Hlavní náplní navazujícího magisterského studijního oboru je rozšiřování dovedností a další zvyšování kvalifikace studentů. Obsah magisterského stupně studijního oboru Pravěká archeologie Předního východu organicky navazuje na předchozí bakalářské studium a doplňuje jej o kurzy zaměřené na komplexnější a/nebo vybraná témata z oblasti pravěké archeologie Předního východu a kulturní antropologie. Studenti si prohlubují znalost arabského jazyka a zlepšují se v odborné komunikaci v anglickém jazyce (díky možnosti psát závěrečnou diplomovou práci v anglickém jazyce a intenzivní komunikaci se zahraničními lektory a konzultanty). V rámci povinně volitelných či volitelných předmětů si studenti vybírají z nabídky kurzů, které jim pomáhají při práci na diplomové práci a taky prohlubují jejich zájmovou oblast. Kurzy si mohou vybírat nejen v rámci oboru Pravěké archeologie Předního východu, ale také v rámci středoevropské archeologie, klasické archeologie, muzeologie či dějin starověku.

V magisterském stupni studia je studentům ponechána možnost aktivního zapojení se do vzdělávacího procesu, neboť se bude přihlížet k jejich postupné specializaci v rámci přípravy magisterské práce. Na přednáškách a seminářích se pak s ohledem na zadání písemných prací předpokládá jejich aktivní účast.

Již během bakalářského studia si studenti osvojují schopnost zvládat nároky kladené na předovýchodní archeology při práci v náročném terénu i pobytu v kulturně odlišném prostředí. V magisterském stupni se proto u nich předpokládá dostatek praktických zkušeností pro plné zvládnutí těchto výzev a zapojení se do zahraničních terénních výzkumů a projektů (možnosti zpracovávat archeologický materiál ve spolupráci s Yaleovou univerzitou, spolupráce s Freie Universität v Berlíně a s univerzitou v Tübingenu aj.). Studenti mají rovněž možnost sami si vybírat z nabídky zahraničních výzkumů nebo si individuálně dohodnout místo konání praxe tak, aby co nejlépe korespondovalo s jejich odborným zaměřením. Na této úrovni by měli být schopni dobře chápat a formulovat své vědecké cíle a ovládat metody vedoucí k jejich dosažení, což by se mělo projevovat při sestavování osobních studijních plánů.

Při magisterském stupni studia je kladen větší důraz na diplomovou práci a její obhajobu. Student by měl být schopen vést vědecký dialog na téma archeologie Předního východu a kulturní antropologie a mít přehled o aktuálních společenských a politických otázkách. Měl by umět číst, psát a hovořit arabsky o běžných tématech a tématech spojených s terénním výzkumem na Předním východě.