Úkol NGS:

Namapujte kratke sekvence RNA-Seq experimentu z SRA archivu na vhodny referencni genom dle Vaseho vyberu. Vyberte si 3 geny a odevzdejte BAM soubor se zarovnanymi ready v prislusne oblasti referncniho genomu. Odevzdejte obrazek zarovnani na kterem videt pocty readu (read coverage) (5b)

Rekonstruujte 3 odpovidajici sekvence RNA v sekvenovanem vzorku a zapiste je ve formate FASTA. Odevzdejte kratky popis postupu v prvnich dvou bodech. (5b)

Zjistete zajimave informace o Vasi oblasti (zacatek/konec genu, regulacni motivy, ORF, BLAST, GO). Repezentujte strukturu daneho useku sekvence pomoci datove struktury XViews/IRanges/GRanges v R/Bioconductor. Pomoci baliku Gviz usek vizualizujte. (5b)