Projekt z bioinformatiky I

Týden 5 - Prezentace: volba tém projektů 10. 10. 2022

1. Anna Hýsková, Vojtěch Máčala

2. Pavol Mišenko, Samuel Šuľan, Jakub Horváth

Prezentace zameru

3. Filip Jozefov, Adam Michalík

Prezentace zameru

4. Dávid Meluš, Šimon Varga, Viktória Bendíková

5. Patrik Begáň, Martina Linartová

Prezentace zameru

6. Markus Blahuta, Tomáš Pavlík


Instalace software pro nanopore (otestovano guppy-cpu v user space na Linuxu):

Linux: https://ontpipeline2.readthedocs.io/en/latest/GetStarted.html

Windows: https://hackmd.io/@Miles/rkYKDHPsO

Kompletni sada software pristupna po registraci (jako instituci uvedte Masaryk University) na https://community.nanoporetech.com/downloads

Výpočetní server Adonis

https://www.fi.muni.cz/tech/unix/adonis.html.en


Brainstorming document

Info ohledne guppy na metacentru s vyuzitim GPU od Tomase Pavlika:


podarilo sa mi narýchlo spraviť malú metagenomickú analýzu z náhodnej vzorky z NCBI-SRA (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX14208127[accn]) na metacentre, rýchlo a úspešne, teda posielam rýchle info ako na to nižšie - možno sa to niekomu bude hodiť (aj do budúcna).

Registrácia na metacentre dostupná hocikomu na fakulte, vždy schvália do pár hodín,
následne
gpu clustery: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/GPU_stroje
rýchly návod na obsluhu: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Beginners_guide#Log_on_a_frontend_machine
rýchly návod na guppy: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Guppy
a kraken2: https://wiki.metacentrum.cz/wiki/Kraken2

v každom prípade nezabudnúť odsúhlasiť licencie (linky v návode ku guppy), inak nebudú príkazy dostupné a púšťať ich cez PBS scheduler - odskúšané, funkčné a hlavne s GPU zdrojmi zadarmo.

Předchozí
Následující