Absolvent je po úspěšném ukončení studia schopen:

• samostatně se plně orientovat v odborné problematice základního a aplikovaného výzkumu dané oblasti;
• identifikovat podstatu vědeckých problémů a navrhovat možné cesty výzkumu vhodné pro jejich řešení;
• samostatně plánovat a provádět vědecký výzkum za použití moderních metod molekulární biologie, genetiky, buněčné biologie a imunologie;
• vést a řídit další výzkumné pracovníky při řešení specializované problematiky;
• kriticky hodnotit získaná vědecká data a diskutovat je v kontextu současného poznání;
• identifikovat oblasti a cíle zajímavé z hlediska budoucího výzkumu; kriticky zhodnotit potenciální rizika dalšího výzkumu;
• prezentovat vědecká data a závěry na mezinárodní odborné úrovni a to jak formou mluvenou, tak formou odborných publikací vysoké kvality;
• samostatně se zapojit v managementu výzkumu a orientovat se v možnostech jeho financování;
• navazovat zahraniční spolupráci při řešení výzkumné problematiky.

Absolvent doktorského studia Fyziologie živočichů je všestranně připravován pro uplatnění ve výzkumných i na aplikace zaměřených vědeckých pracovištích v České republice i zahraničí. Široké spektrum témat řešených ve spolupráci s řadou školicích pracovišť mimo fakultu dává absolventům možnost uplatnit se ve špičkovém biomedicínském výzkumu nebo na přidružených klinických pracovištích humánní medicíny. Analogicky může student zvolit přípravu na práci ve veterinárně orientovaném výzkumu. Mimo humánně a veterinárně medicínské zaměření nacházejí absolventi oboru uplatnění jako vědečtí pracovníci na vysokých školách, ústavech AV ČR, resp. v ústavech rezortních, ve specializovaných laboratořích a firmách, v institucích ochrany přírody, státní správy apod. Cílem studia oboru je připravovat české i zahraniční studenty na samostatnou vědeckou práci a vybavit je znalostmi a dovednostmi nezbytnými pro práci v širokém spektru pracovišť.

• Bez profesního postavení

Standardní doba studia oboru činí osm semestrů. Společně se školitelem vypracuje doktorand individuální studijní plán, který je koncipován v souladu s pravidly pro doktorský studijní program Biologie (uvedenými např. ve Studijním katalogu). Je především na rozhodnutí školitele, které speciální přednášky a kurzy doktorandovi předepíše absolvovat a jakou formou. Individuální studijní plán je přitom koncipován tak, aby zahrnoval: 1) Předměty rozšiřující a prohlubující znalosti širšího vědního oboru nad rámec studia v magisterském programu; 2) Předměty prohlubující specializované znalosti. Tyto předměty si doktorandi zapisují po dohodě se školitelem a jejich rozsah je specifikován ve studijním katalogu.

Doktorand/ka se po celé studium ve stanoveném rozsahu účastní Doktorského semináře ÚEB (Bi0100 a Bi0101) a po dobu osmi semestrů semináře Life Sciences (XD010). Dále je doktorandům předepsána pomoc při zajišťování praktické výuky v pregraduálním studiu (XD102). Za tuto pomoc lze považovat nejen kontaktní výuku, ale např. i vedení a oponování bakalářských prací, přípravu studijních materiálů apod. Ve třetím semestru studia student po předchozím prostudování literatury (XD101) prezentuje teze svého výzkumného tématu před zástupci oborové komise včetně školitele. Představí vědecký problém, cíle, hypotézy a zvolené způsoby jeho řešení, případně i primární dosažené výsledky. Komise posoudí splnění požadavků na rešeršní projekt (teze práce, XD104), zvolený postup prací a doporučí způsob dalšího pokračování studia, případně opakování tohoto kontrolního bodu v dalším roce. Během studia musí doktorand povinně alespoň jednou získat zápočet za přípravu cizojazyčné publikace pro odborný časopis (XD105) a dále má povinnost účastnit se vědeckých konferencí a seminářů, na kterých alespoň jednou přednese přednášku v anglickém jazyce (XD106). Doporučená je zahraniční stáž (XD103), kterou může doktorand/ka absolvovat v kterémkoli semestru. Nejméně jednou ročně podává školitel písemnou zprávu o průběhu studia a práci svého doktoranda v rámci povinností stanovených individuálním studijním plánem.

Státní doktorská zkouška se má konat s dostatečným předstihem před obhajobou disertační práce (ideálně 1 rok). Při zkoušce musí doktorand/ka prokázat dobrou orientaci v oblastech zahrnujících především vědecký problém řešený v disertační práci. Doktorand/ka během maximálně 20 minut představí svůj výzkumný projekt, jeho hypotézy i data, která byla dosud získána, jejich hodnocení, závěry a návrhy dalších kroků. Tato prezentace má již předběžnou podobu budoucí obhajoby hotové disertační práce. V navazující diskusi se členy komise má doktorand/ka osvědčit schopnost uplatňovat své znalosti k řešení konkrétních problémů. Hodnotí se: 1) celková znalost tématu včetně souvislostí a významu; 2) schopnost vysvětlit a prezentovat svou práci; 3) znalost hypotézy a způsobů řešení; 4) znalost experimentálních technik; 5) schopnost správně interpretovat data, vyvozovat a diskutovat závěry.

Preferovanou formou disertační práce je soubor publikovaných odborných článků nebo rukopisů připravených k publikaci. Disertační práce v této formě obsahuje zpravidla tři, minimálně však dva články nebo rukopisy článků autora doplněné úvodní statí o rozsahu minimálně 20 stran, která jednotlivé články logicky propojí a zasadí do kontextu současného poznání, vymezí hlavní cíle, které si autor disertační práce vytkl, a zhodnotí význam dosažených výsledků pro obor. V této úvodní stati musí doktorand prokázat svůj odborný přehled a širší orientaci v daném oboru než jen ve specializovaných tématech jednotlivých článků. Doporučeným jazykem práce je angličtina, přičemž čeština, případně slovenština, jsou rovněž možnými alternativami. Disertační práce musí být založena na vlastních a původních vědeckých výsledcích a nezbytnou podmínkou pro její přijetí v oboru Fyziologie živočichů je, aby její nejvýznamnější výsledky byly publikovány nebo přijaty k publikaci. Za dostatečné se považuje, je-li doktorand prvním autorem práce publikované v časopise z prvních dvou kvartilů periodik příslušného zaměření (podle Journal Citation Reports). Jsou-li články a rukopisy obsažené v disertační práci psány se spoluautory, musí doktorand v disertační práci jasně vymezit svůj konkrétní věcný podíl na každém z nich. Student zároveň s prací odevzdává také autoreferát v elektronické podobě.