Cílem studia oboru hudební věda v magisterském stupni je mnohostranné rozvíjení vědomostí, dovedností a metodologických poznatků z oblasti hudební vědy. Pro ni je charakteristická velká šíře témat, kterým se věnuje, a rovněž vysoká pestrost metod, jimiž dosahuje naplnění stanovených záměrů. Kromě problematiky hudební historie (věnované mj. oblastem dějinného vývoje hudebních kultur, národních a skladatelských škol, života a tvorby jednotlivých skladatelů, proměn interpretační praxe ad.) a historiografie je v magisterském stupni věnována zvýšená pozornost metodologii a předmětům systematické hudební vědy. Jedná se především o hudební estetiku, teorii a filozofii, vybrané problémy hudební paleografie (charakteristiku, kvalifikaci a klasifikaci různých notačních systémů), hudební sociologii a psychologii, hudební organologii a její příbuzné disciplíny včetně hudební ikonografie. Důležité je i jazykové vybavení (kromě angličtiny také latina a němčina). V osvojování klíčových kompetencí má i nadále značný význam provozování hudebních aktivit (v rámci výuky je možno realizovat zpěv v několika sborech, hraní na klavír, v komorních souborech či v orchestru). Žádoucí je také stáž v rámci Erasmus+ na některé z mnoha evropských univerzit, s nimiž má Ústav hudební vědy uzavřenu partnerskou smlouvu, a uplatnění poznatků a zkušeností získaných v zahraničí ve vlastní muzikologické práci. Tento studijní obor je určen zejména absolventům a absolventkám bakalářského studia oboru hudební věda, případně i jiných, příbuzných oborů (např. oboru Teorie a provozovací praxe staré hudby, jež garantuje brněnský Ústav hudební vědy). Jeho koncepce počítá a prohlubováním teoretického souboru poznatků, dovedností a metod hudební vědy i s jejich aplikováním v praxi. Studenti magisterského studia hudební vědy jsou schopni pracovat s odbornou literaturou (českou i zahraniční) i s primárními i sekundárními prameny týkajícími se různých oblastí hudební kultury. Cílem je rovněž v maximální míře rozvíjet kritické myšlení a aplikování moderních metodologických postupů a poznatků. Absolventi tohoto oboru budou schopni analyzovat a kontextualizovat nejrůznější druhy a formy uměleckých projevů, a to jak v oblasti vážné hudby, tak hudby nonartificiální. Absolventi mohou dále studovat hudební vědu v doktorském studijním programu, jsou však rovněž připraveni pro specializované uplatnění v praxi.