Absolvent je po úspěšném ukončení studia schopen:

• vysvětlit základní procesy a funkce systému v různých typech vodních ekosystémů;
• determinovat vodní bezobratlé vázané na vodní ekosystémy střední Evropy;
• mít základní znalosti o biotechnologiích čistíren odpadních vod a úpraven vody ve vodárenství;
• vysvětlit vlivy regulací, znečištění a dalších antropogenních vlivů na vodní ekosystémy;
• znát použití aktuálních metod bioindikace a statistických hodnocení v systému R.

Absolvent je v zásadě úplně vyškolen v problematice ekologie tekoucích vod se základními znalostmi s ekologie stojatých vod, ekotoxikologie vodního prostředí, produkční ekologie a příbuzných oborů. Je specialistou v určité taxonomické skupině s rozšířenou znalostí taxonomie, determinace a biologie vodních bezobratlých a obratlovců. Absolventi se uplatňují jako odborní a vědečtí pracovníci výzkumných ústavů resortu Ministerstva životního prostředí, Akademie věd ČR a vysokých škol. Vzhledem k tomu, že absolventi jsou informování o všech nových trendech ve výzkumu tekoucích vod, je možné jejich uplatnění i v zahraničí - vědomostní profil je srovnatelný např. s absolventem Vídeňské university a jiných evropských vysokých škol.

• Bez profesního postavení

Standardní doba doktorského oboru činí 8 semestrů.

U doktorského studia školitel společně s doktorandem vypracují rámcový čtyřletý plán a dílčí plán studia pro první ročník. Rámcový plán je etapovým vodítkem doktoranda a obsahuje jasně dané časové mantinely pro terénní nebo laboratorní práce pro získání a zpracování dat, jejich vyhodnocení a sepsání disertační práce. Dále je v tomto plánu zahrnut termín vykonání zkoušky z angličtiny (pokud uchazeč neprokáže některý z oficiálních dokladů již u přijímacího pohovoru) a také pravděpodobné stáže na domácích a zahraničních pracovištích nebo samostatná vystoupení na odborných konferencích, seminářích nebo workshopech. Konkrétní plán studia pro 1. rok zahrnuje povinné přednášky pro všechny posluchače doktorského studia. Dále zahrnují aktivní účast na seminářích a na výuce katedry (max. 2 hod. týdně). Plán studia na další dva roky obsahuje povinnou účast na seminářích a na výuce a dále individuální přednášky nebo samostudium literatury podle návrhu nebo dohody se školitelem (min. 6 - 8 přednášek převážně v prvních dvou ročnících).

Doktorandi musí v závěru plánovaného studia vykonat před komisí odborníků ústní rigorózní zkoušku a z předmětu svého zaměření a orientačně z hraničních oborů vztahujících se k jejich práci. Ústní zkouška se týká ekologie tekoucích vod se zaměřením na společenstva po stránce strukturní, zpětnovazební a bioprodukční. Otázky z hraničních oborů se týkají nejčastěji hydraulických a hydrologických parametrů, konkrétních látkových koloběhů, biokumulace kontaminujících látek apod. Student doktorského studia musí mít k ukončení studia minimálně dvě publikace v ISI časopisech, z čehož min. jedna se musí týkat předmětu dizertace a student je zpravidla první autor. Předpokládá se také min. jedno vystoupení na zahraniční konferenci v cizím jazyce, s tím, že na vybraných konferencích, kde jsou řízené posterové prezentace a soutěž posteru, je tato presentace akceptována. Je také důrazně doporučen min. 3 měsiční zahraniční pobyt k tématu disertace.

Disertační práce musí mít charakter zcela nových a původních výsledků zadaného tématu a může se skládat z několika již publikovaných příspěvků a ze syntetického komentáře doktoranda (min. dvě práce v časopise s impakt faktorem - i v tisku). Disertační práce může být psána česky se širším anglickým summary. V případě volby zahraničního oponenta práce je třeba předložit anglickou verzi práce. Nedílnou součástí rigorózního spisu je autoreferát - tj. rozvedený souhrn výsledků v anglickém jazyce. Autoreferát obsahuje také seznam dosavadní publikační činnosti doktoranda.