ÚKOL3 (2 body, 16.11.2020):
Pro Vámi zvolený protein z PDB, prozkoumejte jeho zařazení v databázi CATH a SCOP. Vyberte strukturního souseda a zarovnejte struktury obou proteinů, např. v programu Pymol funkcí align(). Spočítejte RMSD (průměrná odchylka pozic atomů zarovnaných proteinů). RMSD spočítejte buď ze všech atomů nebo jen C-alfa uhlíků. Odevzdejte počty strukturních sousedů různých úrovní v CATH a SCOP (formou tabulky), obrázek zarovaných proteinů a hodnotu RMSD s údajem, ze kterých atomů byla spočítaná.