Průchod studijním plánem

Státní doktorská zkouška probíhá v rámci PhD konference Biomedicínské vědy. V rámci státní doktorské zkoušky studenti třetích ročníků prezentují ve 20-ti minutové prezentaci dosavadní výsledky svojí disertační práce v kontextu biomedicínských věd. Po prezentaci následuje diskuze zahrnující otázky specifické k samotnými projektu i teoretické otázky navázány na specializaci a zaměření výzkumu.
Standardní obhajoba dizertační práce  vyžaduje bezpodmínečné splnění všech kritérií, včetně publikační činnosti;
Při samotné obhajobě pak student prezentuje teze své disertační práce v 15-ti minutové prezentaci, po které následuje přednesení oponentských posudků a studentovy odpovědi na dotazy oponentů. Dále následuje veřejná diskuse a neveřejné hlasování oborové rady;
Jedinou výjimkou je případ, kdy je možné připustit k obhajobě i PhD kandidáta, jehož zásadní prvoautorský článek je v době konání obhajoby do vědeckého časopisu těsně před předložení do recenzního řízení nebo v recenzním řízení (platí jenom pro případy, kdy se jedná o práci mimořádného významu a kvality) Samozřejmě nadále platí podmínka dalších spoluautorských článků nebo souhrnných publikací.
Za těchto výjimečných podmínek:
Mentoři a školitelé specialisté (v případě studentů s externími školiteli) posoudí kvalitu disertační práce a shledají-li ji výjimečně kvalitní s mimořádným potenciálem, doporučí zakončení studia typem obhajoby „viva voce“ (dále jen „viva“).
Zpravidla jde o články mířící na 1. decil oboru nebo podobně vysokou kvalitu (pečlivě posoudí OR).
Forma obhajoby je v takovém případě modifikována. PhD kandidát prezentuje teze disertační práce 30 minut místo standardních 15 minut a v jiné struktuře (podrobnější metodika, negativní data, důraz na skutečný vklad kandidáta atd.).
Následuje minimálně hodinová odborná rozprava, které se zúčastní především oba oponenti, případně mentoři. Dotazy jsou kladeny v celém rozsahu disertační práce a velmi podrobně, od metod až po výsledky. Diskuse není řízená a dotazy jsou kladeny libovolně. Dotazy nejsou kandidátovi z převážné části (kromě dotazů formulovaných v písemném posudku) předem známy. Obhajoba je uzavřena veřejnou diskuzí a standardním hodnocením.
Důraz je kladen na prověření:
Metodické připravenosti;
Schopnosti kandidátů designovat a provádět experimenty;
Schopnosti kandidátů interpretovat výsledky a vykládat si je v kontextu;
Intelektuální a manuální podíl kandidátů na experimentech;
Schopnosti kandidátů vyjadřovat se slovem i písmem (publikace);
Motivace kandidátů pro vědeckou práci nebo jinou práci v oboru;
Celkovou připravenost a zralost kandidátů pro pokračující kariéru.
Oponentské posudky v případě obhajoby typu „viva“ mohou být méně obsáhlé, v podstatě znamenající jenom souhlas k provedení obhajoby formou „viva“ a obsahující klíčové dotazy. V posudku musí být uvedeno, že většina dotazů oponentů bude obsahem zápisu z obhajoby a celkové hodnocení, tj. že doporučují po úspěšné obhajobě udělit titul PhD nebo nedoporučují. Další připomínky a dotazy na PhD kandidáta budou kladeny až na místě a nebudou známy dopředu. V případě, že nedoporučí dizertační práci k obhajobě, řízení se nezahájí.
V posudku se oponenti vyjadřují explicitně a velice stručně k aktuálnosti zvoleného tématu, zda disertace splnila sledovaný cíl, ke zvoleným metodám zpracování, k výsledkům disertace s uvedením, jaké nové poznatky přinesla, k významu v širším kontextu a pro další rozvoj vědy, k významu pro společenskou praxi nebo další rozvoj vědy.

