Absolvent je po úspěšném ukončení studia schopen:

• hlubšího zvládnutí historické, teoretické a metodologické problematiky muzikologie;
• odborného zacházení s dosavadními výsledky muzikologického bádání;
• specializovaného vhledu do systematických muzikologických disciplín;
• kritického myšlení a kontextualizace při práci s prameny i s literaturou;
• aplikování teoretických poznatků v praxi.

Absolvent získává hluboké znalosti v oblasti teorie a dějin hudby, jež mu umožňují širokou a pestrou škálu uplatnění v odborné praxi včetně samostatného řešení vědeckých úkolů, a to jak ve sféře základního, tak aplikovaného výzkumu (akademická pracoviště, archivy a muzea). Je rovněž kvalifikován pro uplatnění v hudebních institucích (orchestry, operní divadla, média tištěná i elektronická, redakce, hudební vydavatelství a nakladatelství, hudební a kulturní nadace apod.). Může se kvalifikovaně uplatnit také ve sféře hudebního vzdělávání.Rovněž může dále studovat hudební vědu v doktorském studijním programu.

Během dvouletého studia musí student jednooborového studia získat nejméně 120 kreditů. Z toho povinné předměty činí 56 kreditů:

4 povinné přednášky (4 x 5 = 20 kreditů), diplomový seminář I., II. (2 x 15 = 30 kreditů). Od šk. roku 2014/2015 jsou povinné také tyto nové předměty: Akademický seminář I., II. ( 2 x 2 kredity) v prvním roce studia a projekt diplomové práce (2 kr.), který se zapisuje v druhém semestru studia, nejpozději třetí semestr před plánovaným uzavřením studia, zápočet zadává vedoucí diplomové práce.

Povinně volitelné předměty musí činit nejméně 52 kreditů (z toho nejméně 6 kreditů za alespoň jeden dvousemestrální seminář). Volně volitelné předměty maximálně 12 kreditů.

V magisterském studiu jsou zavedeny povinně volitelné předměty určené pouze pro toto studium, z nichž student povinně absolvuje nejméně tři, viz Přehled předmětů.

Student vykonává praxi v různých hudebních a kulturních institucích (muzea, archivy, divadla, média, orchestry, koncertní agentury ad.). Může rovněž participovat na výzkumných úkolech Ústavu a některých grantových projektech.

Magisterská státní zkouška je souborná zkouška uzavírající magisterské studium hudební vědy, a proto zahrnuje tematiku všech podstatných částí oboru. Při magisterské státní zkoušce má kandidát prokázat spolehlivou orientaci v oboru včetně schopnosti hlubšího zvládnutí některých úseků jeho historické, teoretické a metodologické problematiky. Zvláštní pozornost je věnována schopnosti kritického zacházení s dosavadními výsledky muzikologického bádání. Magisterská zkouška má dvě části:

1.1 Část písemnou, spočívající ve vypracování magisterské diplomové práce v rozsahu 140 000 znaků, v případě oborové práce u nediplomového oboru magisterského dvouoborového studia 55 000 znaků (přílohy, české a dvojí cizojazyčné résumé navíc) a jejím obhájení před zkušební komisí. Písemnou magisterskou prací, která je klasifikována, má kandidát prokázat schopnost samostatného řešení zadaného vědeckého úkolu.

1.2 Část ústní, jejímž cílem je ověřit míru znalosti historické, teoretické a praktické problematiky oboru včetně schopnosti analytického a kritického přístupu k diskutovaným otázkám. Ústní magisterská zkouška probíhá formou rozpravy k zadaným tématům ze tří zkušebních předmětů. Témata k rozpravě nesmí mít bezprostřední vztah k tématu diplomové práce, volitelná disciplína systematické hudební vědy nesmí být disciplínou diplomové práce.

Řádné ukončení magisterského studia hudební vědy absolventovi umožňuje ucházet se o doktorské studium hudební vědy, kam může být po splnění podmínek přijetí přijat.