IV108 Bioinformatika II
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
IV108 Bioinformatika II
Info
Období
podzim 2020

Prednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 10:00 - 10:50, nebo dle domluvy
Rozvrh: (podzim 2020)  (Po 14:00-15:50, MS Teams)

Kurz vyžaduje základní znalosti z bioinformatiky, elementární znalosti programování v libovolném jazyce (nejlépe něco jako kombinace bash/(Perl)/R/Python pro flexibilní skriptování/programování, uplatní se i C/C++/Java, poslední dobou začíná být aktuální Julia) a uživatelskou znalost OS UNIX.

Jedná se o předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl umožnit studentům pochopit a navrhovat vybrané výpočetní postupy pro práci s biologickými sekvencemi a strukturami.

HLAVNÍ STUDIJNÍ LITERATURA

1) Jonathan, Pevsner (2009). Bioinformatics and Functional Genomics (prezencne knihovna FI)

DOPLŇKOVÁ LITERATURA

1) Deonier, Tavare, Waterman (2005). Computational genome analysis: an introduction (prezenčně knihovna FI nebo dokumentovy server)

Rozsah pro kurz:
37-45, 48-98 Words, word distributions and occurences

2) Orengo, Jones, Thornton (2003). Bioinformatics: genes, proteins and computers (prezenčně knihovna FI

Rozsah pro kurz

(29-64 Sequence comparison methods)

81-150 Protein structure

3) Dan Gusfield (1997). Algorithms on strings, trees and sequences.

395-398, 437-442 CH16: Maps, mapping, sequencing and superstrings

PRAKTICKÁ PŘÍRUČKA

Gibas and Jambeck (2001) Developing Bioinformatics Skills

ZÁKLADY BIOINFORMATIKY, GENOMIKY A PROTEOMIKY

Obzvlášť pokud jste neabsolvovali kurz IV107 můžou se Vám hodit některé kapitoly z učebnice tohoto předmětu:

1) Zvelebil, Baum (2008). Understanding bioinformatics (v knihovně).

2) Nosek et al. (2013). Genomika (v knihovně FI).

---

Určené pasáže povinné a doplnkové literatury, prezentace z přednášek (PDF a PPT), obsah cvičení a materiály označené hvězdičkou jsou povinnými materiály ke zkoušce.

Kapitola obsahuje:
2
PDF
1
Studijní text
9
Web
Učitel doporučuje studovat od 13. 9. 2021 do 19. 9. 2021.
Kapitola obsahuje:
5
PDF
1
Studijní text
3
Web
Učitel doporučuje studovat od 13. 10. 2020 do 19. 10. 2020.
Kapitola obsahuje:
2
Studijní materiály
7
Web
Učitel doporučuje studovat od 29. 10. 2019 do 4. 11. 2019.
Kapitola obsahuje:
3
PDF
8
Web
Učitel doporučuje studovat od 20. 10. 2020 do 26. 10. 2020.
Kapitola obsahuje:
1
PDF
1
Studijní text
5
Web
Učitel doporučuje studovat od 8. 11. 2018 do 14. 11. 2018.
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
16
Web
Učitel doporučuje studovat od 20. 11. 2018 do 26. 11. 2018.
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
7
Web
Učitel doporučuje studovat od 12. 11. 2019 do 19. 11. 2019.
Kapitola obsahuje:
1
Studijní materiály
1
Studijní text
7
Web
Kapitola obsahuje:
1
PDF
2
Studijní materiály
1
Studijní text
17
Web
Učitel doporučuje studovat od 9. 12. 2020 do 15. 12. 2020.
Kapitola obsahuje:
1
PDF
1
Studijní materiály
1
Studijní text
4
Web
Učitel doporučuje studovat od 4. 1. 2021 do 10. 1. 2021.
1.týden - 18.9.2018
9. týden 29.11.2011
Učitel doporučuje studovat od 10. 12. 2019 do 16. 12. 2019.
10. týden 21.12.2015
Učitel doporučuje studovat od 18. 12. 2019 do 24. 12. 2019.
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
Učitel doporučuje studovat od 27. 12. 2018 do 3. 1. 2019.
Předchozí