Před obhajobou dizertační práce je nutno splnit níže uvedené povinnosti:
1. splnit požadavky individuálního studijního plánu a semestrálních náplní dle pokynů školitele
2. absolvovat minimálně 4 okruhy kurzů společného celofakultního základu
3. absolvovat oborově specifické kurzy
4. splnit publikační aktivitu minimálně v předepsaném rozsahu
5. absolvovat zahraniční stáž (v délce trvání minimálně 1 měsíce)
6. prezentovat původní data na mezinárodní konferenci
7. složit státní doktorskou zkoušku
8. odevzdat disertační práci
9. získat 240 kreditů za studium

PUBLIKAČNÍ AKTIVITA: 1 prvoautorská publikace originální práce v časopise s hodnotou IF nad mediánem oboru nebo 2 prvoautorské publikace v časopise s hodnotou IF v III. kvartilu dizertačního oboru (Q3). Kategorie WoS oborově odpovídá tématu dizertační práce. Při zařazení kategorie do více oborů se počítá kvartil nejvyššího oboru.

PODÍL NA VÝUCE v maximálním rozsahu 150 hod/4 roky

OKRUHY PŘEDMĚTŮ SPOLEČNÉHO ZÁKLADU:
1. povinným je absolvování kurzu FRESHERS: Skills for Research Careers. Česky hovořící studenti mohou absolvovat kurz Základy vědecké práce AV ČR (v ČJ v Brně)
2. Všem studentům je doporučeno absolvovat předmět Ethics of Biomedical Research.
3. Kurz Acquisition of scientific information, příp. Kurz základů vědecké práce AV ČR.
4. Etické a právní aspekty výzkumu (např. předmět Etika biomedicínského výzkumu, Law, ethics and philosophy of science
5. Organizace výzkumných projektů a klinického hodnocení
6. Analýza dat (např. předmět Analýza klinických dat)
7. Uživatel počítačové sítě
Studenti zapsaní po 1/2/2023 povinně absolvují MU Life Science Seminar (DSCB060 and DSCC060) - doporučeno během prvních 4 semestrů.
OBOROVĚ SPECIFICKÉ PŘEDMĚTY:
- Povinný předmět: Molecular Medicine (DSMolM01)
- Modern Genomic Technologies
- Introducktion to Bioinformatics
- Advanced molecular medicine
- Analysis of sequencing data
- Modern technologies for genome analysis
OBOROVĚ SPECIFICKÉ PODMÍNKY:
V každém semestru studenti povinně absolvují oborový seminář a Ph.D. CEITEC seminář;
Během prvních 3 let studia musí absolvovat min. 2 předměty na prohloubení jejich vědecko-manažerských kompetencí (soft skills);
Během prvních dvou let studia musí absolvovat alespoň 3 předměty zaměřené na prohlubující znalosti ve vztahu k tématu disertační práce (hard skills);
Doktorandi musí v průběhu studia absolvovat interní stáž v rozsahu 10 pracovních dní. Stáž je organizována po dohodě se školitelem v rámci laboratoří CEITEC či institucí mimo CEITEC;
Doktorandi se musí účastnit každoročního veřejného hodnocení své práce v rámci Ph.D. konference.
Ostatní povinnosti studenta a kurikulum doktorského studijního programu jsou detailně popsány na www.med.muni.cz

1. Sekvenční analýza genomů Treponema pallidum subsp. pallidum izolovaných z klinického materiálu
Archiv: http://is.muni.cz/th/uyipi/
Vedoucí: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116
Konzultant: Mgr. Michal Strouhal, Ph.D., učo 13388

2. Funkční analýza mutací zodpovědných za vznik primárních imunodeficiencí
Archiv: http://is.muni.cz/th/fg24f/
Vedoucí: doc. MUDr. Tomáš Freiberger, Ph.D., učo 24036

3. Inhibitors of structure specific endonucleases
Archiv: http://is.muni.cz/th/h8s1x/
Vedoucí: doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D., učo 18098

4. Regulace diferenciace lidských pluripotentních kmenových buněk manipulací signálování FGF2
Archiv: http://is.muni.cz/th/i0ctf/
Vedoucí: prof. Ing. Petr Dvořák, CSc., učo 47260
Konzultant: Mgr. Michaela Bosáková, Ph.D., učo 106056

5. Regulation of the MAPK/ERK signaling pathway by metabolic stress in melanoma
Archiv: http://is.muni.cz/th/cq7gg/
Vedoucí: Mgr. Stjepan Uldrijan, CSc., učo 104691