Informace o předmětu

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

St 25. 9. až St 18. 12. St 12:00–13:50 A219

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 36 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Seznámení s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice.

Výstupy z učení

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

St 12:00–13:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Seznámení s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice.

Výstupy z učení

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Čt 18:00–19:50 A215

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Seznámení s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice.

Výstupy z učení

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 13. 9. až Po 6. 12. Po 18:00–19:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Seznámení s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice.

Výstupy z učení

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 14:00–15:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Seznámení s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice.

Výstupy z učení

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 12:00–13:50 B117

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Seznámení s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice.

Výstupy z učení

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 16:00–17:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 10:00–11:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

St 18:00–19:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 10:00–11:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 12:00–13:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

St 8:00–9:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 9:00–9:50 B411

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 17:00–17:50 B411

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Čt 15:00–15:50 B411, Čt 16:00–16:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 45 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 8:00–8:50 B411, Út 9:00–9:50 B117

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 45 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
• 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
• 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
• 4. Nové metody sekvenování DNA
• 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
• 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Výukové metody

přednášky a cvičení

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis
• IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 9:00–9:50 B410, Út 9:00–10:50 B117

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět pokročilé bioinformatiky, ve kterém se studenti podrobně seznámí s vybranými algoritmy a metodami prezentace dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech. Cílem je umožnit studentům kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení aktuálních problémů v bioinformatice. Návrh vlastních mini-programů a algoritmů si vyzkoušejí v rámci praktické části kurzu na počítači.

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka 4. Nové metody sekvenování DNA 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info

Metody hodnocení

Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 8:00–8:50 B204, Út 9:00–9:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět pokročilé bioinformatiky, ve kterém se studenti podrobně seznámí s vybranými algoritmy a metodami prezentace dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech. Cílem je umožnit studentům kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení aktuálních problémů v bioinformatice. Návrh vlastních mini-programů a algoritmů si vyzkoušejí v rámci praktické části kurzu na počítači.

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka 3. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra 4. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• WATERMAN, Michael. Introduction to computational biology. Maps, sequences and genomes. Boca Raton: CRC Press, 1995, 431 s. ISBN 0-412-99391-0. info

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 12:00–13:50 B116, Út 12:00–13:50 B204

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět pokročilé bioinformatiky, ve kterém se studenti podrobně seznámí s vybranými algoritmy a metodami prezentace dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech. Cílem je umožnit studentům kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení aktuálních problémů v bioinformatice. Návrh vlastních mini-programů a algoritmů si vyzkoušejí v rámci praktické části kurzu na počítači.

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka 3. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra 4. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Literatura

• WATERMAN, Michael. Introduction to computational biology. Maps, sequences and genomes. Boca Raton: CRC Press, 1995, 431 s. ISBN 0-412-99391-0. info

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar
• IV110 Project in Sequence Analysis

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 8:00–8:50 B204, Út 9:00–9:50 B116

Předpoklady

U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět pokročilé bioinformatiky, ve kterém se studenti podrobně seznámí s vybranými algoritmy a metodami prezentace dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech. Cílem je umožnit studentům kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení aktuálních problémů v bioinformatice. Návrh vlastních mini-programů a algoritmů si vyzkoušejí v rámci praktické části kurzu na počítači.

Osnova

• 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka 3. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra 4. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů

Navazující předměty

• IV105 Seminář z bioinformatiky
• IV106 Bioinformatics seminar

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

IV108 Bioinformatika II

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. PhDr. Karel Pala, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)