Kolegium ředitele — Středoevropský technologický institut
- Mgr. Karel Říha, Ph.D.
zástupce ředitele pro vědu
- Mgr. Roman Badík, MPA
Sekce administrativy
zástupce ředitele pro administrativu - prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Mendelovo centrum genomiky a proteomiky rostlin
vedoucí pracoviště - Ing. Eliška Handlířová
vedoucí kanceláře ředitele
- Mgr. Jiří Nováček, Ph.D.
zástupce ředitele pro výzkumné infrastruktury
- prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D.
Centrum molekulární medicíny
vedoucí pracoviště - prof. MUDr. Ivan Rektor, CSc.
Centrum neurověd
vedoucí pracoviště - Mgr. Karel Říha, Ph.D.
vedoucí pracoviště
- prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.
Výzkumná skupina Ondřeje Slabého
vedoucí pracoviště - prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.
Centrum strukturní biologie
vedoucí pracoviště - prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Výzkumná skupina Roberta Váchy
vedoucí pracoviště