Interaktivní osnova

Bioinformatika I

Info

Přednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Podzim 2012. Bude se scházet 2 h týdne (St 10:00-11:50, B411).

Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologických oborů a nemá zvláštní předpoklady.

Klade si za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. V současnosti dochází k prudkému rozvoji bioinformatiky a aplikovaných přístupů převážně v biologii, chemii a medicíně, které vyžadují bioinformatické myšlení a schopnosti (práce s velkým množstvím biologických dat s využitím moderních metod informatiky). Předmět poskytne studentům informatiky a jiných nebiologických oborů nezbytné minimum znalostí pro pochopení základních biologických problémů, které se (nejlépe) řeší na počítači. Seznámí studenty s vybranými přístupy k řešení těchto problémů a upozorní na ty oblasti, kde náš pokrok nejvíce závisí na vhodných aplikacích informatiky. Pokročilejší studium vybraných algoritmů, práce s daty a navrhování vlastních výpočtů je náplní navazujících kurzů IV108 Bioinformatika II a IV110 Projekt z bioinformatiky. Kurz se bude konat jednou týdně po 2 hodinách, součástí je kontrolní test uprostřed semestru, ukončen bude písemnou zkouškou.

Diskusní fórum předmětu FI:IV107

"Kurz" bunkovej biologie v debate Slovenskej televizie so Setfanom Hribom "Pod Lampou". Hostom je kolega z Bratilavi Lubo Tomaska, ktory studuje hlavne kvasinky
DNA Origami je tady! http://www.sciencedaily.com/releases/2011/04/110427131929.htm
Human genome in print! http://www.bio-itworld.com/2012/12/28/encyclopedia-genomica-UK-scientists-print-book-of-life-in-130-volumes.html
Odkaz na bioinformatickou literaturu v site.ebrary.com: http://site.ebrary.com/lib/masaryk/search.action?p00=bioinformatics&fromSearch=fromSearch&search=Search
SOUTĚŽ o 3 bonusové body pro 3 nejbohatší anotace videa: http://www.ted.com/talks/lang/en/david_bolinsky_animates_a_cell.html (od 6:54 dále) termíny z Gene Ontology. Stačí do 10.12.2013 odeslat e-mail s textem, kde na každém řádku bude čas a mezerou oddělený GO identifikátor s názvem (např. "7:57 GO:0005871 kinesin complex"). Subjektivně budu vyřazovat nespecifické anotace typu "X:XX GO:0005623 cell", pokud tam zrovna nebude záběr na celou buňku. Každý kód může být použit jen jednou a nesmíte použít víc než 1 kód na sekundu. Pokud anotovaný objekt není dominantní, nebo početně převažující ve scéně, pomůžete mi v hodnocení pokud v závorce na konci řádku uvedete kvadrant, i rekurzivně (0 je vlevo nahoře a pak ve směru hodin; např. 13 znamená "třetí kvadrant prvního kvadrantu"). Vítěze a jejich řešení zveřejním v diskusním fóru předmětu. V případě více než 3 nejlepších řešení rozhodne los.
New York Times píše o původu různých "-omik": http://www.nytimes.com/2012/05/04/science/it-started-with-genome-omes-proliferate-in-science.html?_r=1&ref=science
Zajímavé přednášky o sekvenování DNA v medicíně a osobní genomice v podání Michaela Snydera: http://www.youtube.com/watch?v=pgHAXCMMcro a otázkách populační genomiky a syntetických organismů v podání Craiga Ventera: http://www.youtube.com/watch?v=AiZyHn_7SUI
http://www.genomeweb.com/blog/what-energy-genomics Podivejte se na informacni video Joint Genome Institute, ktery patri pod Ministerstvo energetiky USA jestli Vas zajima co je to Energy Genomics. Jedna se o vyuziti sekvence DNA organizmu v energetickych programech pro nova biopaliva.
Odkaz z roku 2009: http://edition.cnn.com/2009/HEALTH/04/23/genome.ebay/index.html . Nejnovější zpráva z této oblasti aneb jak se liší genom celebrity od genomu obyčejného smrtelníka: http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml?c=121127&p=irol-newsArticle&ID=1401402
Nový směr v biologii/medicíně založen na zjišťování sekvence DNA a RNA celých populací mikrobů přináší zajímavé výsledky. Viz Human Microbiome Project (HMP, http://en.wikipedia.org/wiki/Human_Microbiome_Project), nebo např. informaci z poslední konference HMP http://www.nature.com/news/2011/110420/full/news.2011.249.html, či zajímavý příspěvek na blogu New York Times http://opinionator.blogs.nytimes.com/2009/07/21/microbes-r-us/
Video "Who are you?": http://www.youtube.com/watch?v=bI8KcyQ7NtI

Interaktivní osnova

Operace