Interaktivní osnova

Prednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Út 14:00 - 15:50, nebo dle domluvy
Rozvrh: (podzim 2015) Po (10:00-11:50 B116)

Kurz vyžaduje základní znalosti z bioinformatiky, elementární znalosti programování v libovolném jazyce (nejlépe C/Perl nebo C++/Python) a uživatelskou znalost OS UNIX.

Jedná se o předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl umožnit studentům pochopit a navrhovat vybrané výpočetní postupy pro práci s biologickými sekvencemi a strukturami.

HLAVNÍ STUDIJNÍ LITERATURA

1) Jonathan, Pevsner (2009). Bioinformatics and Functional Genomics (prezencne knihovna FI)

DOPLŇKOVÁ LITERATURA

1) Deonier, Tavare, Waterman (2005). Computational genome analysis: an introduction (prezenčně knihovna FI nebo dokumentovy server)

Rozsah pro kurz:
37-45, 48-98 Words, word distributions and occurences

2) Orengo, Jones, Thornton (2003). Bioinformatics: genes, proteins and computers (prezenčně knihovna FI

(29-64 Sequence comparison methods)

3) Dan Gusfield (1997). Algorithms on strings, trees and sequences.

395-398, 437-442 CH16: Maps, mapping, sequencing and superstrings

PRAKTICKÁ PŘÍRUČKA

Gibas and Jambeck (2001) Developing Bioinformatics Skills

http://www.bio-nica.info/biblioteca/Gibas2001DevelopingBioinformatics.pdf

ZÁKLADY BIOINFORMATIKY, GENOMIKY A PROTEOMIKY

Obzvlášť pokud jste neabsolvovali kurz IV107 můžou se Vám hodit některé kapitoly z učebnice tohoto předmětu:

1) Zvelebil, Baum (2008). Understanding bioinformatics (v knihovně).

2) Nosek et al. (2013). Genomika (v knihovně FI).

---

Určené pasáže povinné a doplnkové literatury, prezentace z přednášek (PDF a PPT), obsah cvičení a materiály označené hvězdičkou jsou povinnými materiály ke zkoušce.