Bioinformatika I
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Bioinformatika I
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Bioinformatika I
Info
Předmět
Období
jaro 2010

Přednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Jaro 2010. Bude se scházet 2 h týdne (Po 12:00-13:50, B011).

Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologických oborů a nemá zvláštní předpoklady.

Klade si za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. V současnosti dochází k prudkému rozvoji bioinformatiky a aplikovaných přístupů převážně v biologii, chemii a medicíně, které vyžadují bioinformatické myšlení a schopnosti (práce s velkým množstvím biologických dat s využitím moderních metod informatiky). Předmět poskytne studentům informatiky a jiných nebiologických oborů nezbytné minimum znalostí pro pochopení základních biologických problémů, které se (nejlépe) řeší na počítači. Seznámí studenty s vybranými přístupy k řešení těchto problémů a upozorní na ty oblasti, kde náš pokrok nejvíce závisí na vhodných aplikacích informatiky. Pokročilejší studium vybraných algoritmů, práce s daty a navrhování vlastních výpočtů je náplní navazujících kurzů IV108 Bioinformatika II a IV110 Projekt z bioinformatiky. Kurz se bude konat jednou týdně po 2 hodinách, součástí je kontrolní test uprostřed semestru, ukončen bude písemnou zkouškou.

Diskusní fórum předmětu FI:IV107

 

 

Do diskusního fóra směřujte, prosím, dotazy a příspěvky, které jsou relevantní pro Vaše kolegy a týkají se nějakým způsobem kurzu. Pokud máte otázku ryze osobní, použijte e-mail.

ZMĚNY A NOVINKY

  • http://www.genomeweb.com/blog/what-energy-genomics Podivejte se na informacni video Joint Genome Institute, ktery patri pod Ministerstvo energetiky USA jestli Vas zajima co je to Energy Genomics. Jedna se o vyuziti sekvence DNA organizmu v energetickych programech pro nova biopaliva.
  • Planuji nahradni test pro studenty, kteri omluvili svou nepritomnost na studijnim oddeleni/zaznam v ISu na 7.4. 13:00. Kdokoliv jiny si muze test v tomto terminu napsat/opravit, s tim, ze hodnoceni bude snizeno o 20%. Zajem o test nahlaste prosim e-mailem nebo osobne.
  • Výsledky testu naleznete v poznámkovém bloku v ISu, zisk bodů se pohyboval v rozmezí 6-20. Váš test je k dispozici k nahlédnutí v konzultačních hodinách nebo po přednášce. Víc k obsahu testu na další přednášce po Velikonocích.
  •  Semestrální test píšeme 29.3.2010 ve 12:00. Bude zaměřen na základní orientaci a zvládnutí terminologie z oblasti molekulární biologie, vodítkem ke studiu je obsah přednášek do 15.3. včetně, odkazy v osnovách, interaktivní testy v ISu. Test může obsahovat i otázky z příslušných pasáží učebnice (kapitoly 1,2 a 9). Problematika zakladních experimentálních metod mol.biologie je dobře popsána ve Fundamental Concepts in Bioinformatics, strany 19-32.

 

Historie a zaměření bioinformatiky
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
4
PDF
1
Studijní text
3
Web
Učitel doporučuje studovat od 21. 2. 2010 do 27. 2. 2010.
Základy molekulární biologie - Organizace živé hmoty - Struktura a funkce DNA - Struktura a funkce proteinu
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
1
PDF
1
Video
1
Studijní text
2
Web
Učitel doporučuje studovat od 28. 2. 2010 do 6. 3. 2010.
Metody molekulární biologie - Data v bioinformatice - Generování sekvenčních dat
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
1
PDF
1
Studijní text
5
Web
Učitel doporučuje studovat od 8. 3. 2010 do 14. 3. 2010.
Analýza sekvence DNA
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
2
PDF
1
Studijní text
1
Web
Učitel doporučuje studovat od 15. 3. 2010 do 21. 3. 2010.
Veřejná data a přístup k nim - Zakladní formáty dat
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
PDF
1
Studijní text
9
Web
Učitel doporučuje studovat od 22. 3. 2010 do 28. 3. 2010.
Semestrální test
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
Analýza sekvencí proteinů, strukturních a funkčních dat
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
2
PDF
1
Studijní text
5
Web
Učitel doporučuje studovat od 12. 4. 2010 do 18. 4. 2010.
Jiná data a analýzy
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
1
PDF
1
Studijní text
3
Web
Učitel doporučuje studovat od 19. 4. 2010 do 25. 4. 2010.
Práce s expresními daty
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
2
PDF
1
Video
1
Studijní text
4
Web
Učitel doporučuje studovat od 26. 4. 2010 do 2. 5. 2010.
Štěpení proteinů a hmotnostní spektra
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Další soubory
1
PDF
2
Video
1
Studijní text
4
Web
Učitel doporučuje studovat od 3. 5. 2010 do 9. 5. 2010.
Statistické metody v bioinformatice, systémová biologie
Přejít
Kapitola obsahuje:
2
PDF
1
Studijní text
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 10. 5. 2010 do 16. 5. 2010.
Algoritmy v bioinformatice
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
PDF
1
Studijní text
Učitel doporučuje studovat od 17. 5. 2010 do 23. 5. 2010.
Video HHMI a diskuse
Přejít
Kapitola obsahuje:
3
Video
3
Web
Učitel doporučuje studovat od 6. 5. 2007 do 12. 5. 2007.
Studijní literatura
Přejít
Kapitola obsahuje:
2
PDF
3
Video
3
Studijní text
7
Web
On-line materiály
Přejít
Kapitola obsahuje:
5
Složka
3
Web
Odkazy
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
3
Web
Předchozí
Následující