OPAKOVÁNÍ - odpovědi na otázky za příslušnými kapitolami  v knize Pevsner (2009) Bioinformatics and Functional Genomics

OBSAH KE STUDIU

Jonathan Pevsner (2009). Bioinformatics and Functional Genomics, 2nd edition. Wiley-Blackwell, New York, 951pp.

47-98 PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT

101-138 BLAST

141-> ADVANCED DATABASE SEARCHING
  142-155 Specialized BLAST sites
  151-161 Profile searches: Hidden Markov Models
  161-169 BLAST-like alignment tool to search genomic DNA rapidly

279-> BIOINFORMATIC APPROACHES TO RNA
  279-288 Introduction, non-coding RNA

421-460 PROTEIN STRUCTURE

517-565 COMPLETED GENOMES
  544-547 DNA sequencing technologies
  547- The process of genome sequencing

639-> THE EUKARYOTIC CHROMOSOME 
  643-650 General features of eukaryotic genomes and chromosome
  650-661 Repetitive DNA content of eukaryotic chromosomes

791-838 HUMAN GENOME

43/P2-1 – 2-8

135/D4-3

Proč u programu BLAST dochází ve většině případů ke kompromisu mezi citlivostí a rychlostí?

Znáte způsob jak najít geny nebo jiné prvky genomu, u kterých je známá souvislost s nějakou nemocí? Jak by jste postupovali v konkrétním případě (např. rakovina konečníku)? 42/P2-3

Jaké typy repetitivních elementů znáte?

Co všechno je v sekvenci DNA zakódováno?

324/P8-3

324/P8-5

325/P8-7

Jaká je výhoda oligonukleotidových čipů v. cDNA:?

372/P9-5

509/P12-6 – 12-8

P13

P16