Úkol 2 (2 body)

1. Identifikujte protein v PDB, který patří do rodiny dalších alespoň 10 sekvencí (PDB, BLAST/PFAM, Clustal W/Omega)

2. Identifikujte ve vícenásobném zarovnáni těchto sekvencí korelované pozice a své výsledky porovnejte s výstupem programu CMAT

3. Vizualizujte 5 nejsilnějších korelací v programu Pymol (pozor na rozdíly v číslování pozic mezi PDB a CMAT!).

Odevzdejte do 19.10. do odevzdavarny predmetu vícenásobné zarovnáni sekvencí upravené programem BOXPLOT nebo TEXSHADE s vyznačenými korelovanými pozicemi, obrázek struktury s popisem pozic a bodovým popisem řešení.  Jakykoliv vlastni kod pripojte na konec dokumentu. Z materiálu vytvořte jeden PDF soubor.

Na FI máte přístup k počítači biolinux.fi.muni.cz (virtuální stroj, přihlašování jako na jiné počítače na FI).