?

12.  Jaké znáte alternativní modely DNA a čím se od správného modelu liší?

13.  Jaké interakce stabilizují strukturu DNA?

14.  Napište rozpětí úhlů a délky vodíkových vazeb v biomolekulách.

15.  Napište přibližnou tloušťku membrány a popište, o jaké se jedná prostředí (hydrofilní,
hydrofobní ...).

16.  Co je to Zwitterion?

17.  Jakou má roli cholesterol v membránách?

18.  Jaké jsou tři hlavní typy molekul v buněčných membránách?

19.  V jakém stavu (tuhosti) jsou membrány za fyziologických podmínek?

20.  Co vyjadřuje Lennard-Jonesův potenciál? Jakou funkcí je popisován? Načrtněte graf této funkce
a komentujte jej.

21.  Vypočtěte dihedrální úhel φ nebo ψ jestliže znáte:


   ATOM    868  N   VAL A  61      24.893  32.837  33.917  1.00 11.27           N

   ATOM    869  CA  VAL A  61      25.656  31.587  34.094  1.00  4.37           C

   ATOM    870  C   VAL A  61      25.678  31.013  35.496  1.00  6.02           C

   ATOM    871  O   VAL A  61      25.385  29.805  35.743  1.00 10.75           O

   ATOM    875  H   VAL A  61      25.316  33.618  33.435  1.00  0.00           H

   ATOM    884  N   THR A  62      26.053  31.843  36.442  1.00  7.02           N

   ATOM    885  CA  THR A  62      26.178  31.421  37.808  1.00  6.51           C

   ATOM    886  C   THR A  62      24.862  30.954  38.410  1.00  9.22           C

   ATOM    887  O   THR A  62      24.801  30.163  39.352  1.00  6.99           O

   ATOM    891  H   THR A  62      26.259  32.802  36.202  1.00  0.00           H

   ATOM    898  N   THR A  63      23.814  31.547  37.910  1.00  9.98           N

   ATOM    899  CA  THR A  63      22.457  31.212  38.388  1.00  6.69           C

   ATOM    900  C   THR A  63      22.033  29.830  37.865  1.00  8.14           C

   ATOM    901  O   THR A  63      21.499  28.984  38.604  1.00 13.48           O

   ATOM    905  H   THR A  63      23.931  32.243  37.188  1.00  0.00           H

   ATOM    912  N   PHE A  64      22.250  29.620  36.583  1.00 10.19           N

   ATOM    913  CA  PHE A  64      21.895  28.371  35.995  1.00  8.00           C

   ATOM    914  C   PHE A  64      22.774  27.253  36.518  1.00 25.26           C

   ATOM    915  O   PHE A  64      22.313  26.147  36.761  1.00  9.64           O

   ATOM    923  H   PHE A  64      22.668  30.344  36.016  1.00  0.00           H