Analýza sekvencí DNA

10 Neighbour-joining, maximálna parsimonia

Pred začatím hodiny vyplňte prosím Odpovědník. Obsahuje otázky na pochopenie pojmov z prednášok 07 až 09 za 6 bodov. Za nezodpovedanú otázku sa odrátavajú 2 body. Veľa zdaru!

Hypotéza: Rozdiely v echolokácii netopierov rodu Pipistrellus predstavujú rozdiely medzi kryptickými druhmi.

Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/1431/podzim2011/Bi7492/um/10fylogenetika.pdf
Chyba: Odkazovaný objekt neexistuje nebo nemáte právo jej číst.
https://is.muni.cz/el/1431/podzim2011/Bi7492/um/data/Pipistrellus.fas

V učebných materiáloch môžete nájsť súbor NJ.xls, v ktorom sú nastavené výpočty NJ stromu z malého alignmentu z nekorigovaných p-vzdialedností. Meňte jednotlivé písmená alignmentu, aby ste videli, ako výpočet reaguje. Správne bude fungovať len vtedy, keď sa v prvej iterácii spoja sekvencie a,b.



Blahoželám Andree Janotovej, ktorá ako prvá získala plný počet bodov za prácu počas semestra!


Zadanie pre individuálny projekt do 30.11. Podrobné informácie v osnove pre prednášku 07. Vytvorenie hypotézy (4 body) a zostavenie datasetu pre Individuálne projekty (2 body) bude bodované namiesto jedného testu.

Individuálny projekt
Do 30.11. zaveďte hypotézu individuálneho projektu do balíku tém Bi7492, zoznam druhov a génov a prístupové čísla sekvencií (accesssion numbers). Sem vložte sekvencie vo fasta formáte, ktoré budete používať. Podrobné inštrukcie nájdete v interaktívnej osnove pre prednášku 07. Vypracovaný projekt prinesiete na skúšku.