Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Týden 12 - Booleovské sítě s částečnou informací


V nástroji GINsim srovnejte grafy z úkolu 9.

  • jak se liší ve stavovém prostoru?
  • Jak se liší v přechodech?

Prozkoumejte koncept neinterpretovaných funkcí v nástroji AEON.

https://sybila.fi.muni.cz/tools_html/aeon.html

Vyzkoušejte analýzu sítí s částečně definovanými logickými funkcemi.

https://biodivine.fi.muni.cz/aeon/aeon-manual.pdf

Seznamte se s binárními rozhodovacími stromy produkovanými nástrojem AEON.





Domácí úloha (nepovinné, zájemci odevzdat do 31.5. 15:00)


Pracujte s modelem schématu aktivační soustavy signální dráhy z předchozího úkolu (Týden 11). 

Parametrizujte model neurčitou logickou funkcí kombinovaného vlivu FGFR/ERK na FRS2. Pro fixovanou hodnotu vstupní proměnné FGFR == True vypočítejte módy stability. V textovém souboru popište kolik módů stability vychází, jakou mají formu, a specifikujte odpovídající nastavení logiky regulace FRS2.

Výstup: ZIP obsahující soubor se zobecněným modelem (formát .aeon) a textový soubor popisující výsledky analýzy

ZIP soubor prosím zaslat emailem (úkol nespadá do penza povinných, ale jeho úspěšné řešení vám dodá max. 2 bonusové body, které budou využity např. v případě nerozhodné známky při finální evaluaci).

Následující